BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-011K23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 103,158,885 - 103,298,513
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384895
Upstream geneLOC667531, LOC100042069, LOC436054, LOC100042078, LOC100042086, LOC100042092
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-011K23.bB6Ng01-011K23.g
ACCDH846999DH847000
length1,1371,016
definitionDH846999|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011K23, 5' end.DH847000|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011K23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,297,359 - 103,298,513)(103,158,885 - 103,159,900)
sequence
gaattcacagggctctgcaaaattcccgataatggacatagaccacaact
tgaagttaagaaatgcatgccacacgaaaggtaatatcttagttgaccta
ccctccattcatcaggagaaaaagacaagcccccaaagagctttaagtac
cacagatgtgttagaattgggtaatctcatggacctgaggttaaaataag
attttttttgaacagtacatgaaactaaatcacgaatgatagatgtgcat
tttggctgatcttcggtcagggtccttgacagcttttatacaaaggatac
cattatataagaacataatcatgaccccaggagagatttataagcaaatt
agaagtatttataaggtaaaaatgttagggtaattcatgacttcacaagc
ttaaaatatggtacagaaattttctataagaattaaagggagaataaagg
atctaatgaataattttattggcaatgataatttacacaaatttccttca
gaaatcctaatccctttctttgtctgcctgtatgtctgtctgtctttcac
atataaataaccgagcaaatattaagacagaaattatagaaatgagaaat
aacagaagctaaattgttttcagtgcatgaagaatagtattttcagctca
aattttcttggtatggaaagagcactgaaatacactgaattttatgattt
tcatctttcttggaccaagaaggccatgcagatgtgaagacgttaatatg
atggattccaagttagttaaaaaggcacactttcaatagccattcctcca
tcatcaatgcatatgatgtaaatagtaaaagattggaatgaagtgtggaa
gttagcaaatttggaatttgtgtattaacagaattatatgtaaatatatt
ttagttaaatttatatcttcataaagttatggcaattagacctaattcat
gtgaatttaaatattagtattttaacatcaggacttctgtttaaaagcta
gttagtggtacacttctgtcatgaaaaccagataaatatgttaaatataa
tgcattgtcctcggcatacaaattaagctatgctgcataagagaatccga
gtacttctcttacacgatgttctgtgtttacctgtac
gaattctttctactgttttctagggaggagttcagggcttgtgttattgg
taggattgtaaccgaagtagtgatgtatctttctcaatggattctattga
caatggtgagattttatttattctctttgggattgatccttggtaaattg
gtaccagtttcacaagtttcctccaatattgaaacactgaaccattccac
ccatcattcagtctgaaaggaagcccctcaggcagaaaggcaacaaaaga
tctcaaaatggtccctggaattgatcagattcactaggctccttccctgc
cagagatcaataaatgctgagagtccctctcagatgaaaggaagctgagc
tgcaaagaagactctcaaaagagcaaccctcataccagctgtctggaaga
agtttagaccaactgaggcacctggaatggacattctccagccctttgat
ccatctacatgttgtgcagttttccaggttcccagcttttgtgagctgtc
acctatgctgggtaggctttggcgatgcagctgtctttgagttatttcta
ctcctgtaactaacccctcactgatattcctacatgtatccccaataaaa
ggtattagttcaccaagtaggactttcatggtatgggcactttggtctgt
cctgggctccttatgcagaagagaaacaaattttgtcacacaacactacc
tactaggttttataactgtaaaattctattttattctttgtaattagcaa
gcatattatgtgtgagaagatattttgaagagcacttaaatttctataat
tgaccatgatgggacagtttcctaaaagacaaatgtactagtcaggacca
gctgaactatgctgagaggatttaggtaagtaaccctgtgttctgccgaa
gaactgagatatgtatcaatgcattcaaatttctcagtcaagcaagggaa
gtgctttgaaactctggactcacgttgatgggagggctctcaactcttcc
aaaacgttgcttagcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_103297359_103298513
seq2: B6Ng01-011K23.b_48_1184 (reverse)

seq1  GTACAGTGTTAAAACACAGAACAAATTGTGGTATAGAGAAGTTACTCGGA  50
      |||||| ||  |||||||||||  || || ||| ||||||| ||||||||
seq2  GTACAG-GT--AAACACAGAAC--ATCGT-GTA-AGAGAAG-TACTCGGA  42

seq1  TTTCTCTTATTACAAGCATAGC-TATATTGTATTGGCCGAGGACAATGCA  99
       |||||||||    |||||||| ||  ||||||  |||||||||||||||
seq2  -TTCTCTTAT--GCAGCATAGCTTAATTTGTAT--GCCGAGGACAATGCA  87

