BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049N10
Chromosome8 (Build37)
Map Location 27,305,278 - 27,468,367
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTacc1, LOC670822, LOC100040998, Fgfr1, D030041N04Rik, LOC100042416, Whsc1l1, Ppapdc1, Bag4, Lsm1, Star, Ash2l, Kcnu1, Hgsnat, 4930444A02Rik, Fnta, Hook3, 1700047A11Rik, Rnf170, Thap1
Downstream geneZfp703, Erlin2, Prosc, Gpr124, Brf2, Rab11fip1, Got1l1, Adrb3, Eif4ebp1, LOC732482, Tex24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049N10.bB6Ng01-049N10.g
ACCDH873979DH873980
length1,0651,136
definitionDH873979|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049N10, 5' end.DH873980|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049N10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,467,275 - 27,468,367)(27,305,278 - 27,306,445)
sequence
gaattcagccgggcagtggtggcgcatgcctttaatcccagcactcagaa
agcagagacagtcagatttctgagttcgaggccagcctggtctagagagt
gagttccgggacagccagggatatgcagaaaaaccctgtctcgaaaaaac
aaaaaacaaaaaaacaaacaaaaaatgtgaattcatagactgtttgccca
tcctccatccatcaatatggtttctctccttgcaaagctccaagttcttg
ccccttccttgttagagcctagtcatgttcaggtggtaccctgcaaagct
cgtccgttgtctagcatctaggcctctcagtcagcaggcaggaggagctc
tacttcctggcctgacatttctggactctgatcatgccaggtgtgggcac
cactcagaaaattagaagcaaaagcagttcctggcaatgctcacccgaga
tatacctgctgtaacagagggtggaggtctgataattaaaagcaaacata
aaattcaggcatgtagttggaaaaggaagggtcttactgagcccccataa
aagccaagagaaacgtcctgggtgcttagcactaggggattattcagcgc
tgggcacaagagaggacgagggggttcatgagagagctaaaggttttgtt
tacttcctgacaggaagactttggtttttaagggaggggctcatgtgagt
aaataagagttcattattaagttgacccaagaatgcctttaccttgcaac
gatgatgctgaagctggggcatccaggtcattggccttacgcacacacac
acacacacacacacacacaccccggctggagatcctgaccatggttcact
ttcctcacctcagctgggactcagagtgatcatttcaaatctagctgagc
tgtgtgcaagcctcccgctctatgcccaggagtcgcatgagttgttcaag
ccttgcacagtgatctgacagagaagctgtttgtgcccgtgtccgaggag
tcatctgccttcatgccatctccttccaccatttcccaaatggctctgta
gtacgcctagtgatg
gaattcctgctgacagtctgatggggacatgctctgggtgacatggtgcc
tccatgtatcagctagtagtcttgactacagtgccatgagaaatggcatc
tctgatctctcgaaaacacgttcttggttatgggcattgcacatgtgtgt
gtgtaactgcatacactgtagttacgctaaagttgctacaaggcatgcct
cgaacttgagagttgtggttatgaagacaacatatatgatgatgcataaa
gggctgcagccaatgctggaccttcatggattctttcctgtgggccctct
ctatactaaagggctgtctagtcatggacaatccagagccagaggaaatc
catacgtggagttttagctatcctgttctactggattttctcattgttgt
taagtgcaggggtaaaacctaagtactttaattgagtggtggctctcttg
ttgtcttacttcccttattgtttgtgacaaatgagtaaatggtcaaggca
gaaatacaagaagaggattggttggtccaggtgttctgatccatcagcct
tgtatctggtagcaggaattcaagaacatgctctaaaaaccccggaaaga
cccagggaacagctcttcaaagctgatatttattgtctccatctatctct
aacacacatatgcttttctacatatatacatacatacctctgataaagtt
taacttacgagttagccacattaagagactaataacaacagaatatagca
gtgtactattataaaaattgtttaaaatttataaagtacttgtttctaga
atctttgagataatacttttggaaacagcagatattcactgagggtgagt
ttctggcggctttgacttaagtaggttagcccagggagtcaagtgctgtg
ttatgcagtgatggtggcgcttgctcaagttggtacgatagcataggttg
ctttgttgactcagagggcagtatgattatagctgcagaattgagctggt
catcttagtacaacaatgagtgatgagatgattgacggcatgtgtaaaaa
aaaaaggtaatgtacgggttggtgcctggtccttacctgacacaacaata
ttttatagtttttgtacacaggttcagctcttgcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_27467275_27468367
seq2: B6Ng01-049N10.b_48_1112 (reverse)

seq1  CATCAACTAGGCGTTACTTCACAGAGCACATTTTTGGGAAATGGTGGAA-  49
      |||| |||||||| ||||  ||||||| ||  ||||||||||||||||| 
seq2  CATC-ACTAGGCG-TACT--ACAGAGC-CA--TTTGGGAAATGGTGGAAG  43

