BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-034M04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 95,467,852 - 95,616,474
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc6a2, EG244595, LOC382044
Upstream gene4933436C20Rik, Irx5, Irx6, LOC100041325, Mmp2, Aytl1, Capns2, LOC100040752
Downstream geneEs1, LOC676523, Ces3, Es22, AU018778, Ces1, 2310039D24Rik, Ces7, Gnao1, Amfr, Nudt21, Ogfod1, Bbs2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-034M04.bB6Ng01-034M04.g
ACCDH863419DH863420
length5901,047
definitionDH863419|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034M04, 5' end.DH863420|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,615,876 - 95,616,474)(95,467,852 - 95,468,903)
sequence
gaattccttattacatccaaatgtttgggtgctttgttaaaaattaaatt
atttagtttttataattcaatatatattatgttatcaaaatcccccaagt
attctttttaccttctccatgtccaaccattttaaaaattaaaatataat
tacatcatttccccctctccttttctccctccaacacttctcatgtactt
ccatcctttttcttaatttaattgttgaataaatatacaaacacacatac
actatatatatacatatatgacatatatatatatatatgactatggaagc
caccccaacatctggataggcccaccatgccaatgtcctaacagccactt
cagaacattcatcattggagcttagtaattggtagagttgagaggaacag
ggatattatagtgtggactgagctataattttgatcaggttgggaacaga
aatggaaacaggctgtggaaatataggtatttatcagttgaggaaaatta
aagtgggaatggtgataaaaatgaagctaggatgtcctatcatactcggg
cttaaagatgattaagctacaagagccaaaagaaggggga
gaattccatgctggtccaccagaactgaattgggtggggtcttgttttat
cttggttagatttagatggacaaacatggtaatctgtcatagagaaaaga
tgacatcaggcccagagagtgaggccaactccagccctgactcacagaat
agctactgtcccctaagatggcagaggccatgatttcatgacacatgttc
tggatccagcagtactaagaaactattggctgtctagaatttgttcttag
tctcttgcctcacttataagagtggagaagactccagctactctggactc
ctaggtgtgttcagcacacagaaactgtttcccaagccttccttactggt
tcccagcgaaagtgtagtagtcttaggttcttgaccagtctaagaataaa
ttagctatgcccatgtttgtcaagtgactcggggattgctgtgctgggtc
tgcttaggtctagcctcccaatctcccaaatccaggtgccatgtctcccc
agggcattactttggattctggttctgatacatccaacccatctcacctt
tcattgtttacctctgaattttgcatctagatgatctcgcctagacataa
cactgaaattctaaagtcctttaagaacaatggtaacaaaaactaggttg
tttttttctgtgcccctcgtgtagatctgatgtcactatgctttgttgag
gatccagatttcaagtttttccttattatgtgcaggaactatgcaaaagc
agccacaacagtgataatgctgagccttagtcttaccttgatgggaggac
ttaaaagttgatcctgcagggtgcttgtttggcagagaaaggtgccctga
gggagtgggaggtacaaagataagggacactggacttgcaacagtttggc
aacactatagtagataagcatgcaggggatggctagtcatggctgggagt
agatgggattgggaatcctagaaactcaaggaggagcaaggataactcct
acccagacacggcatcattcctggggtgtgcatgcttgtacaagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_95615876_95616474
seq2: B6Ng01-034M04.b_43_632 (reverse)

seq1  TCCCCCTTCTTTTTGCCTCTTTGTATGCTTTAATCATCTTTAAGCCCCGA  50
      ||||||||| ||||| ||| ||||| || ||||||||||||||| |||||
seq2  TCCCCCTTC-TTTTGGCTC-TTGTA-GC-TTAATCATCTTTAAG-CCCGA  45

seq1  GTATGATAAGAACATCCTAGCTTCATTTTTTATCTACATTCCCACCTCTA  100
      ||||||| || |||||||||||||| ||||||||  |||||||| || ||
seq2  GTATGAT-AGGACATCCTAGCTTCA-TTTTTATCACCATTCCCA-CTTTA  92

seq1  TATTTTCCTTCACTTGATATAATACCTATATTTCCACAGCCTGTTTCCA-  149
       ||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  -ATTTTCC-TCAACTGATA-AATACCTATATTTCCACAGCCTGTTTCCAT  139

seq1  TTCTGTTCCCAACCTGATC-AAATTATAGCTCAGTCCACACTATAATATC  198
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTCCCAACCTGATCAAAATTATAGCTCAGTCCACACTATAATATC  189

seq1  CCTGTTCCTCTCAACTCTACCAATTACTAAGCTCCAATGATGAATGTTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCCTCTCAACTCTACCAATTACTAAGCTCCAATGATGAATGTTCT  239

seq1  GAAGTGGCTGTTAGGACATTGGCATGGTGGGCCTATCCAGATGTTGGGGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGCTGTTAGGACATTGGCATGGTGGGCCTATCCAGATGTTGGGGT  289

seq1  GGCTTCCATAGTCATATATATATATATATGTCATATATGTATATATATAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCATAGTCATATATATATATATATGTCATATATGTATATATATAG  339

seq1  TGTATGTGTGTTTGTATATTTATTCAACAATTAAATTAAGAAAAAGGATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTGTTTGTATATTTATTCAACAATTAAATTAAGAAAAAGGATG  389

seq1  GAAGTACATGAGAAGTGTTGGAGGGAGAAAAGGAGAGGGGGAAATGATGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTACATGAGAAGTGTTGGAGGGAGAAAAGGAGAGGGGGAAATGATGT  439

seq1  AATTATATTTTAATTTTTAAAATGGTTGGACATGGAGAAGGTAAAAAGAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATTTTAATTTTTAAAATGGTTGGACATGGAGAAGGTAAAAAGAA  489

seq1  TACTTGGGGGATTTTGATAACATAATATATATTGAATTATAAAAACTAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGGGGATTTTGATAACATAATATATATTGAATTATAAAAACTAAA  539

seq1  TAATTTAATTTTTAACAAAGCACCCAAACATTTGGATGTAATAAGGAATT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAATTTTTAACAAAGCACCCAAACATTTGGATGTAATAAGGAATT  589

seq1  C  599
      |
seq2  C  590

seq1: chr8_95467852_95468903
seq2: B6Ng01-034M04.g_71_1117

seq1  GAATTCCATGCTGGTCCACCAGAACTGAATTGGGTGGGGTCTTGTTTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCTGGTCCACCAGAACTGAATTGGGTGGGGTCTTGTTTTAT  50

seq1  CTTGGTTAGATTTAGATGGACAAACATGGTAATCTGTCATAGAGAAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTAGATTTAGATGGACAAACATGGTAATCTGTCATAGAGAAAAGA  100

seq1  TGACATCAGGCCCAGAGAGTGAGGCCAACTCCAGCCCTGACTCACAGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCAGGCCCAGAGAGTGAGGCCAACTCCAGCCCTGACTCACAGAAT  150

seq1  AGCTACTGTCCCCTAAGATGGCAGAGGCCATGATTTCATGACACATGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTGTCCCCTAAGATGGCAGAGGCCATGATTTCATGACACATGTTC  200

seq1  TGGATCCAGCAGTACTAAGAAACTATTGGCTGTCTAGAATTTGTTCTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCAGCAGTACTAAGAAACTATTGGCTGTCTAGAATTTGTTCTTAG  250

seq1  TCTCTTGCCTCACTTATAAGAGTGGAGAAGACTCCAGCTACTCTGGACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGCCTCACTTATAAGAGTGGAGAAGACTCCAGCTACTCTGGACTC  300

seq1  CTAGGTGTGTTCAGCACACAGAAACTGTTTCCCAAGCCTTCCTTACTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTGTGTTCAGCACACAGAAACTGTTTCCCAAGCCTTCCTTACTGGT  350

seq1  TCCCAGCGAAAGTGTAGTAGTCTTAGGTTCTTGACCAGTCTAAGAATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCGAAAGTGTAGTAGTCTTAGGTTCTTGACCAGTCTAAGAATAAA  400

seq1  TTAGCTATGCCCATGTTTGTCAAGTGACTCGGGGATTGCTGTGCTGGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTATGCCCATGTTTGTCAAGTGACTCGGGGATTGCTGTGCTGGGTC  450

seq1  TGCTTAGGTCTAGCCTCCCAATCTCCCAAATCCAGGTGCCATGTCTCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGGTCTAGCCTCCCAATCTCCCAAATCCAGGTGCCATGTCTCCCC  500

seq1  AGGGCATTACTTTGGATTCTGGTTCTGATACATCCAACCCATCTCACCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATTACTTTGGATTCTGGTTCTGATACATCCAACCCATCTCACCTT  550

seq1  TCATTGTTTACCTCTGAATTTTGCATCTAGATGATCTCGCCTAGACATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTTTACCTCTGAATTTTGCATCTAGATGATCTCGCCTAGACATAA  600

seq1  CACTGAAATTCTAAAGTCCTTTAAGAACAATGGTAACAAAAACTAGGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAATTCTAAAGTCCTTTAAGAACAATGGTAACAAAAACTAGGTTG  650

seq1  TTTTTTTCTGTGCCCCTCGTGTAGATCTGATGTCACTATGCTTTGTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTGTGCCCCTCGTGTAGATCTGATGTCACTATGCTTTGTTGAG  700

seq1  GATCCAGATTTCAAGTTTTTCCTTATTATGTGCAGGAACTATGCAAAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGATTTCAAGTTTTTCCTTATTATGTGCAGGAACTATGCAAAAGC  750

seq1  AGCCACAACAGTGATAATGCTGAGCCTTAGTCTTACCTTGATGGGAGGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAACAGTGATAATGCTGAGCCTTAGTCTTACCTTGATGGGAGGAC  800

seq1  TTAAAAGTTGATCCTGCAGGGTGCTTGTTTGGCAGAGAAAGGTGCCCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGTTGATCCTGCAGGGTGCTTGTTTGGCAGAGAAAGGTGCCCTGA  850

seq1  GGGAGTGGGAGGTACAAAGATAAGGGACAACTGGACTTGCAACAGTTTGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGGGAGGTACAAAGATAAGGGAC-ACTGGACTTGCAACAGTTTGG  899

seq1  CAACACTATAGTAGATAAGCATGCAGGGGGATGGCTAGTCATGGCTGGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTATAGTAGATAAGCATGCA-GGGGATGGCTAGTCATGGCTGGGA  948

seq1  GGTAGATGGGAATTGGGAATCCTAGACACTCACAGAGGAGCAGGGATAAC  1000
       ||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||
seq2  -GTAGATGGG-ATTGGGAATCCTAGAAACTCAAGGAGGAGCAAGGATAAC  996

seq1  TCTTACCCAGACAGCGCCATCATT-CTGGGGTGTGCATGCTTGTACAAAG  1049
      || |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCTACCCAGACA-CGGCATCATTCCTGGGGTGTGCATGCTTGTAC-AAG  1044

seq1  AGG  1052
      |||
seq2  AGG  1047