BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027L13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 35,256,333 - 35,388,970
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC619780, LOC666718
Upstream geneEG628412, Wrn, Purg, LOC666630, Hmgb1-rs17, Tex15, Ppp2cb, Ubxd6, Gsr, Gtf2e2, Rbpms, LOC100042769, Dctn6, LOC100042777, Mboat4, Leprotl1, LOC666694, Tmem66
Downstream geneEG234159, LOC666746, Dusp4, LOC675578, Tnks, LOC666792, LOC666797, LOC666804
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027L13.bB6Ng01-027L13.g
ACCDH858390DH858391
length938775
definitionDH858390|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027L13, 5' end.DH858391|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027L13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,256,333 - 35,257,164)(35,388,198 - 35,388,970)
sequence
gaattcactttgtagaccagactggcctcgaactcagaaatccgcttgcc
tctgcctcccaggtgctgggattaaagacgtgcgacaccactgccagtct
agcagtgttttatataatttccacatagtcatcaatttcctagacttttt
ttttcttttattgatggggccagagaagatactcggtgtgctttatctgc
taaaagctcattgagaattgttttgtgctgtaaatatgtcctatcatgca
gatatttcatgtgtgtttttgaattctggatatgagaagaatggctatca
tgagaagaaaattctatagagaattctatggagtcttctgttagaactct
ctaaaggaacagaactgatagaataaatatacaatttacctttctttctc
tgtatatattaatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctacctacccatccatcca
tcatatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatcatctatctatctatctatctatctatctatctatccatcta
cctttccatctatccatccatcttctatctatctatctatctatctatct
atctatctatctatctatctattatctatctattatctatctatctatct
atctatctatctatctattttttctatctatcacaggctatagtctggtt
agggcaacagtgactgttcctcgaccaagaatctggtccagagattgtgg
ctcagtccacaagctggatgtcaatcagtgccagagtcctggatgattcc
caagatctgatgtttatgctagaatcctgaattcttattacttgcaaaga
atgcctcagcaacaggagagatgaacttgccagtgaga
gaattcactccaaatattctctttttgagctaattaccagggattaggct
ggaaatcccctctgaaaccatatctgctttgcagataaccacctggatgt
ggatataaatgtggaggtcacaaccacacagctccacgagaagcggctta
gttcaaactccttgacttgggccgatttcaaagtattcactcttaacaag
caacgacaacgcagagattccctcttgaaagagccctgcatgtgttcaga
atccagcaaacctcaggcatcctctctctgcctcctcagtactgcggtta
caggtgcacgcggctatgtccagagtttgccctgggtactctggataggc
cgagctctatccagaatgaatgtgaccacttaagggaggagttacagtaa
gacctgtggataccatcctcagcagtgacctatggactggcaggaaaaga
aagaaaaaaaaagactacatgggggtatggacttagcatttcttgcagta
ggggatgtatagaaaatagagtacaaactaatccaagctaaaatggaacc
aacatttggagtccatggaaagaaccagacagggaggaaagagagagaag
ggtagatgtgtcggaagataaccctttgggtcccatcttttgagacagag
gaaggccatgttttaggaaataccatgccatccaactgcttgaattagaa
aagacgttttaccaggcgatgagacccgtctcttgttgtcctgtttgtga
ggctgtgggacaaggggcagactgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_35256333_35257164
seq2: B6Ng01-027L13.b_47_885

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGACTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGACTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCTTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAGGTGCTGGGATTAAAGACGTGCGACACCACTGCCAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAGGTGCTGGGATTAAAGACGTGCGACACCACTGCCAGTCT  100

seq1  AGCAGTGTTTTATATAATTTCCACATAGTCATCAATTTCCTAGACTTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGTTTTATATAATTTCCACATAGTCATCAATTTCCTAGACTTTTT  150

seq1  TTTTCTTTTATTGATGGGGCCAGAGAAGATACTCGGTGTGCTTTATCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTTATTGATGGGGCCAGAGAAGATACTCGGTGTGCTTTATCTGC  200

seq1  TAAAAGCTCATTGAGAATTGTTTTGTGCTGTAAATATGTCCTATCATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCTCATTGAGAATTGTTTTGTGCTGTAAATATGTCCTATCATGCA  250

seq1  GATATTTCATGTGTGTTTTTGAATTCTGGATATGAGAAGAATGGCTATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTCATGTGTGTTTTTGAATTCTGGATATGAGAAGAATGGCTATCA  300

seq1  TGAGAAGAAAATTCTATAGAGAATTCTATGGAGTCTTCTGTTAGAACTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGAAAATTCTATAGAGAATTCTATGGAGTCTTCTGTTAGAACTCT  350

seq1  CTAAAGGAACAGAACTGATAGAATAAATATACAATTTACCTTTCTTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGGAACAGAACTGATAGAATAAATATACAATTTACCTTTCTTTCTC  400

seq1  TGTATATATTA----ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  446
      |||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATTAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  450

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACCTACCCATCCATCCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACCTACCCATCCATCCA  500

seq1  TCATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  550

seq1  CTATC-ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCT  595
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATC-ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCT  599

seq1  ACCTTTCCATCTATCCATCCATCTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCCATCTATCCATCCATCTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  649

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATTATCTATCTATTATCTATCTATCTATC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATTATCTATCTATTATCTATCTATCTATC  699

seq1  TATCTATCTATCTATCTA-----TCTATCTATCACAGGCTATAGTCTGGT  740
      ||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATTTTTTCTATCTATCACAGGCTATAGTCTGGT  749

seq1  TAGGGCAACAGTGACTGTTCCTCGACCAAGAATCTGGTCCAGAGATTGTG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCAACAGTGACTGTTCCTCGACCAAGAATCTGGTCCAGAGATTGTG  799

seq1  GCTCAGTCCACAAGGCTGGATGTCAATCAGGTGCCAGAGTCC  832
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTCAGTCCACAA-GCTGGATGTCAATCA-GTGCCAGAGTCC  839

seq1: chr8_35388198_35388970
seq2: B6Ng01-027L13.g_69_843 (reverse)

seq1  GCAGTCTGCCCCTTGTCCCACAGCCTCACAAACAGGACTACAAGAGACGG  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCAGTCTGCCCCTTGTCCCACAGCCTCACAAACAGGACAACAAGAGACGG  50

seq1  GTCTCATCGCCTGTGTAAACGTCTTTTCTAATTCAAGCAGTTGGATGGCA  100
      |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCATCGCCTGGTAAAACGTCTTTTCTAATTCAAGCAGTTGGATGGCA  100

seq1  TGGTATTTCCT-AAACATGGCCTTCCTCTGTCTC-AAAGATGGGACCCAA  148
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGGTATTTCCTAAAACATGGCCTTCCTCTGTCTCAAAAGATGGGACCCAA  150

seq1  AGGGTTATCTTCCGACACATCTACCCTTCTCTCTCTTTCCTCCCTGTCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTATCTTCCGACACATCTACCCTTCTCTCTCTTTCCTCCCTGTCTG  200

seq1  GTTCTTTCCATGGACTCCAAATGTTGGTTCCATTTTAGCTTGGATTAGTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTCCATGGACTCCAAATGTTGGTTCCATTTTAGCTTGGATTAGTT  250

seq1  TGTACTCTATTTTCTATACATCCCCTACTGCAAGAAATGCTAAGTCCATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTCTATTTTCTATACATCCCCTACTGCAAGAAATGCTAAGTCCATA  300

seq1  CCCCCATGTAGTCTTTTTTTTTCTTTCTTTTCCTGCCAGTCCATAGGTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATGTAGTCTTTTTTTTTCTTTCTTTTCCTGCCAGTCCATAGGTCA  350

seq1  CTGCTGAGGATGGTATCCACAGGTCTTACTGTAACTCCTCCCTTAAGTGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAGGATGGTATCCACAGGTCTTACTGTAACTCCTCCCTTAAGTGG  400

seq1  TCACATTCATTCTGGATAGAGCTCGGCCTATCCAGAGTACCCAGGGCAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTCATTCTGGATAGAGCTCGGCCTATCCAGAGTACCCAGGGCAAA  450

seq1  CTCTGGACATAGCCGCGTGCACCTGTAACCGCAGTACTGAGGAGGCAGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGACATAGCCGCGTGCACCTGTAACCGCAGTACTGAGGAGGCAGAG  500

seq1  AGAGGATGCCTGAGGTTTGCTGGATTCTGAACACATGCAGGGCTCTTTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATGCCTGAGGTTTGCTGGATTCTGAACACATGCAGGGCTCTTTCA  550

seq1  AGAGGGAATCTCTGCGTTGTCGTTGCTTGTTAAGAGTGAATACTTTGAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAATCTCTGCGTTGTCGTTGCTTGTTAAGAGTGAATACTTTGAAA  600

seq1  TCGGCCCAAGTCAAGGAGTTTGAACTAAGCCGCTTCTCGTGGAGCTGTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCCCAAGTCAAGGAGTTTGAACTAAGCCGCTTCTCGTGGAGCTGTGT  650

seq1  GGTTGTGACCTCCACATTTATATCCACATCCAGGTGGTTATCTGCAAAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGACCTCCACATTTATATCCACATCCAGGTGGTTATCTGCAAAGC  700

seq1  AGATATGGTTTCAGAGGGGATTTCCAGCCTAATCCCTGGTAATTAGCTCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGGTTTCAGAGGGGATTTCCAGCCTAATCCCTGGTAATTAGCTCA  750

seq1  AAAAGAGAATATTTGGAGTGAATTC  773
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGAATATTTGGAGTGAATTC  775