BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012N21
Chromosome8 (Build37)
Map Location 27,787,033 - 27,936,484
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneWhsc1l1, Ppapdc1, Bag4, Lsm1, Star, Ash2l, Kcnu1, Hgsnat, 4930444A02Rik, Fnta, Hook3, 1700047A11Rik, Rnf170, Thap1
Downstream geneZfp703, Erlin2, Prosc, Gpr124, Brf2, Rab11fip1, Got1l1, Adrb3, Eif4ebp1, LOC732482, Tex24, Chrnb3, Chrna6, 4921537P18Rik, Gm1698
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012N21.bB6Ng01-012N21.g
ACCDH847833DH847834
length1,1441,148
definitionDH847833|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012N21, 5' end.DH847834|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012N21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,787,033 - 27,788,199)(27,935,319 - 27,936,484)
sequence
gaattcagactgacatgaagggttattaggtcaggctatgcttcatcaca
gaagtcctggggacccagtacagggggagaaaaagtgattatgaatccgt
gctcagaagactaaacaggaatccccttccctcgatgcttaaatgtcttg
caggcatgtctaacctttagacattgttagctacaaagtccatgctcgaa
accactaaaaaaactgaatcaccaaaacaaaacaaaacattgcagaacaa
aatctcaaagcatcttaagtaagtttgtgattttgtgtgggactttatcc
atagctgtcctggggtccacgaagcccatgggtcacatgttgagcatgcc
tctaagaaagggacaataacttctcagagccttataggagaatgtaggga
accaagggaccgggaagagcttagcaaaccattcccaaggagcctagcac
tgactgcaagactcaacttcaaacgcatgaagcacttaagaaacacaggt
gagttgaaacgatgatctgaaaataagtaagtgaatgaaacaggtggtgg
cgtcaccctggacattactgacattttctcccaagagctgaagctgactg
caccctcacagtctgacccccgggctttttccacagagccacttgccaca
ggtgaacgatccccgatcaatctgctctcctcccaaccttgacctaaacc
tccctctctgcccaagtctgtctgtctcaaggtagttggtcctttgtgaa
gtccgaacttcagttgattgtctgggctcatcacattctgcctgtcatta
caaggtcaagaaatgtagccactaagacacacaactcttcaaggccttct
gggttccgcagcccaagccctgtcttggggaagctgtcttccgcctgttt
ttttttccttgtgcgccccttttcttctcccgccccttcccccctttcac
caaacagatgtaactatttattccttatgtcctagtttcctgtatttcat
aaagtgcaaatttgctgtctgctccaaatgcgagtcgtgttgtcacaaca
gtcatcagtaactgtcgctttctgcgcggctaatacccactcttctcata
gcatgtcgtgcctgtaagatggaaggcctgatattctacaacag
gaattccaatattaaagtactggcatctggcaagggctgctgctgtacca
catcctgatggaagacattatgtggcaaaagagctccttagagagagaga
ggatgggaatatgaacactgaagaagttgggcttgatccttaacaaacac
agccctgggatagctagccacacagggtgatatccttggcagtcttgagg
atattgccctcatgaccaatttccttttaaagtccaacctctaaatgctg
ttagaatcactgcaatctcaacatgtcttttggatagcattttttatatc
gtagcccccgccccctaaatacactcaacataaggcagggtgagtccatt
ttttgaactacagtattttgttcctataggcagccctcgagtgggtccct
ttccttcccagtgaagcccaactggtaaaagtctgtgaagctcacggcat
atagtgactggcaactattgcggactaaccctcaatagtatggtgagatg
tcaatgtataagatgggctcctgagctgccagtgaggttgatctgtgaag
cctggctttgctactttgcctctggtatccaataggcacgttcactctgg
acagagcatccgggattgagctcctttgtggagcaaagcttatacatcag
ccctgtggactggtctcctctgaaagaacttctgtaagttagagagaggt
ttactccccctccccttaaaacagttcagtattgattgtctctgttcctc
agacaaacatcaggtatgctcaataaccacttactatatactggcattct
ctatagcagtagggtaccgggcagtgggtgcagagaactgaataaggcac
acggagacctcaactgggaaacgctaataacagctcagcaagtacgtctt
gacttgtcacacactttgtgatgcttatgccattaggaccactttacagt
ccagacatgaaacttggagggtttgcatttgaaggagctacagctcaggc
ccaaatgtttcacttccacctccaggtgcatccactgggagctgccagat
gtggaatcactgcttcccaagttcatggtacagttctgaaaccatctggt
ctgatgcactggattcccagccatatgagtccagatctgttcggaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_27787033_27788199
seq2: B6Ng01-012N21.b_44_1187

