BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349N05
Chromosome7 (Build37)
Map Location 54,361,783 - 54,567,913
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtpn5, LOC100041710, Mrgpra6, EG668725, Gm660
Upstream geneAbcc8, Ush1c, Otog, Myod1, Kcnc1, Sergef, Tph1, Saal1, Saa3, Saa4, LOC100040106, Saa1, Saa2, Hps5, Gtf2h1, EG668838, EG384622, Ldha, Ldhc, Tsg101, Uevld, C86187, LOC384623, ENSMUSG00000056509, Spty2d1, LOC100040174, Tmem86a
Downstream geneMrgpra1, LOC668846, LOC100040217, LOC668727, Mrgpra2, LOC638950, Mrgprc4-ps, LOC677457, EG668729, Mrgpra3, Mrgprc1-ps, LOC100040314, Mrgprc3-ps, EG435977, EG619792, Mrgprc7-ps, Mrgpra18-ps, EG435978, Mrgprc2-ps, Mrgpra4, Mrgprx1, Mrgprb7-ps, Mrgprb12-ps, EG270335, Mrgprb5, Mrgprb4, Mrgprb13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349N05.bB6Ng01-349N05.g
ACCGA130696GA130697
length1,142998
definitionB6Ng01-349N05.b B6Ng01-349N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,361,783 - 54,362,922)(54,567,041 - 54,567,913)
sequence
gaattctcacctgtctcagtgggctttggcatcaacctttgtgaaggcag
cagccgctgagactcttttttagtgtctctgcacacccagacaactccct
acaacatcatagccatgtccacctctgtgaagctaacagggcagaggttg
ttctcttgccagttgttggtccctttcctatttgatttacaacagtactc
ttgtctgaggctacattggctctgtgagctctcagacctgtggtggacag
tcatggaagctatgctgctgaaggcctggtcagaactggaagtttgagcc
ctggagcaggcttagaaaaaatgaaagattaatatttttattttttctgt
tcatgctccatattatggaatgactaccatcgttattagctaccgtttat
ggaatactgtgcaacaaacactttcgatctattaagtcattcattaactt
aaccttacatcttatatctatcaccatttgtagttgagagaatagacatt
tgaggtcaactcagatgatctacctaaggccatggtgccagttagtgaca
gagctaaaacatgaacccaggtctgtctacctccccaaagcacttcaagg
ctcatcctcttgggttcctgctctcacttctgccttggtgtcaggaaata
gttaagatccaccactgttgactggtggatacttggctaaggcctcttct
caaggcaatgatattataaaatgtcacttcattagtgtcttagcacatcc
taacagtgctttgtttataatggcccaaaggctcaaattatcagtcagtg
taaacatctctaaatgcattagaagttctaaatgaaaacagaagcatcaa
tgtagtaaaggaataaaaaccagcagaaaggggctaggggtcactgcaga
gtttaggataagcaagccttcatgagtacaggtctcaatcttctctattc
cataaaatggcacccaggataagcaattgcttcttgttgaggccaagatt
gcttcccttgggttcagacaataatccactgaacactagtcagtctacat
atagagtactatgcctagtgctgggctgggacctgctttcagtttatcaa
gactgaagaatggaagcagggctcataggctacccgccaaga
gaattctgaaggcaaagttccccttaaactgaggacaaacctgggcttgg
tgtgccttctagtggtgagaccgtgacaatacgcccccaacatcaagatc
accacaagcctcaagtttgggagctcagagtacatgagcaggctgcctag
aatctctaggtgcacaaattcagattatgagcactaatctatagcccatt
ccttgaatacatggatggtaagcttgccaacacgctcaagagatttcaag
gatgcctgagggtggtatgtgtatttagcacacacaagcctcagcttcag
tcctcaccactagaagaaaagagatcatgactttcactgtgaacaaaata
atggaaggagattctaggacgtttattcatgtggtaaagtgccttttgca
gaagcatgaggcccagaactcaaatgcctggcaactcacataaaagccag
gcgtggcacataccggtaaagaaagcagagacaggagggtccttcagggc
tttttggccaattagtctgactaagtgagctgtagactcagtgagatgct
ctgtcttaaaaaccaagctatcaagtaattgagaaaaacaacaatggcca
tcagtgtttgcccttcccaaacactgtgattagtttttccttgtaataga
agctattcagctatagggaaatccccagctcccactgggtccttggacct
tagatttactttctatcattaaatggagtttgaaaatgaaatggtagttc
ttagaattggtttcttttgcttcttcccaacaaatatgtattaataaaat
atgtctttaacaaaaggtatgttcaatcaaaacacccctgagattccact
tcctaccagtcaaaatggctaaaatcaaaaactcagcagcatatgagtga
cagcagatactggtgaaaatgtggagaaagagaaatatcctccattgctg
gttggaatgttgctggtgcaccactctagaaatcagttggtggttcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_54361783_54362922
seq2: B6Ng01-349N05.b_48_1189

