BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002M01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 54,820,460 - 54,915,153
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040107
Upstream geneLOC676688, Aga, Neil3
Downstream geneVegfc, Spcs3, Asb5, Spata4, Wdr17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002M01.bB6Ng01-002M01.g
ACCDH840678DH840679
length678882
definitionDH840678|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002M01, 5' end.DH840679|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002M01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,914,477 - 54,915,153)(54,820,460 - 54,821,338)
sequence
gaattccacagtctcagaagagaagcagagttaagaatggggggagggac
tctgtgaaggggggactgagaggaggcagtgtttggtgtgtacataaata
catacatacatacatacatgcatacataagagacccatgcccacatgaaa
taaagaacagacaactttattgataatgaaagtctacacattgtatttgt
ttttacaattaaatagcaaccagaatttccatcaaagagtaacagaaaca
aagaattcaaatatgaaattctctaaaatctagaaaagaaatatactcaa
agatgaaacaatacaaattgaaaattaaaacatagaaacatgtgatagag
aatcagaaaaaaatagtgcatgctttcaaaacagctgaaaagtgaaaatg
acttaaagtaaaaatgccaccaacttgggaagacattcacaagatgctat
ctgaggtttccagcttgccttctacagttttatcatgaatttgagaactt
acaaggtctaggaaaactgtatttaataagtaaaactgtatttattatta
aataaagctgtatttaatttaatacatttaatcctacttcagactaattg
tcatagataaaataatggaaccttatttaagaatcattctaacaatgatc
aagtatttaaagaattaaccaaagaaat
gaattccagaagactagacagagagacctctgagttcaatcaagatcatc
tgggattaaaggcgtggtggcacacatctttaatctgggctataccttct
gctggagacctacataaggacaatggaagaaggaagatttactctctctc
ctttgactgcttgccttgtggaactgagcaactgctagatccttggactt
ccattcacagctgctgctgaccactgttgggagttggactgcagactgta
agtcatcaacaaattcctttactatatagagactacccataagttctgta
actctagagaactccaactaatacactggggtttgccatgtggcttagca
tttgtctttgcctctcaccttgcctttgctgggataacagatctgcacca
gtatgctcattttctactttatttttatcatcttgtttttcactttaaaa
tttttgctatggtgtgtttacatacaggagtctagcatgactgctttctg
agaggtccaacaagcagctgaaagagtcagatgcagatacttataccgaa
acaatgggatacttatgcgcaacaatggtcaaccccaggtatccctgggg
ttgaattagggaaaagctggaagaagctgaggaggagggcaacctcatag
gaagaccagcagtctcaactaacccataccctgagatgtctgagacactg
cagccaccaacctggcagcatataccagctgatatgagcacacctccccc
cccccccaacaaaaagaaaaacatatatagcagagactgcctggtctggc
ctcaatgagaggagatgcacctaaacctcaagaggtttgaggctccagag
agtgggggaggtctggtgtggggggtgagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_54914477_54915153
seq2: B6Ng01-002M01.b_45_722 (reverse)

seq1  ATTTCTTTGGTTAATTCTTTTAATACTTGCTCATTGTTGGTATGATTCTT  50
      |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||
seq2  ATTTCTTTGGTTAATTCTTTAAATACTTGATCATTGTTAGAATGATTCTT  50

seq1  TAATAAGGTTCCATTATTTTATCTATGACAATTAGTCTGAAGTAGGATTA  100
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGGTTCCATTATTTTATCTATGACAATTAGTCTGAAGTAGGATTA  100

seq1  AATGTATTAAATTAAATACAGCTTTATTTAATAATAAATACAGTTTTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATTAAATTAAATACAGCTTTATTTAATAATAAATACAGTTTTACT  150

seq1  TATTAAATACAGTTTTCCTAGACCTTGTAAGTTCTCAAATTCATGATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAATACAGTTTTCCTAGACCTTGTAAGTTCTCAAATTCATGATAAA  200

seq1  ACTGTAGAAGGCAAGCTGGAAACCTCAGATAGCATCTTGTGAATGTCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGAAGGCAAGCTGGAAACCTCAGATAGCATCTTGTGAATGTCTTC  250

seq1  CCAAGTTGGTGGCATTTTTACTTTAAGTCATTTTCACTTTTCAGCTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTGGTGGCATTTTTACTTTAAGTCATTTTCACTTTTCAGCTGTTT  300

seq1  TGAAAGCATGCACTATTTTTTTCTGATTCTCTATCACATGTTTCTATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCATGCACTATTTTTTTCTGATTCTCTATCACATGTTTCTATGTT  350

seq1  TTAATTTTCAATTTGTATTGTTTCATCTTTGAGTATATTTCTTTTCTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTCAATTTGTATTGTTTCATCTTTGAGTATATTTCTTTTCTAGA  400

seq1  TTTTAGAGAATTTCATATTTGAATTCTTTGTTTCTGTTACTCTTTGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAGAATTTCATATTTGAATTCTTTGTTTCTGTTACTCTTTGATGG  450

