BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025J07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 24,684,894 - 24,849,191
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040931, Zmat4
Upstream geneVdac3, Dkk4, Polb, Ikbkb, Plat, Ap3m2, Myst3, LOC100042253, Ank1, Nkx6-3, Agpat6, Gins4, Golga7, Sfrp1
Downstream gene1810011O10Rik, Indol1, Indo, Adam18, Adam3, Adam5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025J07.bB6Ng01-025J07.g
ACCDH856886DH856887
length720965
definitionDH856886|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025J07, 5' end.DH856887|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025J07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,848,472 - 24,849,191)(24,684,894 - 24,685,861)
sequence
gaattcaaccactgtgggaatgagccgggtaaaggttactgtgtacatct
tgtgctcatgaataatcagtgaggagaccggtgacagcaagtgtgacagt
gaggtgacagcaagtgtgtcgggctatcttaagtgctgtagaaggtgtgg
acacgggatcttttaacaagatagcttgaaagctaagcattatcctacaa
acccaacagtcctactcacaccattttactgggagaaaaagatcttgcta
atgtacaatgtagagcagcagggggaaaagatcttgcttgcttattttat
gtacaatgtggtgcaggtgaagtatgaggatggcacattcttcaaatagc
aaaatttgtacacctcacatacgcacagagaatagataaataaactgaga
tagattggctacataaatacaacacggtgagacagcggaatatggacgca
ccatggccacctaataatcacatggaaagagagcacaaagatatttttta
agccataggcatccatccaggtaagatacaattcagacaatgtttgggaa
taattaaacacaggatacaagatgatgtttacctcaagtgagagaggaac
aagattggggctagaaagaaccagatagctaggagtaggatgcaacagat
ctaatccttgcttcagaagatgccggtgtggtgctcattctgctattaca
gatggtaatggtgaaagtga
gaattcaattcccagcaaccacatcatgactcacaactatctgtaatggg
atccaaagcccttatgtctgaagagagagacagtgtattcacacacagaa
aatgaataaaaaaaaattttaaactatataattaatgtataatggaatat
acaatgtaaatgtatatgtgtaatatatagattatataatatatattgta
caatctgtaatctataatctgtaatgtgtacataatacataattaatatg
caataatacacaatacataacatataacatataataaatataaaatacat
aacacactatatgtaaaatataatagacaatatatagtatataatataat
gtgtaagatgcaatgacaatgtacaatgcataatatataacatacaaaat
ataatacataatataaaataaataatatagtatagaatatatgattgata
tttataataatcatttgcaattaatatacattataatgataatacattta
tatgatgctatgtatatcatcatatatgtctctttcagttgttttatggt
ctagtgaggaattcaaatagtatatggaacaggtattaggagactgaaca
tcattgtcttgttctgactttagtggaaacgctttgagtttctctctgtc
taggatgatgttggctctgggtttactcatctcatctatgttgaggagtg
tcccttgtatgcctcttccctcccggactttttccatgaaggaattttga
atattttcaaagtccatttctgcatctcaggagacgatcacatagttcat
atctttcagcctgttactttggtagatcatgtttcttgattgctgtatgt
taaagcatccttgcatctctggagtggagcccctttatcagggtagataa
tgttttttgatgtcttcttgatttgtttgaaagtatttataagaatgctt
agttctggctgggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_24848472_24849191
seq2: B6Ng01-025J07.b_42_761 (reverse)

seq1  TCACTTTCACCATTTACCATCTGTAATAGCAGAATGAGCACCCACA-CGG  49
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  TCACTTTCACCA-TTACCATCTGTAATAGCAGAATGAGCA-CCACACCGG  48

seq1  CATCTTCTGAAGCAAGGATTAGATCTGGTAGCATCCTACTCCTAGCTATC  99
      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCTGAAGCAAGGATTAGATCT-GTTGCATCCTACTCCTAGCTATC  97

seq1  TGGTTCTTTCTTGCCCCAATCTTGTTCCTCTCTCACTTGAGGT-AACATC  148
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGGTTCTTTCTAGCCCCAATCTTGTTCCTCTCTCACTTGAGGTAAACATC  147

seq1  ATCTTGTATCCTGTGTTTAATTATTCCCAAACATTGTCTGAATTGTATCT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTATCCTGTGTTTAATTATTCCCAAACATTGTCTGAATTGTATCT  197

seq1  TACCTGGATGGATGCCTATGGCTT-AAAAATATCTTTGTGCTCTCTTTCC  247
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGGATGGATGCCTATGGCTTAAAAAATATCTTTGTGCTCTCTTTCC  247

seq1  ATGTGATTATTAGGTGGCCATGGTGCGTCCATATTCCGCTGTCTCACCGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATTATTAGGTGGCCATGGTGCGTCCATATTCCGCTGTCTCACCGT  297

seq1  GTTGTATTTATGTAGCCAATCTATCTCAGTTTATTTATCTATTCTCTGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATTTATGTAGCCAATCTATCTCAGTTTATTTATCTATTCTCTGTG  347

seq1  CGTATGTGAGGTGTACAAATTTTGCTATTTGAAGAATGTGCCATCCTCAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATGTGAGGTGTACAAATTTTGCTATTTGAAGAATGTGCCATCCTCAT  397

seq1  ACTTCACCTGCACCACATTGTACATAAAATAAGCAAGCAAGATCTTTTCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACCTGCACCACATTGTACATAAAATAAGCAAGCAAGATCTTTTCC  447

seq1  CCCTGCTGCTCTACATTGTACATTAGCAAGATCTTTTTCTCCCAGTAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTGCTCTACATTGTACATTAGCAAGATCTTTTTCTCCCAGTAAAA  497

seq1  TGGTGTGAGTAGGACTGTTGGGTTTGTAGGATAATGCTTAGCTTTCAAGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGAGTAGGACTGTTGGGTTTGTAGGATAATGCTTAGCTTTCAAGC  547

seq1  TATCTTGTTAAAAGATCCCGTGTCCACACCTTCTACAGCACTTAAGATAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGTTAAAAGATCCCGTGTCCACACCTTCTACAGCACTTAAGATAG  597

seq1  CCCGACACACTTGCTGTCACCTCACTGTCACACTTGCTGTCACCGGTCTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGACACACTTGCTGTCACCTCACTGTCACACTTGCTGTCACCGGTCTC  647

seq1  CTCACTGATTATTCATGAGCACAAGATGTACACAGTAACCTTTACCCGGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGATTATTCATGAGCACAAGATGTACACAGTAACCTTTACCCGGC  697

seq1  TCATTCCCACAGTGGTTGAATTC  720
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCCACAGTGGTTGAATTC  720

seq1: chr8_24684894_24685861
seq2: B6Ng01-025J07.g_66_1030

seq1  GAATTCAATTCCCAGCAACCACATCATGACTCACAACTATCTGTAATGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCCCAGCAACCACATCATGACTCACAACTATCTGTAATGGG  50

seq1  ATCCAAAGCCCTTATGTCTGAAGAGAGAGACAGTGTATTCACACACAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAAGCCCTTATGTCTGAAGAGAGAGACAGTGTATTCACACACAGAA  100

seq1  AATGAATAAAAAAAAATTTTAAACTATATAATTAATGTATAATGGAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATAAAAAAAAATTTTAAACTATATAATTAATGTATAATGGAATAT  150

seq1  ACAATGTAAATGTATATGTGTAATATATAGATTATATAATATATATTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTAAATGTATATGTGTAATATATAGATTATATAATATATATTGTA  200

seq1  CAATCTGTAATCTATAATCTGTAATGTGTACATAATACATAATTAATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGTAATCTATAATCTGTAATGTGTACATAATACATAATTAATATG  250

seq1  CAATAATACACAATACATAACATATAACATATAATAAATATAAAATACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATACACAATACATAACATATAACATATAATAAATATAAAATACAT  300

seq1  AACACACTATATGTAAAATATAATAGACAATATATAGTATATAATATAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACTATATGTAAAATATAATAGACAATATATAGTATATAATATAAT  350

seq1  GTGTAAGATGCAATGACAATGTACAATGCATAATATATAACATACAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGATGCAATGACAATGTACAATGCATAATATATAACATACAAAAT  400

seq1  ATAATACATAATATAAAATAAATAATATAGTATAGAATATATGATTGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACATAATATAAAATAAATAATATAGTATAGAATATATGATTGATA  450

seq1  TTTATAATAATCATTTGCAATTAATATACATTATAATGATAATACATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATAATCATTTGCAATTAATATACATTATAATGATAATACATTTA  500

seq1  TATGATGCTATGTATATCATCATATATGTCTCTTTCAGTTGTTTTATGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGCTATGTATATCATCATATATGTCTCTTTCAGTTGTTTTATGGT  550

seq1  CTAGTGAGGAATTCAAATAGTATATGGAACAGGTATTAGGAGACTGAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGAGGAATTCAAATAGTATATGGAACAGGTATTAGGAGACTGAACA  600

seq1  TCATTGTCTTGTTCTGACTTTAGTGGAAACGCTTTGAGTTTCTCTCTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTCTTGTTCTGACTTTAGTGGAAACGCTTTGAGTTTCTCTCTGTC  650

seq1  TAGGATGATGTTGGCTCTGGGTTTACTCATCTCATCTATGTTGAGGAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGATGTTGGCTCTGGGTTTACTCATCTCATCTATGTTGAGGAGTG  700

seq1  TCCCTTGTATGCCTCTTCCCTCCCGGACTTTTTCCATGAAGGAATTTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGTATGCCTCTTCCCTCCCGGACTTTTTCCATGAAGGAATTTTGA  750

seq1  ATATTTTCAAAGTCCATTTCTGCATCTCAGGAGACGATCACATAGTTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCAAAGTCCATTTCTGCATCTCAGGAGACGATCACATAGTTCAT  800

seq1  ATCTTTCAGCCTGTTAC-TTGGTAGATCATGTTTCTTGATTGCTGTATGT  849
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCAGCCTGTTACTTTGGTAGATCATGTTTCTTGATTGCTGTATGT  850

seq1  TAAAGCATCCTTGCATCTCTGGAGTGGAGCCCCTTTATCAGGGTAGATAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCATCCTTGCATCTCTGGAGTGGAGCCCCTTTATCAGGGTAGATAA  900

seq1  TGTTTTTTGATGTCTTCTTGAATTTGGTTTGAAAGTATTTTATTAAGAAT  949
      |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||   |||||||
seq2  TGTTTTTTGATGTCTTCTTGA--TTTGTTTGAAAGTATTT--ATAAGAAT  946

seq1  GCTTAGATCTGGCTGGGTG  968
      |||||| ||||||||||||
seq2  GCTTAGTTCTGGCTGGGTG  965