BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040O13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,775,873 - 16,905,993
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneLOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040O13.bB6Ng01-040O13.g
ACCDH867733DH867734
length1,056859
definitionDH867733|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040O13, 5' end.DH867734|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040O13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,904,928 - 16,905,993)(16,775,873 - 16,776,730)
sequence
gaattcagtaagtatgcttgcaagcaaatacattccagcttcattttcct
ccttcatgtctcatctgaagccatttgtggaccacagtggctttgaatta
aggcagagaagaagtgctatttgtgggacaccaaattgtctcatagtcac
aagagccactgtccctaggaacagacagctctcaccaaacaagaataaca
cacaagtaaaacacagggctggaaaatcgagctgggatttgcaggagaac
tagactataaattcgggggcagccttaacagcctgctgatttcatttata
gaaccaagcaaagctaatcacatatgtgaacttaatgtactttgcaacct
tatgaggaatatcatttgcctatagattttggggcttggggacttacctc
ttcaattcactggagctagaccagaggacctcctttccatgggagctggt
aaaggtgactcagccctcacgtgtaattatagtgcagcagcaggcctgct
taaggaactgtacagaacttatttccatcagctcagttggatcaccttac
aggcaggaaggaaccacaaatagatggtgttcctggttaaaatagcccag
gacgcatgttcctatctgaaattaccagggtgtagtgggaagcagcaaga
tgctgtgctccacagatcagcactgacacacccctctccagaaccttaat
gagaccagcagtagctaaggcctggctgtagtactgggtaaggaaagttc
attgcaatcataggttactaacctggggatagattggcaccccttctcag
tgttgcctaagaccattagaaaacacagatacttacaactcatcacaata
gcaaaattacaattatgaaatagcaactaagtaatcttagtttgggttta
ccacaacatgaggatctgtattaaatggtcagggcattaggagggtgtga
acacttatcttgagatagagcagcagatttgttcataaactggtattcca
gtggcttgagctcctcatagcaccactaagagagaaggcctgtcttgaag
atccct
gaattctattgcacacatcaattcatggtgattttgacttcgtgaaagat
gacgtgcatgagatcagaaccctatcacaggaagggctggtaatgtcctc
ccccaagctgaaaagatactgacaatcattggctgttaaggaagatgaag
agtcagttttcttcagtgaccacaccgtaagaagctactcatggtcccat
ggagctccaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaa
acggcattaagtgggctcaagtgagtctttgagggcacaggactgttagg
gagaagcagggtggtaaggatagtgttgaagttgatcaaaatatattata
tgcatgcgcggaatccccacccatgaaaacgggagattctgtgctgctgt
ctgctacctgcagggggcgttggcatcattacgaatcccactcagacctt
ctgctccctgctccacccccattcctgattggtacacagcaagatcctgg
tcagaagtctgcacagcaacactgaactctcagactctaggactgtcaga
aacagagtttccttcatgactcttagactttggctcagagatggttccct
cttgaattgctggttttgctttgtctggcttcagtgactcatgaccaacc
atggtttgtaaacagttaatatttgcatgaactaactctttaagacagag
actatgactatattcaaatagatttcactataccaaaatgtttgtaactg
aggtgctttactgttagtattgttctctatctcttgccgccatctagtta
taaatcattacttttgcaacggtaactgtgtgtaggaatataggcatata
tagatgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16904928_16905993
seq2: B6Ng01-040O13.b_45_1100 (reverse)

seq1  AGGGATCTCTAGGACAGGGCTCTTCTCTTTAGTGGTGCTGATGAGGAGCT  50
      ||||||||  | |||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  AGGGATCTTCAAGACAGGCCTTCTCTC-TTAGTGGTGCT-ATGAGGAGCT  48

seq1  CAAGCCACTGGGAAATACCAGTTTATGAACCAATTCTGGCTGCTCTAATC  100
      |||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||
seq2  CAAGCCACTGG--AATACCAGTTTATGAA-CAAATCT-GCTGCTCT-ATC  93