seq1  GAATTCAGACTGACATGAAGGGTTATTAGGTCAGGCTATGCTTCATCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACTGACATGAAGGGTTATTAGGTCAGGCTATGCTTCATCACA  50

seq1  GAAGTCCTGGGGACCCAGTACAGGGGGAGAAAAAGTGATTATGAATCCGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCTGGGGACCCAGTACAGGGGGAGAAAAAGTGATTATGAATCCGT  100

seq1  GCTCAGAAGACTAAACAGGAATCCCCTTCCCTCGATGCTTAAATGTCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAAGACTAAACAGGAATCCCCTTCCCTCGATGCTTAAATGTCTTG  150

seq1  CAGGCATGTCTAACCTTTAGACATTGTTAGCTACAAAGTCCATGCTCGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATGTCTAACCTTTAGACATTGTTAGCTACAAAGTCCATGCTCGAA  200

seq1  ACCACTAAAAAAACTGAATCACCAAAACAAAACAAAACATTGCAGAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTAAAAAAACTGAATCACCAAAACAAAACAAAACATTGCAGAACAA  250

seq1  AATCTCAAAGCATCTTAAGTAAGTTTGTGATTTTGTGTGGGACTTTATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCAAAGCATCTTAAGTAAGTTTGTGATTTTGTGTGGGACTTTATCC  300

seq1  ATAGCTGTCCTGGGGTCCACGAAGCCCATGGGTCACATGTTGAGCATGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGTCCTGGGGTCCACGAAGCCCATGGGTCACATGTTGAGCATGCC  350

seq1  TCTAAGAAAGGGACAATAACTTCTCAGAGCCTTATAGGAGAATGTAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGAAAGGGACAATAACTTCTCAGAGCCTTATAGGAGAATGTAGGGA  400

seq1  ACCAAGGGACCGGGAAGAGCTTAGCAAACCATTCCCAAGGAGCCTAGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGGACCGGGAAGAGCTTAGCAAACCATTCCCAAGGAGCCTAGCAC  450

seq1  TGACTGCAAGACTCAACTTCAAACGCATGAAGCACTTAAGAAACACAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCAAGACTCAACTTCAAACGCATGAAGCACTTAAGAAACACAGGT  500

seq1  GAGTTGAAACGATGATCTGAAAATAAGTAAGTGAATGAAACAGGTGGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGAAACGATGATCTGAAAATAAGTAAGTGAATGAAACAGGTGGTGG  550

seq1  CGTCACCCTGGACATTACTGACATTTTCTCCCAAGAGCTGAAGCTGACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCACCCTGGACATTACTGACATTTTCTCCCAAGAGCTGAAGCTGACTG  600

seq1  CACCCTCACAGTCTGACCCCCGGGCTTTTTCCACAGAGCCACTTGCCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCACAGTCTGACCCCCGGGCTTTTTCCACAGAGCCACTTGCCACA  650

seq1  GGTGAACGATCCCCGATCAATCTGCTCTCCTCCCAACCTTGACCTAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACGATCCCCGATCAATCTGCTCTCCTCCCAACCTTGACCTAAACC  700

seq1  TCCCTCTCTGCCCAAGTCTGTCTGTCTCAAGGTAGTTGGTCCTTTGTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCTGCCCAAGTCTGTCTGTCTCAAGGTAGTTGGTCCTTTGTGAA  750

