BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051L20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 111,261,914 - 111,312,993
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtbf1
Upstream geneLOC100041744
Downstream gene4922502B01Rik, Gm1943, LOC100042829, Pmfbp1, Dhx38, Txnl4b, Hp, Dhodh, Pkd1l3, 2400003C14Rik, 4930566A11Rik, D8Ertd587e, LOC668089, LOC672735, Ap1g1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051L20.bB6Ng01-051L20.g
ACCDH875292DH875293
length1,148292
definitionDH875292|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051L20, 5' end.DH875293|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051L20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,261,914 - 111,263,052)(111,312,701 - 111,312,993)
sequence
gaattcagtagatgctgcttcagtctggatgctcctcctcagttgagaga
ttggctgtcctctttccttcatggagtcctcccttccccagctacagtca
ccctcttcacttcctctgcccaagccccccctcacttatcctctttctaa
gcaagacaggcaaagctttttggaagtgagatgggaagcagtgtgggtct
tacatgttctcctgtgatcgagggtagagaccaagcctgttgacttagtg
tcatgctagggccagaggtgccttgtggtactatatacacttggcttgtg
ggacgcctatctcggaggaaatggatgctgtttgactcggtgcacagttg
gaacagatgggcgtgtgattcggtgacgtggtgtgttgtcgctggggcca
cagaagcctttgaccagcgttgtggtatgtggtgtcagcatatcctcttt
cttggttacttgtgtgtctctctcaaaggttggcacgtgtggtgacaagg
tgacatgaggtgtgcctgctaggtccctgtcctcacatcattcactaacc
ctttcttaagattcaagttttctgtaaaacaagagggaccgacgtgaagg
atggatgccttaaaccacctcttccttccttccgtcttttctaagatgtc
tttattttttattttatgtgtacgtgtgttttgtcagtatgtatgtctgt
gtaccacatatgaactgcttggtgcttgccgagtgagaagagggtatcca
gagcccctggcactagagttaagagtagtttgtgagccaccatgtgggtg
atgggaactgaacctaggtcctctgcaggactacctaggactcttaaact
ctgagctgtctctccagtccctgacaccatttcttttttttcttttataa
aaatatttatttatttattttaatgtacatgagtacactgtatgtttcta
taccggatggttgtgagccatcatgtggttcctgggaattgaactcagaa
ccttctgcttgctccagccccattcgctttggcccaacatttactttatg
gtgtaggtataattttatggcctttagatatcaccaaaagaagggcatcg
attcttcattacggatggttgtggagcaccatgtggtttgctgggatt
agttcagattttataaaagcacatctttccgatgacaaaattcaagggta
gacacggaagcgatccatcaggcgtttgtgcgcacgcactgttgctccct
tctttgctctgcggagcatttaaatctgccattgaaaagtactcagtgca
caggaattccggcaccttaggaatcccccaatacaaaggggggggggtat
tgtgtgagaatatcaaggttccctgttcaaggcccactgcagttttggaa
atatcaatctcttttaaaaagattgctttgcaaggatagaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_111261914_111263052
seq2: B6Ng01-051L20.b_44_1191

seq1  GAATTCAGTAGATGCTGCTTCAGTCTGGATGCTCCTCCTCAGTTGAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGATGCTGCTTCAGTCTGGATGCTCCTCCTCAGTTGAGAGA  50

seq1  TTGGCTGTCCTCTTTCCTTCATGGAGTCCTCCCTTCCCCAGCTACAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGTCCTCTTTCCTTCATGGAGTCCTCCCTTCCCCAGCTACAGTCA  100

seq1  CCCTCTTCACTTCCTCTGCCCAAGCCCCCCCTCACTTATCCTCTTTCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTCACTTCCTCTGCCCAAGCCCCCCCTCACTTATCCTCTTTCTAA  150

seq1  GCAAGACAGGCAAAGCTTTTTGGAAGTGAGATGGGAAGCAGTGTGGGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACAGGCAAAGCTTTTTGGAAGTGAGATGGGAAGCAGTGTGGGTCT  200

seq1  TACATGTTCTCCTGTGATCGAGGGTAGAGACCAAGCCTGTTGACTTAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTTCTCCTGTGATCGAGGGTAGAGACCAAGCCTGTTGACTTAGTG  250

seq1  TCATGCTAGGGCCAGAGGTGCCTTGTGGTACTATATACACTTGGCTTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTAGGGCCAGAGGTGCCTTGTGGTACTATATACACTTGGCTTGTG  300

seq1  GGACGCCTATCTCGGAGGAAATGGATGCTGTTTGACTCGGTGCACAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCCTATCTCGGAGGAAATGGATGCTGTTTGACTCGGTGCACAGTTG  350

seq1  GAACAGATGGGCGTGTGATTCGGTGACGTGGTGTGTTGTCGCTGGGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGATGGGCGTGTGATTCGGTGACGTGGTGTGTTGTCGCTGGGGCCA  400

seq1  CAGAAGCCTTTGACCAGCGTTGTGGTATGTGGTGTCAGCATATCCTCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCTTTGACCAGCGTTGTGGTATGTGGTGTCAGCATATCCTCTTT  450

seq1  CTTGGTTACTTGTGTGTCTCTCTCAAAGGTTGGCACGTGTGGTGACAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTACTTGTGTGTCTCTCTCAAAGGTTGGCACGTGTGGTGACAAGG  500

seq1  TGACATGAGGTGTGCCTGCTAGGTCCCTGTCCTCACATCATTCACTAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGAGGTGTGCCTGCTAGGTCCCTGTCCTCACATCATTCACTAACC  550

seq1  CTTTCTTAAGATTCAAGTTTTCTGTAAAACAAGAGGGACCGACGTGAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTAAGATTCAAGTTTTCTGTAAAACAAGAGGGACCGACGTGAAGG  600

seq1  ATGGATGCCTTAAACCACCTCTTCCTTCCTTCCGTCTTTTCTAAGATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGCCTTAAACCACCTCTTCCTTCCTTCCGTCTTTTCTAAGATGTC  650

seq1  TTTATTTTTTATTTTATGTGTACGTGTGTTTTGTCAGTATGTATGTCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTTATTTTATGTGTACGTGTGTTTTGTCAGTATGTATGTCTGT  700

seq1  GTACCACATATGAACTGCTTGGTGCTTGCCGAGTGAGAAGAGGGTATCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCACATATGAACTGCTTGGTGCTTGCCGAGTGAGAAGAGGGTATCCA  750

seq1  GAGCCCCTGGCACTAGAGTTAAGAGTAG-TTGTGAGCCACCATGTGGGTG  799
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCCTGGCACTAGAGTTAAGAGTAGTTTGTGAGCCACCATGTGGGTG  800

seq1  ATGGGAACTGAACCTAGGTCCTCTGCAGGACTACCTAGGACTCTTAAACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAACTGAACCTAGGTCCTCTGCAGGACTACCTAGGACTCTTAAACT  850

seq1  CTGAGCTGTCTCTCCAGTCCCTGACACCATTTC-TTTTTTTCTTTTATAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  CTGAGCTGTCTCTCCAGTCCCTGACACCATTTCTTTTTTTTCTTTTAT-A  899

seq1  AAAATATTTATTTATTTATTTT-ATGTACATGAGTACACTGTATGTTTCT  947
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTTATTTATTTATTTTAATGTACATGAGTACACTGTATGTTTCT  949

seq1  ATACC-GATGGTTGTGAGCCATCATGTGGTTCCTGGGAATTGAACTCAGA  996
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCGGATGGTTGTGAGCCATCATGTGGTTCCTGGGAATTGAACTCAGA  999

seq1  ACC-TCTGCTTGCTCCAGCCCCACTCGCTTTGGCCCAAACATTTAC-TTA  1044
      ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||
seq2  ACCTTCTGCTTGCTCCAGCCCCATTCGCTTTGGCCC-AACATTTACTTTA  1048

seq1  T-GTGTAAGTATTATTATATGGCCTTTAGATA-CACCAGAAG-AGGGCAT  1091
      | ||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||
seq2  TGGTGTAGGTATAATTTTATGGCCTTTAGATATCACCAAAAGAAGGGCAT  1098

seq1  CAGATC-TCATTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGG-TTGCTGGGATT  1139
      |   || ||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||
seq2  CGATTCTTCATTACGGATGGTTGTGGAGCACCATGTGGTTTGCTGGGATT  1148

seq1: chr8_111312701_111312993
seq2: B6Ng01-051L20.g_74_365 (reverse)

seq1  ATTCTATCCTTGCAAAGCAATCTTTTTAAAAGAGATTGATATTTCCAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATCCTTGCAAAGCAATCTTTTTAAAAGAGATTGATATTTCCAAAA  50

seq1  CTGCAGTGGGCCTTAAAACAGGGAACCTTGATATTCTCACACAATACCCC  100
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTGGGCCTT-GAACAGGGAACCTTGATATTCTCACACAATACCCC  99

seq1  CCCCCCTTTGTATTGGGGGATTCCTAAGGTGCCGGAATTCCTGTGCACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCTTTGTATTGGGGGATTCCTAAGGTGCCGGAATTCCTGTGCACTG  149

seq1  AGTACTTTTCAATGGCAGATTTAAATGCTCCGCAGAGCAAAGAAGGGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTTTCAATGGCAGATTTAAATGCTCCGCAGAGCAAAGAAGGGAGC  199

seq1  AACAGTGCGTGCGCACAAACGCCTGATGGATCGCTTCCGTGTCTACCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGCGTGCGCACAAACGCCTGATGGATCGCTTCCGTGTCTACCCTT  249

seq1  GAATTTTGTCATCGGAAAGATGTGCTTTTATAAAATCTGAACT  293
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTGTCATCGGAAAGATGTGCTTTTATAAAATCTGAACT  292