BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006L09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 114,229,960 - 114,356,538
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBcar1, Cfdp1
Upstream geneVac14, BC060632, 2010004A03Rik, Sf3b3, Cog4, Fuk, St3gal2, Ddx19a, Ddx19b, Aars, Exosc6, Mrcl, 4930402E16Rik, 9430091E24Rik, Glg1, Rfwd3, LOC547023, Mlkl, Fa2h, Wdr59, Znrf1, Ldhd, Zfp1, Ctrb1
Downstream geneTmem170, Chst5, 4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498, LOC100042040, Cntnap4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006L09.bB6Ng01-006L09.g
ACCDH843496DH843497
length1,115859
definitionDH843496|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006L09, 5' end.DH843497|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006L09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,355,406 - 114,356,538)(114,229,960 - 114,230,820)
sequence
gaattccaggtctgtgcctttccatgcgatctgtgctgtctagtggatgg
agttctaaagatacattctcagggaagaaaggctgcaggcctggagtaca
gagtcactttacagccacttgcacagaactctcttaggtgacagtcataa
aaccccatccagtttgaaggaatttgcttgatgctctggaggagcacatg
ggacaggaaatgtgtgacagcctgtttggaaaataaacacaatctgttgg
cagaattttcactagcgttgctgtgtagactccggagagttgaataagtc
gagtaactgcttagatttcagttttaatccttagggatgtaaatgagctt
cttgtcaggatgacagtgctgtaggcaaaccttcccagtatcagctataa
gcagctgtaggtaagcattgggctgttgctggtatgtctccactgttgct
ggtgtgtctccgctgtagctggactttggtttgtctcagcttggctccac
acttaactttgtgccacttacagaacacacagtattaagtacagcagaga
ggtagcctttgttaggaaatgtatccttgaaggtggtagagactggtata
ctctcacagatggattttataggatttattctatcatttttggctaatct
ttggttgcatatttataatacattaactgtagttttggatctgcctactg
gtagattggaatttaaggaaaattcctcaaatgtttttgttgctctggca
tgtcaaaacaggcatcacatatttctcctctttacctggaatatggggca
ccttaagtttgtttgtttgtttctttctttcttttgaactttttgtggga
tgcagtgctttcagtttgaattgaggtaggattgtttcacattctgacac
tccctaggcagttctactttgcccagtttaaagaaagtgcgttttttgtc
ttggtgttttaggtgcaggcagaggagcttccgtggggtatttccatttg
tttgcctttcttcatgaaacgatggcagtgctttggtccctgtgtcccat
ctccaccctcactgttcattggccgtctgatcaatgctgatctgggtatt
aagagagtgcaggca
gaattcttgccccctcccctacacaggggctctctgaggatagttgctgg
gttgagcagagctaaggatcttggagagaccaagtaccttaatgttaggg
ggctacacggtctggagccccaaagtccttgctctggcctgctgtgaacg
tgttcactagccaccctggccatggctgtcatgctctatgcccatctata
tccacatgctgaactagcccttaagattatcactcgggaggatgctgccc
ctggctcctggccttggcgggtatctttgaacatgaggtgggggttctga
gcatgtagtggctactctggagttaagagtgttcagctgagacttgtgac
ttcctgttttctcattggaattagcagtgtctgtctcttgtaggggaaca
tcaaggattggactgtcactactgttcactggaggggatgggggggtctc
aatgaagcctgccacaggctgctggaatcctctgggagtcggggaatgac
acatttctaactccagtcaaaacagtgtctaaaaggaaaaggatctgaga
gaccacaggctggggacgagccattccccagtagcaggcaggatagcagt
ctgctagagacgcctacctatccagtggggtcacccgtcatcctcacggg
catgtacagaaactgagacccagggtaagggtggtcaagctgtggctcac
cccaccagcacacttctgtagggagagtcaccttatggcagccagagcac
ctgacactggctctgtccaggagtgtctgggtgccgagggacagatgagg
agttgtgtgaccaaggtaaggtaggttagggtctttggggacagggcctg
cccatgagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_114355406_114356538
seq2: B6Ng01-006L09.b_41_1155 (reverse)

seq1  TGCCTGCACTCTCTGCCTGCACTCTTCCTCACTACCCAGATCAGCACTGA  50
                   ||||||||||||  || | |||||||||||||| |||
seq2  -------------TGCCTGCACTCT--CTTAATACCCAGATCAGCATTGA  35