seq1  GAATTCTCACCTGTCTCAGTGGGCTTTGGCATCAACCTTTGTGAAGGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCTGTCTCAGTGGGCTTTGGCATCAACCTTTGTGAAGGCAG  50

seq1  CAGCCGCTGAGACTCTTTTTTAGTGTCTCTGCACACCCAGACAACTCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGCTGAGACTCTTTTTTAGTGTCTCTGCACACCCAGACAACTCCCT  100

seq1  ACAACATCATAGCCATGTCCACCTCTGTGAAGCTAACAGGGCAGAGGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATCATAGCCATGTCCACCTCTGTGAAGCTAACAGGGCAGAGGTTG  150

seq1  TTCTCTTGCCAGTTGTTGGTCCCTTTCCTATTTGATTTACAACAGTACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTGCCAGTTGTTGGTCCCTTTCCTATTTGATTTACAACAGTACTC  200

seq1  TTGTCTGAGGCTACATTGGCTCTGTGAGCTCTCAGACCTGTGGTGGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGAGGCTACATTGGCTCTGTGAGCTCTCAGACCTGTGGTGGACAG  250

seq1  TCATGGAAGCTATGCTGCTGAAGGCCTGGTCAGAACTGGAAGTTTGAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGAAGCTATGCTGCTGAAGGCCTGGTCAGAACTGGAAGTTTGAGCC  300

seq1  CTGGAGCAGGCTTAGAAAAAATGAAAGATTAATATTTTTATTTTTTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCAGGCTTAGAAAAAATGAAAGATTAATATTTTTATTTTTTCTGT  350

seq1  TCATGCTCCATATTATGGAATGACTACCATCGTTATTAGCTACCGTTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTCCATATTATGGAATGACTACCATCGTTATTAGCTACCGTTTAT  400

seq1  GGAATACTGTGCAACAAACACTTTCGATCTATTAAGTCATTCATTAACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATACTGTGCAACAAACACTTTCGATCTATTAAGTCATTCATTAACTT  450

seq1  AACCTTACATCTTATATCTATCACCATTTGTAGTTGAGAGAATAGACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTACATCTTATATCTATCACCATTTGTAGTTGAGAGAATAGACATT  500

seq1  TGAGGTCAACTCAGATGATCTACCTAAGGCCATGGTGCCAGTTAGTGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCAACTCAGATGATCTACCTAAGGCCATGGTGCCAGTTAGTGACA  550

seq1  GAGCTAAAACATGAACCCAGGTCTGTCTACCTCCCCAAAGCACTTCAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAAAACATGAACCCAGGTCTGTCTACCTCCCCAAAGCACTTCAAGG  600

seq1  CTCATCCTCTTGGGTTCCTGCTCTCACTTCTGCCTTGGTGTCAGGAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCTCTTGGGTTCCTGCTCTCACTTCTGCCTTGGTGTCAGGAAATA  650

seq1  GTTAAGATCCACCACTGTTGACTGGTGGATACTTGGCTAAGGCCTCTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGATCCACCACTGTTGACTGGTGGATACTTGGCTAAGGCCTCTTCT  700

seq1  CAAGGCAATGATATTATAAAATGTCACTTCATTAGTGTCTTAGCACATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAATGATATTATAAAATGTCACTTCATTAGTGTCTTAGCACATCC  750

seq1  TAACAGTGCTTTGTTTATAATGGCCCAAAGGCTCAAATTATCAGTCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTGCTTTGTTTATAATGGCCCAAAGGCTCAAATTATCAGTCAGTG  800

seq1  TAAACATCTCTAAATGCATTAGAAGTTCTAAATGAAAACAGAAGCATCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATCTCTAAATGCATTAGAAGTTCTAAATGAAAACAGAAGCATCAA  850

seq1  TGTAGTAAAGGAATAAAAACCAGCAGAAAGGGGCTAGGGGTCACTGCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTAAAGGAATAAAAACCAGCAGAAAGGGGCTAGGGGTCACTGCAGA  900

seq1  G-TTAGGATAAGCAAGCCTTCATGAGTACAGGTCTCAATCTTCTCTATTC  949
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGATAAGCAAGCCTTCATGAGTACAGGTCTCAATCTTCTCTATTC  950

seq1  CATAAAATGGCACCCAGGATAAGCAATTGCTTCTTGTTGAGGCCAAGATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATGGCACCCAGGATAAGCAATTGCTTCTTGTTGAGGCCAAGATT  1000

