BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008K23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 79,121,836 - 79,261,275
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700007B14Rik, LOC666036, LOC100039185, EG631594, LOC666226
Downstream geneLOC100039211, LOC384847, Nr3c2, Arhgap10, LOC100039235, AI931714, Tmem34, Ednra
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008K23.bB6Ng01-008K23.g
ACCDH844859DH844860
length1,1341,092
definitionDH844859|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008K23, 5' end.DH844860|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008K23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,260,118 - 79,261,275)(79,121,836 - 79,122,933)
sequence
gaattctgggaaggtgtagatcactcgataatatcctgacatagcacctt
ttcaacctccatttgcttgtaagaaatacatcatttattctcacttattt
attttgattactctagagtatcttgaccacagaatttcagaagtttttgc
tatactaatatttcttaacctagtcggtgtgattggctgcatatatctac
atcaaatatgcatttagagtctaagcaggtaaccacagagtatgattagg
gaggtctacctggcctattcaccaacccgttattagaggactctggttat
gctattaccaatctagtctacctcttccctaagccctcatcatacaggta
tgcgaatggaggcatttgtttgtttgtttgtttcttcaggaaaaaaatgg
cattacttgtgtcaaatatttggtccttgctcagaaaagagtgacttatg
cagaggagagtatcagccactgcacatgagcttccttgaatctgctgcaa
tactaaagtgaaactgttaaaagacctcatgtagactgggaaatccattg
agctctgattggtaagaccaacaggtcaaagagaaaggtaaaggatatca
gcatctaggtctttaggaaaatcaataacattgaagtattgctagagtca
ccagataaaaaagagggaaggcacaagtaaccagtattttgaatggaaag
aggaaagggaaggttaccaggagcatgcctgtgatctcagtactcagaat
gggagggagattcgaggtcaccctcaagcgcacagtgatatcaaagcaag
attgtgctacctacctatctcaaaactgcagcaacaaccactactgaaca
acaacaaaaaaaacccaaaccctaaacaacaacaacaacacaacacacaa
cacaatgaaacccaaagaagaaaaaaggcaactttaaaactgctgaatga
aggtggtacttaatcaatctgtaagtagtaaattaggaaagtagacttca
gcagactcatgtcacacattgaaaagagggaaagtatcataaaatgttag
tactaaaacattaaatgaattgtttatctgtgcatggatgtatgtgcatg
caagcatgtgtgccacagtgtgtatatttcacga
gaattcaattattgtcctcagccagaccccagaacacactacaattagaa
aaaagtcttaggtgagaatagtgaagcaaaatatttaataaaacatctaa
agggctgttttcaccaacaatatggtgaagatttgcagctttgtggtagt
tttccttgtattcttcaccgtccagaaccaatgagaaacaaagatgtgtg
atttacaatccctgtctgtctttggtattctgttacagcttcatctcatg
ctttgagtgcttaattaccagttagtgacacagtttggggagttggaagt
gggtctttggatagtgaactctgagagatgtagcccatccactctgctac
ttggtcagtgccatgccacaagctgcacctctgtgtgttgcttccccgag
ttaacatgctcccctgccactgaggcattctgcttcccaacccccacaca
atggactatgttcctaggagccaaagtaaatcattcctcccataagttac
ttcttgtatggtgacatgaaaagtaactaattagcgtgcccaaactaaga
caattggaatgtgaaatgttttcattgtgacatacatggaatggtttaag
tttgtcattcaaaactatgcttaggtaattatgcttggaacgccttcagc
caggaaaatgagcttgaagagaagcaatctagctacaatgactgtgttaa
gaaattgtaatcagaattttttgaattaaaaaaatgtgcaaactgataaa
tctgatcccatttcccaacatttgcacaacgaagaaattagattggaact
gcctctcctctgcgccattgtgaagatcaaaagagtaatagattcaagga
acagggagccttctcgacagacttctgaacaaatgtatcccaatcctctc
aaggaacaatgtctataggagctgaacactcttcagcaagtttgaatcca
tctgtgagaaaaatagcaaaacaggcttgggtttagttttagaaaaatta
gtcgaattgtggtctcttttaaagagggtgggtgcagaaataacttgtgt
gttcctcgtattggcaacttactgaatatcatacctggtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_79260118_79261275
seq2: B6Ng01-008K23.b_48_1181 (reverse)

seq1  TCGTGAATTTATTACACACTTGTGCACACATGCTTGCATGCACATACATA  50
      ||||||| |   ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCGTGAAAT--ATACACACTGTGGCACACATGCTTGCATGCACATACAT-  47

seq1  CCATGCACATGATAAACAAATCAATTAATATGTTTTAGTAACTAAACATT  100
      ||||||||| ||||||||| ||| |||  |||||||||| ||| ||||||
seq2  CCATGCACA-GATAAACAATTCATTTA--ATGTTTTAGT-ACT-AACATT  92

seq1  TTTAATGAATACTTTTCCCTCTTTTTCAATGTGTGACATGAGTCTTGCCT  150
      ||  ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||  
seq2  TT--ATG-ATAC-TTTCCCTC-TTTTCAATGTGTGACATGAGTC-TGC--  134

seq1  TGAAGTCTACTTTCCTAATTTTAACTACTTACAGATTGATTAAGTACCAC  200
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCTACTTTCCTAATTT--ACTACTTACAGATTGATTAAGTACCAC  182

seq1  CTTCATTCAGCAGTTTTAAAGTTTGCCTTTTTTCTTCTTTGGGTTTTCAT  250
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTCATTCAGCAGTTTTAAAG-TTGCCTTTTTTCTTCTTTGGG-TTTCAT  230

seq1  TGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTAGGGTTTGGGTTTTT  300
      || ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TG-TGTTGT--GTGTTG-TGTTGTTGTTGTTGTTTAGGGTTTGGGTTTTT  276

seq1  TTTGTTGTTGTTCAGTAGTGGTTGTTGCTGCAGTTTTGAGATAGGTAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTTGTTCAGTAGTGGTTGTTGCTGCAGTTTTGAGATAGGTAGGT  326

seq1  AGCACAATCTTGCTTTGATATCACTGTGCGCTTGAGGGTGACCTCGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAATCTTGCTTTGATATCACTGTGCGCTTGAGGGTGACCTCGAATC  376

seq1  TCCCTCCCATTCTGAGTACTGAGATCACAGGCATGCTCCTGGTAACCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCATTCTGAGTACTGAGATCACAGGCATGCTCCTGGTAACCTTC  426

seq1  CCTTTCCTCTTTCCATTCAAAATACTGGTTACTTGTGCCTTCCCTCTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTCTTTCCATTCAAAATACTGGTTACTTGTGCCTTCCCTCTTTT  476

seq1  TTATCTGGTGACTCTAGCAATACTTCAATGTTATTGATTTTCCTAAAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGGTGACTCTAGCAATACTTCAATGTTATTGATTTTCCTAAAGAC  526

seq1  CTAGATGCTGATATCCTTTACCTTTCTCTTTGACCTGTTGGTCTTACCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGCTGATATCCTTTACCTTTCTCTTTGACCTGTTGGTCTTACCAA  576

seq1  TCAGAGCTCAATGGATTTCCCAGTCTACATGAGGTCTTTTAACAGTTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTCAATGGATTTCCCAGTCTACATGAGGTCTTTTAACAGTTTCA  626

seq1  CTTTAGTATTGCAGCAGATTCAAGGAAGCTCATGTGCAGTGGCTGATACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTATTGCAGCAGATTCAAGGAAGCTCATGTGCAGTGGCTGATACT  676

seq1  CTCCTCTGCATAAGTCACTCTTTTCTGAGCAAGGACCAAATATTTGACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGCATAAGTCACTCTTTTCTGAGCAAGGACCAAATATTTGACAC  726

seq1  AAGTAATGCCATTTTTTTCCTGAAGAAACAAACAAACAAACAAATGCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATGCCATTTTTTTCCTGAAGAAACAAACAAACAAACAAATGCCTC  776

seq1  CATTCGCATACCTGTATGATGAGGGCTTAGGGAAGAGGTAGACTAGATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCGCATACCTGTATGATGAGGGCTTAGGGAAGAGGTAGACTAGATTG  826

seq1  GTAATAGCATAACCAGAGTCCTCTAATAACGGGTTGGTGAATAGGCCAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGCATAACCAGAGTCCTCTAATAACGGGTTGGTGAATAGGCCAGG  876

seq1  TAGACCTCCCTAATCATACTCTGTGGTTACCTGCTTAGACTCTAAATGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCTCCCTAATCATACTCTGTGGTTACCTGCTTAGACTCTAAATGCA  926

seq1  TATTTGATGTAGATATATGCAGCCAATCACACCGACTAGGTTAAGAAATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGATGTAGATATATGCAGCCAATCACACCGACTAGGTTAAGAAATA  976

seq1  TTAGTATAGCAAAAACTTCTGAAATTCTGTGGTCAAGATACTCTAGAGTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATAGCAAAAACTTCTGAAATTCTGTGGTCAAGATACTCTAGAGTA  1026

seq1  ATCAAAATAAATAAGTGAGAATAAATGATGTATTTCTTACAAGCAAATGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAATAAATAAGTGAGAATAAATGATGTATTTCTTACAAGCAAATGG  1076

seq1  AGGTTGAAAAGGTGCTATGTCAGGATATTATCGAGTGATCTACACCTTCC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGAAAAGGTGCTATGTCAGGATATTATCGAGTGATCTACACCTTCC  1126

seq1  CAGAATTC  1158
      ||||||||
seq2  CAGAATTC  1134

seq1: chr8_79121836_79122933
seq2: B6Ng01-008K23.g_68_1159

seq1  GAATTCAATTATTGTCCTCAGCCAGACCCCAGAACACACTACAATTAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTATTGTCCTCAGCCAGACCCCAGAACACACTACAATTAGAA  50

