BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005C14
Chromosome8 (Build37)
Map Location 89,563,690 - 89,708,201
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG625298, EG330819
Upstream genePhkb, LOC671665, LOC100040165, Abcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178, BC004022, LOC666960
Downstream geneCbln1, LOC100040294, 4933402J07Rik, Zfp423, LOC100040328, 5033428A16Rik, Heatr3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005C14.bB6Ng01-005C14.g
ACCDH842375DH842376
length848933
definitionDH842375|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005C14, 5' end.DH842376|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005C14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,563,690 - 89,564,534)(89,707,269 - 89,708,201)
sequence
gattctgtgctctacccccatccatatgtgtttttttgagacattagcct
ggaactcacgacccttctgccttcacctccaaaatgtttagattacatgt
actactactctgactctaaagtcatacctatttttttaaagtttatttta
ttagatatattggtgttttgcagtagtgtatgtctgtgtgccatgtgtag
agtcctcagagggcagaagaaggcactggatccctcagaagtagatttac
tgatgcttgtgagccaccaatgggtgctgagaattgaatcttagtctttt
gtaagagcagctagggcttttaaccactgagacatcattcccaccccaag
ctgtgctgttcttggagcctagtgagattctaggtgcactgctatatgct
cacagatcacagaatagcgtcatatgattatggaaaggccgtgctttcac
atgacagtgtatgttcaacagtcagaaagttgtcagtgtgtggtatggtg
aggctcctgcttgtaatcccaacactcaagaggctgagccaggaggatag
ctttcaacttcagtgctagcctaggtaacatagttccaggctaacatagg
cgactgtgtgagactctgtttttaaaagctaagaaagaaaattatcacaa
agcccagatgtcttcacaagggcttctgatagcattgccctgcagcttgg
ctgaaggtagggatttatccacaccacgaggaaatatgctcctctctcaa
gtgtaatgaaacacgtggtctgtcaaactgtgtgaatcatgtttctggtc
aatttctgcatctcccttggtggttagcaacattatactgtgtttgtg
gaattctgcatataaggcttgtgtgccaaagccttggtccccagctggtg
gtgcaatttggagaggtggaggaactgttaggtgggacacagaggaagga
ggtcacagggctctggtaggggctatattttatctgggctccatctgttc
tttctctctttctgcaccctgtctgttatgagacggcaaggatcttccac
catcatcacgatgcttgccaagggcaaagggccatgctaccacagacttt
gaaactaggagggaagacaaattatccctcctttaagtagtgctatcagg
tgttctttgtcatagcaatgtacaagtagtgagtgtattcttagtctggg
gccatcttggagaagggtaaaccaagagggcttaagacgcctgcccaagg
tctggaagatgacagaacattgcacctgcagtcacaggtgaggctgccat
cagtggtggcagagctcagggaatagcttgaaggagaagcaggggtggtg
gcctcagtggcgtttgctgggcctgcactcctttgcaggggagtggtttc
taatttaggacagccttgagagtcagggatgggcacatggcctggggtag
agtctaggaacctgtgagaaaatgcagaaggtactagtcctagagtctca
tttggcctccagcctgggccaagagactcctaaatgtgactcggatatgt
ccaggcctgggcacttccaaggcctttgtttacaattgaaccccaacctg
gctatctcagcagcgaggagatgaatgagactagggaaagtgaacctacc
tgctcatgaacaagtgagcaagtatggcaccctgaatgatcttagctggt
agctgtcaacctaccatttcacttctgcattgccttggcttggctactgg
acaaatatatccctggggtttctaagagattta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_89563690_89564534
seq2: B6Ng01-005C14.b_34_880

seq1  ATTCTGTGCTCTACCCCCATCCATATGTGGTTTTTTGAGACATTAGCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTGCTCTACCCCCATCCATATGTGTTTTTTTGAGACATTAGCCTG  50

seq1  GAACTCACGACCCTTCTGCCTTCACCTCCAAAATGTTTAGATTACATGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCACGACCCTTCTGCCTTCACCTCCAAAATGTTTAGATTACATGTA  100