seq1  TTATATTTTAACATATTTATCTGGTTTTCATGACAGAAGTGTACCACTAA  149
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATA-TTTAACATATTTATCTGGTTTTCATGACAGAAGTGTACCACTAA  136

seq1  CTAGCTTTTAAACAGAAGTCCTGATGTTTAAAAATACTAATATTTTAAAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||
seq2  CTAGCTTTTAAACAGAAGTCCTGATGTT--AAAATACTAATA-TTTAAAT  183

seq1  TCACATGAATTAGGTCTAATTGCCATAACTTTATTGAAGATATAAATTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TCACATGAATTAGGTCTAATTGCCATAACTTTA-TGAAGATATAAA-TTT  231

seq1  AACTAAAATATATTTACATATAATTCTGTTAATACACAAATTCCAAATTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAAATATATTTACATATAATTCTGTTAATACACAAATTCCAAATTT  281

seq1  GCTAACTTCCACACTTCATTCCAATCTTTTACTATTTACATCATATGCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTTCCACACTTCATTCCAATCTTTTACTATTTACATCATATGCAT  331

seq1  TGATGATGGAGGAATGGCTATTGAAAGTGTGCCTTTTTAACTAACTTGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGGAGGAATGGCTATTGAAAGTGTGCCTTTTTAACTAACTTGGA  381

seq1  ATCCATCATATTAACGTCTTCACATCTGCATGGCCTTCTTGGTCCAAGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCATATTAACGTCTTCACATCTGCATGGCCTTCTTGGTCCAAGAA  431

seq1  AGATGAAAATCATAAAATTCAGTGTATTTCAGTGCTCTTTCCATACCAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAAATCATAAAATTCAGTGTATTTCAGTGCTCTTTCCATACCAAG  481

seq1  AAAATTTGAGCTGAAAATACTATTCTTCATGCACTGAAAACAATTTAGCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTGAGCTGAAAATACTATTCTTCATGCACTGAAAACAATTTAGCT  531

seq1  TCTGTTATTTCTCATTTCTATAATTTCTGTCTTAATATTTGCTCGGTTAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTATTTCTCATTTCTATAATTTCTGTCTTAATATTTGCTCGGTTAT  581

seq1  TTATATGTGAAAGACAGACAGACATACAGGCAGACAAAGAAAGGGATTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTGAAAGACAGACAGACATACAGGCAGACAAAGAAAGGGATTAG  631

seq1  GATTTCTGAAGGAAATTTGTGTAAATTATCATTGCCAATAAAATTATTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTGAAGGAAATTTGTGTAAATTATCATTGCCAATAAAATTATTCA  681

seq1  TTAGATCCTTTATTCTCCCTTTAATTCTTATAGAAAATTTCTGTACCATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCCTTTATTCTCCCTTTAATTCTTATAGAAAATTTCTGTACCATA  731

seq1  TTTTAAGCTTGTGAAGTCATGAATTACCCTAACATTTTTACCTTATAAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGCTTGTGAAGTCATGAATTACCCTAACATTTTTACCTTATAAAT  781

seq1  ACTTCTAATTTGCTTATAAATCTCTCCTGGGGTCATGATTATGTTCTTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAATTTGCTTATAAATCTCTCCTGGGGTCATGATTATGTTCTTAT  831

seq1  ATAATGGTATCCTTTGTATAAAAGCTGTCAAGGACCCTGACCGAAGATCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGTATCCTTTGTATAAAAGCTGTCAAGGACCCTGACCGAAGATCA  881

seq1  GCCAAAATGCACATCTATCATTCGTGATTTAGTTTCATGTACTGTTCAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAATGCACATCTATCATTCGTGATTTAGTTTCATGTACTGTTCAAA  931

seq1  AAAAATCTTATTTTAACCTCAGGTCCATGAGATTACCCAATTCTAACACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTTATTTTAACCTCAGGTCCATGAGATTACCCAATTCTAACACA  981

seq1  TCTGTGGTACTTAAAGCTCTTTGGGGGCTTGTCTTTTTCTCCTGATGAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTACTTAAAGCTCTTTGGGGGCTTGTCTTTTTCTCCTGATGAAT  1031

seq1  GGAGGGTAGGTCAACTAAGATATTACCTTTCGTGTGGCATGCATTTCTTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTAGGTCAACTAAGATATTACCTTTCGTGTGGCATGCATTTCTTA  1081

seq1  ACTTCAAGTTGTGGTCTATGTCCATTATCGGGAATTTTGCAGAGCCCTGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAGTTGTGGTCTATGTCCATTATCGGGAATTTTGCAGAGCCCTGT  1131

