BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004F24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 121,649,260 - 121,797,754
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh13
Upstream genenone
Downstream geneHsbp1, Mlycd, Osgin1, Efcbp2, Gm587, Mbtps1, Hsdl1, Lrrc50, Taf1c, EG628061, 4930403J07Rik, Kcng4, Wfdc1, Atp2c2, 4632415K11Rik, Cotl1, BC025816, Usp10, Crispld2, Zdhhc7, 6430548M08Rik, 1700120B06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004F24.bB6Ng01-004F24.g
ACCDH841802DH841803
length1,0901,112
definitionDH841802|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004F24, 5' end.DH841803|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004F24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,649,260 - 121,650,357)(121,796,618 - 121,797,754)
sequence
gaattcatctgagagccagacatgtccatcatcgctaaaataaagggctg
acaatagtaggcactggcaaggatgtggagcgagtgagacttgcattttg
ctgatgagtgtgcatactgaatctctttggaagtatctacctaagatgtg
tatgtaccaagaccactcttccagttagtgtcagctatcatattggcaca
gcctagagtcacctgaggcggacgtctcagttgagggaccgcccagatca
gattggcctgtgggcatgtccgtggggcactactaacttgtctgttagtt
gatgtggaagagttcagtccaatgtgggtagcatcatcccctaggcaggt
ggtcctgagctatacagggaagctagctaagctcggaccgtgagtcaagt
tccttcttgagtttcggccctgacttccataatggactgtgatcaggaag
tgtaagccaaataaactcttcccctaggttggctctggttctggtcagag
tgtttttaatcacagcaacagataagaaactaggaccacaaccaaataca
aaggcctgaaggtgcacacatagatattttcaaaaatagttgttttcaca
gtatttccgaactaaaaacaatatgtgtctataatggtaaactaaggcag
acactgataaattaaggctctgatgtaaaagaatgcactattgttacatc
taacataagaaacaccctcaggctccatgctggacacaaagagtcaacac
acacacacagagagacattattcctgattcataaaactcaatgctgattt
cctttgaaacagctcagtgtggtgatgcctaaaagagacagaactatagc
ttaattttcagaagccctctggggtatgttagtgcactgggatactggaa
atttcagtatcttaatccaaagtataaagtatagaatgcacattcagctt
cttcattcctgggttcacaatctacacgcatattgaaagtatttaggggg
aaatacatggacactgtatgcacaagggtttttcttctgtctagtcctta
acgtccagtagactcatttgcatgacattgatagcattag
gaattccagaagattaagacagggagatctccaagttcaaggtcatctgg
gattaaaggtgtggaggcacacacctttaatctgggctacaccttctgtt
ggagacctacctaaggacattggaagaaggaagactctctcttcttcgcc
tgcttgccttgtgggactgagcaactgctagatccttggacttccatcca
cagctgctgctgaccattgttgggagttagattacagactgtaagtcatc
aacaaattcccttactatatagagactacccataagttctgtgactctag
agagccctgactaataccttaggcttcttgggggcaggtgttggtgccca
ctgtgagtggcttgctcctaggtgtcctttcaggtgttaatgaagactga
actgttccctgtcccctaaggctgtttgcccatggtggtggctcctggag
tcacctgcagggatcaagggtgcagctcctcagaccatgacactacattc
tgattttgtggatctaggaaggggtttctggctctgaggtttttcttttt
tcatcattaactttacatttctcagtttgtcacccaggctggtttcaaat
ctccagtgatcctcctgcctctgcctcttaagggctgaaattacagacat
atgccatgggacatgggacatgtgccacgggacccagctccccatagagt
ctggagaagctgttccagtcactgacatatggcgttggctgaggagccca
ggcgcctgacattctaagcagccccgagcctgtatccagtctccaaacgt
ctcagaccaaaaggagggctacgctgcagtctgaatgtggcccatccccc
acaggttcatgagtctggacgtctgtcttctgctttggaaggctgcagaa
cctttggaaggtgagcctgagagcggacctctaaagagtgtatctgaggt
catgactcatcttgcttctggtcctgtctagcttcttgtggctgaatacc
agcagcagatggcaggctgcacagagcttgttctaggtccagatctcacc
ggtgcatggaagtctgcattcctcaatgtggatcgagacaaccttcctcc
cactgcattgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_121649260_121650357
seq2: B6Ng01-004F24.b_48_1137

seq1  GAATTCATCTGAGAGCCAGACATGTCCATCATCGCTAAAATAAAGGGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTGAGAGCCAGACATGTCCATCATCGCTAAAATAAAGGGCTG  50

seq1  ACAATAGTAGGCACTGGCAAGGATGTGGAGCGAGTGAGACTTGCATTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGTAGGCACTGGCAAGGATGTGGAGCGAGTGAGACTTGCATTTTG  100

seq1  CTGATGAGTGTGCATACTGAATCTCTTTGGAAGTATCTACCTAAGATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAGTGTGCATACTGAATCTCTTTGGAAGTATCTACCTAAGATGTG  150

