BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042L02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 28,733,853 - 28,792,839
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfp703, Erlin2, Prosc, Gpr124, Brf2, Rab11fip1, Got1l1, Adrb3, Eif4ebp1, LOC732482, Tex24, Chrnb3, Chrna6, 4921537P18Rik, Gm1698
Downstream geneEG666422, LOC666430, EG666446, LOC100042598, Unc5d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042L02.bB6Ng01-042L02.g
ACCDH868989DH868990
length1,1361,146
definitionDH868989|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042L02, 5' end.DH868990|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042L02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,791,698 - 28,792,839)(28,733,853 - 28,735,000)
sequence
gaattcaacagagacctgtagataatcgtagaagcaaagacagtttacca
ggaaagaatacacttccaaggaagggtgtgggtcagagttatgaggaata
ttcaagcacagtagctcagagcattggtacttgtacaggtcacttgccta
ccaatagcttctcaaggtacttgtcttagttggggttttacagctgtgaa
cagataccatgaccaaacttataaaagtcttataaaaaaaaaaaccattt
aattggggctggcttacaggttcagaggttcagtccattatcatcaaggc
agaaacatgacagtatcctggccatgacacaggcagagctgagagttcta
catcttcatccaaaggctgctagtggaagactgacttcccaggcaactag
ggtgtgggtcttaagcctacgcccacagtgacacacctatttcaaccaag
tcacatctattccaacaaagccacatctccaaatggtgccactccctggt
ccaggaatatacaaaccatgacagtactcttgaagcaagagtgcagggtc
tagctgttacagttgaaaggccaggtgcttttcagacttcctccttgcca
gcagagctctttcataaggtgctgtttagcccttctggaggtcttttgga
ctctactttctgtcctttctctctcacctcatccccttcttactacatct
cagaacagctattgagttcagagctctgtctgaagtagttctagataaac
ttggctctatcttgcggtgttcacacctgcctatctccagcaggatatca
tctccacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacagaccctgcttcctgtcaggctgtcccttaggaaagcttccctccat
acaggctgaagaaggctggctaatgatgggtgatggctggccttatcctc
tgtgtgtgctctgccttctttgctccatctcatccccctttgccttgtta
aactgaagagtccccttagatacaacacgatttccaaatcagaagcagta
gaagcaatcaggatcattatataaggccattaaagatcctcattagcatc
gagtgccccttgaaatgaccaatgtgcctggaggag
gaattcacatttagccctgtctagccaaatgcctggcacaatgtaaaaca
cacagtaggatcttggagtaagcttgttaagatagataatttggtaatta
gtgtcaccgtgattgtccatataataacacccaggcaaaagttcctaatt
tttgtgcaaggaaaggaaagggtgtgggggaaaagtagacatcattgtct
gtttttcactatgaacataatggtgtagaatataagaagacatgatgttg
actccttgggtcctagccacctgctcctagccacctgcacctagccactt
gccgatgactgattattatctcctgccactggggcagtggtggctgcaga
agaggccctgcagcccatcttgttctgttccccccaccccctcagagagc
tgcaactctttggcctctcctgctgggatagagtcctgcagatcccgctg
gatagtttgtactccttcagaataagatgacccgggagacaaagacttat
cttgacattcattgtaactatagagttagtaaaatacagtggatataacc
agattttcatcaaagatctctggaggtcccgatggacatgtggtcagtga
cccaactccatgtgctgaccataatgtgcatagagtgcccagaacaaaca
aaacctttttcgctattgctgaattattttgtctgaaaatatctttgtgt
gaaatcttcaaactatactatgttactgtatttgtacaatattccctcag
cagtaatctaatcaaatgcacaaaaggaaaacatcaccgcaagaaaccag
tttgagatttaaaatgacatcatccctcagtgctcagcagataaaccaat
agtggttgtgtcatatgcagacactcatgggaaattataggaaacatatg
aattaagactttattctggaagagacaggagcacatgttttaactaagtt
agcaaaatcaagggtattggtccctgtggagggatggagtagatccagtc
ttgccctgactcctccagattttgttgactgcttctgggctgttttgtag
actttccccagtgtttgaatgcagcttctgatggtcaacagaaccacacc
ctgcaacactattcatttcaaaataggaactagaggccacccttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_28791698_28792839
seq2: B6Ng01-042L02.b_42_1177 (reverse)

seq1  CTCCTTCCAGGCCACATGGTTCATTTCCAAGGGGCACTCGATGCTAATGA  50
      |||| |||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCC-TCCAGG-CACATTGGTCATTT-CAAGGGGCACTCGATGCTAATG-  46

seq1  AGGATCTTTAATGGCCTTATATAATGATCCTGATTGCTTCTACTGC-TCT  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGGATCTTTAATGGCCTTATATAATGATCCTGATTGCTTCTACTGCTTCT  96

