BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349C03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 97,486,968 - 97,638,785
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSytl2, Ccdc89, Crebzf, Tmem126a, Tmem126b, B230218P12Rik
Upstream geneTmem135, Fzd4, Prss23, LOC100040001, Me3, Ccdc81, l7Rn6, Eed, E230029C05Rik, EG384719, 2310010J17Rik, Picalm, Ccdc83
Downstream geneLOC666689, LOC621816, LOC100039943, Dlg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349C03.bB6Ng01-349C03.g
ACCGA130209GA130210
length1,1071,114
definitionB6Ng01-349C03.b B6Ng01-349C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,486,968 - 97,488,082)(97,637,667 - 97,638,785)
sequence
gaattccaggggtaggaagaagcccatggataagaaagatgattacgggg
ctcaggataagaatagcattaatacctgggtgaagagtctggattctgtg
tcgcttcctattccgaccagcagaaaagagcgacaacactatgttcttct
caaaggagtttattcaggaacctttcaatatcatgaatctttctccagaa
atcaatctctccaggaaaaaacaacaaccaccctcgcccaatcgcagccc
cttataaatcctctcaaccatgccccatcagcccagtccacataacaaca
gttcattggccagaatcatcactcgtaatatggtcgatcttgcatcatgg
tgtacctgcacagttctcacgatggatgcggcttattttcaagtgtatga
ggaagtcaggtgcaagtcataagacttggctgcagtcccaggcaccatct
tgggattgctgccacacccgctcctcacaattctgcatcagggaagctct
aggggaaatgtttgagtggtggtatagctggatcagagtgatggcttctg
ggtctggagctattgaattattcaataatccaagactgatggagaagggg
gctggaagtagaagtggaaagagactgccaaggttctgtcagctggacca
gggacgactaaacaaggagaaaaaagtgtccaggtcgccatccacagtta
cgttggaggatgtatttgttcagaggagtgctggagaggtagaatcctta
gccagaatgtgtgaggcgctgggttttatccacacttctacaaaacaaag
cacaacagcaacaacaacaacaacaaaacattaagcagaaaacaaaatga
aagtgtaggggcctggctagcaaaccagggattcagagatgtcaaagggt
gaatggaactgagttcctcctgggagctcctcctgggagttctgtggaaa
atgtttcctagcttttgcagcttttagaagatatgcccctgacctcttcc
ttcaacttcaaaatacacattctactgagttcttcaagtatcctcccctc
ttctcataagactcatggttatgtggctctactagatatctaacacagat
aatctcc
gaattccttttatataaatttactcaatatttttacgatttaggatgcat
tatctgattcctaccactgacatgttacattgtgcctttttcacatgaag
ttgtaattcacaaattcaagatcacagaactactaaataacaggtttgta
acttaatactagtgctttgggttcattccacaaaactcttcttaatcctc
caagaagtgacatttttatgaagaacaagtttgtcttagcaagggttact
attgctgtgaagaaacacctctaccaaagggaaagtttttatttggctta
aactttcaaatcactgttcatcatcacaggaagtcaggacggaaactcaa
acaggactggaaccttgaggtaggagctgatgcagaggccatagaagggt
gctgcttattggtttgttgctgtggctcgctcagcctgatttcttacaga
tcactcacaaaggactgggccctccccatcaaccactaattaagaaaatg
ctctacaggttagcctacagcccaatttttattgaggtaatttctgaatt
gtggtttcttctttttagataactctaactcagtggttctctaccttcct
aatgctgtgaccctctaatatagtttccatgttgtggtgatacacaatcg
taaaattatttcattgcaacctcataactgtaactttgctactgttatga
accatgatgtaaatatctgatatgcaggacatctgatatcacagagaacc
actgcttttgttatcagattatgtcaagttgacataacactctctggcac
attgattattcagacattaattatatttatgaatgttataatattgaatt
aaatgctaaatatctaactttcacatgtttactaaattgagagctacatt
agtaacaagagtaaaatagccctattattgtataagatgaataaaatatt
tttattcattaatcatgtattatttaatatcttggcattttttcagacac
actgggtactcaatactgaacaggagaggcagagcctcatcacaggacat
tttattctgaaatgaaatttaaatagtgggccaaagtaaaggactactag
tgtagaatgatgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_97486968_97488082
seq2: B6Ng01-349C03.b_48_1154

seq1  GAATTCCAGGGGTAGGAAGAAGCCCATGGATAAGAAAGATGATTACGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGGTAGGAAGAAGCCCATGGATAAGAAAGATGATTACGGGG  50

seq1  CTCAGGATAAGAATAGCATTAATACCTGGGTGAAGAGTCTGGATTCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGATAAGAATAGCATTAATACCTGGGTGAAGAGTCTGGATTCTGTG  100

