BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001E05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 90,088,124 - 90,244,456
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933402J07Rik, Zfp423
Upstream geneAbcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178, BC004022, LOC666960, EG625298, EG330819, Cbln1, LOC100040294
Downstream geneLOC100040328, 5033428A16Rik, Heatr3, Papd5, Adcy7, Brd7, LOC100040369, Nkd1, 9130017C17Rik, Nod2, Cyld
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001E05.bB6Ng01-001E05.g
ACCDH839636DH839637
length1,1501,146
definitionDH839636|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001E05, 5' end.DH839637|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001E05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,243,302 - 90,244,456)(90,088,124 - 90,089,295)
sequence
gaattcacttagatccttggttctagcactgccttctatgtaaagagaag
ctatgaattagggacgacacgcatacatgagtgatgcagacatgtactct
ttggtacaatagtgtgtgtgtgtatgtatatatacatatacatatatgaa
tagggtgtgtgtgcacgcatctgtgtatctctctgcatgtctgtacacac
atacacacgatgatatgtatggtattgtgtcagtgatacacagtgatgaa
gccagcaaatatttaatggctacttgtctgagaaacatgaattatgatgt
atagtttttgtcaattttggtaatgcacatgctcccacttcctcccaaca
cttccctttagtctttgaaagtggagatcctcggtctgaaactagggcca
ggacactgaattcggtgtgaggaggaaggaggagctggctcaaggacatc
agtgttttctacacacactcaggcatacacacacatgcatgcacacacgg
gcacatgctgcacataagccctttgcattcatgtgcacacacaagcgtac
atacatctgcacctaaacatatacctaagctatagtttacgaaagagaaa
taagaaaacaaacgctttgccctgaatgtcacccgtgtattttccccaag
tgtcagctttttttggtgaatttgctcatctgttttattcaagtgtcgag
cagcctgtacccctagaaaacacggtgactttatttttattaagttccaa
gcatgaaggaagccaggaggcaggagaggcgaaggaggggagcaagatcc
gggcttggcttccctcagagtagccgcgcaggtctgccttcagcgtgctc
tgtggacctgcctcggttttatccagccattgttcatttctccacggcgt
ttgcacactgtggcgcgtctggggaatttcagcagttggatatacatgaa
aagagttccgcttcactttcataagtccctggacggctcggacgaggcct
caaggtcccatggttgaagccgccacccattcgtaattctttcatcacca
caaacacggtagcacgaagcccatgaccaatctgaaaacttgaagtagcc
ttttgatttgcgggaaacctttctatcacgctgcgagagtaggaatatag

gaattcaacactcccaaacaaagggcaatcatgttttaaacactggagta
agctagtgggcaagccctagggagagatggcttaccatagataggcttgt
ccttgtttcctgatggcagttatcatgattgggttcctcctatccttcca
aagacaggattacaatctttactagtgaccatattttagaggatggctcc
tggtccttgagaaagatgcttctctacggaaaatgtaggatgaggcgaac
agatttatatttcagagggaaagagaaagaggttgctcaaatacaagtga
tctgaagttgacactctagaaagcacttgggtcagagtttttagtgagga
ggaagtctctaaagttaggtcaaactgtggacattgctaatatctctcag
gtttggaaacagtcatagacattggcttatcctccatgtgggtaacacag
cccttctactgtccccagaccctccctttctccaggatagatcattcatt
cctactcagttcccacactgagattcctactacaatatgcctccctctcc
ccctacccccacctcagggcctgctctcaacagccagtcctctttctctg
aaagtcttagatatcaaatttgcctttggtttcctgagaagcttaggtcc
cctgggtccattgtctatgaaaatcaagtcaggcctgtgaaaggtggcac
cctcttcagaaaatactcagacccaacatctcccagccaggaaggatgct
tggatcctagaatctacagtcccagagcttatcggtgacgatggcaagac
taagaatgatggtcatccttagctactctgtactgtcatgcacttctagc
caggctgtatggctgagggccatgattaccctcagctgacaaacgagaaa
actctatcaacaaaggtctcagtgtctgacagtgcagtagctcaagttca
gatttagtcagtctccacgtctgagctttgtacagctgctcgatatctcg
cagttccatactctgctcaacagatgctgctgctcatctatttactcctc
tctgcagcagaagacctctgatagcctgtctgtccatcatctggattatg
tttgaaggctgctgatggatcctaaatgaatcagtcaggaactctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_90243302_90244456
seq2: B6Ng01-001E05.b_44_1193 (reverse)

