BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005D02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 36,718,859 - 36,839,162
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMfhas1, LOC100041572, Gm501
Upstream geneDusp4, LOC675578, Tnks, LOC666792, LOC666797, LOC666804, Ppp1r3b, Thex1
Downstream geneCldn23, LOC671641, D8Ertd82e, Lonrf1, EG544878, 6430573F11Rik, Dlc1, LOC100042892
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005D02.bB6Ng01-005D02.g
ACCDH842396DH842397
length1,1391,123
definitionDH842396|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005D02, 5' end.DH842397|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005D02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,838,016 - 36,839,162)(36,718,859 - 36,719,997)
sequence
gaattctgttccgctgacacttgaaccctaatgacatggggcacatacga
ggttaaacgtcatgtgactccactcatgtggtggtgctatatagaatata
caaattcacaaagacagaaagccaggagaggttactagaggcaaagggtg
tagggccttactgggttattgttacatagctagagaactcctgtttgcaa
tgacaaaaagagctacaaatgcatgctggtgatggttgtatgttataaat
ctaagcaccaacaggaaacttaaaatgactaagatgctaaagattcatgt
tgtgtacgttacaccacaataagaatgtttctaaaaggcaagcccgggga
gttctgacctccacagctccatccatcaggctgtaactgccaccctggtg
tgcaggaacatcggacaccccagtgggtatcgctgcatgggccctcacag
cccccattcagcagggaacagtttttacctgtagggacaagacagccgtc
aaagccacttaattcagtggagattaatgccttgcaagccacattatatc
atgtacctcccatactggactagggacagatgacccctgagagacaccct
ttgactctggattcttgcctgagagtatcaggctatggaaaaactgtggt
gctggaaagatataaagccagggagctgggtggaggcttttctttccaag
ctaatatgtgagcaatttcaaatgctggtgtatttattttccttctacag
agaggctaagactctcttatgtgtttcctatgggggtgtatggataatga
ggacacttagtcctgcattttgtatttatgaatacaatgagttatctttc
agcacaagcctacacttggccttgtcattagtgcgctaacaaccttccct
tcgagctcctgtggtacaaactgtctttcagaccctttccggggagtctt
aaggcaagagacaggagacagtgaccaaatgactttgagtcattgagtga
tgacgcccactgtcccttttccacagacccaaccagtgactctttctagt
gaaattcagaacgttaaaagactgttacagccagtggtggtggtggggtc
cacaccttactcccagacttgagagaccgagccagcaga
gaattctgggatgctcacacttgaacctttgttgtgtgtgaaggaaaggg
aagttcatatcaccaagcacagggaaacactgaggcttggaagcaaaccc
agggaaggggcattataaaaaggggtaagtttgatgtgaggagagaggct
agccccaggtccagtttggaaagaaactgttagtacctttcccccttagt
tctcctgggtgaagtttttgccacatgttttaggaatgactctgtgatcc
aagggtacaatgctctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctatctatcatctattcatcatctatcatctattatctatcc
atcatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatcatctattcatcatctatcatctattatctatccatcatctat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcaaagt
atttatagggaggggccttggtttgtgatgtgctgacatcagatagtgac
tcagaatatgtcatctagaccgtgacacagttaatggcaaacccatctga
ccacaaaattagcaccactgttccacgttcactcagaaacatggagttgg
gcacatgtgtcctgtgcatgaggggagatgtattctttcacacacaaatg
gagcattcctttagcctagtctatcccagcctacagattccccatcctac
ctcccaccagctcttctctgtgctctcctagtggcttttcctattgttaa
gggttctttcacacttagcccacagataaaagttggcttgagcctttctg
aagacactcctgttaatctagaagagcgtgggtaattatcttctagggac
tccagcgaccaaatggagctcttctttgattagtgtccacgagataatta
gtggtcccttctcttgtctctgagggaggaggagaacttgtgtatagtga
gcagagtcaagcaagctgactcgtttgcccgatgggatactgctacagaa
ggacagcaaagtagcagctacttgtacccaggcattgctcagtgggaaca
aaggtgggtcttagttaggtttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_36838016_36839162
seq2: B6Ng01-005D02.b_49_1187 (reverse)

seq1  TCTGCCTGGCTCTGTCTCCCAAGTGCTGGGAGTAAAGGTGTGCACACCAC  50
      |||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||
seq2  TCTG-CTGGCTCGGTCTCTCAAGT-CTGGGAGT-AAGGTGTGGACCCCAC  47

seq1  CACCACCACTTGGCTGTAACAGTCTTTTTAACGTTCTGATTTTCACTAG-  99
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| 
seq2  CACCACCAC-TGGCTGTAACAGTC-TTTTAACGTTCTGAATTTCACTAGA  95

seq1  AAGAGTCACT-GTTGGGTCTGTTGGAAAAGGGACAGTGGGCGTCATCACC  148
      |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGAGTCACTGGTTGGGTCTG-TGGAAAAGGGACAGTGGGCGTCATCA-C  143