seq1  TCAAGATAAGTGGTTCACACCCCTCCTAATGCCCTGACCATTTAATACAG  150
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATAAGT-GTTCACA-CCCTCCTAATGCCCTGACCATTTAATACAG  141

seq1  ATCCTCATGTTGTGGTAAACCCAAACCTAAGATTACTTAGTTGCTATTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCATGTTGTGGTAAACCCAAA-CTAAGATTACTTAGTTGCTATTTC  190

seq1  ATAATTGTAATTTTGCTATTGTGATGAGTTGTAAGTATCTGTGTTTTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGTAATTTTGCTATTGTGATGAGTTGTAAGTATCTGTGTTTTCTA  240

seq1  ATGGTCTTAGGCAACACTGAGAAGGGGTGCCAATCTATCCCCAGGTTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTTAGGCAACACTGAGAAGGGGTGCCAATCTATCCCCAGGTTAGT  290

seq1  AACCTATGATTGCAATGAACTTTCCTTACCCAGTACTACAGCCAGGCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATGATTGCAATGAACTTTCCTTACCCAGTACTACAGCCAGGCCTT  340

seq1  AGCTACTGCTGGTCTCATTAAGGTTCTGGAGAGGGGTGTGTCAGTGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTGCTGGTCTCATTAAGGTTCTGGAGAGGGGTGTGTCAGTGCTGA  390

seq1  TCTGTGGAGCACAGCATCTTGCTGCTTCCCACTACACCCTGGTAATTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGAGCACAGCATCTTGCTGCTTCCCACTACACCCTGGTAATTTCA  440

seq1  GATAGGAACATGCGTCCTGGGCTATTTTAACCAGGAACACCATCTATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGAACATGCGTCCTGGGCTATTTTAACCAGGAACACCATCTATTTG  490

seq1  TGGTTCCTTCCTGCCTGTAAGGTGATCCAACTGAGCTGATGGAAATAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCCTTCCTGCCTGTAAGGTGATCCAACTGAGCTGATGGAAATAAGT  540

seq1  TCTGTACAGTTCCTTAAGCAGGCCTGCTGCTGCACTATAATTACACGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACAGTTCCTTAAGCAGGCCTGCTGCTGCACTATAATTACACGTGA  590

seq1  GGGCTGAGTCACCTTTACCAGCTCCCATGGAAAGGAGGTCCTCTGGTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAGTCACCTTTACCAGCTCCCATGGAAAGGAGGTCCTCTGGTCTA  640

seq1  GCTCCAGTGAATTGAAGAGGTAAGTCCCCAAGCCCCAAAATCTATAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGTGAATTGAAGAGGTAAGTCCCCAAGCCCCAAAATCTATAGGCA  690

seq1  AATGATATTCCTCATAAGGTTGCAAAGTACATTAAGTTCACATATGTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATATTCCTCATAAGGTTGCAAAGTACATTAAGTTCACATATGTGAT  740

seq1  TAGCTTTGCTTGGTTCTATAAATGAAATCAGCAGGCTGTTAAGGCTGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTGCTTGGTTCTATAAATGAAATCAGCAGGCTGTTAAGGCTGCCC  790

seq1  CCGAATTTATAGTCTAGTTCTCCTGCAAATCCCAGCTCGATTTTCCAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAATTTATAGTCTAGTTCTCCTGCAAATCCCAGCTCGATTTTCCAGCC  840

seq1  CTGTGTTTTACTTGTGTGTTATTCTTGTTTGGTGAGAGCTGTCTGTTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTTACTTGTGTGTTATTCTTGTTTGGTGAGAGCTGTCTGTTCCT  890

seq1  AGGGACAGTGGCTCTTGTGACTATGAGACAATTTGGTGTCCCACAAATAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAGTGGCTCTTGTGACTATGAGACAATTTGGTGTCCCACAAATAG  940

seq1  CACTTCTTCTCTGCCTTAATTCAAAGCCACTGTGGTCCACAAATGGCTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTTCTCTGCCTTAATTCAAAGCCACTGTGGTCCACAAATGGCTTC  990

seq1  AGATGAGACATGAAGGAGGAAAATGAAGCTGGAATGTATTTGCTTGCAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGACATGAAGGAGGAAAATGAAGCTGGAATGTATTTGCTTGCAAG  1040

seq1  CATACTTACTGAATTC  1066
      ||||||||||||||||
seq2  CATACTTACTGAATTC  1056

seq1: chr8_16775873_16776730
seq2: B6Ng01-040O13.g_71_929

seq1  GAATTCTATTGCACACATCAATTCATGGTGATTTTGACTTCGTGAAAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTGCACACATCAATTCATGGTGATTTTGACTTCGTGAAAGAT  50

seq1  GACGTGCATGAGATCAGAACCCTATCACAGGAAGGGCTGGTAATGTCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGCATGAGATCAGAACCCTATCACAGGAAGGGCTGGTAATGTCCTC  100

seq1  CCCCAAGCTGAAAAGATACTGACAATCATTGGCTGTTAAGGAAGATGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGCTGAAAAGATACTGACAATCATTGGCTGTTAAGGAAGATGAAG  150

seq1  AGTCAGTTTTCTTCAGTGACCACACCGTAAGAAGCTACTCATGGTCCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTTTTCTTCAGTGACCACACCGTAAGAAGCTACTCATGGTCCCAT  200

seq1  GGAGCTCCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAA  250

seq1  ACGGCATTAAGTGGGCTCAAGTGAGTCTTTGAGGGCACAGGACTGTTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCATTAAGTGGGCTCAAGTGAGTCTTTGAGGGCACAGGACTGTTAGG  300

seq1  GAGAAGCAGGGTGGTAAGGATAGTGTTGAAGTTGATCAAAATATATTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCAGGGTGGTAAGGATAGTGTTGAAGTTGATCAAAATATATTATA  350

seq1  TGCATGCGCGGAATCCCCACCCATGAAAACGGGAGATTCTGTGCTGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCGCGGAATCCCCACCCATGAAAACGGGAGATTCTGTGCTGCTGT  400

seq1  CTGCTACCTGCAGGGGGCGTTGGCATCATTACGAATCCCACTCAGACCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTACCTGCAGGGGGCGTTGGCATCATTACGAATCCCACTCAGACCTT  450

seq1  CTGCTCCCTGCTCCACCCCCATTCCTGATTGGTACACAGCAAGATCCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCCTGCTCCACCCCCATTCCTGATTGGTACACAGCAAGATCCTGG  500

seq1  TCAGAAGTCTGCACAGCAACACTGAACTCTCAGACTCTAGGACTGTCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGTCTGCACAGCAACACTGAACTCTCAGACTCTAGGACTGTCAGA  550

seq1  AACAGAGTTTCCTTCATGACTCTTAGACTTTGGCTCAGAGATGGTTCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGTTTCCTTCATGACTCTTAGACTTTGGCTCAGAGATGGTTCCCT  600

seq1  CTTGAATTGCTGG-TTTGCTTTGTCTGGCTTCAGTGACTCATGACCAACC  649
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATTGCTGGTTTTGCTTTGTCTGGCTTCAGTGACTCATGACCAACC  650

seq1  ATGGTTTGTAAACAGTTAATATTTGCATGAACTAACTCTTTAAGACAGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTGTAAACAGTTAATATTTGCATGAACTAACTCTTTAAGACAGAG  700

seq1  ACTATGACTATATTCAAATAGATTTCACTATACCAAAATG-TTGTAACTG  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTATGACTATATTCAAATAGATTTCACTATACCAAAATGTTTGTAACTG  750

seq1  AGGTGCTTTACTGTTAGTTATTGTTCTCTATCTCTTGCCGCCATCTAGTT  798
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGGTGCTTTACTGTTAG-TATTGTTCTCTATCTCTTGCCGCCATCTAG-T  798

seq1  TATAAATCA-TACTTTTGCAACGGTAACTGTGTGTAGGAATATAGGCATA  847
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATCATTACTTTTGCAACGGTAACTGTGTGTAGGAATATAGGCATA  848

seq1  TATAGATGTCA  858
      |||||||||||
seq2  TATAGATGTCA  859