seq1  CTATATTCCCTTCCCTCTCGCAGCGTGAT-GAAGGTTTCCCCGCAAAATC  49
      |||||||||     ||||||||||||||| ||| | || ||||| |||||
seq2  CTATATTCC---TACTCTCGCAGCGTGATAGAAAGGTTTCCCGC-AAATC  46

seq1  AAAAGGCTTACTGTCAAGTTTTC-GATTGGTC-TGGGCTTCGTGCTACCG  97
      ||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAAAGGC-TACT-TCAAGTTTTCAGATTGGTCATGGGCTTCGTGCTACCG  94

seq1  TGTGTGTGGTGATGGAAGGAATACGAATGGGTTGCCGGCTTC-ACCATGG  146
      ||| |||||||||| ||| | |||||||||| || ||||||| |||||||
seq2  TGTTTGTGGTGATGAAAGAATTACGAATGGG-TGGCGGCTTCAACCATGG  143

seq1  GGCCTTGAGGCCTCGTCCGAGCCGTCCAGGGACCTTATGAAAGTGGAGCG  196
      | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  GACCTTGAGGCCTCGTCCGAGCCGTCCAGGGA-CTTATGAAAGTGAAGCG  192

seq1  GAACTCTTTTCATGTATATTCCAACTGCTGAAATTCCCCAGACGCGCCAC  246
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTTTTCATGTATA-TCCAACTGCTGAAATTCCCCAGACGCGCCAC  241

seq1  AGTGTGCAAACGCCGTGGAGAAATGAACAATGGCTGGATAAAAACCGAGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTGTGCAAACGCCGTGGAGAAATGAACAATGGCTGGAT-AAAACCGAGG  290

seq1  CAGGTCCACAGAGCACGCTGAAGGCAGACCTGCGCGGCTACTCTGAGGGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCCACAGAGCACGCTGAAGGCAGACCTGCGCGGCTACTCTGAGGGA  340

seq1  AGCCAAGCCCGGATCTTGCTCCCCTCCTTCGCCTCTCCTGCCTCCTGGCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGCCCGGATCTTGCTCCCCTCCTTCGCCTCTCCTGCCTCCTGGCT  390

seq1  TCCTTCCTGCTTGGAACTTAATAAAAATAAAGTCACCGTG-TTTCTAGGG  445
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCTTCATGCTTGGAACTTAATAAAAATAAAGTCACCGTGTTTTCTAGGG  440

seq1  GTACAGGCTGCTCGACACTTGAATAAAACAGATGAGCAAATTCACCAAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGCTGCTCGACACTTGAATAAAACAGATGAGCAAATTCACCAAAA  490

seq1  AAAGCTGACACTTGGGGAAAATACACGGGTGACATTCAGGGCAAAGCGTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGACACTTGGGGAAAATACACGGGTGACATTCAGGGCAAAGCGTT  540

seq1  TGTTTTCTTATTTCTCTTTCGTAAACTATAGCTTAGGTATATGTTTAGGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTTATTTCTCTTTCGTAAACTATAGCTTAGGTATATGTTTAGGT  590

seq1  GCAGATGTATGTACGCTTGTGTGTGCACATGAATGCAAAGGGCTTATGTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGTATGTACGCTTGTGTGTGCACATGAATGCAAAGGGCTTATGTG  640