seq1  TCAAATGACCTCAAGTCATTTGGTCACCTGTCTCCTGTCCTCCTTGCC-T  197
      || ||||||   |||||||||||||| ||||||||||||   |||||| |
seq2  TC-AATGACTCAAAGTCATTTGGTCA-CTGTCTCCTGTC--TCTTGCCTT  189

seq1  AAGACTCCCCGAAAGGGTTCTG-AAGACAGTTTGTACCACAGGAGCTCG-  245
      ||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGACTCCCCGGAAAGGGTCTGAAAGACAGTTTGTACCACAGGAGCTCGA  239

seq1  AGTGAAGGTTGTTAGCGCACTAATGACAAGGCCAAGTGTAGGCTTTGTGC  295
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  AGGGAAGGTTGTTAGCGCACTAATGACAAGGCCAAGTGTAGGC-TTGTG-  287

seq1  CTGAAAGATAACTCATTGTATTCATAAATACAAAATGCAGGACTAAGTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGATAACTCATTGTATTCATAAATACAAAATGCAGGACTAAGTGT  337

seq1  CCTCATTATCCATACACCCCCATAGGAAACACATAAGAGAGTCTTAGCCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTATCCATACACCCCCATAGGAAACACATAAGAGAGTCTTAGCCT  387

seq1  CTCTGTAGAAGGAAAATAAATACACCAGCATTTGAAATTGCTCACATATT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAGAAGGAAAATAAATACACCAGCATTTGAAATTGCTCACATATT  437

seq1  AGCTTGGAAAGAAAAGCCTCCACCCAGCTCCCTGGCTTTATATCTTTCCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGAAAGAAAAGCCTCCACCCAGCTCCCTGGCTTTATATCTTTCCA  487

seq1  GCACCACAGTTTTTCCATAGCCTGATACTCTCAGGCAAGAATCCAGAGTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACAGTTTTTCCATAGCCTGATACTCTCAGGCAAGAATCCAGAGTC  537

seq1  AAAGGGTGTCTCTCAGGGGTCATCTGTCCCTAGTCCAGTATGGGAGGTAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTGTCTCTCAGGGGTCATCTGTCCCTAGTCCAGTATGGGAGGTAC  587

seq1  ATGATATAATGTGGCTTGCAAGGCATTAATCTCCACTGAATTAAGTGGCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATAATGTGGCTTGCAAGGCATTAATCTCCACTGAATTAAGTGGCT  637

seq1  TTGACGGCTGTCTTGTCCCTACAGGTAAAAACTGTTCCCTGCTGAATGGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACGGCTGTCTTGTCCCTACAGGTAAAAACTGTTCCCTGCTGAATGGG  687

seq1  GGCTGTGAGGGCCCATGCAGCGATACCCACTGGGGTGTCCGATGTTCCTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGAGGGCCCATGCAGCGATACCCACTGGGGTGTCCGATGTTCCTG  737

seq1  CACACCAGGGTGGCAGTTACAGCCTGATGGATGGAGCTGTGGAGGTCAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCAGGGTGGCAGTTACAGCCTGATGGATGGAGCTGTGGAGGTCAGA  787

seq1  ACTCCCCGGGCTTGCCTTTTAGAAACATTCTTATTGTGGTGTAACGTACA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCGGGCTTGCCTTTTAGAAACATTCTTATTGTGGTGTAACGTACA  837

seq1  CAACATGAATCTTTAGCATCTTAGTCATTTTAAGTTTCCTGTTGGTGCTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGAATCTTTAGCATCTTAGTCATTTTAAGTTTCCTGTTGGTGCTT  887

seq1  AGATTTATAACATACAACCATCACCAGCATGCATTTGTAGCTCTTTTTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTATAACATACAACCATCACCAGCATGCATTTGTAGCTCTTTTTGT  937

seq1  CATTGCAAACAGGAGTTCTCTAGCTATGTAACAATAACCCAGTAAGGCCC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCAAACAGGAGTTCTCTAGCTATGTAACAATAACCCAGTAAGGCCC  987

seq1  TACACCCTTTGCCTCTAGTAACCTCTCCTGGCTTTCTGTCTTTGTGAATT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCTTTGCCTCTAGTAACCTCTCCTGGCTTTCTGTCTTTGTGAATT  1037

seq1  TGTATATTCTATATAGCACCACCACATGAGTGGAGTCACATGACGTTTAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATTCTATATAGCACCACCACATGAGTGGAGTCACATGACGTTTAA  1087

seq1  CCTCGTATGTGCCCCATGTCATTAGGGTTCAAGTGTCAGCGGAACAGAAT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGTATGTGCCCCATGTCATTAGGGTTCAAGTGTCAGCGGAACAGAAT  1137