seq1  TCGCTTCCTATTCCGACCAGCAGAAAAGAGCGACAACACTATGTTCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTTCCTATTCCGACCAGCAGAAAAGAGCGACAACACTATGTTCTTCT  150

seq1  CAAAGGAGTTTATTCAGGAACCTTTCAATATCATGAATCTTTCTCCAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGAGTTTATTCAGGAACCTTTCAATATCATGAATCTTTCTCCAGAA  200

seq1  ATCAATCTCTCCAGGAAAAAACAACAACCACCCTCGCCCAATCGCAGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCTCTCCAGGAAAAAACAACAACCACCCTCGCCCAATCGCAGCCC  250

seq1  CTTATAAATCCTCTCAACCATGCCCCATCAGCCCAGTCCACATAACAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAATCCTCTCAACCATGCCCCATCAGCCCAGTCCACATAACAACA  300

seq1  GTTCATTGGCCAGAATCATCACTCGTAATATGGTCGATCTTGCATCATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTGGCCAGAATCATCACTCGTAATATGGTCGATCTTGCATCATGG  350

seq1  TGTACCTGCACAGTTCTCACGATGGATGCGGCTTATTTTCAAGTGTATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTGCACAGTTCTCACGATGGATGCGGCTTATTTTCAAGTGTATGA  400

seq1  GGAAGTCAGGTGCAAGTCATAAGACTTGGCTGCAGTCCCAGGCACCATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCAGGTGCAAGTCATAAGACTTGGCTGCAGTCCCAGGCACCATCT  450

seq1  TGGGATTGCTGCCACACCCGCTCCTCACAATTCTGCATCAGGGAAGCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTGCTGCCACACCCGCTCCTCACAATTCTGCATCAGGGAAGCTCT  500

seq1  AGGGGAAATGTTTGAGTGGTGGTATAGCTGGATCAGAGTGATGGCTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAATGTTTGAGTGGTGGTATAGCTGGATCAGAGTGATGGCTTCTG  550

seq1  GGTCTGGAGCTATTGAATTATTCAATAATCCAAGACTGATGGAGAAGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGGAGCTATTGAATTATTCAATAATCCAAGACTGATGGAGAAGGGG  600

seq1  GCTGGAAGTAGAAGTGGAAAGAGACTGCCAAGGTTCTGTCAGCTGGACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAGTAGAAGTGGAAAGAGACTGCCAAGGTTCTGTCAGCTGGACCA  650

seq1  GGGACGACTAAACAAGGAGAAAAAAGTGTCCAGGTCGCCATCCACAGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACGACTAAACAAGGAGAAAAAAGTGTCCAGGTCGCCATCCACAGTTA  700

seq1  CGTTGGAGGATGTATTTGTTCAGAGGAGTGCTGGAGAGGTAGAATCCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGGAGGATGTATTTGTTCAGAGGAGTGCTGGAGAGGTAGAATCCTTA  750

seq1  GCCAGAATGTGTGAGGCGCTGGGTTTTATCCACACTTCTACAAAACAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAATGTGTGAGGCGCTGGGTTTTATCCACACTTCTACAAAACAAAG  800

seq1  CACAACAGCAACAACAACAACAACAAAACATTAAGCAGAAAACAAAATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAGCAACAACAACAACAACAAAACATTAAGCAGAAAACAAAATGA  850

seq1  AAGTGTAGGGGCCTGGCTAGCAAACCAGGGATTCAGAGATGTCAAAGGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTAGGGGCCTGGCTAGCAAACCAGGGATTCAGAGATGTCAAAGGGT  900

seq1  GAATGGAACTGAGTTCCTCCTGGGAGCTCCTCCTGGGAGTTCTGTGGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAACTGAGTTCCTCCTGGGAGCTCCTCCTGGGAGTTCTGTGGAAA  950

seq1  ATGTTTCCTAGCTTTTGCAGCTTTTAGAAGATATGCCCCTGACCTCTTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCCTAGCTTTTGCAGCTTTTAGAAGATATGCCCCTGACCTCTTCC  1000

seq1  TCCAACTTCAAAATACACCATTCTAACTGAGTTCTTCAAGGTATCCTCCC  1050
      | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTCAACTTCAAAATACA-CATTCT-ACTGAGTTCTTCAA-GTATCCTCCC  1047

seq1  CTCTTCTCATAAAGACCTCATGGTTATGTTGGCTCTACCTAGATAATCTA  1100
      |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||
seq2  CTCTTCTCAT-AAGA-CTCATGGTTATG-TGGCTCTA-CTAGAT-ATCTA  1092

seq1  ACACAGATAATCTCC  1115
      |||||||||||||||
seq2  ACACAGATAATCTCC  1107

seq1: chr7_97637667_97638785
seq2: B6Ng01-349C03.g_68_1181 (reverse)

seq1  AACATCATTCTACACTAGTTAAGTCCTTTACTTTGGCCCACTATTTAATT  50
      |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AACATCATTCTACACTAGT--AGTCCTTTACTTTGGCCCACTATTTAAAT  48