seq1  GTCCGAACTTCAGTTGATTGTCTGGGCTCATCACATTCTGCCTGTCATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGAACTTCAGTTGATTGTCTGGGCTCATCACATTCTGCCTGTCATTA  800

seq1  CAAGGTCAAGAAATGTAGCCACTAAGACACACAACTCTTCAAGGCCTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCAAGAAATGTAGCCACTAAGACACACAACTCTTCAAGGCCTTCT  850

seq1  GGGTTCCGCAGCCCAAGCCCTGTCTTGGGGAAGCTGTCTTCCGCCTGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCGCAGCCCAAGCCCTGTCTTGGGGAAGCTGTCTTCCGCCTGTTT  900

seq1  TTTTTTCCTTGTGCGCCCCTTTTTCTTTCTCCCCGCCCCTTCCCCCCTTT  950
      |||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCTTGTGCGCCCCTTTT--CTTCT-CCCGCCCCTTCCCCCCTTT  947

seq1  CACCAAACAGATGTAACTATTTATTCCTTATGTCCTAGTTTTCCTGTAAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  CACCAAACAGATGTAACTATTTATTCCTTATGTCCTAG-TTTCCTGT-AT  995

seq1  TTCATAAAGTGCAAATTTGCTGTCCTGCTCCCAAATGCCGAGTCGGTGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||  
seq2  TTCATAAAGTGCAAATTTGCTGT-CTGCT-CCAAATG-CGAGTC-GTG--  1039

seq1  TTGTCACAACAGTCATCAGTAACTGTCGCTTTCTGCCGCGGGCTTAATTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||  
seq2  TTGTCACAACAGTCATCAGTAACTGTCGCTTTCTG-CGCGG--CTAAT--  1084

seq1  ACCCACTC-TCTCATTAGCATGTCCGTGCGCTTGTAAGGAATGAAAGCCT  1149
      |||||||| ||||| |||||||||   | || ||||| ||  ||| ||||
seq2  ACCCACTCTTCTCA-TAGCATGTC---GTGCCTGTAA-GATGGAAGGCCT  1129

seq1  GATTATTTTCTACAACAG  1167
      |   || |||||||||||
seq2  G---ATATTCTACAACAG  1144

seq1: chr8_27935319_27936484
seq2: B6Ng01-012N21.g_66_1213 (reverse)

seq1  GGGTCCGAACAAGATCCTTGGGAACCATCATATGTGCTGGG-ATCCAGTG  49
      |||||||||| |||||  |||  ||  ||||||| |||||| ||||||||
seq2  GGGTCCGAAC-AGATC--TGG--AC--TCATATG-GCTGGGAATCCAGTG  42

seq1  CATCAGCACAGATGGTTCGGGACCTGTACCATGAGACTTGGCGAAGCAGT  99
      ||||||  |||||||||   || ||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  CATCAGACCAGATGGTTTCAGAACTGTACCATGA-ACTTGG-GAAGCAGT  90

seq1  GAATCCACATCTGGCAGCTTCCCAAGGTGGAATGCACCTGGA-GTTGAAG  148
      || ||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| || ||||
seq2  GATTCCACATCTGGCAGC-TCCCA--GTGG-ATGCACCTGGAGGTGGAAG  136

seq1  TGAAAACATTTGGGCCTTGAGCTGTAGCTCCTTCAAATGCAAACCCTCCA  198
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TG-AAACATTTGGGCC-TGAGCTGTAGCTCCTTCAAATGCAAACCCTCCA  184

seq1  AGTTTTCATGTCCTGGACTGTAAAGTGGTCCTAATGGCATAAGCATCACA  248
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TTTCATGT-CTGGACTGTAAAGTGGTCCTAATGGCATAAGCATCACA  232

seq1  AAGTTGTTGTGACAAGTCAAGACGTACTTGCTGAGCTGTTATTAGCGTTT  298
      ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGT--GTGTGACAAGTCAAGACGTACTTGCTGAGCTGTTATTAGCGTTT  280

