BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003F22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,749,313 - 16,890,562
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneLOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003F22.bB6Ng01-003F22.g
ACCDH841106DH841107
length1,1541,190
definitionDH841106|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003F22, 5' end.DH841107|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003F22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,749,313 - 16,750,466)(16,889,379 - 16,890,562)
sequence
gaattcagaagggaattaaatgaaggttttctactttaaattgtaggagt
aattccatcctactgacacatttcagtctggaagtaagaggcagaaagga
tgagaaggtattaattggaatagaaatatggtaacagtatggtatgcttt
cagtctctaacttgaaattagttccagtattttgcaaaacaaaaccaagt
gaacataaagccttattttctctgaaatcctttaggagcccatggaattt
aaaccctttaaattgtcctctactgcatactcacaaatcaaactccaaat
aacagagtaaatgattaacaagtttaagaatcagttatctatgcttgtgt
gtagtattctgatataatgaagcaagttgaatcattattgacgatttaat
acataagagcctcttcattaatgttctgagctcaggtttaatagtaattt
agcataactgcatagacaaagatggagatagaggtagaacatggtagaac
atagcacactaggaatactgatgaattctataaattcagtttcttttttc
tagaatacaaacatgagcacattcatcccaactgtaaaatcttgtctgac
aagattctgtctctttattttcataagggaacatgctttagattgacttc
ttatgtggattgggacctggttattcacaaataaatgagttacagttcac
aaggcagcctcaaatggtactcccaatagacagagaaagcactatccatg
ggttctgcaggtttttgttctattaatcctaacgccttatacaggaaggc
agactgatttacagtgaagacataaggaagtcgatcacaaggtcttgaac
agaagtagaccagtagccatgcttcagcagtgcatctattggccacactc
tcctgttcagatatgatattggcaaatcacaacaatgaagggcagatctg
catagatgtgctaaagaacccatctcacatcaagcaaacccaagagagtc
tatgcatggcagacttggggctgctctgtcatgagtgaaacagtgtaaaa
ttgtgcaagctctgtcacttctcatgaagtaggaacctttctggttggga
caagtaaagtcccttcatttccaaataaattccatccttctttcttttat
gaca
gaattctatttcatcttaagtagaggggaggcaatacacagagtggttac
aaccacttatgaaggacacagacagatgttcctagaatggctatatgatt
ggaacttcagtctgtgcactaaaattatggatcaatcagtgttgcatctg
atgctctgcaacaaaagaaaaactttgaccaagttgagtaggtttaaata
ttttcaattagggcctggagaaatagctcagtagttaagcgcatttactg
ttctgaagaagacctgggttggtctcctaccacgcatactaagtggctca
gggttgtctgtcatcccagttctgaggaatctagtgtcctcttctgacct
cattgtactgcaatcatgtgcaccacctgtataaacatacaattaaaata
ttttaaagttttccattgcattccaaatgaaaatggagagctctgtgcaa
atggagtactgcatatcgacctaagcaggcgctgaacatgcttttgaatt
agacaaccagaaaaaatgagcaaaattcacttctccttttcacgtgtcag
ctgtgtcccctcggaaatcatagttggtggcagcagcttgaagaatccca
gaattgtgcccagtatactgattggctcctgcctctgatatacatcaaaa
aatacttttccttcagttttattttgatgctcaactttgatttgcacact
tttaggtgttaacgtttcctgtaactcaaaggtagaggctatttaatatt
ctcagtgtaataagtgaaatacatggtggaataaagttgtgtttcacagt
tgttctgtaattgtctctaaagtggcatgctgattaccataaagataagg
tgtgctattgtcctcaaccatggttgaagcatccttccatgcattccaaa
ggaaatggaatgctctgtgcaaatggagttctgcagatagaccaacagca
gatactgaacatgtgacaagatggtaagcacatgaaatacagttgagctt
tagcagttctgtacaaacggtacaggacatggactaacagcattgctaca
tgccaaacaaaaggtgctggaaagatgcttgctaccaagttgttgaaatt
tgaattctgattctaatggctggagcttcctactcctagctgagtgttgt
gatgcctcaagagaaaaccctctctcactctcatagacct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16749313_16750466
seq2: B6Ng01-003F22.b_44_1197

seq1  GAATTCAGAAGGGAATTAAATGAAGGTTTTCTACTTTAAATTGTAGGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGGGAATTAAATGAAGGTTTTCTACTTTAAATTGTAGGAGT  50

seq1  AATTCCATCCTACTGACACATTTCAGTCTGGAAGTAAGAGGCAGAAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCATCCTACTGACACATTTCAGTCTGGAAGTAAGAGGCAGAAAGGA  100

seq1  TGAGAAGGTATTAATTGGAATAGAAATATGGTAACAGTATGGTATGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGGTATTAATTGGAATAGAAATATGGTAACAGTATGGTATGCTTT  150

seq1  CAGTCTCTAACTTGAAATTAGTTCCAGTATTTTGCAAAACAAAACCAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCTAACTTGAAATTAGTTCCAGTATTTTGCAAAACAAAACCAAGT  200