seq1  AAATTCTGGTTGCTATTTAATTGTAAAAACAAATACAATGTGTAGACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTGGTTGCTATTTAATTGTAAAAACAAATACAATGTGTAGACTTT  500

seq1  CATTATCAATAAAGTTGTCTGTTCTTTATTTCATGTGGGCATGGGTCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATCAATAAAGTTGTCTGTTCTTTATTTCATGTGGGCATGGGTCTCT  550

seq1  TATGTATGCATGTATGTATGTATGTATGTATTTATGTACACACCAAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGCATGTATGTATGTATGTATGTATTTATGTACACACCAAACAC  600

seq1  TGCCTCCTCTCAGTCCCCCCTTCACAGAGTCCCTCCCCCCATTCTT-CCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TGCCTCCTCTCAGTCCCCCCTTCACAGAGTCCCTCCCCCCATTCTTAACT  650

seq1  CTGCTTCTCTTCTGAGACTGTGGAATTC  677
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTCTTCTGAGACTGTGGAATTC  678

seq1: chr8_54820460_54821338
seq2: B6Ng01-002M01.g_68_949

seq1  GAATTCCAGAAGACTAGACAGAGAGACCTCTGAGTTCAATCAAGATCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAGACTAGACAGAGAGACCTCTGAGTTCAATCAAGATCATC  50

seq1  TGGGATTAAAGGCGTGGTGGCACACATCTTTAATCTGGGCTATACCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAAAGGCGTGGTGGCACACATCTTTAATCTGGGCTATACCTTCT  100

seq1  GCTGGAGACCTACATAAGGACAATGGAAGAAGGAAGATTTACTCTCTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGACCTACATAAGGACAATGGAAGAAGGAAGATTTACTCTCTCTC  150

seq1  CTTTGACTGCTTGCCTTGTGGAACTGAGCAACTGCTAGATCCTTGGACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACTGCTTGCCTTGTGGAACTGAGCAACTGCTAGATCCTTGGACTT  200

seq1  CCATTCACAGCTGCTGCTGACCACTGTTGGGAGTTGGACTGCAGACTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCACAGCTGCTGCTGACCACTGTTGGGAGTTGGACTGCAGACTGTA  250

seq1  AGTCATCAACAAATTCCTTTACTATATAGAGACTACCCATAAGTTCTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCAACAAATTCCTTTACTATATAGAGACTACCCATAAGTTCTGTA  300

seq1  ACTCTAGAGAACTCCAACTAATACACTGGGGTTTGCCATGTGGCTTAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGAGAACTCCAACTAATACACTGGGGTTTGCCATGTGGCTTAGCA  350

seq1  TTTGTCTTTGCCTCTCACCTTGCCTTTGCTGGGATAACAGATCTGCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTTGCCTCTCACCTTGCCTTTGCTGGGATAACAGATCTGCACCA  400

seq1  GTATGCTCATTTTCTACTTTATTTTTATCATCTTGTTTTTCACTTTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTCATTTTCTACTTTATTTTTATCATCTTGTTTTTCACTTTAAAA  450

seq1  TTTTTGCTATGGTGTGTTTACATACAGGAGTCTAGCATGACTGCTTTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTATGGTGTGTTTACATACAGGAGTCTAGCATGACTGCTTTCTG  500

seq1  AGAGGTCCAACAAGCAGCTGAAAGAGTCAGATGCAGATACTTATACCGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCCAACAAGCAGCTGAAAGAGTCAGATGCAGATACTTATACCGAA  550

seq1  ACAATGGGATACTTATGCGCAACAATGGTCAACCCCAGGTATCCCTGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGGATACTTATGCGCAACAATGGTCAACCCCAGGTATCCCTGGGG  600

seq1  TTGAATTAGGGAAAAGCTGGAAGAAGCTGAGGAGGAGGGCAACCTCATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTAGGGAAAAGCTGGAAGAAGCTGAGGAGGAGGGCAACCTCATAG  650

seq1  GAAGACCAGCAGTCTCAACTAACCCATACCCTGAGATGTCTGAGACACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCAGCAGTCTCAACTAACCCATACCCTGAGATGTCTGAGACACTG  700

seq1  CAGCCACCAACCTGGCAGCATATACCAGCTGATATGAGCACACCT-CCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGCCACCAACCTGGCAGCATATACCAGCTGATATGAGCACACCTCCCCC  750

seq1  CCCCCCCAACAAAAAGAAAAACATATATAGCAGAGACTGCCTGGTCTGGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCAACAAAAAGAAAAACATATATAGCAGAGACTGCCTGGTCTGGC  800

seq1  CTCAATGAGAGGAGATGCACCTAAACCTCAAGAGGTTTGAGGCTCCAGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGAGAGGAGATGCACCTAAACCTCAAGAGGTTTGAGGCTCCAGAG  850

seq1  AGT-GGGGAGGTCTGGTGT-GGGGGTGAGGGG  879
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTGGGGGAGGTCTGGTGTGGGGGGTGAGGGG  882