seq1  CCCAGTTGAGGTCTCCGTGTGCCTTATTCAGTTCTCTGCACCCACTGCCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTTGAGGTCTCCGTGTGCCTTATTCAGTTCTCTGCACCCACTGCCC  330

seq1  GGTACCCTACTGCTATAGAGAATGCCAGTATATAGTAAGTGGTTATTGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCCTACTGCTATAGAGAATGCCAGTATATAGTAAGTGGTTATTGAG  380

seq1  CATACCTGATGTTTGTCTGAGGAACAGAGACAATCAATACTGAACTGTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTGATGTTTGTCTGAGGAACAGAGACAATCAATACTGAACTGTTT  430

seq1  TAAGGGGAGGGGGAGTAAACCTCTCTCTAACTTACAGAAGTTCTTTCAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGGAGGGGGAGTAAACCTCTCTCTAACTTACAGAAGTTCTTTCAGA  480

seq1  GGAGACCAGTCCACAGGGCTGATGTATAAGCTTTGCTCCACAAAGGAGCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACCAGTCCACAGGGCTGATGTATAAGCTTTGCTCCACAAAGGAGCT  530

seq1  CAATCCCGGATGCTCTGTCCAGAGTGAACGTGCCTATTGGATACCAGAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCGGATGCTCTGTCCAGAGTGAACGTGCCTATTGGATACCAGAGG  580

seq1  CAAAGTAGCAAAGCCAGGCTTCACAGATCAACCTCACTGGCAGCTCAGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAGCAAAGCCAGGCTTCACAGATCAACCTCACTGGCAGCTCAGGA  630

seq1  GCCCATCTTATACATTGACATCTCACCATACTATTGAGGGTTAGTCCGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCTTATACATTGACATCTCACCATACTATTGAGGGTTAGTCCGCA  680

seq1  ATAGTTGCCAGTCACTATATGCCGTGAGCTTCACAGACTTTTACCAGTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTGCCAGTCACTATATGCCGTGAGCTTCACAGACTTTTACCAGTTG  730

seq1  GGCTTCACTGGGAAGGAAAGGGACCCACTCGAGGGCTGCCTATAGGAACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCACTGGGAAGGAAAGGGACCCACTCGAGGGCTGCCTATAGGAACA  780

seq1  AAATACTGTAGTTCAAAAAATGGACTCACCCTGCCTTATGTTGAGTGTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTGTAGTTCAAAAAATGGACTCACCCTGCCTTATGTTGAGTGTAT  830

seq1  TTAGGGGGCGGGGGCTACGATATAAAAAATGCTATCCAAAAGACATGTTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGGGCGGGGGCTACGATATAAAAAATGCTATCCAAAAGACATGTTG  880

seq1  AGATTGCAGTGATTCTAACAGCATTTAGAGGTTGGACTTTAAAAGGAAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCAGTGATTCTAACAGCATTTAGAGGTTGGACTTTAAAAGGAAAT  930

seq1  TGGTCATGAGGGCAATATCCTCAAGACTGCCAAGGATATCACCCTGTGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGAGGGCAATATCCTCAAGACTGCCAAGGATATCACCCTGTGTG  980

seq1  GCTAGCTATCCCAGGGCTGTGTTTGTTAAGGATCAAGCCCAACTTCTTCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTATCCCAGGGCTGTGTTTGTTAAGGATCAAGCCCAACTTCTTCA  1030

seq1  GTGTTCATATTCCCATCCTCTCTCTCTCTAAGGAGCTCTTTTGCCACATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCATATTCCCATCCTCTCTCTCTCTAAGGAGCTCTTTTGCCACATA  1080

seq1  ATGTCTTCCATCAGGATGTGGTACAGCAGCAGCCCTTGCCAGATGCCAGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTCCATCAGGATGTGGTACAGCAGCAGCCCTTGCCAGATGCCAGT  1130

seq1  ACTTTAATATTGGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAATATTGGAATTC  1148