seq1  TTCATTTTCAGAATAAAATGT-CTGTGATGAGGCTCTTGCCTCTCCTGTT  99
      |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCA-TTTCAGAATAAAATGTCCTGTGATGAGGCTC-TGCCTCTCCTGTT  96

seq1  CAGTATTGAGTACCCAGTGTGTCTGAAAAAATGCCAAGATATTAAATAAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGTATTGAGTACCCAGTGTGTCTGAAAAAATGCCAAGATATTAAAT-AA  145

seq1  TACATGATTAATGAATAAAAATATTTTTATTCATCTTATACAATAATAGG  199
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGATTAATGAATAAAAATA-TTTTATTCATCTTATACAATAATAGG  194

seq1  GCTATTTTACTCTTGTTACTAATGTAGCTCTCAATTTAGTAAACATGTGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTACTCTTGTTACTAATGTAGCTCTCAATTTAGTAAACATGTGA  244

seq1  AAGTTAGATATTTAGCATTTAATTCAATATTATAACATTCATAAATATAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGATATTTAGCATTTAATTCAATATTATAACATTCATAAATATAA  294

seq1  TTAATGTCTGAATAATCAATGTGCCAGAGAGTGTTATGTCAACTTGACAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTCTGAATAATCAATGTGCCAGAGAGTGTTATGTCAACTTGACAT  344

seq1  AATCTGATAACAAAAGCAGTGGTTCTCTGTGATATCAGATGTCCTGCATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATAACAAAAGCAGTGGTTCTCTGTGATATCAGATGTCCTGCATA  394

seq1  TCAGATATTTACATCATGGTTCATAACAGTAGCAAAGTTACAGTTATGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATATTTACATCATGGTTCATAACAGTAGCAAAGTTACAGTTATGAG  444

seq1  GTTGCAATGAAATAATTTTACGATTGTGTATCACCACAACATGGAAACTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAATGAAATAATTTTACGATTGTGTATCACCACAACATGGAAACTA  494

seq1  TATTAGAGGGTCACAGCATTAGGAAGGTAGAGAACCACTGAGTTAGAGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAGGGTCACAGCATTAGGAAGGTAGAGAACCACTGAGTTAGAGTT  544

seq1  ATCTAAAAAGAAGAAACCACAATTCAGAAATTACCTCAATAAAAATTGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAAAGAAGAAACCACAATTCAGAAATTACCTCAATAAAAATTGGG  594

seq1  CTGTAGGCTAACCTGTAGAGCATTTTCTTAATTAGTGGTTGATGGGGAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGCTAACCTGTAGAGCATTTTCTTAATTAGTGGTTGATGGGGAGG  644

seq1  GCCCAGTCCTTTGTGAGTGATCTGTAAGAAATCAGGCTGAGCGAGCCACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGTCCTTTGTGAGTGATCTGTAAGAAATCAGGCTGAGCGAGCCACA  694

seq1  GCAACAAACCAATAAGCAGCACCCTTCTATGGCCTCTGCATCAGCTCCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAACCAATAAGCAGCACCCTTCTATGGCCTCTGCATCAGCTCCTA  744

seq1  CCTCAAGGTTCCAGTCCTGTTTGAGTTTCCGTCCTGACTTCCTGTGATGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGGTTCCAGTCCTGTTTGAGTTTCCGTCCTGACTTCCTGTGATGA  794

seq1  TGAACAGTGATTTGAAAGTTTAAGCCAAATAAAAACTTTCCCTTTGGTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGTGATTTGAAAGTTTAAGCCAAATAAAAACTTTCCCTTTGGTAG  844

seq1  AGGTGTTTCTTCACAGCAATAGTAACCCTTGCTAAGACAAACTTGTTCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTTCTTCACAGCAATAGTAACCCTTGCTAAGACAAACTTGTTCTT  894

seq1  CATAAAAATGTCACTTCTTGGAGGATTAAGAAGAGTTTTGTGGAATGAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAATGTCACTTCTTGGAGGATTAAGAAGAGTTTTGTGGAATGAAC  944

seq1  CCAAAGCACTAGTATTAAGTTACAAACCTGTTATTTAGTAGTTCTGTGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCACTAGTATTAAGTTACAAACCTGTTATTTAGTAGTTCTGTGAT  994

seq1  CTTGAATTTGTGAATTACAACTTCATGTGAAAAAGGCACAATGTAACATG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATTTGTGAATTACAACTTCATGTGAAAAAGGCACAATGTAACATG  1044

seq1  TCAGTGGTAGGAATCAGATAATGCATCCTAAATCGTAAAAATATTGAGTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGTAGGAATCAGATAATGCATCCTAAATCGTAAAAATATTGAGTA  1094

seq1  AATTTATATAAAAGGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATATAAAAGGAATTC  1114