BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031M07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 78,353,978 - 78,483,373
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700007B14Rik
Upstream geneIsx, Hmgb2l1, Tom1, LOC100039134, Hmox1, Mcm5, Rasd2, LOC675507, LOC384845, LOC666211, LOC100039229, LOC666036
Downstream geneLOC100039185, EG631594, LOC666226, LOC100039211, LOC384847, Nr3c2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031M07.bB6Ng01-031M07.g
ACCDH861291DH861292
length1,0781,085
definitionDH861291|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031M07, 5' end.DH861292|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031M07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,482,281 - 78,483,373)(78,353,978 - 78,355,083)
sequence
gaattcacatggtacacaaccatatatgcagttcaagcatactaactact
taattgcttaatcattgcatactatactgcattacctttcaataaatata
cagttttaaataaccataagttttctctaagggttagtcatctaaggtaa
ctatcacagagtgaccatagtggtaactttttgttggactctggggaggc
ctttgtggcattgttgggttgctgacttctctaacagagtttgaaatatg
atcagatagttaatgatcatggctatcattttaacaataataatctttat
taagactcattatgtaccacaagctatctatcattctctcagaaaaaaat
gcttcttcctattcacaaatgaagaagctgatagtaacagggttagcatc
ttactatgttgaacattatttattttttcagataaatatttattatttga
aagtttggttatgtttatttttctattcacttagtttgcattttggttta
taaccttaaatgtactatttgttacagacttgttgattgttatttgcaag
tttcaaaatggtttaaaataagctacattcagaataaaatgaataaatga
aatttcagacttgtttgataaatatttgagcatgcatgtatacatacgtt
aagtataatctaagaatttttataaagcaatctcataatagaatataaac
cctgtaggacagcgaggttattaacatgttagagtcactcagacactaag
tagcagaaagaagatataaatgcaagttggattttggcatagtgggtatt
tttctttaagtttgctagttccaactttaacttttgttctcttctcaaca
acctaacttcagtaaaaccaatatgtaaccaaattatcacatattttacc
aattatttatattatacttctctgaattttttagagatgatctgggactg
atgaatatgtatcagagctctgactcatcaacagactaatccttgggtga
agcaaagtttggtggcattattgggaggcaaaaggacagagtgggtctgg
ttaaaggacaaggtgactcatcctctaa
gaattctttcttttgtagtagataaatacatggcaacctcacttttgtct
cttgtcagaaatcagcacacggaatagtatcagtgatatcaacatactca
tgattaaaggaatcaaatatgataaaaaatttttaaaaatagttcatgtc
cattaaatttatttaaaaatgaacagttgtttaataacattgattaaatg
tggatctactgatgacatattaacaatgcacatgatgtttgattggaaag
attttacctgtcggaagccatttaagggacataaagcctatcttgtagca
tctgccagtggccttcaattacacacacgctgctctctatactctttaca
ttatctttgtgttgtttaagctttattttagggatgatatcttgttcttt
taagtcagttacctctacaaaacatttagtcatagaggatgctgttcgaa
atataactttggttcaatttcttgggccgcctgctttgcccatgtaggat
ctagcatataccttttctgtggagacccctgcttagtctgttcaatctct
atggccctgcacagtagggttagaactagcttgtttggaaagatgctgaa
atttgaaagtaaatgtgccccatggtcctaggtagttgaacacttggctc
acaattggtggcattgtttgggaaggttgtgggacttttgagaggtagag
gctggagcaggtgggtactgaagaaaggtcatggggttttacagattgtc
tccactttctgtgcactcctcatcctgactatggatgaattatgacaagc
agcctccagctcttaatctgtgcttttcctaccacgatggattttatgtt
attcttcctcaaaccataagtcaaataagccttcacttccgtaaattgct
tttaccaggtattttgcctcaacagtgagggctccctgacatttcactct
attaaaatggcatcacgttgtgaatttatcacctgtttccaaggcctttt
tcttatggaatgataatgggccaagtcttctcgagtcttaggagatcaaa
tgagtcctatgtacaggccttagcatatgagtaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_78482281_78483373
seq2: B6Ng01-031M07.b_44_1121 (reverse)

seq1  TTAGAGGATGAGTCACCTGTGTCCTCTAACTCAGACCCAACTCTGGTCTC  50
      |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||| |||  
seq2  TTAGAGGATGAGTCACCT-TGTCCTTTAAC-CAGACCC-ACTCT-GTCCT  46

seq1  TATGCCTCCCAATAATGCCACCAAAACTATGGCTTCACCCAAGGATTTAG  100
      | |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||
seq2  TTTGCCTCCCAATAATGCCACC-AAACT-TTGCTTCACCCAAGGA-TTAG  93

seq1  TCTGTTGATGAAGTCAGAGCTCTGATACATTATTCATTCAGTCCCAGATC  150
      |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  TCTGTTGATG-AGTCAGAGCTCTGATACA-TATTCA-TCAGTCCCAGATC  140

seq1  ATCTCCTAAAAAAATTCAGAGAAGTATAATATAAATAATTTGGTAAAAAT  200
      |||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  ATCTC--TAAAAAATTCAGAGAAGTATAATATAAATAA-TTGGT-AAAAT  186

seq1  ATGTGATAATTTGGTTACATATTGGTTTTTACTGAAGTTAGGTTGTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATAATTTGGTTACATATTGG-TTTTACTGAAGTTAGGTTGTTGAG  235

seq1  AAGAGAACAAAAGTTAAAGTTGGAACTAGCAAACTTAAAGAAAAATACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAACAAAAGTTAAAGTTGGAACTAGCAAACTTAAAGAAAAATACCC  285

seq1  ACTATGCCAAAATCCAACTTGCATTTATATCTTCTTTCTGCTACTTAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCCAAAATCCAACTTGCATTTATATCTTCTTTCTGCTACTTAGTG  335

seq1  TCTGAGTGACTCTAACATGTTAATAACCTCGCTGTCCTACAGGGTTTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGACTCTAACATGTTAATAACCTCGCTGTCCTACAGGGTTTATA  385

seq1  TTCTATTATGAGATTGCTTTATAAAAATTCTTAGATTATACTTAACGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTATGAGATTGCTTTATAAAAATTCTTAGATTATACTTAACGTAT  435

seq1  GTATACATGCATGCTCAAATATTTATCAAACAAGTCTGAAATTTCATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACATGCATGCTCAAATATTTATCAAACAAGTCTGAAATTTCATTTA  485

seq1  TTCATTTTATTCTGAATGTAGCTTATTTTAAACCATTTTGAAACTTGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTATTCTGAATGTAGCTTATTTTAAACCATTTTGAAACTTGCAA  535

seq1  ATAACAATCAACAAGTCTGTAACAAATAGTACATTTAAGGTTATAAACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAATCAACAAGTCTGTAACAAATAGTACATTTAAGGTTATAAACCA  585

seq1  AAATGCAAACTAAGTGAATAGAAAAATAAACATAACCAAACTTTCAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAAACTAAGTGAATAGAAAAATAAACATAACCAAACTTTCAAATA  635

seq1  ATAAATATTTATCTGAAAAAATAAATAATGTTCAACATAGTAAGATGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATTTATCTGAAAAAATAAATAATGTTCAACATAGTAAGATGCTA  685

seq1  ACCCTGTTACTATCAGCTTCTTCATTTGTGAATAGGAAGAAGCATTTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTTACTATCAGCTTCTTCATTTGTGAATAGGAAGAAGCATTTTTT  735

seq1  TCTGAGAGAATGATAGATAGCTTGTGGTACATAATGAGTCTTAATAAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAGAATGATAGATAGCTTGTGGTACATAATGAGTCTTAATAAAGA  785

seq1  TTATTATTGTTAAAATGATAGCCATGATCATTAACTATCTGATCATATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTGTTAAAATGATAGCCATGATCATTAACTATCTGATCATATTT  835

seq1  CAAACTCTGTTAGAGAAGTCAGCAACCCAACAATGCCACAAAGGCCTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCTGTTAGAGAAGTCAGCAACCCAACAATGCCACAAAGGCCTCCC  885

seq1  CAGAGTCCAACAAAAAGTTACCACTATGGTCACTCTGTGATAGTTACCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCCAACAAAAAGTTACCACTATGGTCACTCTGTGATAGTTACCTT  935

seq1  AGATGACTAACCCTTAGAGAAAACTTATGGTTATTTAAAACTGTATATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACTAACCCTTAGAGAAAACTTATGGTTATTTAAAACTGTATATTT  985

seq1  ATTGAAAGGTAATGCAGTATAGTATGCAATGATTAAGCAATTAAGTAGTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAGGTAATGCAGTATAGTATGCAATGATTAAGCAATTAAGTAGTT  1035

seq1  AGTATGCTTGAACTGCATATATGGTTGTGTACCATGTGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGCTTGAACTGCATATATGGTTGTGTACCATGTGAATTC  1078

seq1: chr8_78353978_78355083
seq2: B6Ng01-031M07.g_66_1150

seq1  GAATTCTTTCTTTTGTAGTAGATAAATACATGGCAACCTCACTTTTGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTTTGTAGTAGATAAATACATGGCAACCTCACTTTTGTCT  50

seq1  CTTGTCAGAAATCAGCACACGGAATAGTATCAGTGATATCAACATACTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCAGAAATCAGCACACGGAATAGTATCAGTGATATCAACATACTCA  100

seq1  TGATTAAAGGAATCAAATATGATAAAAAATTTTTAAAAATAGTTCATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAAAGGAATCAAATATGATAAAAAATTTTTAAAAATAGTTCATGTC  150

seq1  CATTAAATTTATTTAAAAATGAACAGTTGTTTAATAACATTGATTAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATTTATTTAAAAATGAACAGTTGTTTAATAACATTGATTAAATG  200

seq1  TGGATCTACTGATGACATATTAACAATGCACATGATGTTTGATTGGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTACTGATGACATATTAACAATGCACATGATGTTTGATTGGAAAG  250

seq1  ATTTTACCTGTCGGAAGCCATTTAAGGGACATAAAGCCTATCTTGTAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACCTGTCGGAAGCCATTTAAGGGACATAAAGCCTATCTTGTAGCA  300

seq1  TCTGCCAGTGGCCTTCAATTACACACACGCTGCTCTCTATACTCTTTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCAGTGGCCTTCAATTACACACACGCTGCTCTCTATACTCTTTACA  350

seq1  TTATCTTTGTGTTGTTTAAGCTTTATTTTAGGGATGATATCTTGTTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTGTGTTGTTTAAGCTTTATTTTAGGGATGATATCTTGTTCTTT  400

seq1  TAAGTCAGTTACCTCTACAAAACATTTAGTCATAGAGGATGCTGTTCGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCAGTTACCTCTACAAAACATTTAGTCATAGAGGATGCTGTTCGAA  450

seq1  ATATAACTTTGGTTCAATTTCTTGGGCCGCCTGCTTTGCCCATGTAGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACTTTGGTTCAATTTCTTGGGCCGCCTGCTTTGCCCATGTAGGAT  500

seq1  CTAGCATATACCTTTTCTGTGGAGACCCCTGCTTAGTCTGTTCAATCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATATACCTTTTCTGTGGAGACCCCTGCTTAGTCTGTTCAATCTCT  550

seq1  ATGGCCCTGCACAGTAGGGTTAGAACTAGCTTGTTTGGAAAGATGCTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCTGCACAGTAGGGTTAGAACTAGCTTGTTTGGAAAGATGCTGAA  600

seq1  ATTTGAAAGTAAATGTGCCCCATGGTCCTAGGTAGTTGAACACTTGGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAAGTAAATGTGCCCCATGGTCCTAGGTAGTTGAACACTTGGCTC  650

seq1  ACAATTGGTGGCATTGTTTGGGAAGGTTGTGGGACTTTTGAGAGGTAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGGTGGCATTGTTTGGGAAGGTTGTGGGACTTTTGAGAGGTAGAG  700

seq1  GCTGGAGCAGGTGGGTACTGAAGAAAGGTCATGGGGTTTTACAGATTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGCAGGTGGGTACTGAAGAAAGGTCATGGGGTTTTACAGATTGTC  750

seq1  TCCACTTTCTGTGCACTCCTCATCCTGACTATGGATGAATTATGACAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTTCTGTGCACTCCTCATCCTGACTATGGATGAATTATGACAAGC  800

seq1  AGCCTCCAGCTCTTAATCTGTGCTTTTCCTACCACGATGGATTTTATGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCAGCTCTTAATCTGTGCTTTTCCTACCACGATGGATTTTATGTT  850

seq1  ATTCTTCCTCAAACCATAAGTCAAATAAGCCTTCACTTCCGTAAATTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTCTTCCTCAAACCATAAGTCAAATAAGCCTTCACTTCCGTAAATTGC-  899

seq1  TTTTACCAGGTATTTTGCCTCAACAGTGAGGGCTCCCTGACATTTCACTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCAGGTATTTTGCCTCAACAGTGAGGGCTCCCTGACATTTCACTC  949

seq1  TTATTTAAAATTGGCATCACGTTGTGAATTTTATTCCACCTGTTTCCCAG  1000
       ||||  ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| ||
seq2  -TATT--AAAATGGCATCACGTTGTGAA-TTTAT--CACCTGTTTCCAAG  993

seq1  GGCCCTTTTTCTTATGTGAAAATGATAAATGGGCCCAAGTCTTCTCAGAG  1050
      |  |||||||||||||    |||||| |||||| |||||||||||| |||
seq2  G--CCTTTTTCTTATG---GAATGAT-AATGGG-CCAAGTCTTCTC-GAG  1035

seq1  TTCATAGGAGAATCAAATGAGTTCCTATGTACCAGGCCCTTAGCATAATG  1100
       || |||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||
seq2  -TCTTAGGAG-ATCAAATGAG-TCCTATGTA-CAGG-CCTTAGCAT-ATG  1079

seq1  AGTAAA  1106
      ||||||
seq2  AGTAAA  1085