seq1  TATGTACCAAGACCACTCTTCCAGTTAGTGTCAGCTATCATATTGGCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACCAAGACCACTCTTCCAGTTAGTGTCAGCTATCATATTGGCACA  200

seq1  GCCTAGAGTCACCTGAGGCGGACGTCTCAGTTGAGGGACCGCCCAGATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGAGTCACCTGAGGCGGACGTCTCAGTTGAGGGACCGCCCAGATCA  250

seq1  GATTGGCCTGTGGGCATGTCCGTGGGGCACTACTAACTTGTCTGTTAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGCCTGTGGGCATGTCCGTGGGGCACTACTAACTTGTCTGTTAGTT  300

seq1  GATGTGGAAGAGTTCAGTCCAATGTGGGTAGCATCATCCCCTAGGCAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGAAGAGTTCAGTCCAATGTGGGTAGCATCATCCCCTAGGCAGGT  350

seq1  GGTCCTGAGCTATACAGGGAAGCTAGCTAAGCTCGGACCGTGAGTCAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGAGCTATACAGGGAAGCTAGCTAAGCTCGGACCGTGAGTCAAGT  400

seq1  TCCTTCTTGAGTTTCGGCCCTGACTTCCATAATGGACTGTGATCAGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTTGAGTTTCGGCCCTGACTTCCATAATGGACTGTGATCAGGAAG  450

seq1  TGTAAGCCAAATAAACTCTTCCCCTAGGTTGGCTCTGGTTCTGGTCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCCAAATAAACTCTTCCCCTAGGTTGGCTCTGGTTCTGGTCAGAG  500

seq1  TGTTTTTAATCACAGCAACAGATAAGAAACTAGGACCACAACCAAATACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTAATCACAGCAACAGATAAGAAACTAGGACCACAACCAAATACA  550

seq1  AAGGCCTGAAGGTGCACACATAGATATTTTCAAAAATAGTTGTTTTCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTGAAGGTGCACACATAGATATTTTCAAAAATAGTTGTTTTCACA  600

seq1  GTATTTCCGAACTAAAAACAATATGTGTCTATAATGGTAAACTAAGGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCCGAACTAAAAACAATATGTGTCTATAATGGTAAACTAAGGCAG  650

seq1  ACACTGATAAATTAAGGCTCTGATGTAAAAGAATGCACTATTGTTACATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGATAAATTAAGGCTCTGATGTAAAAGAATGCACTATTGTTACATC  700

seq1  TAACATAAGAAACACCCTCAGGCTCCATGCTGGACACAAAGAGTCAACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAAGAAACACCCTCAGGCTCCATGCTGGACACAAAGAGTCAACAC  750

seq1  ACACACACAGAGAGACATTATTCCTGATTCATAAAACTCAATGCTGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAGAGAGACATTATTCCTGATTCATAAAACTCAATGCTGATTT  800

seq1  CCTTTGAAACAGCTCAGTGTGGTGATGCCTAAAAGAGACAGAACTATAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGAAACAGCTCAGTGTGGTGATGCCTAAAAGAGACAGAACTATAGC  850

seq1  TTAA-TTTCAGAAGCCCTCTGGGGTATGTTAGTGCACTGGGATACTGGAA  899
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTCAGAAGCCCTCTGGGGTATGTTAGTGCACTGGGATACTGGAA  900

seq1  ATTTCAGTATCTTAATCCCAAAGTATAAAGTATAGAATGCACAATCAGC-  948
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  ATTTCAGTATCTTAAT-CCAAAGTATAAAGTATAGAATGCACATTCAGCT  949

seq1  TCTTCATTCCTGGGTTCCACATCTACACGCATATTGAAAAGTATTTAGGG  998
      |||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTTCATTCCTGGGTTCACAATCTACACGCATATTG-AAAGTATTTAGGG  998

seq1  GGGAAATTACATGGACACTGTATGCACAAGGGTTTTCTTCCTGTCCTTAG  1048
      ||  || |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||  |||
seq2  GG--AAATACATGGACACTGTATGCACAAGGGTTTTTCTTCTGTC--TAG  1044

seq1  TCCCTAAACGTCACAGTAGACTCATTTGCATGACATTTGAATAGCATTAG  1098
      | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  T-CCTTAACGTC-CAGTAGACTCATTTGCATGACATT--GATAGCATTAG  1090

seq1: chr8_121796618_121797754
seq2: B6Ng01-004F24.g_69_1180 (reverse)

seq1  AACAATGCAGTGGGGAGGAAGGGTTTGTCCTGATCACCATCTGAGGGGAT  50
      ||||||||||| ||||||||||  |||||  ||||  ||| ||| || ||
seq2  AACAATGCAGT-GGGAGGAAGG--TTGTCTCGATCCACAT-TGA-GGAAT  45

seq1  GCAGACCATCCATTGCAGCGGTGGGGATCTGGGGACCTAGACACAGCTCT  100
      ||||| | |||| |||| |||| | |||||  |||||||||   ||||||
seq2  GCAGA-CTTCCA-TGCACCGGT-GAGATCT--GGACCTAGAACAAGCTCT  90