seq1  GCTTCCC-TGGGTTCAGACAATAATCCACTGAACACTAGTCAGTCTACAT  1048
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCTTGGGTTCAGACAATAATCCACTGAACACTAGTCAGTCTACAT  1050

seq1  ATAGAGTACTATGCCTAGTGCTGGGCTGGGACCTGCCTTCAAGTTATCAA  1098
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||
seq2  ATAGAGTACTATGCCTAGTGCTGGGCTGGGACCTGCTTTCAGTTTATCAA  1100

seq1  GACTGAAG-ATGGAAGCAGGGCTCATAAGCTACCCGCCCAAGA  1140
      |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  GACTGAAGAATGGAAGCAGGGCTCATAGGCTACCCG-CCAAGA  1142

seq1: chr7_54567041_54567913
seq2: B6Ng01-349N05.g_72_944 (reverse)

seq1  TTTAGCCATTTTGACTGGTAGGAAGTGGAATCTCAGGGGTGTTTTGATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCATTTTGACTGGTAGGAAGTGGAATCTCAGGGGTGTTTTGATTG  50

seq1  AACATACCTTTTGTTAAAGACATATTTTATTAATACATATTTGTTGGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACCTTTTGTTAAAGACATATTTTATTAATACATATTTGTTGGGAA  100

seq1  GAAGCAAAAGAAACCAATTCTAAGAACTACCATTTCATTTTCAAACTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAAAGAAACCAATTCTAAGAACTACCATTTCATTTTCAAACTCCA  150

seq1  TTTAATGATAGAAAGTAAATCTAAGGTCCAAGGACCCAGTGGGAGCTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGATAGAAAGTAAATCTAAGGTCCAAGGACCCAGTGGGAGCTGGG  200

seq1  GATTTCCCTATAGCTGAATAGCTTCTATTACAAGGAAAAACTAATCACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCCTATAGCTGAATAGCTTCTATTACAAGGAAAAACTAATCACAG  250

seq1  TGTTTGGGAAGGGCAAACACTGATGGCCATTGTTGTTTTTCTCAATTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGGAAGGGCAAACACTGATGGCCATTGTTGTTTTTCTCAATTACT  300

seq1  TGATAGCTTGGTTTTTAAGACAGAGCATCTCACTGAGTCTACAGCTCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCTTGGTTTTTAAGACAGAGCATCTCACTGAGTCTACAGCTCACT  350

seq1  TAGTCAGACTAATTGGCCAAAAAGCCCTGAAGGACCCTCCTGTCTCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGACTAATTGGCCAAAAAGCCCTGAAGGACCCTCCTGTCTCTGCT  400

seq1  TTCTTTACCGGTATGTGCCACGCCTGGCTTTTATGTGAGTTGCCAGGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACCGGTATGTGCCACGCCTGGCTTTTATGTGAGTTGCCAGGCAT  450

seq1  TTGAGTTCTGGGCCTCATGCTTCTGCAAAAGGCACTTTACCACATGAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTCTGGGCCTCATGCTTCTGCAAAAGGCACTTTACCACATGAATA  500

seq1  AACGTCCTAGAATCTCCTTCCATTATTTTGTTCACAGTGAAAGTCATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTCCTAGAATCTCCTTCCATTATTTTGTTCACAGTGAAAGTCATGAT  550

seq1  CTCTTTTCTTCTAGTGGTGAGGACTGAAGCTGAGGCTTGTGTGTGCTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTCTTCTAGTGGTGAGGACTGAAGCTGAGGCTTGTGTGTGCTAAA  600

seq1  TACACATACCACCCTCAGGCATCCTTGAAATCTCTTGAGCGTGTTGGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATACCACCCTCAGGCATCCTTGAAATCTCTTGAGCGTGTTGGCAA  650

seq1  GCTTACCATCCATGTATTCAAGGAATGGGCTATAGATTAGTGCTCATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACCATCCATGTATTCAAGGAATGGGCTATAGATTAGTGCTCATAAT  700

seq1  CTGAATTTGTGCACCTAGAGATTCTAGGCAGCCTGCTCATGTACTCTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTTGTGCACCTAGAGATTCTAGGCAGCCTGCTCATGTACTCTGAG  750

seq1  CTCCCAAACTTGAGGCTTGTGGTGATCTTGATGTTGGGGGCGTATTGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAAACTTGAGGCTTGTGGTGATCTTGATGTTGGGGGCGTATTGTCA  800

seq1  CGGTCTCACCACTAGAAGGCACACCAAGCCCAGGTTTGTCCTCAGTTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCTCACCACTAGAAGGCACACCAAGCCCAGGTTTGTCCTCAGTTTAA  850

seq1  GGGGAACTTTGCCTTCAGAATTC  873
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAACTTTGCCTTCAGAATTC  873