BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020G23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 13,902,275 - 14,011,812
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxo25, LOC100041103, 2610019F03Rik, EG546036
Upstream geneMcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536
Downstream geneErich1, Dlgap2, LOC100041140, C030037F17Rik, Cln8, Arhgef10, 2900016B01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020G23.bB6Ng01-020G23.g
ACCDH853234DH853235
length1,0701,061
definitionDH853234|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020G23, 5' end.DH853235|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020G23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,902,275 - 13,903,359)(14,010,747 - 14,011,812)
sequence
gaattcactttgtagaccaggctggcctcaaactcagaaatccacctgcc
tccgtctgagtgctgggattaaagctgtgcgccaccacacctggctctga
tacacctttagtatgcccatgtagtcttaaccagtcttcatttactctga
taaatgtgtagcatagaaccctctttactcctaaaatgtaagtaacttaa
cagtctctgctacctcggtggtcctggagcgactgtgcactcgggtgcat
gcttggtctccatccttagaacggagccaaaggctttttgtgaaagggag
tctctcagtttggttttgttttcataacatagagtaacttggactggggc
atagcctgatatcacgtccttagcatctaagcagaattttgtctaagttg
tttcctaacctaagtgcaaaagtcagcttcctgagttctccaagttggct
tgccttaaagtttttctgtgatatctatgaaacatgcagctatttggggg
gggggggcctgacctaaaattgctttggtttatcagagtggaaaagtttt
agagtattctaacatagaagtcacattttatatatgtgagtatatatgta
catgtatatatatgtgtacacacatatgtcactcctgtctcctgagattg
cttccaggtcccaagctgacactctaccagctgtttaatcttttggactt
ctgtttgttactttgtggaatccttgtcctgctgtaggatcctgttacat
tgtggccctctgttgttactctattttactgctgtataacattgaagcac
aggatagtataatattcaatgtgaattcccatgtgctatttaactttgtt
gaaagctgattatgggagccacttcttagcctcaagcagtctatgtcaat
gttcttcaaatcccaaccttgttctggagagaaaggtaaaaacagtccct
tggctctgtgatgagaagggaaactcatagcactcaggccattaaacatt
gcatccttggaacgtgaacataccattcccgccaggttggatagtttgtt
cagctctaatgatgcctgtg
gaattccaaagcctgtcaggaatgcagattctcagcctgttgctgaatta
ctgccttcagcaataagatgcaccctgggtgttacagaatgcccgaatgt
caacagccacctagtctgtgtggtgagggactccccgactcctcacgtcc
ctggactaaatttgaatcctggatactgccacatatttaacaatggcaga
aagtgccactcactccccaagttctctttgacttcctggaatacaacata
accagatactccagttcccttgcagtccatcgtggccacatgatccagtc
ataacaaggggtgaaagaacagtgcccatcaagactcatatgctctgccc
ttcggtttaacttaactgtagtgagggcagccacagacgctccaaggtga
atgactgtagaacaggatcccttcctccaaccgctctgtagtgtcaggac
atcctctgaaattgcagctaagatgtttgacagcccaggcagccctaagg
acctaagaaattactatttggaaaatgatgagtcactgaggaaatcctga
attgcagggaatggacagctttgggcagctgaatcagaaaagactgacag
ctcaagaacagcagaaaaagccagctatgcctagaaccggctcactggga
cggcccaaagaggcccccagagccagggctctggagagatttggtgaggc
ctcatgaagactgttttcatggtaacatatgactcaacaaaatcggagaa
gcacctctgcaggcttccaggagtgacctgtctcaaaacggaggccagaa
gagcaagacggagagaccgttatggatgtgacttccaagatttcacaggg
aggaacggtctgccaggctaaaggtgacgtgaacagtgaggatgatagac
ttaggtctagttaattctggtgtgtgccgtttgtatttattgcatttttt
taaaaatatagttaataaaaatatttttaaagatgtggcctgctcaccca
agcatacctgtttcagcttgaacttgagtttatgaataaaaggaaactgt
agaaggaacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_13902275_13903359
seq2: B6Ng01-020G23.b_44_1113

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTGCC  50

seq1  TCCGTCTGAGTGCTGGGATTAAAGCTGTGCGCCACCACACCTGGCTCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTCTGAGTGCTGGGATTAAAGCTGTGCGCCACCACACCTGGCTCTGA  100

seq1  TACACCTTTAGTATGCCCATGTAGTCTTAACCAGTCTTCATTTACTCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTTTAGTATGCCCATGTAGTCTTAACCAGTCTTCATTTACTCTGA  150

seq1  TAAATGTGTAGCATAGAACCCTCTTTACTCCTAAAATGTAAGTAACTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGTAGCATAGAACCCTCTTTACTCCTAAAATGTAAGTAACTTAA  200

seq1  CAGTCTCTGCTACCTCGGTGGTCCTGGAGCGACTGTGCACTCGGGTGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCTGCTACCTCGGTGGTCCTGGAGCGACTGTGCACTCGGGTGCAT  250

seq1  GCTTGGTCTCCATCCTTAGAACGGAGCCAAAGGCTTTTTGTGAAAGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTCTCCATCCTTAGAACGGAGCCAAAGGCTTTTTGTGAAAGGGAG  300

seq1  TCTCTCAGTTTGGTTTTGTTTTCATAACATAGAGTAACTTGGACTGGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAGTTTGGTTTTGTTTTCATAACATAGAGTAACTTGGACTGGGGC  350

seq1  ATAGCCTGATATCACGTCCTTAGCATCTAAGCAGAATTTTGTCTAAGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTGATATCACGTCCTTAGCATCTAAGCAGAATTTTGTCTAAGTTG  400

seq1  TTTCCTAACCTAAGTGCAAAAGTCAGCTTCCTGAGTTCTCCAAGTTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTAACCTAAGTGCAAAAGTCAGCTTCCTGAGTTCTCCAAGTTGGCT  450

seq1  TGCCTTAAAGTTTTTCTGTGATATCTATGAAACATGCAGCTATTTGGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTAAAGTTTTTCTGTGATATCTATGAAACATGCAGCTATTTGGGGG  500

seq1  GGGGGGGCCTGACCTAAAATTGCTTTGGTTTATCAGAGTGGAAAAGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGCCTGACCTAAAATTGCTTTGGTTTATCAGAGTGGAAAAGTTTT  550

seq1  AGAGTATTCTAACATAGAAGTCACATTTTATATATGTGAGTATATATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATTCTAACATAGAAGTCACATTTTATATATGTGAGTATATATGTA  600

seq1  CATGTATATATATGTGTACACACATATGTCACTCCTGTCTCCTGAGATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATATATATGTGTACACACATATGTCACTCCTGTCTCCTGAGATTG  650

seq1  CTTCCAGGTCCCAAGCTGACACTCTACCAGCTG-TTAATCTTTTGGACTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGTCCCAAGCTGACACTCTACCAGCTGTTTAATCTTTTGGACTT  700

seq1  CTG-TTGTTACTTTGTGGAATCCTTGTCCTGCTGTAGGATCCTGTTACAT  748
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGTTACTTTGTGGAATCCTTGTCCTGCTGTAGGATCCTGTTACAT  750

seq1  TGTGGCCCTCTGTTGTTACTCTATTTTACTGCTGTATAACATTGAAGCAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCCTCTGTTGTTACTCTATTTTACTGCTGTATAACATTGAAGCAC  800

seq1  AGGATAGTATAATATTCAATGTGAATACCCATGTGCTATTTAAACTTGTT  848
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||
seq2  AGGATAGTATAATATTCAATGTGAATTCCCATGTGCTATTTAACTTTGTT  850

seq1  GAAAGCTGATTATGGGAGCCACTTCTTAGCCTCAAGCAGGTCTATGTCAA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAAAGCTGATTATGGGAGCCACTTCTTAGCCTCAAGCA-GTCTATGTCAA  899

seq1  TGTTCTTCAAAACCCCAACCTGGTTCAGGAGAGGAGAGGAAAAACAGCCC  948
      |||||||| ||| |||||||| |||| |||||| |  | |||||||| ||
seq2  TGTTCTTC-AAATCCCAACCTTGTTCTGGAGAGAAAGGTAAAAACAGTCC  948

seq1  CTTGGCTCTGTGATGAGAGAGGGAAACACAGAAGCAACTCAGGGCATTAA  998
      |||||||||||||||||| |||||||| ||  ||| ||||||| |||| |
seq2  CTTGGCTCTGTGATGAGA-AGGGAAACTCA-TAGC-ACTCAGGCCATT-A  994

seq1  AACATTGCATCCTTGGAACAGTTGAACAGTAAACCATTTCCAGCCGAGGT  1048
      |||||||||||||||||||   |||||   | |||| |||| ||| ||||
seq2  AACATTGCATCCTTGGAAC--GTGAAC---ATACCA-TTCCCGCC-AGGT  1037

seq1  TGTGATAGTTTGTTCCAATGCTCTAATGATGCCTGTG  1085
      || ||||||||||||    ||||||||||||||||||
seq2  TG-GATAGTTTGTTC---AGCTCTAATGATGCCTGTG  1070

seq1: chr8_14010747_14011812
seq2: B6Ng01-020G23.g_67_1127 (reverse)

seq1  ATGTTCCCTCCTCAGTTTCCTTTTATCAATAAACTCATGTTC-AGCTGAA  49
      ||||||| ||  ||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||||
seq2  ATGTTCCTTCTACAGTTTCCTTTTATTCATAAACTCAAGTTCAAGCTGAA  50