seq1  CTACTACTCTGACTCTAAAGTCATACCTATTTTTTTAAAGTTTATTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTACTCTGACTCTAAAGTCATACCTATTTTTTTAAAGTTTATTTTAT  150

seq1  TAGATATATTGGTGTTTTGCAGTAGTGTATGTCTGTGTGCCATGTGTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATATTGGTGTTTTGCAGTAGTGTATGTCTGTGTGCCATGTGTAGA  200

seq1  GTCCTCAGAGGGCAGAAGAAGGCACTGGATCCCTCAGAAGTAGATTTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAGAGGGCAGAAGAAGGCACTGGATCCCTCAGAAGTAGATTTACT  250

seq1  GATGCTTGTGAGCCACCAATGGGTGCTGAGAATTGAATCTTAGTCTTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTGTGAGCCACCAATGGGTGCTGAGAATTGAATCTTAGTCTTTTG  300

seq1  TAAGAGCAGCTAGGGCTTTTAACCACTGAGACATCATTCCCACCCCAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCAGCTAGGGCTTTTAACCACTGAGACATCATTCCCACCCCAAGC  350

seq1  TGTGCTGTTCTTGGAGCCTAGTGAGATTCTAGGTGCACTGCTATATGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTTCTTGGAGCCTAGTGAGATTCTAGGTGCACTGCTATATGCTC  400

seq1  ACAGATCACAGAATAGCGTCATATGATTATGGAAAGGCCGTGCTTTCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCACAGAATAGCGTCATATGATTATGGAAAGGCCGTGCTTTCACA  450

seq1  TGACAGTGTATGTTCAACAGTCAGAAAGTTGTCAGTGTGTGGTATGGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTGTATGTTCAACAGTCAGAAAGTTGTCAGTGTGTGGTATGGTGA  500

seq1  GGCTCCTGCTTGTAATCCCAACACTCAAGAGGCTGAGCCAGGAGGATAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTGCTTGTAATCCCAACACTCAAGAGGCTGAGCCAGGAGGATAGC  550

seq1  -TTCAACTTCAGTGCTAGCCTAGGTAACATAGTTCCAGGCTAACATAGGC  599
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACTTCAGTGCTAGCCTAGGTAACATAGTTCCAGGCTAACATAGGC  600

seq1  GACTGTGTGAGACTCTG-TTTTAAAAGCTAAGAAAGAAAATTATCACAAA  648
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTGAGACTCTGTTTTTAAAAGCTAAGAAAGAAAATTATCACAAA  650

seq1  GCCCAGATGTCTTCACAAGGGCTTCTGATAGCATTGCCCTGCAGCTTGGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGATGTCTTCACAAGGGCTTCTGATAGCATTGCCCTGCAGCTTGGC  700

seq1  TGAAGGTAGGGATTTATCCACACCACGAGGAAATATGCTCCTCTCTCAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTAGGGATTTATCCACACCACGAGGAAATATGCTCCTCTCTCAAG  750

seq1  TGTAAATGAAACACGTGGTCTGTCAAACTGTGTGAATTCATGTTTCTGGT  798
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGT-AATGAAACACGTGGTCTGTCAAACTGTGTGAA-TCATGTTTCTGGT  798

seq1  CAA-TTCTGCATCTCCCTT-GTGGTTAGCAACATTATACTGTGTTGGTG  845
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAATTTCTGCATCTCCCTTGGTGGTTAGCAACATTATACTGTGTTTGTG  847

seq1: chr8_89707269_89708201
seq2: B6Ng01-005C14.g_70_1002 (reverse)

seq1  TAAATCTCCTAAGAAAACCCAGGGATATATTTGTCCAGTAGCAAAGCC-A  49
      ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  TAAATCT-CTTAGAAACCCCAGGGATATATTTGTCCAGTAGCCAAGCCAA  49

seq1  GGCAATGCAGAAGTG-AATGGTAGGTTGACAGCTACCAGCTAAGATCATT  98
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGCAGAAGTGAAATGGTAGGTTGACAGCTACCAGCTAAGATCATT  99

seq1  CAGGGTGCCATACTTGCTCACTTGTTCATGAGCAAGGTAGGTTCACTTTC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGCCATACTTGCTCACTTGTTCATGAGC-AGGTAGGTTCACTTTC  148

seq1  CCTAGTCTCCTTCATCTCCTCGCCTGCCTGAGATAGCCAGGTTGGGGTTC  198
      ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTCTCATTCATCTCCTCG-CTG-CTGAGATAGCCAGGTTGGGGTTC  196

seq1  AATTGTAAACAAAGGCCTTGGAAGTGCCCAGGCCTGGACATATCCGAGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTAAACAAAGGCCTTGGAAGTGCCCAGGCCTGGACATATCCGAGTC  246

seq1  ACATTTAGGAGTCTCTTGGCCCAGGCTGGAGGCCAAATGAGACTCTAGGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAGGAGTCTCTTGGCCCAGGCTGGAGGCCAAATGAGACTCTAGGA  296

seq1  CTAGTACCTTCTGCATTTTCTCACAGGTTCCTAGACTCTACCCCAGGCCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTACCTTCTGCATTTTCTCACAGGTTCCTAGACTCTACCCCAGGCCA  346

seq1  TGTGCCCATCCCTGACTCTCAAGGCTGTCCT-AATTAGAAACCACTCCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCATCCCTGACTCTCAAGGCTGTCCTAAATTAGAAACCACTCCCC  396

seq1  TGCAAAGGAGTGCAGGCCCAGC-AACGCCACTGAGGCCACCACCCCTGCT  446
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGGAGTGCAGGCCCAGCAAACGCCACTGAGGCCACCACCCCTGCT  446

seq1  TCTCCTTCAAGCTATTCCCTGAGCTCTGCCACCACTGATGGCAGCCTCAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTCAAGCTATTCCCTGAGCTCTGCCACCACTGATGGCAGCCTCAC  496

seq1  CTGTGACTGCAGGTGCAATGTTCTGTCATCTTCCAGACCTTGGGCAGGCG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACTGCAGGTGCAATGTTCTGTCATCTTCCAGACCTTGGGCAGGCG  546

seq1  TCTTAAGCCCTCTTGGTTTACCCTTCTCCAAGATGGCCCCAGACTAAGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGCCCTCTTGGTTTACCCTTCTCCAAGATGGCCCCAGACTAAGAA  596

seq1  TACACTCACTACTTGTACATTGCTATGACAAAGAACACCTGATAGCACTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCACTACTTGTACATTGCTATGACAAAGAACACCTGATAGCACTA  646

seq1  CTTAAAGGAGGGATAATTTGTCTTCCCTCCTAGTTTCAAAGTCTGTGGTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGGAGGGATAATTTGTCTTCCCTCCTAGTTTCAAAGTCTGTGGTA  696

seq1  GCATGGCCCTTTGCCCTTGGCAAGCATCGTGATGATGGTGGAAGATCCTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCCCTTTGCCCTTGGCAAGCATCGTGATGATGGTGGAAGATCCTT  746

seq1  GCCGTCTCATAACAGACAGGGTGCAGAAAGAGAGAAAGAACAGATGGAGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTCTCATAACAGACAGGGTGCAGAAAGAGAGAAAGAACAGATGGAGC  796

seq1  CCAGATAAAATATAGCCCCTACCAGAGCCCTGTGACCTCCTTCCTCTGTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATAAAATATAGCCCCTACCAGAGCCCTGTGACCTCCTTCCTCTGTG  846

seq1  TCCCACCTAACAGTTCCTCCACCTCTCCAAATTGCACCACCAGCTGGGGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCTAACAGTTCCTCCACCTCTCCAAATTGCACCACCAGCTGGGGA  896

seq1  CCAAGGCTTTGGCACACAAGCCTTCTCTGCAGAATTC  933
      |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
seq2  CCAAGGCTTTGGCACACAAGCCTTATATGCAGAATTC  933