BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-036G23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 6,055,221 - 6,208,162
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC436026, Slc10a2, LOC434275, LOC623409, LOC669429, LOC100040360
Downstream geneEG665127, EG546032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-036G23.bB6Ng01-036G23.g
ACCDH864612DH864613
length1,0731,080
definitionDH864612|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-036G23, 5' end.DH864613|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-036G23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,055,221 - 6,056,184)(6,207,062 - 6,208,162)
sequence
gaattcaaggcccatacctaaacatgattgttttgttttctaaatgcatt
tctgtgtgccacatgcattcttgatgcctatggcaagagtatctggaatt
ctctcagtcaaggtttgtagtcctgcataaaacatcatgatcaaaaagca
agttgtggaagaaagggtttattcagcttacctttccacattgctgttaa
tcaccaaataaagttaggccaggaactgacacaggacagttagcaggagc
tggtgcgtaacccatggagggtcttgcttactggattgcttccacgggct
tgcttactttcttatagactaccagtgcagggatggcaccactcacaatg
gcccaggtactccctcctttatcactaactgagaaaatgtcttacagctg
gatctcatgaaggtatttcctcaagagaggctcctttctctgtgatagct
ccagcctgtgactagttgacacacaaaaccagacagtacaggaatatcat
gaaatggagttccagatggtggtgagcacatacgtgggttatgggaattg
actaagatgtttgacaagagtagcaagtgctcttaaccattgagctatct
cttaaatccaataaatataactcagaaaacatcataattatatgaaaaga
aataaattcaattttagttgtatggtgaaattttgttatttttataattt
gttttgtactaagtagagatttactgattttaagtttatcatataaaagc
ttttttgataaacagcctgttctgactatcctaaactcgtatttatcatt
ccatgtagctgctttggacattatataaatacatcttctaatggttcatt
gctttcttctggggacattgttatgcgatgaattcattgtattcttgtag
catagaagtaacatcctggggttcctttcatgggaataaattctacctat
atagctgctgcagtcaagggatgcagttgtataaatgtatgataatgttc
tccctaaattatgatgatgcctgctgagatcccccttgcatttatgtttt
gctcaagaagaaaactttcctgt

gaattctcagaggaacccaggatgcacattttggatgccatctgtgggac
agctgagaactgactgagctcctttgttcttgctatatgatgtttgcctt
agttaataactgagaattcaggttgaaagaaaggatgaatctctctgatg
tcctggtccacattttgtctcaggcagtgagtcccaccccctaccaggct
ttcctggcctgacctgtgtttaccttctgtctctggcacttcccactggg
ttattgatgcacttctctgcccaggaagcccagtctctgtgcacagtgtt
aagctgacaccaccagcaacactggctcttgttgtactctatgccgagca
aagtgttcatgaatgaggctctgggtactctggtcaaaacaggttttaga
gaagccaaagaaacagggcaaacatcttattacacattctctttatgcag
aagctacctcagagctgtttccagaaaggataaaagctgctccagtcaca
atcctaaaggagtgccctgaggactagtggtgcaaactaacagcctacat
tatgctttcaattatcatgaatctggggtaatttttgttgcacagagaat
gaactgttcttttatatttgttaagatttaaatgaaatttatgcacagtc
taaaaccagtcaccatcttttgttataggggtagaaacaacaaatactat
ataaatgactaaatgttcatttatatatatatatacatatatatatacat
gcatacacacacatacatacatatacgattgcatgaaactcttttgctct
caatatgagtatttattttaatgtagtttatttttggtaaattttgctat
ttccatccctcccccaaaaatgacttagaagtatgacagaatatatgtaa
atgagtaaaccagaaatttcaaaatttatacaaatttatacaatactact
ttagatttgatagattatatgttatccttaaacatgaataaaataagcat
aaatataaaaattcattcatatcatagaaaagaattctacccattgtata
atattgaatatgtggacaaaacaacctgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_6055221_6056184
seq2: B6Ng01-036G23.b_158_1118

seq1  GTTTGTAGTCCTGCATAAAACATCATGATCAAAAAGCAAGTTGTGGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTAGTCCTGCATAAAACATCATGATCAAAAAGCAAGTTGTGGAAGA  50

seq1  AAGGGTTTATTCAGCTTACCTTTCCACATTGCTGTTAATCACCAAATAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTTATTCAGCTTACCTTTCCACATTGCTGTTAATCACCAAATAAA  100

seq1  GTTAGGCCAGGAACTGACACAGGACAGTTAGCAGGAGCTGGTGCGTAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGCCAGGAACTGACACAGGACAGTTAGCAGGAGCTGGTGCGTAACC  150