seq1  CTCAGACGGCCAATGAACAGTGA-GGTGGAGATGGGACACAGGGACAAAA  99
       |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  -TCAGACGGCCAATGAACAGTGAGGGTGGAGATGGGACACAGGGACCAAA  84

seq1  GCACTGCCATCGTTTCATGAAGAAAGGCAAACAAATGGAAATACCCCACG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGCCATCGTTTCATGAAGAAAGGCAAACAAATGGAAATACCCCACG  134

seq1  GAAGCTCCTTCCTGCCCTGCACCTAAAACACCAAGACAAAAAACGCACTT  199
      |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCCT--CTG-CCTGCACCTAAAACACCAAGACAAAAAACGCACTT  181

seq1  TCTTTAAACTGGGCAAAGTAGAACTGCCTAGGGAGTGTCAGAATGTGAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAACTGGGCAAAGTAGAACTGCCTAGGGAGTGTCAGAATGTGAAA  231

seq1  CAATCCTACCTCAATTCAAACTGAAAGCACTGCATCCCACAAAAAGTTCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTACCTCAATTCAAACTGAAAGCACTGCATCCCACAAAAAGTTCA  281

seq1  AAAGAAAGAAAGAAACAAACAAACAAACTTAAGGTGCCCCATATTCCAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGAAAGAAACAAACAAACAAACTTAAGGTGCCCCATATTCCAGG  331

seq1  TAAAGAGGAGAAATATGTGATGCCTGTTTTGACATGCCAGAGCAACAAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGGAGAAATATGTGATGCCTGTTTTGACATGCCAGAGCAACAAAA  381

seq1  ACATTTGAGGAATTTTCCTTAAATTCCAATCTACCAGTAGGCAGATCCAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGAGGAATTTTCCTTAAATTCCAATCTACCAGTAGGCAGATCCAA  431

seq1  AACTACAGTTAATGTATTATAAATATGCAACCAAAGATTAGCCAAAAATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAGTTAATGTATTATAAATATGCAACCAAAGATTAGCCAAAAATG  481

seq1  ATAGAATAAATCCTATAAAATCCATCTGTGAGAGTATACCAGTCTCTACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATAAATCCTATAAAATCCATCTGTGAGAGTATACCAGTCTCTACC  531

seq1  ACCTTCAAGGATACATTTCCTAACAAAGGCTACCTCTCTGCTGTACTTAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAAGGATACATTTCCTAACAAAGGCTACCTCTCTGCTGTACTTAA  581

seq1  TACTGTGTGTTCTGTAAGTGGCACAAAGTTAAGTGTGGAGCCAAGCTGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTGTTCTGTAAGTGGCACAAAGTTAAGTGTGGAGCCAAGCTGAG  631

seq1  ACAAACCAAAGTCCAGCTACAGCGGAGACACACCAGCAACAGTGGAGACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCAAAGTCCAGCTACAGCGGAGACACACCAGCAACAGTGGAGACA  681

seq1  TACCAGCAACAGCCCAATGCTTACCTACAGCTGCTTATAGCTGATACTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCAACAGCCCAATGCTTACCTACAGCTGCTTATAGCTGATACTGG  731

seq1  GAAGGTTTGCCTACAGCACTGTCATCCTGACAAGAAGCTCATTTACATCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTTGCCTACAGCACTGTCATCCTGACAAGAAGCTCATTTACATCC  781

seq1  CTAAGGATTAAAACTGAAATCTAAGCAGTTACTCGACTTATTCAACTCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGATTAAAACTGAAATCTAAGCAGTTACTCGACTTATTCAACTCTC  831

seq1  CGGAGTCTACACAGCAACGCTAGTGAAAATTCTGCCAACAGATTGTGTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGTCTACACAGCAACGCTAGTGAAAATTCTGCCAACAGATTGTGTTT  881

seq1  ATTTTCCAAACAGGCTGTCACACATTTCCTGTCCCATGTGCTCCTCCAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCAAACAGGCTGTCACACATTTCCTGTCCCATGTGCTCCTCCAGA  931

seq1  GCATCAAGCAAATTCCTTCAAACTGGATGGGGTTTTATGACTGTCACCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAAGCAAATTCCTTCAAACTGGATGGGGTTTTATGACTGTCACCTA  981

seq1  AGAGAGTTCTGTGCAAGTGGCTGTAAAGTGACTCTGTACTCCAGGCCTGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTTCTGTGCAAGTGGCTGTAAAGTGACTCTGTACTCCAGGCCTGC  1031

