BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-050L24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 127,219,273 - 127,364,599
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtc13, Arv1, 2310031A18Rik, LOC668444, Trim67, 2810004N23Rik
Upstream geneLOC100042484, LOC100042490, Rab4a, 1700054N08Rik, LOC100043296, Acta1, Nup133, Abcb10, Taf5l, AK122209, LOC100042530, LOC100042535, Galnt2, Pgbd5, Cog2, Agt, Capn9, 2310022B05Rik
Downstream geneGnpat, Exoc8, Gm505, Egln1, Tsnax, Disc1, Sipa1l2, 4933403G14Rik, 2310079N02Rik, E330039K12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-050L24.bB6Ng01-050L24.g
ACCDH874602DH874603
length1,1571,021
definitionDH874602|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050L24, 5' end.DH874603|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050L24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,363,436 - 127,364,599)(127,219,273 - 127,220,297)
sequence
gaattcaggacttctagaagagcagccagtgtacttaactggtaagccat
ctctccagcccctggtttatgtttaatataccaacttggaaatgttttaa
atacatggcactcataggactttttgtcacaagcccattactctgatttt
gaatagtcactatccattgctaacatactatcctgaattgtaggcccggg
agacagacattttcaagaaaaagaagaagaaagggagagggcaggaggac
aggtgagtagtggcaccgtgtctgggttgtcactggccacaccttgtgct
tggttccctcacggttccttgagtgtgggcagcaccagagcccccagccc
agagggtgtggtcaccccaaggaagccttgtccccaaggggcagtgaggg
aggccccacctgtgagaacagattgttgttgggtgctggggagtcctgtc
aagaggagcttggaaaacactgcggggaaatgctgggggccatttcagtg
cagtgacatctgtcaggatctgagtgaagaggaagggtcaccctggatat
agtattccacacgttcctgaagcaagagacccgtgctgctgtggtggggc
tcatacaaggggaggaagagcctgcaagagacctgtgcagctgtggcagg
gcccacacaaggcagggaagctccaggctctggtcctgctccttgcctaa
tcgcttggtgcctttctctccctttcaatgcaggagatccaaaaagtcgg
ctcccagcatcttgtcaagtggacaagttggacaagttggaaaattcaga
aatggaacattgattctaagccccactgatatcaagaaaatcaactcttc
cagggtagctaaatgaagtccctgtcagctccagagaggagcaggaacag
tggcagtgcgtgggacataggacccgggaaccctgtacctgccctttctg
ttccacagggtcttttgtcatttgagcagtgagtttgcagctggcggtgg
ccctgctggcggctgggtcccccctcccccatgcttgcagagggaaatgc
acacacatggttacctgtgcatacagcaggcagggccctgctgagtcagc
ctggtcgctcccctctctgtgggaggtgcctggtcagacgctggtcacag
tcacttt
gaattcaagttgtacttctaagtgcaagttacaaaccaaagtgtcacctt
ttcgtgccagcctagaaattgatgctgctgacagcccaatcgtgaaacca
tgactgacacttaatattctctgttgcatttaatttctgccaaagacggt
gctcttgcagctgccttgtaacactgacattgaactgagcccgttctagc
aaggagtggctgctgagatgatgggagaagtgaggtgtggaccaatcttt
acagggcaatcacctcagatatgaagtacaaggtcccccggtgtcggtac
agccgtgccgagggctgaagctgaatagctttagtgagatcatttacggc
ttcgttaattcgtcccagaggggacagaatctagaaatccaaaacatgca
atcaggaaaagtccccaggaccagccctacactgtccgagttttaacttt
cccactccatcgagctgcaccccactcacaaagctcgctggagcaggctg
tgagccatggcctcatgcacgcacaggtagataagatgctcagaagggcc
actatctctgtttcgcaaggggagatggggatgtggctcaagcagccgcc
tcgctactgacttcaccctaggtggaccagattcttgaaataagaaccct
ttgcttgtgctacgtccactttttaagtaaaacactggcacatgcacatt
cgaccgctgggacagacagactcgtccctggcagtcacagtccctgtggg
aggtgagagctgaaggatatgtcctaggatcccaggtgccttgtcagccc
caagctcattggccacactcagcagcatctcagggaaattgtctgcctgt
ttgagaagccccctagagccaccactgagtcacttgtggtccaggcggca
cggtaacatcaatgggagcccagcacccacaaggaagtcacgagagagaa
gaaaaccccattgggcccatgtccttgcacttgacccaagctacatactt
cagtcgtctctgtccagcgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_127363436_127364599
seq2: B6Ng01-050L24.b_45_1201 (reverse)

seq1  AAAGTGGACTGTGACCAACGTGCTGACACCAGCAACCTCCAACAG-GAGG  49
      ||||| ||||||||||| ||| |||  |||||  |||||| |||| ||||
seq2  AAAGT-GACTGTGACCAGCGT-CTG--ACCAGGCACCTCCCACAGAGAGG  46

seq1  GGAGCCCGCACAGCCCAGCACTCAGCAGGGCCACTGCCTGCTGTATGCAC  99
      ||||  ||  ||| |    ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGAG--CGACCAGGC--TGACTCAGCAGGGCC-CTGCCTGCTGTATGCAC  91

seq1  AGGTAGCCATGTGTGTGCATTCCCCTCTGC-AGCATGGGGGAGGGGGG-C  147
      ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  AGGTAACCATGTGTGTGCATTTCCCTCTGCAAGCATGGGGGAGGGGGGAC  141

seq1  CCAGCGCTCAGCAGGGCCACCGCCAGCCTGCAAACTCACTGCTCAAATGA  197
      |||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCGCCAGCAGGGCCACCGCCAG-CTGCAAACTCACTGCTCAAATGA  190

seq1  C-AAAGACCCTGTGGAACAAGAAAGGGCAGGTACAGGGTTCCCGGGTCCT  246
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGACCCTGTGGAAC-AGAAAGGGCAGGTACAGGGTTCCCGGGTCCT  239

seq1  ATGTCCCACGCACTGCCACTGTTCCTGCTCCTCTCTGGAGCTGACAGGGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCACGCACTGCCACTGTTCCTGCTCCTCTCTGGAGCTGACAGGGA  289

seq1  CTTCATTTAGCTACCCTGGAAGAGTTGATTTTCTTGATATCAGTGGGGCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTAGCTACCCTGGAAGAGTTGATTTTCTTGATATCAGTGGGGCT  339

seq1  TAGAATCAATGTTCCATTTCTGAATTTTCCAACTTGTCCAACTTGTCCAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCAATGTTCCATTTCTGAATTTTCCAACTTGTCCAACTTGTCCAC  389

seq1  TTGACAAGATGCTGGGAGCCGACTTTTTGGATCTCCTGCATTGAAAGGGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAGATGCTGGGAGCCGACTTTTTGGATCTCCTGCATTGAAAGGGA  439

seq1  GAGAAAGGCACCAAGCGATTAGGCAAGGAGCAGGACCAGAGCCTGGAGCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGCACCAAGCGATTAGGCAAGGAGCAGGACCAGAGCCTGGAGCT  489

seq1  TCCCTGCCTTGTGTGGGCCCTGCCACAGCTGCACAGGTCTCTTGCAGGCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCCTTGTGTGGGCCCTGCCACAGCTGCACAGGTCTCTTGCAGGCT  539

seq1  CTTCCTCCCCTTGTATGAGCCCCACCACAGCAGCACGGGTCTCTTGCTTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCCCTTGTATGAGCCCCACCACAGCAGCACGGGTCTCTTGCTTC  589

seq1  AGGAACGTGTGGAATACTATATCCAGGGTGACCCTTCCTCTTCACTCAGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACGTGTGGAATACTATATCCAGGGTGACCCTTCCTCTTCACTCAGA  639

seq1  TCCTGACAGATGTCACTGCACTGAAATGGCCCCCAGCATTTCCCCGCAGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACAGATGTCACTGCACTGAAATGGCCCCCAGCATTTCCCCGCAGT  689

seq1  GTTTTCCAAGCTCCTCTTGACAGGACTCCCCAGCACCCAACAACAATCTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCAAGCTCCTCTTGACAGGACTCCCCAGCACCCAACAACAATCTG  739

seq1  TTCTCACAGGTGGGGCCTCCCTCACTGCCCCTTGGGGACAAGGCTTCCTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACAGGTGGGGCCTCCCTCACTGCCCCTTGGGGACAAGGCTTCCTT  789

seq1  GGGGTGACCACACCCTCTGGGCTGGGGGCTCTGGTGCTGCCCACACTCAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGACCACACCCTCTGGGCTGGGGGCTCTGGTGCTGCCCACACTCAA  839

seq1  GGAACCGTGAGGGAACCAAGCACAAGGTGTGGCCAGTGACAACCCAGACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCGTGAGGGAACCAAGCACAAGGTGTGGCCAGTGACAACCCAGACA  889

seq1  CGGTGCCACTACTCACCTGTCCTCCTGCCCTCTCCCTTTCTTCTTCTTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGCCACTACTCACCTGTCCTCCTGCCCTCTCCCTTTCTTCTTCTTTT  939

seq1  TCTTGAAAATGTCTGTCTCCCGGGCCTACAATTCAGGATAGTATGTTAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAAATGTCTGTCTCCCGGGCCTACAATTCAGGATAGTATGTTAGC  989

seq1  AATGGATAGTGACTATTCAAAATCAGAGTAATGGGCTTGTGACAAAAAGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATAGTGACTATTCAAAATCAGAGTAATGGGCTTGTGACAAAAAGT  1039

seq1  CCTATGAGTGCCATGTATTTAAAACATTTCCAAGTTGGTATATTAAACAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGAGTGCCATGTATTTAAAACATTTCCAAGTTGGTATATTAAACAT  1089

seq1  AAACCAGGGGCTGGAGAGATGGCTTACCAGTTAAGTACACTGGCTGCTCT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGGGGCTGGAGAGATGGCTTACCAGTTAAGTACACTGGCTGCTCT  1139

seq1  TCTAGAAGTCCTGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAGTCCTGAATTC  1157

seq1: chr8_127219273_127220297
seq2: B6Ng01-050L24.g_67_1087

seq1  GAATTCAAGTTGTACTTCTAAGTGCAAGTTACAAACCAAAGTGTCACCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTTGTACTTCTAAGTGCAAGTTACAAACCAAAGTGTCACCTT  50

seq1  TTCGTGCCAGCCTAGAAATTGATGCTGCTGACAGCCCAATCGTGAAACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGCCAGCCTAGAAATTGATGCTGCTGACAGCCCAATCGTGAAACCA  100

seq1  TGACTGACACTTAATATTCTCTGTTGCATTTAATTTCTGCCAAAGACGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGACACTTAATATTCTCTGTTGCATTTAATTTCTGCCAAAGACGGT  150

seq1  GCTCTTGCAGCTGCCTTGTAACACTGACATTGAACTGAGCCCGTTCTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGCAGCTGCCTTGTAACACTGACATTGAACTGAGCCCGTTCTAGC  200

seq1  AAGGAGTGGCTGCTGAGATGATGGGAGAAGTGAGGTGTGGACCAATCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTGGCTGCTGAGATGATGGGAGAAGTGAGGTGTGGACCAATCTTT  250

seq1  ACAGGGCAATCACCTCAGATATGAAGTACAAGGTCCCCCGGTGTCGGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCAATCACCTCAGATATGAAGTACAAGGTCCCCCGGTGTCGGTAC  300

seq1  AGCCGTGCCGAGGGCTGAAGCTGAATAGCTTTAGTGAGATCATTTACGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGTGCCGAGGGCTGAAGCTGAATAGCTTTAGTGAGATCATTTACGGC  350

seq1  TTCGTTAATTCGTCCCAGAGGGGACAGAATCTAGAAATCCAAAACATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTTAATTCGTCCCAGAGGGGACAGAATCTAGAAATCCAAAACATGCA  400

seq1  ATCAGGAAAAGTCCCCAGGACCAGCCCTACACTGTCCGAGTTTTAACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAAAAGTCCCCAGGACCAGCCCTACACTGTCCGAGTTTTAACTTT  450

seq1  CCCACTCCATCGAGCTGCACCCCACTCACAAAGCTCGCTGGAGCAGGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCCATCGAGCTGCACCCCACTCACAAAGCTCGCTGGAGCAGGCTG  500

seq1  TGAGCCATGGCCTCATGCACGCACAGGTAGATAAGATGCTCAGAAGGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCATGGCCTCATGCACGCACAGGTAGATAAGATGCTCAGAAGGGCC  550

seq1  ACTATCTCTGTTTCGCAAGGGGAGATGGGGATGTGGCTCAAGCAGCCGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTCTGTTTCGCAAGGGGAGATGGGGATGTGGCTCAAGCAGCCGCC  600

seq1  TCGCTACTGACTTCACCCTAGGTGGACCAGATTCTTGAAATAAGAACCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTACTGACTTCACCCTAGGTGGACCAGATTCTTGAAATAAGAACCCT  650

seq1  TTGCTTGTGCTACGTCCACTTTTTAAGTAAAACACTGGCACATGCACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGTGCTACGTCCACTTTTTAAGTAAAACACTGGCACATGCACATT  700

seq1  CGACCGCTGGGACAGACAGACTCGTCCCTGGCAGTCACAGTCCCTGTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCGCTGGGACAGACAGACTCGTCCCTGGCAGTCACAGTCCCTGTGGG  750

seq1  AGGTGAGAGCTGAAGGATATGTCCTAGGATCCCAGGTGCCTTGTCAGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGAGCTGAAGGATATGTCCTAGGATCCCAGGTGCCTTGTCAGCCC  800

seq1  CAAGCTCATTGGCCACACTCAGCAGCATCTCAGGGAAATTGTCTGCCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCATTGGCCACACTCAGCAGCATCTCAGGGAAATTGTCTGCCTGT  850

seq1  TTGAGAAGCCCCCTAGAGCCACCACTGAGTCAC-TGTGGTCCAGGCGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGAGAAGCCCCCTAGAGCCACCACTGAGTCACTTGTGGTCCAGGCGGCA  900

seq1  CGGTAACATCAATGGGAGCCCAGCACCCACAAGGAAGTCACCGAGAGAGA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CGGTAACATCAATGGGAGCCCAGCACCCACAAGGAAGTCA-CGAGAGAGA  949

seq1  AGAAAACCCCAGTGGGCCCATGTCCATGCACCTGACCCCAAGCTACCATA  999
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||
seq2  AGAAAACCCCATTGGGCCCATGTCCTTGCACTTGA-CCCAAGCTA-CATA  997

seq1  CTTCCAGTACGTCTCTGTCCAGCGTG  1025
      ||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CTT-CAGT-CGTCTCTGTCCAGCGTG  1021