seq1  CATGGAGGGTCTTGCTTACTGGATTGCTTCCACGGGCTTGCTTACTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGGGTCTTGCTTACTGGATTGCTTCCACGGGCTTGCTTACTTTCT  200

seq1  TATAGACTACCAGTGCAGGGATGGCACCACTCACAATGGCCCAGGTACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACTACCAGTGCAGGGATGGCACCACTCACAATGGCCCAGGTACTC  250

seq1  CCTCCTTTATCACTAACTGAGAAAATGTCTTACAGCTGGATCTCATGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTTATCACTAACTGAGAAAATGTCTTACAGCTGGATCTCATGAAG  300

seq1  GTATTTCCTCAAGAGAGGCTCCTTTCTCTGTGATAGCTCCAGCCTGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCCTCAAGAGAGGCTCCTTTCTCTGTGATAGCTCCAGCCTGTGAC  350

seq1  TAGTTGACACACAAAACCAGACAGTACAGGAATATCATGAAATGGAGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGACACACAAAACCAGACAGTACAGGAATATCATGAAATGGAGTTC  400

seq1  CAGATGGTGGTGAGCACATACGTGGGTTATGGGAATTGACTAAGATGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGTGGTGAGCACATACGTGGGTTATGGGAATTGACTAAGATGTTT  450

seq1  GACAAGAGTAGCAAGTGCTCTTAACCATTGAGCTATCTCTTAAATCCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAGTAGCAAGTGCTCTTAACCATTGAGCTATCTCTTAAATCCAAT  500

seq1  AAATATAACTCAGAAAACATCATAATTATATGAAAAGAAATAAATTCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAACTCAGAAAACATCATAATTATATGAAAAGAAATAAATTCAAT  550

seq1  TTTAGTTGTATGGTGAAATTTTGTTATTTTTATAATTTGTTTTGTACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTGTATGGTGAAATTTTGTTATTTTTATAATTTGTTTTGTACTAA  600

seq1  GTAGAGATTTACTGATTTTAAGTTTATCATATAAAAGCTTTTTTGATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGATTTACTGATTTTAAGTTTATCATATAAAAGCTTTTTTGATAAA  650

seq1  CAGCCTGTTCTGACTATCCTAAACTCGTATTTATCATTCCATGTAGCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGTTCTGACTATCCTAAACTCGTATTTATCATTCCATGTAGCTGC  700

seq1  TTTAGACATTATATAAATACATCTTCTAATGGTTCATTGCTTTCTTCTGG  750
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACATTATATAAATACATCTTCTAATGGTTCATTGCTTTCTTCTGG  750

seq1  GGACATTGTTATGCGATGAATTCATTGTATTCTTGTAGCATAGAAGTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTGTTATGCGATGAATTCATTGTATTCTTGTAGCATAGAAGTAAC  800

seq1  ATCCTGGGGTTCCTTTCATGGGAATTAATTCTACCTATATAGCTGCTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGGGTTCCTTTCATGGGAATAAATTCTACCTATATAGCTGCTGCA  850

seq1  GTCAAGGGATTGCAGTTGTATAAATGTATGATAAATGTTCTCCCTTAATT  900
      ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |
seq2  GTCAAGGGA-TGCAGTTGTATAAATGTATGAT-AATGTTCTCCC-TAAAT  897

seq1  TATGATGATGCCTGCTGAGAT-CCCCTTGCATTGTATGTTATGCTCAAGA  949
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  TATGATGATGCCTGCTGAGATCCCCCTTGCATT-TATGTTTTGCTCAAGA  946

seq1  AGAAACTTTTCCTGT  964
      |||||  ||||||||
seq2  AGAAAACTTTCCTGT  961


seq1: chr8_6207062_6208162
seq2: B6Ng01-036G23.g_64_1143 (reverse)

seq1  CACA-GTTGTTTTGTCACAATATCAAATATTATCAAATAGTATGAATTCT  49
      |||| |||||||||||   ||||  ||||||||  ||| |   |||||||
seq2  CACAGGTTGTTTTGTCCACATATTCAATATTATACAATGGGTAGAATTCT  50

seq1  TTTCTATGATATGTAATTGAAAATTTTATATTTTATGCTTTATTTTAATT  99
      ||||||||||||| |||   || ||||||| ||||||| ||||||||  |
seq2  TTTCTATGATATG-AAT--GAATTTTTATA-TTTATGC-TTATTTTA--T  93

