BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-050J04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 15,196,941 - 15,393,277
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDlgap2, C030037F17Rik, Cln8, Arhgef10, 2900016B01Rik, 5830468F06Rik, Kbtbd11, BB014433, Myom2, EG665599
Downstream geneEG234097, EG665619, LOC634008, Csmd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-050J04.bB6Ng01-050J04.g
ACCDH874476DH874477
length1,065927
definitionDH874476|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050J04, 5' end.DH874477|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,392,202 - 15,393,277)(15,196,941 - 15,197,880)
sequence
gaattccttcagggggactgggaatagaaggatccatctttccttgatat
tgttgtgatgtgtgctgctactgcaggtgaccgtttctcagtcatccact
tgagaaccttgggtgtgaattatcagagagagtagagtatgctttctaga
aagagcagggcacagaggaagtgctggaaatagtggccaccggagttacc
ccaccaaggtccctagcccactttctgttctcggcttgcctctccccatg
ctgttctgaggttttctggcttttgaggaaagagcaatagtgtcttgtgt
ttccatcgctgtggctgtgcattctcctgcttggtcttcccatgtgagca
cactctatccggctgccaactcatttagaactctgcaggagtctcgctta
ctccccatgggtgagaatttggtttctgccacatttacagttgcttagga
agagctaggatgcaggagtatgacccgaaggagctccgtagctcacagtg
aacacagccaagagaggatgacttttcttcctcctccctctcctcctcca
tctcctctcccctctccttcccctcctcctggtatcctctgcagatctct
tcctaaagagagccatcagcatatggcaaccagtaccagccaatagggtc
aatatcacactataaagttaaattagatgaagacgatagaaacccccatt
tcattatatttgagctgaatctatctctgacctatgacccatattttaaa
ttttaatatgttctcttgatactatcctgacaactcgtaaccacgaggat
ttctttgcctcccactctcccttaatctgcatgatgagctaaagtcctag
gggataataaggtgaggaagtgggaggccagcttaagtggatagcgggtg
cttgctggggagactgctaacttggagcattaccaggcacctctgaacat
ttaggtcaccccaagagcaagcaccatctttgcataggggatgcagatta
gtaccagctgcttggacaggaaatgagttcttggcctatttgagaatgag
agaataattagcact
gaattctttgttcagttctgagccccattttttaatggggttgtttgatt
ttctggagtccaccttcttgagttctttatatatattggatattagtccc
ctatccgatttgggagaggtaaagatcctttcccaatctattggtggcct
ttttgtcttattgacggtgtcttttgctttgcagaagctttgcaatttta
tgaggtcccatttatcgattcttgatcttacagcacaagccattgctgtt
ctattcaggaatttttcccctgtacccatatcttcgaggcttttccctac
tttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtggagttccttaa
tccacttagatttgaccttagtacaaggagatagaaatggatcaatttgc
attcttctacatgataactgccagttgtatgttgttgggaaagtctttat
tgctacttcaataatttctgttggacataaatatatgtagggctttaaaa
ataccctgttgattctattttaatgattttatatgtaaaaaatagattaa
tttcttttagattttacactctgtggtacaaatactgtggtccaaactca
ggtgttagtgaaattaggaggtacttaaattcttgaatcaatacaggtat
tgtaacaaacagtacatgtatataattttcctgatttcaccaagacccaa
gtttggatcatagaacacctcagcctttggaacatagggggatgtgggaa
atggtaggccctgaagcttgctggccaggcagcctaactgattgatgagc
tcagttcacagagagtccctgtctcaattaattaaagtgagctgattgag
gaaaatattgagcataacttcagcttgtcacatatatgtgtaccacacac
atacataatgttcatactgggtggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_15392202_15393277
seq2: B6Ng01-050J04.b_46_1110 (reverse)

seq1  AGTGCTAACTGGATTTCTCTCCATCTCAAAATGGGCCAAGAACTCATTTC  50
      |||||||| |    |||||||  |||| |||| |||||||||||||||||
seq2  AGTGCTAATT---ATTCTCTCATTCTC-AAATAGGCCAAGAACTCATTTC  46