seq1  CAGCATGTGCCCGTGTGTGCATGCATGTGTGTGTATGCCTGAGTGTGTGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGTGCCCGTGTGTGCATGCATGTGTGTGTATGCCTGAGTGTGTGT  690

seq1  AGAAAACACTGATGTCCTTGAGCCAGCTCCTCCTTCCTCCTCACACCGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACACTGATGTCCTTGAGCCAGCTCCTCCTTCCTCCTCACACCGAA  740

seq1  TTCAGTGTCCTGGCCCTAGTTTCAGACCGAGGATCTCCACTTTCAAAGAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGTCCTGGCCCTAGTTTCAGACCGAGGATCTCCACTTTCAAAGAC  790

seq1  TAAAGGGAAGTGTTGGGAGGAAGTGGGAGCATGTGCATTACCAAAATTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGGAAGTGTTGGGAGGAAGTGGGAGCATGTGCATTACCAAAATTGA  840

seq1  CAAAAACTATACATCATAATTCATGTTTCTCAGACAAGTAGCCATTAAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACTATACATCATAATTCATGTTTCTCAGACAAGTAGCCATTAAAT  890

seq1  ATTTGCTGGCTTCATCACTGTGTATCACTGACACAATACCATACATATCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTGGCTTCATCACTGTGTATCACTGACACAATACCATACATATCA  940

seq1  TCGTGTGTATGTGTGTACAGACATGCAGAGAGATACACAGATGCGTGCAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTGTATGTGTGTACAGACATGCAGAGAGATACACAGATGCGTGCAC  990

seq1  ACACACCCTATTCATATATGTATATGTATATATACATACACACACACACT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCCTATTCATATATGTATATGTATATATACATACACACACACACT  1040

seq1  ATTGTACCAAAGAGTACATGTCTGCATCACTCATGTATGCGTGTCGTCCC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACCAAAGAGTACATGTCTGCATCACTCATGTATGCGTGTCGTCCC  1090

seq1  TAATTCATAGCTTCTCTTTACATAGAAGGCAGTGCTAGAACCAAGGATCT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATAGCTTCTCTTTACATAGAAGGCAGTGCTAGAACCAAGGATCT  1140

seq1  AAGTGAATTC  1155
      ||||||||||
seq2  AAGTGAATTC  1150

seq1: chr8_90088124_90089295
seq2: B6Ng01-001E05.g_68_1212

seq1  GAATTCAACACTCCCAAACAAAGGGCAATCATGTTTTAAACACTGGAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACACTCCCAAACAAAGGGCAATCATGTTTTAAACACTGGAGTA  50

seq1  AGCTAGTGGGCAAGCCCTAGGGAGAGATGGCTTACCATAGATAGGCTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTGGGCAAGCCCTAGGGAGAGATGGCTTACCATAGATAGGCTTGT  100

seq1  CCTTGTTTCCTGATGGCAGTTATCATGATTGGGTTCCTCCTATCCTTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTTCCTGATGGCAGTTATCATGATTGGGTTCCTCCTATCCTTCCA  150

seq1  AAGACAGGATTACAATCTTTACTAGTGACCATATTTTAGAGGATGGCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGGATTACAATCTTTACTAGTGACCATATTTTAGAGGATGGCTCC  200

seq1  TGGTCCTTGAGAAAGATGCTTCTCTACGGAAAATGTAGGATGAGGCGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTTGAGAAAGATGCTTCTCTACGGAAAATGTAGGATGAGGCGAAC  250

seq1  AGATTTATATTTCAGAGGGAAAGAGAAAGAGGTTGCTCAAATACAAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTATATTTCAGAGGGAAAGAGAAAGAGGTTGCTCAAATACAAGTGA  300

seq1  TCTGAAGTTGACACTCTAGAAAGCACTTGGGTCAGAGTTTTTAGTGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGTTGACACTCTAGAAAGCACTTGGGTCAGAGTTTTTAGTGAGGA  350