seq1  TC  1147
      ||
seq2  TC  1139

seq1: chr8_36718859_36719997
seq2: B6Ng01-005D02.g_70_1192

seq1  GAATTCTGGGATGCTCACACTTGAACCTTTGTTGTGTGTGAAGGAAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGATGCTCACACTTGAACCTTTGTTGTGTGTGAAGGAAAGGG  50

seq1  AAGTTCATATCACCAAGCACAGGGAAACACTGAGGCTTGGAAGCAAACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCATATCACCAAGCACAGGGAAACACTGAGGCTTGGAAGCAAACCC  100

seq1  AGGGAAGGGGCATTATAAAAAGGGGTAAGTTTGATGTGAGGAGAGAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGGGGCATTATAAAAAGGGGTAAGTTTGATGTGAGGAGAGAGGCT  150

seq1  AGCCCCAGGTCCAGTTTGGAAAGAAACTGTTAGTACCTTTCCCCCTTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAGGTCCAGTTTGGAAAGAAACTGTTAGTACCTTTCCCCCTTAGT  200

seq1  TCTCCTGGGTGAAGTTTTTGCCACATGTTTTAGGAATGACTCTGTGATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGGTGAAGTTTTTGCCACATGTTTTAGGAATGACTCTGTGATCC  250

seq1  AAGGGTACAATGCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTACAATGCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  300

seq1  CTATCTATCTATCTATCATCTATTCATCATCTATCATCTATTATCTATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCATCTATTCATCATCTATCATCTATTATCTATCC  350

seq1  ATCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  400

seq1  TATCTATCATCTATTCATCATCTATCATCTATTATCTATCCATCATCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCATCTATTCATCATCTATCATCTATTATCTATCCATCATCTAT  450

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCAAAGT  500

seq1  ATTTATAGGGAGGGGCCTTGGTTTGTGATGTGCTGACATCAGATAGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAGGGAGGGGCCTTGGTTTGTGATGTGCTGACATCAGATAGTGAC  550

seq1  TCAGAATATGTCATCTAGACCGTGACACAGTTAATGGCAAACCCATCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATATGTCATCTAGACCGTGACACAGTTAATGGCAAACCCATCTGA  600

seq1  CCACAAAATTAGCACCACTGTTCCACGTTCACTCAGAAACATGGAGTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAATTAGCACCACTGTTCCACGTTCACTCAGAAACATGGAGTTGG  650

seq1  GCACATGTGTCCTGTGCATGAGGGGAGATGTATTCTTTCACACACAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGTGTCCTGTGCATGAGGGGAGATGTATTCTTTCACACACAAATG  700

seq1  GAGCATTCCTTTAGCCTAGTCTATCCCAGCCTACAGATTCCCCATCCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTCCTTTAGCCTAGTCTATCCCAGCCTACAGATTCCCCATCCTAC  750

seq1  CTCCCACCAGCTCTTCTCTGTGCTCTCCTAGTGGCATTTTCCTATTGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCCCACCAGCTCTTCTCTGTGCTCTCCTAGTGGC-TTTTCCTATTGTTA  799

seq1  AGGGTTCTTTCACACTTAGCCCACAGATAAAAGTTGGCTTGAGCCTTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCTTTCACACTTAGCCCACAGATAAAAGTTGGCTTGAGCCTTTCT  849

seq1  GAAGACACTCCTGTTAATCTAGAAGAGCCGTGGGTAATTA-CCTCTAGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||
seq2  GAAGACACTCCTGTTAATCTAGAAGAG-CGTGGGTAATTATCTTCTAGGG  898

seq1  ACTCCAGCGACCAAATGGAGCTCTTCTTTGATTAGTGTCCACGAGATAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGCGACCAAATGGAGCTCTTCTTTGATTAGTGTCCACGAGATAAT  948

seq1  TAGTGTCCCTTTCTTCTTGTCTCTGAGGGAGGAAGAGAACCTTGTGTAAT  999
      |||||  || ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  
seq2  TAGTGGTCCCTTC-TCTTGTCTCTGAGGGAGGAGGAGAA-CTTGTGTA--  994

seq1  AAGTGAGCAAGAGTCAAGCAAGCTGACCTCGTTTGCCCGGATGGGATACC  1049
       ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
seq2  TAGTGAGC-AGAGTCAAGCAAGCTGA-CTCGTTTGCCC-GATGGGATA-C  1040

seq1  TGCTACAGAAGGACAAGCAAACAGTAGCAGCCACTTGTACCCAAGGCATT  1099
      |||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  TGCTACAGAAGGAC-AGCAA--AGTAGCAGCTACTTGTACCC-AGGCATT  1086

seq1  GCTCAGTGGGACCAAAGGGTGGTGTCTTAGTCAGGGTTTG  1139
      ||||||||||| |||| ||||| |||||||| | ||||||
seq2  GCTCAGTGGGAACAAA-GGTGG-GTCTTAGTTA-GGTTTG  1123