seq1  AAAAGTCTTAGGTGAGAATAGTGAAGCAAAATATTTAATAAAACATCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCTTAGGTGAGAATAGTGAAGCAAAATATTTAATAAAACATCTAA  100

seq1  AGGGCTGTTTTCACCAACAATATGGTGAAGATTTGCAGCTTTGTGGTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGTTTTCACCAACAATATGGTGAAGATTTGCAGCTTTGTGGTAGT  150

seq1  TTTCCTTGTATTCTTCACCGTCCAGAACCAATGAGAAACAAAGATGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGTATTCTTCACCGTCCAGAACCAATGAGAAACAAAGATGTGTG  200

seq1  ATTTACAATCCCTGTCTGTCTTTGGTATTCTGTTACAGCTTCATCTCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAATCCCTGTCTGTCTTTGGTATTCTGTTACAGCTTCATCTCATG  250

seq1  CTTTGAGTGCTTAATTACCAGTTAGTGACACAGTTTGGGGAGTTGGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGTGCTTAATTACCAGTTAGTGACACAGTTTGGGGAGTTGGAAGT  300

seq1  GGGTCTTTGGATAGTGAACTCTGAGAGATGTAGCCCATCCACTCTGCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTTGGATAGTGAACTCTGAGAGATGTAGCCCATCCACTCTGCTAC  350

seq1  TTGGTCAGTGCCATGCCACAAGCTGCACCTCTGTGTGTTGCTTCCCCGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCAGTGCCATGCCACAAGCTGCACCTCTGTGTGTTGCTTCCCCGAG  400

seq1  TTAACATGCTCCCCTGCCACTGAGGCATTCTGCTTCCCAACCCCCACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATGCTCCCCTGCCACTGAGGCATTCTGCTTCCCAACCCCCACACA  450

seq1  ATGGACTATGTTCCTAGGAGCCAAAGTAAATCATTCCTCCCATAAGTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTATGTTCCTAGGAGCCAAAGTAAATCATTCCTCCCATAAGTTAC  500

seq1  TTCTTGTATGGTGACATGAAAAGTAACTAATTAGCGTGCCCAAACTAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTATGGTGACATGAAAAGTAACTAATTAGCGTGCCCAAACTAAGA  550

seq1  CAATTGGAATGTGAAATGTTTTCATTGTGACATACATGGAATGGTTTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGGAATGTGAAATGTTTTCATTGTGACATACATGGAATGGTTTAAG  600

seq1  TTTGTCATTCAAAACTATGCTTAGGTAATTATGCTTGGAACGCCTTCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATTCAAAACTATGCTTAGGTAATTATGCTTGGAACGCCTTCAGC  650

seq1  CAGGAAAATGAGCTTGAAGAGAAGCAATCTAGCTACAATGACTGTGTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAATGAGCTTGAAGAGAAGCAATCTAGCTACAATGACTGTGTTAA  700

seq1  GAAATTGTAATCAGAATTTTTTGAATTAAAAAAATGTGCAAACTGATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGTAATCAGAATTTTTTGAATTAAAAAAATGTGCAAACTGATAAA  750

seq1  TCTGATCCCATTTCCCAACATTTGCACAACGAAGAAATTAGATTGGAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCCCATTTCCCAACATTTGCACAACGAAGAAATTAGATTGGAACT  800

seq1  GCC-CCCCTCTGCGCCATTGTGAAGATCAAAAGAGTAATAGATTCAAGGA  849
      ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCCTCTGCGCCATTGTGAAGATCAAAAGAGTAATAGATTCAAGGA  850

seq1  ACAGGGAGCCTTCTCGACAGACTTCTGAACAAATGTATCCCAATCCTCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGAGCCTTCTCGACAGACTTCTGAACAAATGTATCCCAATCCTCTC  900

seq1  AAGGAACAATGTCTATAGGAGCTGAACACTCTTCAGCAAGTTTGAATCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACAATGTCTATAGGAGCTGAACACTCTTCAGCAAGTTTGAATCCA  950

seq1  TCTGTGAGAAAAAATAGCAAAAACAGGCTT-GGTTTAGTTTTAGAATAAT  998
      |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  TCTGTGAG-AAAAATAGC-AAAACAGGCTTGGGTTTAGTTTTAGAAAAAT  998

seq1  TAGTCGAATTGGTGGTCTCTTTTTAAAGAGTGTGGGTGCCAGATAT-ACT  1047
      |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| || |||
seq2  TAGTCGAATT-GTGGTCTC-TTTTAAAGAGGGTGGGTG-CAGAAATAACT  1045

seq1  TGTGTTGTTTCCTCGTTATTGTCAACTTTACTG-ATATCATACCTGTGTG  1096
      |||||   ||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||| |||
seq2  TGTGT--GTTCCTCG-TATTGGCAAC-TTACTGAATATCATACCTG-GTG  1090

seq1  TG  1098
      ||
seq2  TG  1092