seq1  AGCCTTTCTTCCCTGAGAATGTATCTTTAGAACTCCATCCACTAGACAGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTCTTCCCTGAGAATGTATCTTTAGAACTCCATCCACTAGACAGC  1081

seq1  ACAGATCGCATGGAAAGGCACAGACCTGGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCGCATGGAAAGGCACAGACCTGGAATTC  1115

seq1: chr8_114229960_114230820
seq2: B6Ng01-006L09.g_66_924

seq1  GAATTCTTGCCCCCTCCCCTACACAGGGGCTCTCTGAGGATAGTTGCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCCCCCTCCCCTACACAGGGGCTCTCTGAGGATAGTTGCTGG  50

seq1  GTTGAGCAGAGCTAAGGATCTTGGAGAGACCAAGTACCTTAATGTTAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGCAGAGCTAAGGATCTTGGAGAGACCAAGTACCTTAATGTTAGGG  100

seq1  GGCTACACGGTCTGGAGCCCCAAAGTCCTTGCTCTGGCCTGCTGTGAACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACACGGTCTGGAGCCCCAAAGTCCTTGCTCTGGCCTGCTGTGAACG  150

seq1  TGTTCACTAGCCACCCTGGCCATGGCTGTCATGCTCTATGCCCATCTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACTAGCCACCCTGGCCATGGCTGTCATGCTCTATGCCCATCTATA  200

seq1  TCCACATGCTGAACTAGCCCTTAAGATTATCACTCGGGAGGATGCTGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATGCTGAACTAGCCCTTAAGATTATCACTCGGGAGGATGCTGCCC  250

seq1  CTGGCTCCTGGCCTTGGCGGGTATCTTTGAACATGAGGTGGGGGTTCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCCTGGCCTTGGCGGGTATCTTTGAACATGAGGTGGGGGTTCTGA  300

seq1  GCATGTAGTGGCTACTCTGGAGTTAAGAGTGTTCAGCTGAGACTTGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTAGTGGCTACTCTGGAGTTAAGAGTGTTCAGCTGAGACTTGTGAC  350

seq1  TTCCTGTTTTCTCATTGGAATTAGCAGTGTCTGTCTCTTGTAGGGGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTTTCTCATTGGAATTAGCAGTGTCTGTCTCTTGTAGGGGAACA  400

seq1  TCAAGGATTGGACTGTCACTACTGTTCACTGGAGGGGATGGGGGGGTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGATTGGACTGTCACTACTGTTCACTGGAGGGGATGGGGGGGTCTC  450

seq1  AATGAAGCCTGCCACAGGCTGCTGGAATCCTCTGGGAGTCGGGGAATGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCCTGCCACAGGCTGCTGGAATCCTCTGGGAGTCGGGGAATGAC  500

seq1  ACATTTCTAACTCCAGTCAAAACAGTGTCTAAAAGGAAAAGGATCTGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCTAACTCCAGTCAAAACAGTGTCTAAAAGGAAAAGGATCTGAGA  550

seq1  GACCACAGGCTGGGGACGAGCCATCCCCCAGTAGCAGGCAGGATAGCAGT  600
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAGGCTGGGGACGAGCCATTCCCCAGTAGCAGGCAGGATAGCAGT  600

seq1  CTGCTAGAGACGCCTACCTATCCAGTGGGGTCACCCGTCATCCTCACGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGAGACGCCTACCTATCCAGTGGGGTCACCCGTCATCCTCACGGG  650

seq1  CATGTACAGAAACTGAGACCCAGGGTAAGGGTGGTCAAGCTGTGGCTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACAGAAACTGAGACCCAGGGTAAGGGTGGTCAAGCTGTGGCTCAC  700

seq1  CCCACCAGCACACTTCTGTAGGGAGAGTCACCTTATGGCAGCCAGAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAGCACACTTCTGTAGGGAGAGTCACCTTATGGCAGCCAGAGCAC  750

seq1  CTGACACTGGCTCTGTCCAGGAGTGTCTGGGTGCCGAGGGACAGATGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACTGGCTCTGTCCAGGAGTGTCTGGGTGCCGAGGGACAGATGAGG  800

seq1  TAGTTGTGTGACCAAGGTAAGGTAGGTTAGGGGTCTTTGGGGACAGGGCC  850
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -AGTTGTGTGACCAAGGTAAGGTAGGTTA-GGGTCTTTGGGGACAGGGCC  848

seq1  TGCACATGAGT  861
      ||| |||||||
seq2  TGCCCATGAGT  859