seq1  GAACATAAAGCCTTATTTTCTCTGAAATCCTTTAGGAGCCCATGGAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATAAAGCCTTATTTTCTCTGAAATCCTTTAGGAGCCCATGGAATTT  250

seq1  AAACCCTTTAAATTGTCCTCTACTGCATACTCACAAATCAAACTCCAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTTTAAATTGTCCTCTACTGCATACTCACAAATCAAACTCCAAAT  300

seq1  AACAGAGTAAATGATTAACAAGTTTAAGAATCAGTTATCTATGCTTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGTAAATGATTAACAAGTTTAAGAATCAGTTATCTATGCTTGTGT  350

seq1  GTAGTATTCTGATATAATGAAGCAAGTTGAATCATTATTGACGATTTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTATTCTGATATAATGAAGCAAGTTGAATCATTATTGACGATTTAAT  400

seq1  ACATAAGAGCCTCTTCATTAATGTTCTGAGCTCAGGTTTAATAGTAATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGAGCCTCTTCATTAATGTTCTGAGCTCAGGTTTAATAGTAATTT  450

seq1  AGCATAACTGCATAGACAAAGATGGAGATAGAGGTAGAACATGGTAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAACTGCATAGACAAAGATGGAGATAGAGGTAGAACATGGTAGAAC  500

seq1  ATAGCACACTAGGAATACTGATGAATTCTATAAATTCAGTTTCTTTTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACACTAGGAATACTGATGAATTCTATAAATTCAGTTTCTTTTTTC  550

seq1  TAGAATACAAACATGAGCACATTCATCCCAACTGTAAAATCTTGTCTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATACAAACATGAGCACATTCATCCCAACTGTAAAATCTTGTCTGAC  600

seq1  AAGATTCTGTCTCTTTATTTTCATAAGGGAACATGCTTTAGATTGACTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCTGTCTCTTTATTTTCATAAGGGAACATGCTTTAGATTGACTTC  650

seq1  TTATGTGGATTGGGACCTGGTTATTCACAAATAAATGAGTTACAGTTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGGATTGGGACCTGGTTATTCACAAATAAATGAGTTACAGTTCAC  700

seq1  AAGGCAGCCTCAAATGGTACTCCCAATAGACAGAGAAAGCACTATCCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCCTCAAATGGTACTCCCAATAGACAGAGAAAGCACTATCCATG  750

seq1  GGTTCTGCAGGTTTTTGTTCTATTAATCCTAACGCCTTATACAGGAAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGCAGGTTTTTGTTCTATTAATCCTAACGCCTTATACAGGAAGGC  800

seq1  AGACTGATTTACAGTGAAGACATAAGGAAGTCGATCACAAGGTCTTGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGATTTACAGTGAAGACATAAGGAAGTCGATCACAAGGTCTTGAAC  850

seq1  AGAAGTAGACCAGTAGCCATGCTTCAGCAGTGCATCTATTGGCCACACTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTAGACCAGTAGCCATGCTTCAGCAGTGCATCTATTGGCCACACTC  900

seq1  TCCTGTTCAGATATGATATTGGCAAATCACAACAATGAAGGGCAGATCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTCAGATATGATATTGGCAAATCACAACAATGAAGGGCAGATCTG  950

seq1  CATAGATGTGGCTAAAGAACCCATCTCACCATCAAGCAAACCCAAGAGAG  1000
      ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATGT-GCTAAAGAACCCATCTCA-CATCAAGCAAACCCAAGAGAG  998

seq1  TCTATGCATGGCAGGACTTGGGGCTGCTCTGTCATGAGTGAAACAGTGTA  1050
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCATGGCA-GACTTGGGGCTGCTCTGTCATGAGTGAAACAGTGTA  1047

seq1  AAA-TGTGCAAAGCTCTGTCACTTCCCATGAAGTAGGGAACCTTCTGGTT  1099
      ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||
seq2  AAATTGTGC-AAGCTCTGTCACTTCTCATGAAGTAGGAACCTTTCTGGTT  1096

seq1  GGGACAAGTAAAGTCAC-TCA-TGCCAAATAAA-TCCATCCTTCCTTCTT  1146
      ||||||||||||||| | ||| | ||||||||| |||||||||| |||||
seq2  GGGACAAGTAAAGTCCCTTCATTTCCAAATAAATTCCATCCTTCTTTCTT  1146

seq1  TTATGACA  1154
      ||||||||
seq2  TTATGACA  1154

seq1: chr8_16889379_16890562
seq2: B6Ng01-003F22.g_66_1255 (reverse)

seq1  AGGTCTAT--GATTGAGA---GGTTTTCATTGTAAGGCATACAAACACTC  45
      ||||||||  || |||||   ||||||| |  | ||||||   |||||||
seq2  AGGTCTATGAGAGTGAGAGAGGGTTTTC-TCTTGAGGCATCACAACACTC  49

seq1  AGCTAAGAGGTAGG-AGCTACAG-CATTAGAATCAGGAGTCAAATATCAA  93
      ||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||| | |||||| ||||
seq2  AGCTAGGA-GTAGGAAGCTCCAGCCATTAGAATCAGAATTCAAATTTCAA  98