seq1  GAGATTGGCCATGAAAGGCAGGATGAACTCCTCCGGAACACGGGCACAAA  99
      |||||  | |||| |||||| |||| |||||||  | |||||||||| ||
seq2  GAGAT--GGCATG-AAGGCA-GATG-ACTCCTC--GGACACGGGCAC-AA  85

seq1  ACAGCTCTCTCTGGTCAGATTCACTGTGCAAGGCTTGAACAACTCATGCG  149
      |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCT-TCTCT-GTCAGA-TCACTGTGCAAGGCTTGAACAACTCATGCG  132

seq1  ACCTCCCTGGGGCATAGAGCCGGGAGGCTTGCCACACAGCTCAGCTAAGA  199
      | ||||   |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  A-CTCC--TGGGCATAGAG-CGGGAGGCTTG-CACACAGCTCAGCT-AGA  176

seq1  TTTGAAATGATCACTCTTGAGTCCCAGCCTGAGGTGAGGAAAGTGAACCA  249
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATGATCACTC-TGAGTCCCAG-CTGAGGTGAGGAAAGTGAACCA  224

seq1  TGGTCCAGGATCCTCCAGCCGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  299
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGT-CAGGAT-CTCCAGCCGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  272

seq1  TGCGTAAGGCCAATGACCCTGGATGCCCCAGCTTCAGCATCATCGTTGCA  349
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTAAGGCCAATGA-CCTGGATGCCCCAGCTTCAGCATCATCGTTGCA  321

seq1  AGGTAAAGGCATTCTTGGGTCAACTTAATAATGAACTCTTATTTACTCAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAGGCATTCTTGGGTCAACTTAATAATGAACTCTTATTTACTCAC  371

seq1  ATGAGCCCCTCCCTTAAAAACCAAAGTCTTCCTGTCAGGAAGTAAACAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCCCTCCCTTAAAAACCAAAGTCTTCCTGTCAGGAAGTAAACAAA  421

seq1  ACCTTTAGCTCTCTCATGAACCCCCTCGTCCTCTCTTGTGCCCAGCGCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTAGCTCTCTCATGAACCCCCTCGTCCTCTCTTGTGCCCAGCGCTG  471

seq1  AATAATCCCCTAGTGCTAAGCACCCAGGACGTTTCTCTTGGCTTTTATGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCCCCTAGTGCTAAGCACCCAGGACGTTTCTCTTGGCTTTTATGG  521

seq1  GGGCTCAGTAAGACCCTTCCTTTTCCAACTACATGCCTGAATTTTATGTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCAGTAAGACCCTTCCTTTTCCAACTACATGCCTGAATTTTATGTT  571

seq1  TGCTTTTAATTATCAGACCTCCACCCTCTGTTACAGCAGGTATATCTCGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTAATTATCAGACCTCCACCCTCTGTTACAGCAGGTATATCTCGG  621

seq1  GTGAGCATTGCCAGGAACTGCTTTTGCTTCTAATTTTCTGAGTGGTGCCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCATTGCCAGGAACTGCTTTTGCTTCTAATTTTCTGAGTGGTGCCC  671

seq1  ACACCTGGCATGATCAGAGTCCAGAAATGTCAGGCCAGGAAGTAGAGCTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGGCATGATCAGAGTCCAGAAATGTCAGGCCAGGAAGTAGAGCTC  721

seq1  CTCCTGCCTGCTGACTGAGAGGCCTAGATGCTAGACAACGGACGAGCTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCTGCTGACTGAGAGGCCTAGATGCTAGACAACGGACGAGCTTT  771

seq1  GCAGGGTACCACCTGAACATGACTAGGCTCTAACAAGGAAGGGGCAAGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGTACCACCTGAACATGACTAGGCTCTAACAAGGAAGGGGCAAGAA  821

seq1  CTTGGAGCTTTGCAAGGAGAGAAACCATATTGATGGATGGAGGATGGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGCTTTGCAAGGAGAGAAACCATATTGATGGATGGAGGATGGGCA  871

seq1  AACAGTCTATGAATTCACATTTTTTGTTTGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCTATGAATTCACATTTTTTGTTTGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTT  921

seq1  TCGAGACAGGGTTTTTCTGCATATCCCTGGCTGTCCCGGAACTCACTCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGACAGGGTTTTTCTGCATATCCCTGGCTGTCCCGGAACTCACTCTC  971

seq1  TAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGACTGTCTCTGCTTTCTGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGACTGTCTCTGCTTTCTGA  1021

seq1  GTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACTGCCCGGCTGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACTGCCCGGCTGAATTC  1065

seq1: chr8_27305278_27306445
seq2: B6Ng01-049N10.g_66_1201

seq1  GAATTCCTGCTGACAGTCTGATGGGGACATGCTCTGGGTGACATGGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCTGACAGTCTGATGGGGACATGCTCTGGGTGACATGGTGCC  50

seq1  TCCATGTATCAGCTAGTAGTCTTGACTACAGTGCCATGAGAAATGGCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTATCAGCTAGTAGTCTTGACTACAGTGCCATGAGAAATGGCATC  100