seq1  GATTTGGAAATCGTGTTGTATCTAAGGGGACCTCTTCAGTTTAACAAGGC  149
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGAAATCGTGTTGTATCTAAGGGGA-CTCTTCAGTTTAACAAGGC  145

seq1  AAAGGGGGATGAGATGGAGCAAAAAGAAGGCAGAGCACACACAGAGGATA  199
      ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGGATGAGATGGAGC--AAAGAAGGCAGAGCACACACAGAGGATA  193

seq1  AGGCCAGCCATCACCCATCATTAGCCAGCCTTCTTCAGCCTGTATGGAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCCATCACCCATCATTAGCCAGCCTTCTTCAGCCTGTATGGAGG  243

seq1  GAAGCTTTCCTAAGGGACAGCCTGACAGGAAGCAGGGTCTGTGTGTGTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTTCCTAAGGGACAGCCTGACAGGAAGCAGGGTCTGTGTGTGTGT  293

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGAGATGATATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGAGATGATATC  343

seq1  CTGCTGGAGATAGGCAGGTGTGAACACCGCAAGATAGAGCCAAGTTTATC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGAGATAGGCAGGTGTGAACACCGCAAGATAGAGCCAAGTTTATC  393

seq1  TAGAACTACTTCAGACAGAGCTCTGAACTCAATAGCTGTTCTGAGATGTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTACTTCAGACAGAGCTCTGAACTCAATAGCTGTTCTGAGATGTA  443

seq1  GTAAGAAGGGGATGAGGTGAGAGAGAAAGGACAGAAAGTAGAGTCCAAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAAGGGGATGAGGTGAGAGAGAAAGGACAGAAAGTAGAGTCCAAAA  493

seq1  GACCTCCAGAAGGGCTAAACAGCACCTTATGAAAGAGCTCTGCTGGCAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCCAGAAGGGCTAAACAGCACCTTATGAAAGAGCTCTGCTGGCAAG  543

seq1  GAGGAAGTCTGAAAAGCACCTGGCCTTTCAACTGTAACAGCTAGACCCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGTCTGAAAAGCACCTGGCCTTTCAACTGTAACAGCTAGACCCTG  593

seq1  CACTCTTGCTTCAAGAGTACTGTCATGGTTTGTATATTCCTGGACCAGGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTGCTTCAAGAGTACTGTCATGGTTTGTATATTCCTGGACCAGGG  643

seq1  AGTGGCACCATTTGGAGATGTGGCTTTGTTGGAATAGATGTGACTTGGTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCACCATTTGGAGATGTGGCTTTGTTGGAATAGATGTGACTTGGTT  693

seq1  GAAATAGGTGTGTCACTGTGGGCGTAGGCTTAAGACCCACACCCTAGTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGGTGTGTCACTGTGGGCGTAGGCTTAAGACCCACACCCTAGTTG  743

seq1  CCTGGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGATGTAGAACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGATGTAGAACT  793

seq1  CTCAGCTCTGCCTGTGTCATGGCCAGGATACTGTCATGTTTCTGCCTTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTCTGCCTGTGTCATGGCCAGGATACTGTCATGTTTCTGCCTTGA  843

seq1  TGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGGT  893

seq1  TTTTTTTTTTATAAGACTTTTATAAGTTTGGTCATGGTATCTGTTCACAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTATAAGACTTTTATAAGTTTGGTCATGGTATCTGTTCACAG  943

seq1  CTGTAAAACCCCAACTAAGACAAGTACCTTGAGAAGCTATTGGTAGGCAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAACCCCAACTAAGACAAGTACCTTGAGAAGCTATTGGTAGGCAA  993

seq1  GTGACCTGTACAAGTACCAATGCTCTGAGCTACTGTGCTTGAATATTCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTGTACAAGTACCAATGCTCTGAGCTACTGTGCTTGAATATTCCT  1043

seq1  CATAACTCTGACCCACACCCTTCCTTGGAAGTGTATTCTTTCCTGGTAAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTCTGACCCACACCCTTCCTTGGAAGTGTATTCTTTCCTGGTAAA  1093

seq1  CTGTCTTTGCTTCTACGATTATCTACAGGTCTCTGTTGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTTGCTTCTACGATTATCTACAGGTCTCTGTTGAATTC  1136

seq1: chr8_28733853_28735000
seq2: B6Ng01-042L02.g_66_1211

seq1  GAATTCACATTTAGCCCTGTCTAGCCAAATGCCTGGCACAATGTAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATTTAGCCCTGTCTAGCCAAATGCCTGGCACAATGTAAAACA  50

seq1  CACAGTAGGATCTTGGAGTAAGCTTGTTAAGATAGATAATTTGGTAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTAGGATCTTGGAGTAAGCTTGTTAAGATAGATAATTTGGTAATTA  100

seq1  GTGTCACCGTGATTGTCCATATAATAACACCCAGGCAAAAGTTCCTAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACCGTGATTGTCCATATAATAACACCCAGGCAAAAGTTCCTAATT  150

seq1  TTTGTGCAAGGAAAGGAAAGGGTGTGGGGGAAAAGTAGACATCATTGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCAAGGAAAGGAAAGGGTGTGGGGGAAAAGTAGACATCATTGTCT  200

seq1  GTTTTTCACTATGAACATAATGGTGTAGAATATAAGAAGACATGATGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCACTATGAACATAATGGTGTAGAATATAAGAAGACATGATGTTG  250

seq1  ACTCCTTGGGTCCTAGCCACCTGCTCCTAGCCACCTGCACCTAGCCACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTGGGTCCTAGCCACCTGCTCCTAGCCACCTGCACCTAGCCACTT  300

seq1  GCCGATGACTGATTATTATCTCCTGCCACTGGGGCAGTGGTGGCTGCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGATGACTGATTATTATCTCCTGCCACTGGGGCAGTGGTGGCTGCAGA  350

seq1  AGAGGCCCTGCAGCCCATCTTGTTCTGTTCCCCCCACCCCCTCAGAGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCCTGCAGCCCATCTTGTTCTGTTCCCCCCACCCCCTCAGAGAGC  400

seq1  TGCAACTCTTTGGCCTCTCCTGCTGGGATAGAGTCCTGCAGATCCCGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTCTTTGGCCTCTCCTGCTGGGATAGAGTCCTGCAGATCCCGCTG  450

seq1  GATAGTTTGTACTCCTTCAGAATAAGATGACCCGGGAGACAAAGACTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTTGTACTCCTTCAGAATAAGATGACCCGGGAGACAAAGACTTAT  500

seq1  CTTGACATTCATTGTAACTATAGAGTTAGTAAAATACAGTGGATATAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACATTCATTGTAACTATAGAGTTAGTAAAATACAGTGGATATAACC  550

seq1  AGATTTTCATCAAAGATCTCTGGAGGTCCCGATGGACATGTGGTCAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTCATCAAAGATCTCTGGAGGTCCCGATGGACATGTGGTCAGTGA  600

seq1  CCCAACTCCATGTGCTGACCATAATGTGCATAGAGTGCCCAGAACAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTCCATGTGCTGACCATAATGTGCATAGAGTGCCCAGAACAAACA  650

seq1  AAACCTTTTTCGCTATTGCTGAATTATTTTGTCTGAAAATATCTTTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTTTTCGCTATTGCTGAATTATTTTGTCTGAAAATATCTTTGTGT  700

seq1  GAAATCTTCAAACTATACTATGTTACTGTATTTGTACAATATTCCCTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTTCAAACTATACTATGTTACTGTATTTGTACAATATTCCCTCAG  750

seq1  CAGTAATCTAATCAAATGCACAAAAGGAAAACATCACCGCAAGAAACCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAATCTAATCAAATGCACAAAAGGAAAACATCACCGCAAGAAACCAG  800

seq1  TTTGAGATTTAAAATGACATCATCCCTCAGGTGCTCAGCAGATAAACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGATTTAAAATGACATCATCCCTCA-GTGCTCAGCAGATAAACCAA  849

seq1  TAGTGGTTGTGTCATATGCAGACACTTCATGGG-AATTATAGGAAACATA  899
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTTGTGTCATATGCAGACAC-TCATGGGAAATTATAGGAAACATA  898

seq1  TGAATTAAGACTTTATTCTGGAAGAGACAGGAGCACATG-TTTAACTAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGAATTAAGACTTTATTCTGGAAGAGACAGGAGCACATGTTTTAACTAAG  948

seq1  TTAGCAAAATCAAGGGTATTGGTCCCTGTGGAGGGATGGAGTAGATCCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAAAATCAAGGGTATTGGTCCCTGTGGAGGGATGGAGTAGATCCAG  998

seq1  TCTTGCCCTGACTCCTCCAGTATTTGTTGACTTGCTTTCTTGGGCTG-TT  1047
      ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||   ||||||| ||
seq2  TCTTGCCCTGACTCCTCCAGATTTTGTTGAC-TGCTT--CTGGGCTGTTT  1045

seq1  TGTAGACTTTCCCCAAGTGTTTGAAAGGCAGCTTCTGATGG-CCACAGAA  1096
      |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||
seq2  TGTAGACTTTCCCC-AGTGTTTG-AATGCAGCTTCTGATGGTCAACAGAA  1093

seq1  -CACACCCTGTCAACACTA-TCATTCCAAAATAAGAACAAGAGGCCACCC  1144
       ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||
seq2  CCACACCCTG-CAACACTATTCATTTCAAAATAGGAACTAGAGGCCACCC  1142

seq1  TTGT  1148
      ||||
seq2  TTGT  1146