BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002O04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 50,997,136 - 51,114,923
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039919
Upstream geneLOC100039866, 4930555F03Rik
Downstream geneEG667495, LOC100039954, LOC100039966
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002O04.bB6Ng01-002O04.g
ACCDH840778DH840779
length1,0681,126
definitionDH840778|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002O04, 5' end.DH840779|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002O04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,997,136 - 50,998,202)(51,113,786 - 51,114,923)
sequence
gaattcttataatggcttcccaaatgaatttaagtttcccaggtatcacc
aggaaaactctgtaagagatttttgtatccaccccagcccttttatcaat
ttctttggaatttattaaattcttatgtccagagatgtctctcattaaat
ctgtgtgaattcttctctggatgctccctgtgccctccttcactttctgt
tgcatagataatactggattggaagctctgtgccttcattgcctcactta
taacatgtgacccaatttacttcacctgagaaacactttggagaaaattt
agtaaatgaaaaaccagctggtcaggatctgatagaaagtgaatgcaaac
tgcaagttagagaggacattacaagttcttaatagtatcttgcttgaaag
tcacttttgcataaacccattggttcaaacaatgtatttttccaagctat
ttttgtggttggtgatagtttgaattctgagatagtattttttcataact
atattcatgggtcatttctttagaagaagggttggcttgcttccccatga
ctcttcaaatcttttcctaaataaacaggaagccttcaacagtatacctg
gtgacatttaatagtgttgttgttattgtaccacattcttatatatcatt
cccttatgccccatgaagggcatatttctaagaccgccacaagcaactac
ccttgttatagttgtcccctgtcttatgactgtgatctgctatgacataa
aacttcaggaagtcacagtcaatgtacattgctggttctatccttcagta
gtctacttaagctctttcttacataagaatgatttcacaaggaaatgtat
ctttcatgcatttcttcaaacttgaaattgatgctcccatgggacacctg
tgctcagcacatagtcttttgacgctgcagaagatccacctcacctaagg
ttcttctcttttcaccactacacagcagcagaagaagggtttaaacattc
aatttaatggagtctgaagctctgagggaatgattggttctaggtttttg
aattggttgttgagtagt
gaattcatctaaaacaatgtatgtaaattatggtagtcaacaatttaaag
gcaaatacatttggaacaatgtgtatgaattatgtacaaaataattaatt
tctatagtagaaaacaatatataactcactccatgtcatacatagtgaat
acagaagtgtttctatagttttctaaataaaatacgtgtgatatttggtt
atgtttttatttttttatttcagtttattctgtgaagatgcaaataactt
ttgaatacagaacatcctagggacttcatacatttaattttccattaata
gttataatatgtttaaggaaaatgttagtataatcgttcatttgaaccta
agagatttacttaatctctgtgtaacctgtgagctaagacaccatctacc
tgactgcctcatcaacccttaaatgatggctgattgacttagaaagtaga
gaaaaaaacgctatgtagagcaaaataagattaacttattcccactcaag
agaactccagttcattaagttcagatatcctctttaacagagcaaatgtc
acctggtattctttgcagaactctctattcagggcagaatctaggaaaac
agacaaattacacctgttcatatgtagtatgttatttatcatttaagacc
tagaaactacctatttttctgccagcacccattatccactaacacattaa
tctgttaccagaaagacatacaactggtatgccttgtcagttgccatgca
tatgctgttcatgctttcattgttaaatccaatgttttgttaatttcaat
tgttttttttttctgaaagaatgaatggtttcttcctataaagtgaccac
tgacttaatttcaagatcatgaaatttaaaagaaatatcttggaatgagt
catagctctcaattattctcatataatgaatttaccagtctttgatcaaa
gaggaaatgtttagcagtagattagtcattttgaatttcatgtctgtggt
gatgttagcatgtgaaaacactttaatggagctttctttacgtgtattat
catcttcacataatggtctatgatataatcttcagtgtcactattcggaa
tcaataggtattctagatgatgatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_50997136_50998202
seq2: B6Ng01-002O04.b_48_1114

seq1  GAATTCTTATAATGGCTTCCCAAATGACATTTTAGTTTCCCAGGTATCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATAATGGCTTCCCAAATGA-ATTTAAGTTTCCCAGGTATCAC  49

seq1  CAGGAAAACTCTGTAAGAGATTTCTGTATCCACCCCAGCCCTTTTATCAA  100
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAACTCTGTAAGAGATTTTTGTATCCACCCCAGCCCTTTTATCAA  99

seq1  TTTCTTTGGAATTTATTAAATTCTTATGTCCAGAGATGTCTCTCATTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGGAATTTATTAAATTCTTATGTCCAGAGATGTCTCTCATTAAA  149

seq1  TCTGTGTGAATTCTTCTCTGGATGCTCCCTGTGCCCTCCTTCACTTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGAATTCTTCTCTGGATGCTCCCTGTGCCCTCCTTCACTTTCTG  199

seq1  TTGCATAGATAATACTGGATTGGAAGCTCTGTGCCTTCATTGCCTCACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATAGATAATACTGGATTGGAAGCTCTGTGCCTTCATTGCCTCACTT  249

seq1  ATAACATGTGACCCAATTTACTTCACCTGAGAAACACTTTGGAGAAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATGTGACCCAATTTACTTCACCTGAGAAACACTTTGGAGAAAATT  299

seq1  TAGTAAATGAAAAACCAGCTGGTCAGGATCTGATAGAAAGTGAATGCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAATGAAAAACCAGCTGGTCAGGATCTGATAGAAAGTGAATGCAAA  349

seq1  CTGCAAGTTAGAGAGGACATTACAAGTTCTTAATAGTATCTTGCTTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGTTAGAGAGGACATTACAAGTTCTTAATAGTATCTTGCTTGAAA  399

seq1  GTCACTTTTGCATAAACCCATTGGTTCAAACAATGTATTTTTCCAAGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTTTGCATAAACCCATTGGTTCAAACAATGTATTTTTCCAAGCTA  449

seq1  TTTTTGTGGTTGGTGATAGTTTGAATTCTGAGATAGTATTTTTTCATAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGGTTGGTGATAGTTTGAATTCTGAGATAGTATTTTTTCATAAC  499

seq1  TATATTCATGGGTCATTTCTTTAGAAGAAGGGTTGGCTTGCTTCCCCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCATGGGTCATTTCTTTAGAAGAAGGGTTGGCTTGCTTCCCCATG  549

seq1  ACTCTTCAAATCTTTTCCTAAATAAACAGGAAGCCTTCAACAGTATACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCAAATCTTTTCCTAAATAAACAGGAAGCCTTCAACAGTATACCT  599

seq1  GGTGACATTTAATAGTGTTGTTGTTATTGTACCACATTCTTATATATCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACATTTAATAGTGTTGTTGTTATTGTACCACATTCTTATATATCAT  649

seq1  TCCCTTATGCCCCATGAAGGGCATATTTCTAAGACCGCCACAAGCAACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTATGCCCCATGAAGGGCATATTTCTAAGACCGCCACAAGCAACTA  699

seq1  CCCTTGTTATAGTTGTCCCCTGTCTTATGACTGTGATCTGCTATGACATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTTATAGTTGTCCCCTGTCTTATGACTGTGATCTGCTATGACATA  749

seq1  AAACTTCAGGAAGTCACAGTCAATGTACATTGCTGGTTCTATCCTTCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCAGGAAGTCACAGTCAATGTACATTGCTGGTTCTATCCTTCAGT  799

seq1  AGTCTACTTAAGCTCTTTCTTACATAAAGAATGA-TTCACAAGGAAATGT  849
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTCTACTTAAGCTCTTTCTTACAT-AAGAATGATTTCACAAGGAAATGT  848

seq1  ATCTTTCATGCATTTCTTCAAACTTGAAATTGATGCTCCCAT-GGACA-C  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  ATCTTTCATGCATTTCTTCAAACTTGAAATTGATGCTCCCATGGGACACC  898

seq1  TGTGCTCAGCACATAGTCTTTTGATGCTGCAGAAGATCCACCTCACCTAA  947
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCAGCACATAGTCTTTTGACGCTGCAGAAGATCCACCTCACCTAA  948

seq1  GGTTCTTCTCTTTTTCACACTACACAGCAGCAGAAGAAGGGTTTAAACAT  997
      ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTCTCTTTTCACCACTACACAGCAGCAGAAGAAGGGTTTAAACAT  998

seq1  TCAATTTAATGGAGTCTGAAGGCTCTGAAGGGAATGATTGGTTCTAGGTT  1047
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTAATGGAGTCTGAA-GCTCTG-AGGGAATGATTGGTTCTAGGTT  1046

seq1  TTTGAA-TGGTTGTTGAGTAG  1067
      |||||| ||||||||||||||
seq2  TTTGAATTGGTTGTTGAGTAG  1067

seq1: chr8_51113786_51114923
seq2: B6Ng01-002O04.g_65_1190 (reverse)

seq1  TCATCAATCATCTAGGAATACTTATTGTATTCTGAATAGTTGACACTGAA  50
      ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||
seq2  TCATC-ATCATCTA-GAATACCTATTG-ATTCCGAATAG-TGACACTGAA  46

seq1  GATTATATCATAGACCATTATGGTGAAGATGATAATACACGTAAAGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATATCATAGACCATTAT-GTGAAGATGATAATACACGTAAAGAAAG  95

seq1  CTTCCATTAAAGTGTTTGTCACATGCTTAACATCAACCACAGACATGAAA  150
      | ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  C-TCCATTAAAGTGTTT-TCACATGC-TAACATC-ACCACAGACATGAAA  141

seq1  TTTCAAAATGACTAATCTACCTGCTAAACATTTCCTCTTTTGATCAAAGA  200
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -TTCAAAATGACTAATCTA-CTGCTAAACATTTCCTC-TTTGATCAAAGA  188

seq1  CTGGTAAATTCATTATATGAGAATAATTGAGAGCTATGACTCATTCCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAAATTCATTATATGAGAATAATTGAGAGCTATGACTCATTCCAAG  238

seq1  ATATTTCTTTTAAATTTCATGATCTTGAAATTAAGTCAGTGGTCACTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTTTTAAATTTCATGATCTTGAAATTAAGTCAGTGGTCACTTTA  288

seq1  TAGGAAGAAACCATTCATTCTTTCAGAAAAAAAAAACAATTGAAATTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGAAACCATTCATTCTTTCAGAAAAAAAAAACAATTGAAATTAAC  338

seq1  AAAACATTGGATTTAACAATGAAAGCATGAACAGCATATGCATGGCAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTGGATTTAACAATGAAAGCATGAACAGCATATGCATGGCAACT  388

seq1  GACAAGGCATACCAGTTGTATGTCTTTCTGGTAACAGATTAATGTGTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGCATACCAGTTGTATGTCTTTCTGGTAACAGATTAATGTGTTAG  438

seq1  TGGATAATGGGTGCTGGCAGAAAAATAGGTAGTTTCTAGGTCTTAAATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAATGGGTGCTGGCAGAAAAATAGGTAGTTTCTAGGTCTTAAATGA  488

seq1  TAAATAACATACTACATATGAACAGGTGTAATTTGTCTGTTTTCCTAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAACATACTACATATGAACAGGTGTAATTTGTCTGTTTTCCTAGAT  538

seq1  TCTGCCCTGAATAGAGAGTTCTGCAAAGAATACCAGGTGACATTTGCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCTGAATAGAGAGTTCTGCAAAGAATACCAGGTGACATTTGCTCT  588

seq1  GTTAAAGAGGATATCTGAACTTAATGAACTGGAGTTCTCTTGAGTGGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGAGGATATCTGAACTTAATGAACTGGAGTTCTCTTGAGTGGGAA  638

seq1  TAAGTTAATCTTATTTTGCTCTACATAGCGTTTTTTTCTCTACTTTCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTAATCTTATTTTGCTCTACATAGCGTTTTTTTCTCTACTTTCTAA  688

seq1  GTCAATCAGCCATCATTTAAGGGTTGATGAGGCAGTCAGGTAGATGGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATCAGCCATCATTTAAGGGTTGATGAGGCAGTCAGGTAGATGGTGT  738

seq1  CTTAGCTCACAGGTTACACAGAGATTAAGTAAATCTCTTAGGTTCAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTCACAGGTTACACAGAGATTAAGTAAATCTCTTAGGTTCAAATG  788

seq1  AACGATTATACTAACATTTTCCTTAAACATATTATAACTATTAATGGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATTATACTAACATTTTCCTTAAACATATTATAACTATTAATGGAAA  838

seq1  ATTAAATGTATGAAGTCCCTAGGATGTTCTGTATTCAAAAGTTATTTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATGTATGAAGTCCCTAGGATGTTCTGTATTCAAAAGTTATTTGCA  888

seq1  TCTTCACAGAATAAACTGAAATAAAAAAATAAAAACATAACCAAATATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACAGAATAAACTGAAATAAAAAAATAAAAACATAACCAAATATCA  938

seq1  CACGTATTTTATTTAGAAAACTATAGAAACACTTCTGTATTCACTATGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTATTTTATTTAGAAAACTATAGAAACACTTCTGTATTCACTATGTA  988

seq1  TGACATGGAGTGAGTTATATATTGTTTTCTACTATAGAAATTAATTATTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGGAGTGAGTTATATATTGTTTTCTACTATAGAAATTAATTATTT  1038

seq1  TGTACATAATTCATACACATTGTTCCAAATGTATTTGCCTTTAAATTGTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATAATTCATACACATTGTTCCAAATGTATTTGCCTTTAAATTGTT  1088

seq1  GACTACCATAATTTACATACATTGTTTTAGATGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACCATAATTTACATACATTGTTTTAGATGAATTC  1126