seq1  GTGGCAGCCCTGCCATCTGCTTGCTCGTATCTCAGCCAACCAGGAAGCTG  150
      || |||| |||||||||||| |||| |||| |||||||  || |||||| 
seq2  GT-GCAG-CCTGCCATCTGC-TGCTGGTAT-TCAGCCA--CAAGAAGCT-  133

seq1  AGACAGGACCAGAAGCAAGATGGAGTCATGAACCTCAAGATACACTCTTT  200
      ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  AGACAGGACCAGAAGCAAGAT-GAGTCATG-ACCTC-AGATACACTCTTT  180

seq1  AGAGGTCCGCTTCCTCCAGGCTCCACCTTCCAAAGGTTCTGCAGCCTTCC  250
      |||||||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCCGCT--CT-CAGGCT-CACCTTCCAAAGGTTCTGCAGCCTTCC  226

seq1  AAAGCAG-AGACAGAACGTCCAGACTCATGAACCTGTGGGGGATGGGCCA  299
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGAAGACAG-ACGTCCAGACTCATGAACCTGTGGGGGATGGGCCA  275

seq1  CATTCAGACTGCAGCGTAGCCCCTCCTTTTGGTCTGAGACGTTTGGAGAC  349
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGACTGCAGCGTAG-CCCTCCTTTTGGTCTGAGACGTTTGGAGAC  324

seq1  TGGATACAGGCTCGGGGCTGCTTAGAATGTCAGGCGCCTGGGCTCCTCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATACAGGCTCGGGGCTGCTTAGAATGTCAGGCGCCTGGGCTCCTCAG  374

seq1  CCAACGCCATATGTCAGTGACTGGAACAGCTTCTCCAGACTCTATGGGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACGCCATATGTCAGTGACTGGAACAGCTTCTCCAGACTCTATGGGGA  424

seq1  GCTGGGTCCCGTGGCACATGTCCCATGTCCCATGGCATATGTCTGTAATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTCCCGTGGCACATGTCCCATGTCCCATGGCATATGTCTGTAATT  474

seq1  TCAGCCCTTAAGAGGCAGAGGCAGGAGGATCACTGGAGATTTGAAACCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCTTAAGAGGCAGAGGCAGGAGGATCACTGGAGATTTGAAACCAG  524

seq1  CCTGGGTGACAAACTGAGAAATGTAAAGTTAATGATGAAAAAAGAAAAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTGACAAACTGAGAAATGTAAAGTTAATGATGAAAAAAGAAAAAC  574

seq1  CTCAGAGCCAGAAACCCCTTCCTAGATCCACAAAATCAGAATGTAGTGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGCCAGAAACCCCTTCCTAGATCCACAAAATCAGAATGTAGTGTC  624

seq1  ATGGTCTGAGGAGCTGCACCCTTGATCCCTGCAGGTGACTCCAGGAGCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTGAGGAGCTGCACCCTTGATCCCTGCAGGTGACTCCAGGAGCCA  674

seq1  CCACCATGGGCAAACAGCCTTAGGGGACAGGGAACAGTTCAGTCTTCATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATGGGCAAACAGCCTTAGGGGACAGGGAACAGTTCAGTCTTCATT  724

seq1  AACACCTGAAAGGACACCTAGGAGCAAGCCACTCACAGTGGGCACCAACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTGAAAGGACACCTAGGAGCAAGCCACTCACAGTGGGCACCAACA  774

seq1  CCTGCCCCCAAGAAGCCTAAGGTATTAGTCAGGGCTCTCTAGAGTCACAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCCAAGAAGCCTAAGGTATTAGTCAGGGCTCTCTAGAGTCACAG  824

seq1  AACTTATGGGTAGTCTCTATATAGTAAGGGAATTTGTTGATGACTTACAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATGGGTAGTCTCTATATAGTAAGGGAATTTGTTGATGACTTACAG  874

seq1  TCTGTAATCTAACTCCCAACAATGGTCAGCAGCAGCTGTGGATGGAAGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAATCTAACTCCCAACAATGGTCAGCAGCAGCTGTGGATGGAAGTC  924

seq1  CAAGGATCTAGCAGTTGCTCAGTCCCACAAGGCAAGCAGGCGAAGAAGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATCTAGCAGTTGCTCAGTCCCACAAGGCAAGCAGGCGAAGAAGAG  974

seq1  AGAGTCTTCCTTCTTCCAATGTCCTTAGGTAGGTCTCCAACAGAAGGTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTTCCTTCTTCCAATGTCCTTAGGTAGGTCTCCAACAGAAGGTGT  1024

seq1  AGCCCAGATTAAAGGTGTGTGCCTCCACACCTTTAATCCCAGATGACCTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGATTAAAGGTGTGTGCCTCCACACCTTTAATCCCAGATGACCTT  1074

seq1  GAACTTGGAGATCTCCCTGTCTTAATCTTCTGGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGGAGATCTCCCTGTCTTAATCTTCTGGAATTC  1112