seq1  CAACTTGGTAGGCAGCATCTCT-CAGCA-CTTTTGTTTTGCATGTAGCAA  141
      |||||||||||  ||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  CAACTTGGTAGCAAGCATCTTTCCAGCACCTTTTGTTTGGCATGTAGCAA  148

seq1  TGCTGTTAGTCCATGTCCCTGTACCGTTTGTACAGAACTGCTAAAGCTCA  191
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTAGTCCATGT-CCTGTACCGTTTGTACAGAACTGCTAAAGCTCA  197

seq1  ACTGTATGTCATGTGCTTACCATCTTGTCACATGTTCAGTATCTGCTGTT  241
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATTTCATGTGCTTACCATCTTGTCACATGTTCAGTATCTGCTGTT  247

seq1  GGTCTATCTGCAGAACTCCATTTGCACAGAGCATTCCATTTTCCTTTGGA  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGTCTATCTGCAGAACTCCATTTGCACAGAGCATTCCA-TTTCCTTTGGA  296

seq1  ATGCATGGAAGGATGCTTCAACCATGGTTGAGGACAATAGCACACCTTAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGGAAGGATGCTTCAACCATGGTTGAGGACAATAGCACACCTTAT  346

seq1  C-TTATGGTAATCAGCATGCCACTTTAGAGACAATTACAGAACAACTGTG  390
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGTAATCAGCATGCCACTTTAGAGACAATTACAGAACAACTGTG  396

seq1  AAACACAACTTTATTCCACCATGTATTTCACTTATTACACTGAGAATATT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAACTTTATTCCACCATGTATTTCACTTATTACACTGAGAATATT  446

seq1  AAATAGCCTCTACCTTTGAGTTACAGGAAACGTTAACACCTAAAAGTGTG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCCTCTACCTTTGAGTTACAGGAAACGTTAACACCTAAAAGTGTG  496

seq1  CAAATCAAAGTTGAGCATCAAAATAAAACTGAAGGAAAAGTATTTTTTGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAAAGTTGAGCATCAAAATAAAACTGAAGGAAAAGTATTTTTTGA  546

seq1  TGTATATCAGAGGCAGGAGCCAATCAGTATACTGGGCACAATTCTGGGAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATCAGAGGCAGGAGCCAATCAGTATACTGGGCACAATTCTGGGAT  596

seq1  TCTTCAAGCTGCTGCCACCAACTATGATTTCCGAGGGGACACAGCTGACA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAGCTGCTGCCACCAACTATGATTTCCGAGGGGACACAGCTGACA  646

seq1  CGTGAAAAGGAGAAGTGAATTTTGCTCATTTTTTCTGGTTGTCTAATTCA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAAAAGGAGAAGTGAATTTTGCTCATTTTTTCTGGTTGTCTAATTCA  696

seq1  AAAGCATGTTCAGCGCCTGCTTAGGTCGATATGCAGTACTCCATTTGCAC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGTTCAGCGCCTGCTTAGGTCGATATGCAGTACTCCATTTGCAC  746

seq1  AGAGCTCTCCATTTTCATTTGGAATGCAATGGAAAACTTTAAAATATTTT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCTCCATTTTCATTTGGAATGCAATGGAAAACTTTAAAATATTTT  796

seq1  AATTGTATGTTTATACAGGTGGTGCACATGATTGCAGTACAATGAGGTCA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTATGTTTATACAGGTGGTGCACATGATTGCAGTACAATGAGGTCA  846

seq1  GAAGAGGACACTAGATTCCTCAGAACTGGGATGACAGACAACCCTGAGCC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGACACTAGATTCCTCAGAACTGGGATGACAGACAACCCTGAGCC  896

seq1  ACTTAGTATGCGTGGTAGGAGACCAACCCAGGTCTTCTTCAGAACAGTAA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGTATGCGTGGTAGGAGACCAACCCAGGTCTTCTTCAGAACAGTAA  946

seq1  ATGCGCTTAACTACTGAGCTATTTCTCCAGGCCCTAATTGAAAATATTTA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGCTTAACTACTGAGCTATTTCTCCAGGCCCTAATTGAAAATATTTA  996

seq1  AACCTACTCAACTTGGTCAAAGTTTTTCTTTTGTTGCAGAGCATCAGATG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACTCAACTTGGTCAAAGTTTTTCTTTTGTTGCAGAGCATCAGATG  1046

seq1  CAACACTGATTGATCCATAATTTTAGTGCACAGACTGAAGTTCCAATCAT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTGATTGATCCATAATTTTAGTGCACAGACTGAAGTTCCAATCAT  1096

seq1  ATAGCCATTCTAGGAACATCTGTCTGTGTCCTTCATAAGTGGTTGTAACC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCATTCTAGGAACATCTGTCTGTGTCCTTCATAAGTGGTTGTAACC  1146

seq1  ACTCTGTGTATTGCCTCCCCTCTACTTAAGATGAAATAGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTGTATTGCCTCCCCTCTACTTAAGATGAAATAGAATTC  1190