seq1  TCATGTTATAAAGGATAACATTAATAAATCTAATCAAATCTTAAAGTAGT  149
      ||||||  | |||||||||||  || ||||| |||||||| |||||||||
seq2  TCATGT--TTAAGGATAACAT--AT-AATCT-ATCAAATC-TAAAGTAGT  136

seq1  ATTGTATAAATTTTGTATAAAATTTTGAAATTTCTGGTTTACTCCATTTT  199
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  ATTGTATAAA-TTTGTAT-AAATTTTGAAATTTCTGGTTTACTC--ATTT  182

seq1  ACATATATTCTGTCATACTTTCTAAGTCATTTTTGGGGGAGGGATGGAAA  249
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACATATATTCTGTCATAC-TTCTAAGTCATTTTTGGGGGAGGGATGG-AA  230

seq1  ATAGCAAAATCTACCAAAAATAAACTACATTAAAATAAATACTCATATTT  299
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATAGCAAAATTTACCAAAAATAAACTACATTAAAATAAATACTCATA-TT  279

seq1  GAGAGCAAAAGAGTTTCATGCAATCGTATATGTATGTATGTGTGTGTATG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCAAAAGAGTTTCATGCAATCGTATATGTATGTATGTGTGTGTATG  329

seq1  CATGTATATATATATGTATATATATATATAAATGAACATTTAGTCATTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATATATATATGTATATATATATATAAATGAACATTTAGTCATTTA  379

seq1  TATAGTATTTGTTGTTTCTACCCCTATAAACAAAAGATGGTGACTGGTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTATTTGTTGTTTCTACCCCTAT-AACAAAAGATGGTGACTGGTTT  428

seq1  TAGACTGTGCATAAATTTCATTTAAATCTTAACAAATATAAAAGAACAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGTGCATAAATTTCATTTAAATCTTAACAAATATAAAAGAACAGT  478

seq1  TCATTCTCTGTGCAACAAAAATTACCCCAGATTCATGATAATTGAAAGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTCTGTGCAACAAAAATTACCCCAGATTCATGATAATTGAAAGCA  528

seq1  TAATGTAGGCTGTTAGTTTGCACCACTAGTCCTCAGGGCACTCCTTTAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTAGGCTGTTAGTTTGCACCACTAGTCCTCAGGGCACTCCTTTAGG  578

seq1  ATTGTGACTGGAGCAGCTTTTATCCTTTCTGGAAACAGCTCTGAGGTAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACTGGAGCAGCTTTTATCCTTTCTGGAAACAGCTCTGAGGTAGC  628

seq1  TTCTGCATAAAGAGAATGTGTAATAAGATGTTTGCCCTGTTTCTTTGGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCATAAAGAGAATGTGTAATAAGATGTTTGCCCTGTTTCTTTGGCT  678

seq1  TCTCTAAAACCTGTTTTGACCAGAGTACCCAGAGCCTCATTCATGAACAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAAACCTGTTTTGACCAGAGTACCCAGAGCCTCATTCATGAACAC  728

seq1  TTTGCTCGGCATAGAGTACAACAAGAGCCAGTGTTGCTGGTGGTGTCAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCGGCATAGAGTACAACAAGAGCCAGTGTTGCTGGTGGTGTCAGC  778

seq1  TTAACACTGTGCACAGAGACTGGGCTTCCTGGGCAGAGAAGTGCATCAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACTGTGCACAGAGACTGGGCTTCCTGGGCAGAGAAGTGCATCAAT  828

seq1  AACCCAGTGGGAAGTGCCAGAGACAGAAGGTAAACACAGGTCAGGCCAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGTGGGAAGTGCCAGAGACAGAAGGTAAACACAGGTCAGGCCAGG  878

seq1  AAAGCCTGGTAGGGGGTGGGACTCACTGCCTGAGACAAAATGTGGACCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTGGTAGGGGGTGGGACTCACTGCCTGAGACAAAATGTGGACCAG  928

seq1  GACATCAGAGAGATTCATCCTTTCTTTCAACCTGAATTCTCAGTTATTAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAGAGAGATTCATCCTTTCTTTCAACCTGAATTCTCAGTTATTAA  978

seq1  CTAAGGCAAACATCATATAGCAAGAACAAAGGAGCTCAGTCAGTTCTCAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGCAAACATCATATAGCAAGAACAAAGGAGCTCAGTCAGTTCTCAG  1028

seq1  CTGTCCCACAGATGGCATCCAAAATGTGCATCCTGGGTTCCTCTGAGAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCACAGATGGCATCCAAAATGTGCATCCTGGGTTCCTCTGAGAAT  1078

seq1  TC  1101
      ||
seq2  TC  1080


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |