BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-024C02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 130,953,688 - 131,065,425
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrp1
Upstream genePard3, EG628847
Downstream geneLOC668494, Itgb1, LOC100042659, LOC100042667, Ccdc7, 1700008F21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-024C02.bB6Ng01-024C02.g
ACCDH855857DH855858
length1,0981,124
definitionDH855857|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024C02, 5' end.DH855858|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024C02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,953,688 - 130,954,798)(131,064,306 - 131,065,425)
sequence
gaattcagtagggttgatgactttgaacataccaagtgatcacatattca
gaataatgcacagtgggctgagggctgaggattcgtgggtagagtgctta
cctagcatacacaaaacccttgattcatgtatataaaaagagtactgagt
caaacctgggcattgagctcagttggtagatatgtttgccttatctaagg
aatccctgggttcgatccccactgcatattaccaagtatggtggaacact
cctgtgattctaatggtgaaaacaaaatattataaggtcaaggtcattgt
cagctacatggtgagtttgaaaccattctaggacacacattaaacctttt
tctcaaagaaaacaacaaaaataaactgaaatatatgcagcacatcagtt
agtttttgttttaagaggattggtcaaactgaaaacctgtcaaccaaggg
tctacatactataaaattcaaagttttcagattggcttctcactagaaag
tcagtggttcttagggctttggaaagcccaactcttgtggggttcacttt
tgcaatgatacttgagtcattagctgccttctacataggctacatgcatg
gtccatgaagacccatgtcccttttgaagacctgtccctccaccctagga
aacagggaaaagtctacctcctggtatccttaagtgaaacagtgattagt
agctcaagtgcatagaaaaatggttttctgagaagggaaaatggtctaca
ccagactgtccttcaaaattcaagccatctggtatatttttaccatatgt
gagattaaaaaaaaatactagagagaaaatgactacttttttgttttgtt
gatctgaacagatcagtggagaggtccctcagctgctagaatcttctgta
ctaagtgactgatcgccaaggtgggctaaaacatttcagcagaggcacag
ctacaccagcccaatcagatttgactttagcacaattagtcagtgttcgg
gtcattcatggctaaggctaattatctccttcttggtacaaatagtaacg
tgggccattcttggtcataaaccattattacaattcccattcttggat
gaattcttttcatgtttctcagactctgaaggcaaacacaaggtgatttt
ccaagccatttcctctgcttgacctacttccaaaactgatgtctttcctt
ctgcttcctgcctattgcatggatgggagaatgtggccacatttctcttt
gagatcagagcattattagggaggcaactcaaaatgtatattcagggcaa
gaggtaggctgtccaggcactttaccaagtgaactgtctccccagttcca
tcctcctcaagcctcctcctcacaacccaaccctaatccaggcaggtgga
tctggttctctgcgtctctttgttttgatctttgaaaaagtcctttgcta
cctcgtcttacttgataattaacaaacaataagtttgactacaatttacg
aagcggcaatcagatatgatctagtttaatatcctaggcctaggaccctc
tatagcagtcctggcaacccacaaagagttgttcccagggtctgcaggga
cctgtatcaccaaactctggtaatgtaagtcacctataacaaaatatatt
ttgttatttattctaatccccatccattatcaggggttgtgttacagacc
cccataggacatattagacttattagaccctgtgtaagctgattttctat
ttatagttatgttacggtaatgaaggtttacttttgtattatattatatc
tttgtgaactttctttttcacccaaggaagcactcttgggcctgtattta
gcccaaatatgaacatctccgctcttatactaaagcatcactattaagtt
ataggacacaagtatttgcagtaacctggaagttgacttcataaccaaga
atagccatacagttgtggagacactgggaagagagatgatcatcaccaca
gacaggaagaacagggatgtataaataagctcttatcatgcctcttcgaa
tgctattctcttaaacaaatgactaatgggccagcaagatggctagtggg
ttaaggctactttggtgctaagtctgaatggcccaggagcaccttatagt
agaaggaggaaatcagctctaccaaggtggcatggtcaggctctccgtgc
ccctccataaattaaataatgtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_130953688_130954798
seq2: B6Ng01-024C02.b_46_1143

seq1  GAATTCAGTAGGGTTGATGACTTTGAACATACCAAGTGATCACATATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGGGTTGATGACTTTGAACATACCAAGTGATCACATATTCA  50

seq1  GAATAATGCACAGTGGGCTGAGGGCTGAGGATTCGTGGGTAGAGTGCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATGCACAGTGGGCTGAGGGCTGAGGATTCGTGGGTAGAGTGCTTA  100

seq1  CCTAGCATACACAAAACCCTTGATTCATGTATATAAAAAGAGTACTGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCATACACAAAACCCTTGATTCATGTATATAAAAAGAGTACTGAGT  150

seq1  CAAACCTGGGCATTGAGCTCAGTTGGTAGATATGTTTGCCTTATCTAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTGGGCATTGAGCTCAGTTGGTAGATATGTTTGCCTTATCTAAGG  200

seq1  AATCCCTGGGTTCGATCCCCACTGCATATTACCAAGTATGGTGGAACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTGGGTTCGATCCCCACTGCATATTACCAAGTATGGTGGAACACT  250

seq1  CCTGTGATTCTAATGGTGAAAACAAAATATTATAAGGTCAAGGTCATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATTCTAATGGTGAAAACAAAATATTATAAGGTCAAGGTCATTGT  300

seq1  CAGCTACATGGTGAGTTTGAAACCATTCTAGGACACACATTAAACCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACATGGTGAGTTTGAAACCATTCTAGGACACACATTAAACCTTTT  350

seq1  TCTCAAAGAAAACAACAAAAATAAACTGAAATATATGCAGCACATCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAGAAAACAACAAAAATAAACTGAAATATATGCAGCACATCAGTT  400

seq1  AGTTTTTGTTTTAAGAGGATTGGTCAAACTGAAAACCTGTCAACCAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTGTTTTAAGAGGATTGGTCAAACTGAAAACCTGTCAACCAAGGG  450

seq1  TCTACATACTATAAAATTCAAAGTTTTCAGATTGGCTTCTCACTAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACATACTATAAAATTCAAAGTTTTCAGATTGGCTTCTCACTAGAAAG  500

seq1  TCAGTGGTTCTTAGGGCTTTGGAAAGCCCAACTCTTGTGGGGTTCACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGTTCTTAGGGCTTTGGAAAGCCCAACTCTTGTGGGGTTCACTTT  550

seq1  TGCAATGATACTTGAGTCATTAGCTGCCTTCTACATAGGCTACATGCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGATACTTGAGTCATTAGCTGCCTTCTACATAGGCTACATGCATG  600

seq1  GTCCATGAAGACCCATGTCCCTTTTGAAGACCTGTCCCTCCACCCTAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGAAGACCCATGTCCCTTTTGAAGACCTGTCCCTCCACCCTAGGA  650

seq1  AACAGGGAAAAGTCTACCTCCTGGTATCCTTAAGTGAAACAGTGATTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGAAAAGTCTACCTCCTGGTATCCTTAAGTGAAACAGTGATTAGT  700

seq1  AGCTCAAGTGCATAGAAAAATGGTTTTCTGAGAAGGGAAAATGGTCTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAGTGCATAGAAAAATGGTTTTCTGAGAAGGGAAAATGGTCTACA  750

seq1  CCAGACTGTCCTTCAAAATTCAAGCCATCTGGTATATTTTTACCATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTGTCCTTCAAAATTCAAGCCATCTGGTATATTTTTACCATATGT  800

seq1  GAGATTAAAAAAAAATACTAGAGAGAAAATGACTACTTTTTTGTTTTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTAAAAAAAAATACTAGAGAGAAAATGACTACTTTTTTGTTTTGTT  850

seq1  GATCTGAACAGATCAGTGGAGAGGTCCCTCAGCTGCTAGAATCTTCTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGAACAGATCAGTGGAGAGGTCCCTCAGCTGCTAGAATCTTCTGTA  900

seq1  CTAAGTGACTGATCGCCAAGGTTGGGCTAAAACATTTCAGCAGAGGCACA  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGACTGATCGCCAAGG-TGGGCTAAAACATTTCAGCAGAGGCACA  949

seq1  GCTACACCAAGCCAAATCAGAATTTGACTTTAGCACAAATTAGTCAGTGT  1000
      |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCTACACC-AGCCCAATCAG-ATTTGACTTTAGCAC-AATTAGTCAGTGT  996

seq1  TCGGGGTCATTCATGGCCTAAGGCTAATATATCTCCTTCTGGGTACAAAT  1050
      || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TC-GGGTCATTCATGG-CTAAGGCTAAT-TATCTCCTTCTTGGTACAAAT  1043

seq1  AGTTACTGTGGGCCATTTCTTGGTCATTAAACACAGTGTAGTACAATTCC  1100
      ||| || |||||||| ||||||||||| || ||     || |||||||||
seq2  AGTAAC-GTGGGCCA-TTCTTGGTCATAAACCA----TTATTACAATTCC  1087

seq1  CATTCTTGGAT  1111
      |||||||||||
seq2  CATTCTTGGAT  1098

seq1: chr8_131064306_131065425
seq2: B6Ng01-024C02.g_69_1192 (reverse)

seq1  TTACATTTATTTACTTATGTAGGGGCACGGAGAGCTTG-CCATGGCACCT  49
      |||||||  || | ||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||
seq2  TTACATTATTTAATTTATGGAGGGGCACGGAGAGCCTGACCATGCCACCT  50

seq1  GGGTAGAGCTGATTTTCTCCCTTCTACTATAA-GTGCTCCTTGGGCCA-T  97
       |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||||| |
seq2  TGGTAGAGCTGATTTCCT-CCTTCTACTATAAGGTGCTCC-TGGGCCATT  98

seq1  CAGACTTAGCACC-AAGTAG-CTTTACCCACTTAGCCATCTTGCTGGCCC  145
      ||||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTAGCACCAAAGTAGCCTTAACCCAC-TAGCCATCTTGCTGGCCC  147

seq1  A-TAGTCATTTGTTTTAAGAGGAATAGCATTCGAAGAGGCATGATAAGAG  194
      | |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTCATTTG-TTTAAGA-GAATAGCATTCGAAGAGGCATGATAAGAG  195

seq1  CTTATTTATACATCCCTGTTCTTCCTGTCTGTGGTGATGATCATCTCTCT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTATACATCCCTGTTCTTCCTGTCTGTGGTGATGATCATCTCTCT  245

seq1  TCCCAGTGTCTCCAC-ACTGTATGGCTATTCTTGGTTATGAAGTCAACTT  293
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTGTCTCCACAACTGTATGGCTATTCTTGGTTATGAAGTCAACTT  295

seq1  CCAGGTTACTGC-AATACTTGTGTCCTATAACTTAATAGTGATGC-TTAG  341
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCAGGTTACTGCAAATACTTGTGTCCTATAACTTAATAGTGATGCTTTAG  345

seq1  TATAAGAGCGGAGATGTTCATATTTGGGCTAAATACAGGCCCAAGAGTGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAGCGGAGATGTTCATATTTGGGCTAAATACAGGCCCAAGAGTGC  395

seq1  TTCCTTGGGTGAAAAAGAAAGTTCACAAAGATATAATATAATACAAAAGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGGGTGAAAAAGAAAGTTCACAAAGATATAATATAATACAAAAGT  445

seq1  AAACCTTCATTACCGTAACATAACTATAAATAGAAAATCAGCTTACACAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTCATTACCGTAACATAACTATAAATAGAAAATCAGCTTACACAG  495

seq1  GGTCTAATAAGTCTAATATGTCCTATGGGGGTCTGTAACACAACCCCTGA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAATAAGTCTAATATGTCCTATGGGGGTCTGTAACACAACCCCTGA  545

seq1  TAATGGATGGGGATTAGAATAAATAACAAAATATATTTTGTTATAGGTGA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGATGGGGATTAGAATAAATAACAAAATATATTTTGTTATAGGTGA  595

seq1  CTTACATTACCAGAGTTTGGTGATACAGGTCCCTGCAGACCCTGGGAACA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATTACCAGAGTTTGGTGATACAGGTCCCTGCAGACCCTGGGAACA  645

seq1  ACTCTTTGTGGGTTGCCAGGACTGCTATAGAGGGTCCTAGGCCTAGGATA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTGTGGGTTGCCAGGACTGCTATAGAGGGTCCTAGGCCTAGGATA  695

seq1  TTAAACTAGATCATATCTGATTGCCGCTTCGTAAATTGTAGTCAAACTTA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTAGATCATATCTGATTGCCGCTTCGTAAATTGTAGTCAAACTTA  745

seq1  TTGTTTGTTAATTATCAAGTAAGACGAGGTAGCAAAGGACTTTTTCAAAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTAATTATCAAGTAAGACGAGGTAGCAAAGGACTTTTTCAAAG  795

seq1  ATCAAAACAAAGAGACGCAGAGAACCAGATCCACCTGCCTGGATTAGGGT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAACAAAGAGACGCAGAGAACCAGATCCACCTGCCTGGATTAGGGT  845

seq1  TGGGTTGTGAGGAGGAGGCTTGAGGAGGATGGAACTGGGGAGACAGTTCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGTGAGGAGGAGGCTTGAGGAGGATGGAACTGGGGAGACAGTTCA  895

seq1  CTTGGTAAAGTGCCTGGACAGCCTACCTCTTGCCCTGAATATACATTTTG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTAAAGTGCCTGGACAGCCTACCTCTTGCCCTGAATATACATTTTG  945

seq1  AGTTGCCTCCCTAATAATGCTCTGATCTCAAAGAGAAATGTGGCCACATT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCTCCCTAATAATGCTCTGATCTCAAAGAGAAATGTGGCCACATT  995

seq1  CTCCCATCCATGCAATAGGCAGGAAGCAGAAGGAAAGACATCAGTTTTGG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATCCATGCAATAGGCAGGAAGCAGAAGGAAAGACATCAGTTTTGG  1045

seq1  AAGTAGGTCAAGCAGAGGAAATGGCTTGGAAAATCACCTTGTGTTTGCCT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGTCAAGCAGAGGAAATGGCTTGGAAAATCACCTTGTGTTTGCCT  1095

seq1  TCAGAGTCTGAGAAACATGAAAAGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCTGAGAAACATGAAAAGAATTC  1124