seq1  GAATTC  1155
      ||||||
seq2  GAATTC  1137

seq1: chr8_103158885_103159900
seq2: B6Ng01-011K23.g_67_1082

seq1  GAATTCTTTCTACTGTTTTCTAGGGAGGAGTTCAGGGCTTGTGTTATTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTACTGTTTTCTAGGGAGGAGTTCAGGGCTTGTGTTATTGG  50

seq1  TAGGATTGTAACCGAAGTAGTGATGTATCTTTCTCAATGGATTCTATTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTGTAACCGAAGTAGTGATGTATCTTTCTCAATGGATTCTATTGA  100

seq1  CAATGGTGAGATTTTATTTATTCTCTTTGGGATTGATCCTTGGTAAATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTGAGATTTTATTTATTCTCTTTGGGATTGATCCTTGGTAAATTG  150

seq1  GTACCAGTTTCACAAGTTTCCTCCAATATTGAAACACTGAACCATTCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGTTTCACAAGTTTCCTCCAATATTGAAACACTGAACCATTCCAC  200

seq1  CCATCATTCAGTCTGAAAGGAAGCCCCTCAGGCAGAAAGGCAACAAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATTCAGTCTGAAAGGAAGCCCCTCAGGCAGAAAGGCAACAAAAGA  250

seq1  TCTCAAAATGGTCCCTGGAATTGATCAGATTCACTAGGCTCCTTCCCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAATGGTCCCTGGAATTGATCAGATTCACTAGGCTCCTTCCCTGC  300

seq1  CAGAGATCAATAAATGCTGAGAGTCCCTCTCAGATGAAAGGAAGCTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATCAATAAATGCTGAGAGTCCCTCTCAGATGAAAGGAAGCTGAGC  350

seq1  TGCAAAGAAGACTCTCAAAAGAGCAACCCTCATACCAGCTGTCTGGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGAAGACTCTCAAAAGAGCAACCCTCATACCAGCTGTCTGGAAGA  400

seq1  AGTTTAGACCAACTGAGGCACCTGGAATGGACATTCTCCAGCCCTTTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGACCAACTGAGGCACCTGGAATGGACATTCTCCAGCCCTTTGAT  450

seq1  CCATCTACATGTTGTGCAGTTTTCCAGGTTCCCAGCTTTTGTGAGCTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTACATGTTGTGCAGTTTTCCAGGTTCCCAGCTTTTGTGAGCTGTC  500

seq1  ACCTATGCTGGGTAGGCTTTGGCGATGCAGCTGTCTTTGAGTTATTTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATGCTGGGTAGGCTTTGGCGATGCAGCTGTCTTTGAGTTATTTCTA  550

seq1  CTCCTGTAACTAACCCCTCACTGATATTCCTACATGTATCCCCAATAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTAACTAACCCCTCACTGATATTCCTACATGTATCCCCAATAAAA  600

seq1  GGTATTAGTTCACCAAGTAGGACTTTCATGGTATGGGCACTTTGGTCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTAGTTCACCAAGTAGGACTTTCATGGTATGGGCACTTTGGTCTGT  650

seq1  CCTGGGCTCCTTATGCAGAAGAGAAACAAATTTTGTCACACAACACTACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCTCCTTATGCAGAAGAGAAACAAATTTTGTCACACAACACTACC  700

seq1  TACTAGGTTTTATAACTGTAAAATTCTA-TTTATTCTTTGTAATTAGCAA  749
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGGTTTTATAACTGTAAAATTCTATTTTATTCTTTGTAATTAGCAA  750

seq1  GCATATTATGTGTGAGAAGATATTTTGAAGAGCACTTAAATTTCTATAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTATGTGTGAGAAGATATTTTGAAGAGCACTTAAATTTCTATAAT  800

seq1  TGACCATGATGGGACAGTTTCCTAAAAGACAAATGTACTAGTCAGGACCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATGATGGGACAGTTTCCTAAAAGACAAATGTACTAGTCAGGACCA  850

seq1  GCTGAACTATGCTGAGAGGATTTAGGTAAGTAACCCTGTGTTCTGCCGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACTATGCTGAGAGGATTTAGGTAAGTAACCCTGTGTTCTGCCGAA  900

seq1  GAACTGAGATATGTATCAATGCATTCAAACTTCCCAGTCAAGCAAGGG-A  948
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
seq2  GAACTGAGATATGTATCAATGCATTCAAATTTCTCAGTCAAGCAAGGGAA  950

seq1  GTGCTTTGAAACCCTGGAC-CACGTTGGAATTGGGGAGGGCTC-CCACCC  996
      |||||||||||| |||||| |||||||  ||  |||||||||| | || |
seq2  GTGCTTTGAAACTCTGGACTCACGTTG--AT--GGGAGGGCTCTCAACTC  996

seq1  TCCAAAAACGTTGCTTAGCG  1016
      | | ||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAACGTTGCTTAGCG  1016