BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047L19
Chromosome8 (Build37)
Map Location 86,148,904 - 86,292,396
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGipc1, Ptger1, Pkn1, Ddx39, Cd97
Upstream geneLOC675800, EG666289, Zfp330, Rnf150, LOC100039688, Tbc1d9, Ucp1, Elmod2, 4933434I20Rik, Clgn, Scoc, LOC546077, LOC675854, Olfr370, Ndufb7, Gpsn2, Dnajb1
Downstream geneEG384857, Lphn1, Asf1b, Prkaca, Samd1, 1700067K01Rik, 2210011C24Rik, 4432412L15Rik, Il27ra, Rln3, C330011M18Rik, Rfx1, BC057552, LOC100039920, Podnl1, Cc2d1a, 4930432K21Rik, Nanos3, Zswim4, D8Ertd738e, 2410018C20Rik, Ccdc130, Cacna1a, Ier2, LOC100039975, Btbd14b, Trmt1, LOC100039997, Lyl1, Nfix
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047L19.bB6Ng01-047L19.g
ACCDH872515DH872516
length1,0691,114
definitionDH872515|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047L19, 5' end.DH872516|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047L19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,148,904 - 86,150,008)(86,291,262 - 86,292,396)
sequence
gaattcaaggacagtctggtctacatagtgacttctaggacaggcagagc
tacagtgagaccctatctcctgccaaaaaacaaacaaacaaacaaatcaa
aaaccgaaaacaaagaacattgctttggggactggagaggtggctcagca
gttacagcactggctgctcttgcagaggacccagattcagttctcagcac
ccacagagcggctcacagccatttgtaactccagttcccagggagtctga
tccctcttctggccccctcaggtaccaggcgtgtacgtggtacatgtgca
tacacgcaggcaaaaacacatacattaaataagtaaatgttttttaattg
tgttctttaaaataaaccaaagatgtctatttttcagttgtgttcgtgtg
cttgcctgtgctcctggcagccacaggtgttggatcccctggagctagag
ttacaggtaactgtgagctgccaggcatgggtgatagtccttggaatggt
aatggttctgcatatttagagtgactcttctattcaagttgaacctacct
gaaaacaccctcactcacagatccaaaggtattgctcctagatttatttt
tgatatagggtcactagtttaggttatccttgagctcacaataccactga
atattaccttgaacttctgactcccctgcctctactccacctggctagtg
cagtgctggggatcaaagtcagtgccttgtgcatgctgggcaagacctct
gctaaagagggtatggccactctctgttcctatgtgattttaaaggcagt
tgagttgaaaatgaagatcagctatcagagatactgtgagtggtgcccaa
tcagtcaggagagactgtatgcagggtgtcagagataccagcctcgccca
gccaggcctcaaagtgatgtggtactgcgtgatagagtctttcctcactc
aatggatctagacgctagtagacagtctcagcagctgtgagaatttagat
agtatgagtgcagacatgttgactgtgatgctccgttcaaggctgggtcg
aaaagaatgaaagaagtga
caggggagcaaataccctctgtcctccaggggcacctgtactcatgtgca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cagacacacagacagacacacgcacacatacacacatgcacacagacaca
cacacacatacacacacacacacacacggacacacacagacacacacaca
gacacacgcacacatatacacatgcacacaggcacacatacacacacaca
attaaaaataataaaaaataaatcttcaaaatataaattaaaaatctgga
catggaggaggaggtcatgtttataatcctagctctggcgagctggagac
agaggatccctggggctcactgggcagccagcctggtctacttggtgggc
cccagaccaatgagatatctgtctcaaaccacaaggtggacatctcctga
ggaatgaccattcacctgcacatgtataaacatgtatgtacattcacagc
tatatccacatgagtacatacacacacacacacatcaagagagggagaga
gggtgggggaggtaatttagtgctggctcctcaggtcacctaccctggaa
ggggctgctggacccagtctccctcgggcatctttgtcctgtgttgtggt
ctcctgtctcagcacacatttccactactgtaattccaccaatggcagag
ttctcaccagacccgacccaggtctaacactgtgccttggtcttgaactc
taagaactgtaaactgaatacctttttccccagttttttgagacagggcc
aaaccaagttggtcaggctgactttcaaagagcagcaggcacctgcttcc
ctccaccacacagcgctgagattacaaggaagtgtacacagcctgtcatg
tgttctggggtgaactcagcccttgcactgcatgataaacagtacagcag
agcatctcccgggccatcagcgtgatctgaacaacagagtgtgacctgtc
tctgtcttgtctctctccaccacccacaaaaatgagaagtctaaattgag
tgaaagaaatttaatataattaacaaccgtagcaattgtgggggtgcaca
cttaatcaacgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_86148904_86150008
seq2: B6Ng01-047L19.b_44_1112

seq1  GAATTCAAGGACAGTCTGGTCTACATAGTGACTTCTAGGACAGGCAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGACAGTCTGGTCTACATAGTGACTTCTAGGACAGGCAGAGC  50

seq1  TACAGTGAGACCCTATCTCCTGCCAAAAAACAAACAAACAAACAAATCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGAGACCCTATCTCCTGCCAAAAAACAAACAAACAAACAAATCAA  100

seq1  AAACCGAAAACAAAGAACATTGCTTTGGGGACTGGAGAGGTGGCTCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCGAAAACAAAGAACATTGCTTTGGGGACTGGAGAGGTGGCTCAGCA  150

seq1  GTTACAGCACTGGCTGCTCTTGCAGAGGACCCAGATTCAGTTCTCAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAGCACTGGCTGCTCTTGCAGAGGACCCAGATTCAGTTCTCAGCAC  200

seq1  CCACAGAGCGGCTCACAGCCATTTGTAACTCCAGTTCCCAGGGAGTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGCGGCTCACAGCCATTTGTAACTCCAGTTCCCAGGGAGTCTGA  250

seq1  TCCCTCTTCTGGCCCCCTCAGGTACCAGGCGTGTACGTGGTACATGTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTCTGGCCCCCTCAGGTACCAGGCGTGTACGTGGTACATGTGCA  300

seq1  TACACGCAGGCAAAAACACATACATTAAATAAGTAAATGTTTTTTAATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGCAGGCAAAAACACATACATTAAATAAGTAAATGTTTTTTAATTG  350

seq1  TGTTCTTTAAAATAAACCAAAGATGTCTATTTTTCAGTTGTGTTCGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTAAAATAAACCAAAGATGTCTATTTTTCAGTTGTGTTCGTGTG  400

seq1  CTTGCCTGTGCTCCTGGCAGCCACAGGTGTTGGATCCCCTGGAGCTAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGTGCTCCTGGCAGCCACAGGTGTTGGATCCCCTGGAGCTAGAG  450

seq1  TTACAGGTAACTGTGAGCTGCCAGGCATGGGTGATAGTCCTTGGAATGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGTAACTGTGAGCTGCCAGGCATGGGTGATAGTCCTTGGAATGGT  500

seq1  AATGGTTCTGCATATTTAGAGTGACTCTTCTATTCAAGTTGAACCTACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTCTGCATATTTAGAGTGACTCTTCTATTCAAGTTGAACCTACCT  550

seq1  GAAAACACCCTCACTCACAGATCCAAAGGTATTGCTCCTAGATTTATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACACCCTCACTCACAGATCCAAAGGTATTGCTCCTAGATTTATTTT  600

seq1  TGATATAGGGTCACTAGTTTAGGTTATCCTTGAGCTCACAATACCACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATAGGGTCACTAGTTTAGGTTATCCTTGAGCTCACAATACCACTGA  650

seq1  ATATTACCTTGAACTTCTGACTCCCCTGCCTCTACTCCACCTGGCTAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACCTTGAACTTCTGACTCCCCTGCCTCTACTCCACCTGGCTAGTG  700

seq1  CAGTGCTGGGGATCAAAGTCAGTGCCTTGTGCATGCTGGGCAAGACCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTGGGGATCAAAGTCAGTGCCTTGTGCATGCTGGGCAAGACCTCT  750

seq1  GCTAAAGAGGGTATGGCCACTCTCTGTTCCTATGTGATTTTAAAGGCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGAGGGTATGGCCACTCTCTGTTCCTATGTGATTTTAAAGGCAGT  800

seq1  TGAGTTGAAAATGAAGATCAGCTATCAGAGATACTGTGAGTGGTGCCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGAAAATGAAGATCAGCTATCAGAGATACTGTGAGTGGTGCCCAA  850

seq1  TCAGTCAGGAGAGACTGTATGCAGGGTGTCAGAGATACCAGCCTCGCCCC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCAGTCAGGAGAGACTGTATGCAGGGTGTCAGAGATACCAGCCTCG-CCC  899

seq1  AGCCAGGCCTCAAAGGTGATGTTGGTACTGCGGTGATTAGAGTCTTTCCT  950
      |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  AGCCAGGCCTCAAA-GTGATG-TGGTACTGC-GTGA-TAGAGTCTTTCCT  945

seq1  CAACTCAATGGAATCTAGAACGGCCTAGTAGACAAGTCCTCAGGCAGGCC  1000
      | ||||||||| |||||| |||  ||||||||| ||| |||| ||||  |
seq2  C-ACTCAATGG-ATCTAG-ACG--CTAGTAGAC-AGT-CTCA-GCAG--C  985

seq1  TGTGAGGAAATTTTTAGATTAGGTTAATTGAGGTGGCAAGACATGTTGAC  1050
      |||||| |    |||||| |||  ||  ||| |||   ||||||||||||
seq2  TGTGAGAA----TTTAGA-TAG--TA--TGA-GTG--CAGACATGTTGAC  1023

seq1  TGTGGATGGCTCCGTTCCAAAGGCTGTGGTCAGAGACAGAATGAAAAAGA  1100
      ||| ||| |||||||||  ||||||| |||| || | ||||||  |||||
seq2  TGT-GAT-GCTCCGTTC--AAGGCTG-GGTC-GA-AAAGAATG--AAAGA  1064

seq1  AGTGA  1105
      |||||
seq2  AGTGA  1069

seq1: chr8_86291262_86292396
seq2: B6Ng01-047L19.g_101_1195 (reverse)

seq1  CCACGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCACCACCACACTATCGCCTCACTGTT  50
      ||||||     ||||||  ||||||||| |||||  || ||   || |  
seq2  CCACGT----TGATTAA--GTGTGCACCCCCACA--ATTGC--TACGG--  38

seq1  TTTGTTATTTTTATTTTTAATTATTCTTCTCATTTTAATTTTTAGGCTCT  100
       |||||| || ||   |||| | ||||| ||| |  |   ||||| ||  
seq2  -TTGTTAATTATA---TTAAAT-TTCTT-TCACTCAA---TTTAGACT--  77

seq1  CACTCTTTCTTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGGG  150
        ||| || ||||| |||   ||| |||||||||| ||||||||||| ||
seq2  -TCTCATTTTTGTGGGTG---GTG-GAGAGAGACA-AGACAGAGACA-GG  120

seq1  TCACACTCTGTTG-TCAGAGTCACGCTGATGGCCCGGGAGATGCTCTGCT  199
      ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTCTGTTGTTCAGA-TCACGCTGATGGCCCGGGAGATGCTCTGCT  169

seq1  GGTAACTGGTTTATCATGCCAGTGCAAGGGCCTGAGTTCAACCCCAGAAC  249
      |   ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| 
seq2  G--TACT-GTTTATCATG-CAGTGCAAGGG-CTGAGTTC-ACCCCAGAA-  212

seq1  CACATGACAAGGCTGTGGTACACTTCCTTGTAATCTCAGCGCTGTGTGGT  299
      |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAC-AGGCTGT-GTACACTTCCTTGTAATCTCAGCGCTGTGTGGT  260

seq1  GGAGGGAAGCAGGTGCCTGCTGCTCCTTGGAAAGTCAGCCTGACCAACTT  349
      |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAAGCAGGTGCCTGCTGCT-CTTTGAAAGTCAGCCTGACCAACTT  309

seq1  GGTTTGGCCCTGTCTCAAAAAACTGGGGGAAAAAGGTATTCAGTTTACAG  399
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGCCCTGTCTCAAAAAACT-GGGGAAAAAGGTATTCAGTTTACAG  358

seq1  TTCTTAGAGTTCAAGACCAAGGCACAGTGTTAGACCTGGGTCGGGTCTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGAGTTCAAGACCAAGGCACAGTGTTAGACCTGGGTCGGGTCTGG  408

seq1  TGAGAACTCTGCCATTGGTGGAATTACAGTAGTGGAAATGTGTGCTGAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACTCTGCCATTGGTGGAATTACAGTAGTGGAAATGTGTGCTGAGA  458

seq1  CAGGAGACCACAACACAGGAC-AAGATGCCCGAGGGAGACTGGGTCCAGC  548
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGACCACAACACAGGACAAAGATGCCCGAGGGAGACTGGGTCCAGC  508

seq1  AGCCCCTTCCAGGGTAGGTGACCTGAGGAGCCAGCACTAAATTACCTCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTTCCAGGGTAGGTGACCTGAGGAGCCAGCACTAAATTACCTCCC  558

seq1  CCACCCTCTCTCCCTCTCTTGATGTGTGTGTGTGTGTATGTACTCATGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTCTCTCCCTCTCTTGATGTGTGTGTGTGTGTATGTACTCATGTG  608

seq1  GATATAGCTGTGAATGTACATACATGTTTATACATGTGCAGGTGAATGGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAGCTGTGAATGTACATACATGTTTATACATGTGCAGGTGAATGGT  658

seq1  CATTCCTCAGGAGATGTCCACCTTGTGGTTTGAGACAGATATCTCATTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTCAGGAGATGTCCACCTTGTGGTTTGAGACAGATATCTCATTGG  708

seq1  TCTGGGGCCCACCAAGTAGACCAGGCTGGCTGCCCAGTGAGCCCCAGGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGCCCACCAAGTAGACCAGGCTGGCTGCCCAGTGAGCCCCAGGGA  758

seq1  TCCTCTGTCTCCAGCTCGCCAGAGCTAGGATTATAAACATGACCTCCTCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGTCTCCAGCTCGCCAGAGCTAGGATTATAAACATGACCTCCTCC  808

seq1  TCCATGTCCAGATTTTTAATTTATATTTTGAAGATTTATTTTTTATTATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTCCAGATTTTTAATTTATATTTTGAAGATTTATTTTTTATTATT  858

seq1  TTTAATTGTGTGTGTGTATGTGTGCCTGTGTGCATGTGTATATGTGTGCG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGTGTGTGTGTATGTGTGCCTGTGTGCATGTGTATATGTGTGCG  908

seq1  TGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTATG  958

seq1  TGTGTGTGTGTCTGTGTGCATGTGTGTATGTGTGCGTGTGTCTGTCTGTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTCTGTGTGCATGTGTGTATGTGTGCGTGTGTCTGTCTGTG  1008

seq1  TGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1058

seq1  TGTGTGTGCACATGAGTACAGGTGCCCCTGGAGGACA  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGCACATGAGTACAGGTGCCCCTGGAGGACA  1095