seq1  ACAGGTATGCTTGGGTGAGCAGGCCACATTCTTTAAAAATTATTTTTATA  99
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| 
seq2  ACAGGTATGCTTGGGTGAGCAGGCCACA-TCTTTAAAAA-TATTTTTATT  98

seq1  AACTTTATTTTTTAAAAAAATTGCAAATAAATACAAACGGCACACACCAG  149
      |||| |||||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATATTTTT--AAAAAAATGC-AATAAATACAAACGGCACACACCAG  145

seq1  AATTAACTAGACCCTAAGTCTATCATCCTCACTGTTCACGTCACCTTTAG  199
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACTAGA-CCTAAGTCTATCATCCTCACTGTTCACGTCACCTTTAG  194

seq1  CCTGGCAGACCGTTCCTCCCTGTGAAATCTTGGAAGTCACATCCATAACG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAGACCGTTCCTCCCTGTGAAATCTTGGAAGTCACATCCATAACG  244

seq1  GTCTCTCCGTCTTGCTCTTCTGGCCTCCGTTTTGAGACAGGTCACTCCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCGTCTTGCTCTTCTGGCCTCCGTTTTGAGACAGGTCACTCCTG  294

seq1  GAAGCCTGCAGAGGTGCTTCTCCGATTTTGTTGAGTCATATGTTACCATG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTGCAGAGGTGCTTCTCCGATTTTGTTGAGTCATATGTTACCATG  344

seq1  AAAACAGTCTTCATGAGGCCTCACCAAATCTCTCCAGAGCCCTGGCTCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTCTTCATGAGGCCTCACCAAATCTCTCCAGAGCCCTGGCTCTG  394

seq1  GGGGCCTCTTTGGGCCGTCCCAGTGAGCCGGTTCTAGGCATAGCTGGCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCTCTTTGGGCCGTCCCAGTGAGCCGGTTCTAGGCATAGCTGGCTT  444

seq1  TTTCTGCTGTTCTTGAGCTGTCAGTCTTTTCTGATTCAGCTGCCCAAAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTGTTCTTGAGCTGTCAGTCTTTTCTGATTCAGCTGCCCAAAGC  494

seq1  TGTCCATTCCCTGCAATTCAGGATTTCCTCAGTGACTCATCATTTTCCAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTCCCTGCAATTCAGGATTTCCTCAGTGACTCATCATTTTCCAA  544

seq1  ATAGTAATTTCTTAGGTCCTTAGGGCTGCCTGGGCTGTCAAACATCTTAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAATTTCTTAGGTCCTTAGGGCTGCCTGGGCTGTCAAACATCTTAG  594

seq1  CTGCAATTTCAGAGGATGTCCTGACACTACAGAGCGGTTGGAGGAAGGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATTTCAGAGGATGTCCTGACACTACAGAGCGGTTGGAGGAAGGGA  644

seq1  TCCTGTTCTACAGTCATTCACCTTGGAGCGTCTGTGGCTGCCCTCACTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTCTACAGTCATTCACCTTGGAGCGTCTGTGGCTGCCCTCACTAC  694

seq1  AGTTAAGTTAAACCGAAGGGCAGAGCATATGAGTCTTGATGGGCACTGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGTTAAACCGAAGGGCAGAGCATATGAGTCTTGATGGGCACTGTT  744

seq1  CTTTCACCCCTTGTTATGACTGGATCATGTGGCCACGATGGACTGCAAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACCCCTTGTTATGACTGGATCATGTGGCCACGATGGACTGCAAGG  794

seq1  GAACTGGAGTATCTGGTTATGTTGTATTCCAGGAAGTCAAAGAGAACTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGAGTATCTGGTTATGTTGTATTCCAGGAAGTCAAAGAGAACTTG  844

seq1  GGGAGTGAGTGGCACTTTCTGCCATTGTTAAATATGTGGCAGTATCCAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGAGTGGCACTTTCTGCCATTGTTAAATATGTGGCAGTATCCAGG  894

seq1  ATTCAAATTTAGTCCAGGGACGTGAGGAGTCGGGGAGTCCCTCACCACAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAATTTAGTCCAGGGACGTGAGGAGTCGGGGAGTCCCTCACCACAC  944

seq1  AGACTAGGTGGCTGTTGACATTCGGGCATTCTGTAACACCCAGGGTGCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAGGTGGCTGTTGACATTCGGGCATTCTGTAACACCCAGGGTGCAT  994

seq1  CTTATTGCTGAAGGCAGTAATTCAGCAACAGGCTGAGAATCTGCATTCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGCTGAAGGCAGTAATTCAGCAACAGGCTGAGAATCTGCATTCCT  1044

seq1  GACAGGCTTTGGAATTC  1066
      |||||||||||||||||
seq2  GACAGGCTTTGGAATTC  1061