seq1  TCTGATCTCTCGAAAACACGTTCTTGGTTATGGGCATTGCACATGTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCTCTCGAAAACACGTTCTTGGTTATGGGCATTGCACATGTGTGT  150

seq1  GTGTAACTGCATACACTGTAGTTACGCTAAAGTTGCTACAAGGCATGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAACTGCATACACTGTAGTTACGCTAAAGTTGCTACAAGGCATGCCT  200

seq1  CGAACTTGAGAGTTGTGGTTATGAAGACAACATATATGATGATGCATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACTTGAGAGTTGTGGTTATGAAGACAACATATATGATGATGCATAAA  250

seq1  GGGCTGCAGCCAATGCTGGACCTTCATGGATTCTTTCCTGTGGGCCCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCAGCCAATGCTGGACCTTCATGGATTCTTTCCTGTGGGCCCTCT  300

seq1  CTATACTAAAGGGCTGTCTAGTCATGGACAATCCAGAGCCAGAGGAAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTAAAGGGCTGTCTAGTCATGGACAATCCAGAGCCAGAGGAAATC  350

seq1  CATACGTGGAGTTTTAGCTATCCTGTTCTACTGGATTTTCTCATTGTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACGTGGAGTTTTAGCTATCCTGTTCTACTGGATTTTCTCATTGTTGT  400

seq1  TAAGTGCAGGGGTAAAACCTAAGTACTTTAATTGAGTGGTGGCTCTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCAGGGGTAAAACCTAAGTACTTTAATTGAGTGGTGGCTCTCTTG  450

seq1  TTGTCTTACTTCCCTTATTGTTTGTGACAAATGAGTAAATGGTCAAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTACTTCCCTTATTGTTTGTGACAAATGAGTAAATGGTCAAGGCA  500

seq1  GAAATACAAGAAGAGGATTGGTTGGTCCAGGTGTTCTGATCCATCAGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACAAGAAGAGGATTGGTTGGTCCAGGTGTTCTGATCCATCAGCCT  550

seq1  TGTATCTGGTAGCAGGAATTCAAGAACATGCTCTAAAAACCCCGGAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGGTAGCAGGAATTCAAGAACATGCTCTAAAAACCCCGGAAAGA  600

seq1  CCCAGGGAACAGCTCTTCAAAGCTGATATTTATTGTCTCCATCTATCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGAACAGCTCTTCAAAGCTGATATTTATTGTCTCCATCTATCTCT  650

seq1  AACACACATATGCTTTTCTACATATATACATACATACCTCTGATAAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACATATGCTTTTCTACATATATACATACATACCTCTGATAAAGTT  700

seq1  TAACTTACGAGTTAGCCACATTAAGAGACTAATAACAACAGAATATAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTACGAGTTAGCCACATTAAGAGACTAATAACAACAGAATATAGCA  750

seq1  GTGTACTATTATAAAAATTGTTTAAAATTTATAAAGTACTTGTTTCTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTATTATAAAAATTGTTTAAAATTTATAAAGTACTTGTTTCTAGA  800

seq1  ATCTTTGAGATAATACTTTTGGAAACAGCAGATATTCACTGAGGGTGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGAGATAATACTTTTGGAAACAGCAGATATTCACTGAGGGTGAGT  850

seq1  TTCTGGCGGCTTTGACTTAAGTAGGTTAGCCCAGGGAGTCAAGTGCTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCGGCTTTGACTTAAGTAGGTTAGCCCAGGGAGTCAAGTGCTGTG  900

seq1  TTATTGCAGTGATGGTGGCGCTTGCTCCAAGTTGGTACGATAGCATAGGT  950
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTA-TGCAGTGATGGTGGCGCTTGCT-CAAGTTGGTACGATAGCATAGGT  948

seq1  TGCTTTGTTTGACTCAGAGGGCAGGTATGATTATAGCTGCAGAATTGGAA  1000
      ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |
seq2  TGCTTTG-TTGACTCAGAGGGCA-GTATGATTATAGCTGCAGAATTG--A  994

seq1  GCTGTCAATCTTTAGTAACAACAATGAGTGATGAGATAGATTGACGGGCA  1050
      ||||   ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  GCTGGTCATC-TTAGT-ACAACAATGAGTGATGAGAT-GATTGAC-GGCA  1040

seq1  TTGTGTAAAAAAAAAAAAGGTAAAATGTATTGTGTTGTGTGTCTTGTGTT  1100
       |||||  |||||||||||||  ||||||  | |||| ||| || ||   
seq2  -TGTGT--AAAAAAAAAAGGT--AATGTA-CGGGTTG-GTGCCTGGT---  1080

seq1  CACATACCCAGAAACAACCATATATTTTTATATAGTTTTTTGCTAACAAT  1150
        | |  || || ||||| |||   |||||||    ||||||   |||  
seq2  --CCTTACCTGACACAACAATA---TTTTATA---GTTTTTGTACACA--  1120

seq1  GGGTTCAGCTCTCTGCAG  1168
       ||||||||||| |||||
seq2  -GGTTCAGCTCT-TGCAG  1136