seq1  CTGTCCCAAGGCAGCTGGTGACTAATCTGCATCCCCTTATTGCAAGGATG  100
      ||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||   ||||| ||||
seq2  CTGTCC--AAGCAGCTGGT-ACTAATCTGCATCCCCT--ATGCAAAGATG  91

seq1  GTGCTTGCTCCTGGGGTGACCTAAATGTTCAGAGTTGCCTGGTAATGCTC  150
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTGCTTGCTCTTGGGGTGACCTAAATGTTCAGAGGTGCCTGGTAATGCTC  141

seq1  CAAGTTAGCAGTTCTCCCCAGCAAGCACCCGCTAATCCACTTAAGCTGGC  200
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAGCAG-TCTCCCCAGCAAGCACCCGCT-ATCCACTTAAGCTGGC  189

seq1  CTCCCACTTCCTCACCTTATTATCCCCTAGGACTTTAGCTCATCATGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACTTCCTCACCTTATTATCCCCTAGGACTTTAGCTCATCATGCAG  239

seq1  ATTAAGGGAGAGTGGGAGGCAAAGAAATCCTCGTGGTTACGAGTTGTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGGAGAGTGGGAGGCAAAGAAATCCTCGTGGTTACGAGTTGTCAG  289

seq1  GATAGTATCAAGAGAACATATTAAAATTTAAAATATGGGTCATAGGTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTATCAAGAGAACATATTAAAATTTAAAATATGGGTCATAGGTCAG  339

seq1  AGATAGATTCAGCTCAAATATAATGAAATGGGGGTTTCTATCGTCTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATTCAGCTCAAATATAATGAAATGGGGGTTTCTATCGTCTTCAT  389

seq1  CTAATTTAACTTTATAGTGTGATATTGACCCTATTGGCTGGTACTGGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTAACTTTATAGTGTGATATTGACCCTATTGGCTGGTACTGGTTG  439

seq1  CCATATGCTGATGGCTCTCTTTAGGAAGAGATCTGCAGAGGATACCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGCTGATGGCTCTCTTTAGGAAGAGATCTGCAGAGGATACCAGGA  489

seq1  GGAGGGGAAGGAGAGGGGAGAGGAGAGGGAGGAGGAGAGGGAGGAGGAAG  550
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGAAGGAGAGGGGAGAGGAGATGGAGGAGGAGAGGGAGGAGGAAG  539

seq1  AAAAGTCATCCTCTCTTGGCTGTGTTCACTGTGAGCTACGGAGCTCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCATCCTCTCTTGGCTGTGTTCACTGTGAGCTACGGAGCTCCTTC  589

seq1  GGGTCATACTCCTGCATCCTAGCTCTTCCTAAGCAACTGTAAATGTGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATACTCCTGCATCCTAGCTCTTCCTAAGCAACTGTAAATGTGGCA  639

seq1  GAAACCAAATTCTCACCCATGGGGAGTAAGCGAGACTCCTGCAGAGTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAAATTCTCACCCATGGGGAGTAAGCGAGACTCCTGCAGAGTTCT  689

seq1  AAATGAGTTGGCAGCCGGATAGAGTGTGCTCACATGGGAAGACCAAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGTTGGCAGCCGGATAGAGTGTGCTCACATGGGAAGACCAAGCAG  739

seq1  GAGAATGCACAGCCACAGCGATGGAAACACAAGACACTATTGCTCTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGCACAGCCACAGCGATGGAAACACAAGACACTATTGCTCTTTCC  789

seq1  TCAAAAGCCAGAAAACCTCAGAACAGCATGGGGAGAGGCAAGCCGAGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGCCAGAAAACCTCAGAACAGCATGGGGAGAGGCAAGCCGAGAAC  839

seq1  AGAAAGTGGGCTAGGGACCTTGGTGGGGTAACTCCGGTGGCCACTATTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTGGGCTAGGGACCTTGGTGGGGTAACTCCGGTGGCCACTATTTC  889