seq1  GGAAGTCTCTAAAGTTAGGTCAAACTGTGGACATTGCTAATATCTCTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCTCTAAAGTTAGGTCAAACTGTGGACATTGCTAATATCTCTCAG  400

seq1  GTTTGGAAACAGTCATAGACATTGGCTTATCCTCCATGTGGGTAACACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAAACAGTCATAGACATTGGCTTATCCTCCATGTGGGTAACACAG  450

seq1  CCCTTCTACTGTCCCCAGACCCTCCCTTTCTCCAGGATAGATCATTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTACTGTCCCCAGACCCTCCCTTTCTCCAGGATAGATCATTCATT  500

seq1  CCTACTCAGTTCCCACACTGAGATTCCTACTACAATATGCCTCCCTCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCAGTTCCCACACTGAGATTCCTACTACAATATGCCTCCCTCTCC  550

seq1  CCCTACCCCCACCTCAGGGCCTGCTCTCAACAGCCAGTCCTCTTTCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCCCCACCTCAGGGCCTGCTCTCAACAGCCAGTCCTCTTTCTCTG  600

seq1  AAAGTCTTAGATATCAAATTTGCCTTTGGTTTCCTGAGAAGCTTAGGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTTAGATATCAAATTTGCCTTTGGTTTCCTGAGAAGCTTAGGTCC  650

seq1  CCTGGGTCCATTGTCTATGAAAATCAAGTCAGGCCTGTGAAAGGTGGCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTCCATTGTCTATGAAAATCAAGTCAGGCCTGTGAAAGGTGGCAC  700

seq1  CCTCTTCAGAAAATACTCAGACCCAACATCTCCCAGCCAGGAAGGATGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCAGAAAATACTCAGACCCAACATCTCCCAGCCAGGAAGGATGCT  750

seq1  TGGATCCTAGAATCTACAGTCCCAGAGCTTATCGGTGACGATGGCAAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCTAGAATCTACAGTCCCAGAGCTTATCGGTGACGATGGCAAGAC  800

seq1  TAAGAATGATGGTCATCCTTAGCTACTCTGTACTGTCATGCACTTCTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATGATGGTCATCCTTAGCTACTCTGTACTGTCATGCACTTCTAGC  850

seq1  CAGGCTGTATGGCTGAGGGCCATGATTACCCTCAGCTGACAAACGAGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTATGGCTGAGGGCCATGATTACCCTCAGCTGACAAACGAGAAA  900

seq1  ACTCTATCAACAAAGGTCTCAGTGTCTGAACAGTGCAGTAGCTCAAGTTC  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATCAACAAAGGTCTCAGTGTCTG-ACAGTGCAGTAGCTCAAGTTC  949

seq1  AGATTTAGTCAGTCTCCACGTCTGAGCTTTGTTACAGCTTGCTCCGATAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||
seq2  AGATTTAGTCAGTCTCCACGTCTGAGCTTTG-TACAGC-TGCT-CGATAT  996

seq1  CTCCGCAGTTCCATACTCTGCTTCCAACAGATGCTTGCCTGCTCATCTAT  1050
      || |||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||||||||||
seq2  CT-CGCAGTTCCATACTCTGCT--CAACAGATGCT--GCTGCTCATCTAT  1041

seq1  TTACTCCTCTCGTGCAGCCAGAAGGACCTCTGATAGCCTGTCTGTCCCAT  1100
      ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTACTCCTCTC-TGCAG-CAGAA-GACCTCTGATAGCCTGTCTGT-CCAT  1087

seq1  CATCTGGGGTTGAGGGTGGTGGAGGGCTTGCTGTTGGATCTCTTAAAATT  1150
      ||||||     ||   || | || ||| ||||| |||||| ||  |||| 
seq2  CATCTG-----GATTATGTTTGAAGGC-TGCTGATGGATC-CT--AAAT-  1127

seq1  CAGTATCAGTCTCAGGAACTCT  1172
        | |||||  |||||||||||
seq2  --GAATCAG--TCAGGAACTCT  1145