seq1  CAGCACTTCCTCTGTGCCCTGCTCTTTCTAGAAAGCATACTCTACTCTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTTCCTCTGTGCCCTGCTCTTTCTAGAAAGCATACTCTACTCTCT  939

seq1  CTGATAATTCACACCCAAGGTTCTCAAGTGGATGACTGAGAAACGGTCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAATTCACACCCAAGGTTCTCAAGTGGATGACTGAGAAACGGTCAC  989

seq1  CTGCAGTAGCAGCACACATCACAACAATATCAAGGAAAGATGGATCCTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTAGCAGCACACATCACAACAATATCAAGGAAAGATGGATCCTTC  1039

seq1  TATTCCCAGTCCCCCTGAAGGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCCAGTCCCCCTGAAGGAATTC  1065

seq1: chr8_15196941_15197880
seq2: B6Ng01-050J04.g_65_991

seq1  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTGTTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTGTTTGATT  50

seq1  TTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CTATCCGATTTGGGAGAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTATTGGTGGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCGATTTGGGAGAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTATTGGTGGCCT  150

seq1  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCTTTGCAGAAGCTTTGCAATTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCTTTGCAGAAGCTTTGCAATTTTA  200

seq1  TGAGGTCCCATTTATCGATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCCCATTTATCGATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250

seq1  CTATTCAGGAATTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCGAGGCTTTTCCCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCAGGAATTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCGAGGCTTTTCCCTAC  300

seq1  TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTAA  350

seq1  TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAGAAATGGATCAATTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAGAAATGGATCAATTTGC  400

seq1  ATTCTTCTACATGATAACTGCCAGTTGTATGTTGTTGGGAAAGTCTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTACATGATAACTGCCAGTTGTATGTTGTTGGGAAAGTCTTTAT  450

seq1  TGCTACTTCAATAATTTCTGTTGGACATAAATATATGTAGGGCTTTAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTTCAATAATTTCTGTTGGACATAAATATATGTAGGGCTTTAAAA  500

seq1  ATACCCTGTTGATTCTATTTTAATGATTTTATATGTAAAAAATAGATTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCTGTTGATTCTATTTTAATGATTTTATATGTAAAAAATAGATTAA  550

seq1  TTTCTTTTAGATTTTACACTCTGTGGTACAAATACTGTGGTCCAAACTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTAGATTTTACACTCTGTGGTACAAATACTGTGGTCCAAACTCA  600

seq1  GGTGTTAGTGAAATTAGGAGGTACTTAAATTCTTGAATCAATACAGGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTAGTGAAATTAGGAGGTACTTAAATTCTTGAATCAATACAGGTAT  650

seq1  TGTAACAAACAGTACATGTATATAA-TTTCCTGATTTCACCAAGACCCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACAAACAGTACATGTATATAATTTTCCTGATTTCACCAAGACCCAA  700

seq1  GTTTGGATCATAGAACACCTCAGCCTTTGGAACATAGGGGGATGTGGGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGATCATAGAACACCTCAGCCTTTGGAACATAGGGGGATGTGGGAA  750

seq1  ATGGTAGGCCCTGAAGCTTGCTGGCCAGGCAGCCTAACTGAATTGATGAG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGGTAGGCCCTGAAGCTTGCTGGCCAGGCAGCCTAACTG-ATTGATGAG  799

seq1  CTTCAGGTTCACAGAGAGTCCCTGTCTCAAATAAATAAAGGTGGAGCATG  849
      | ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||   |||| ||
seq2  C-TCA-GTTCACAGAGAGTCCCTGTCTCAATTAATTAAAG--TGAGC-TG  844

seq1  ATTGAGGAAAAATATGTGTAGCATAAACTTCAGGCTGTCACATATATGTG  899
      ||||||| ||||||| || ||||| ||||||||  |||||||||||||||
seq2  ATTGAGG-AAAATAT-TG-AGCAT-AACTTCAGCTTGTCACATATATGTG  890

seq1  TACCCACACACATACTATTAATGTTCAATACTGTGTGGGGG  940
      || ||||||||||||   |||||||| |||||| |||||||
seq2  TA-CCACACACATAC--ATAATGTTC-ATACTGGGTGGGGG  927