BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055I18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 33,468,675 - 33,612,124
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG546052
Upstream gene7420700N18Rik, LOC100041329, EG330731, LOC100041340, Nrg1, 2010007E15Rik, EG666589
Downstream geneLOC100042715, LOC628408, EG628412, Wrn, Purg, LOC666630, Hmgb1-rs17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055I18.bB6Ng01-055I18.g
ACCDH877962DH877963
length1,1451,117
definitionDH877962|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055I18, 5' end.DH877963|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055I18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,610,959 - 33,612,124)(33,468,675 - 33,469,817)
sequence
gaattcttattatatcatgagggataagaacattatatagtgtcttaggt
tgaaggagttatgatgtacaaaggccaattacttagtgaaggttttataa
aataaaggtgggcaaggatatctaagtagacactggctatggaaggagtg
agattctcttcattgaagtccagaatggtcaattcacatatcaacacttt
ttctctctttagaacgggtaaacggagtctggcaggaggtgttgcaggca
gccaattaaggaacattttgatcaggatgggctccagggaacatctcttg
tcatccctggttctggttgatttcctttttggcgtctacactggaccttt
ggactaaagactctgcctctaggtacctaccctttagcttctattacatg
gtgtaagtgcaattcactcacccatacaattgcatttctgtagagctcca
tagcccacagtctgctctactaactgccttcaaaagtaaaagcaagaggt
agccatggggtaataataactgtgggtataattatgactttctcctatgt
agaggcaataggcataaagacagagttcagttgtgcaacattcaagtagg
aatatagtagttcatattttgcagaagccattacctctttaaaggaatta
tcagtgggtattatgccttaatgtagagaggccagaggaaattctaatat
ccatttaataaaatagttaacacaatgaggttatcatatgtgagcctaca
atatgtacttattctttaagtttgtttcagcatctgttagaagagtcacc
tctttggattagatccactgaaaggatgaagggccataaatatcaagggt
gtggttatagctagtaggcatgacttggaatgacatcacactgattcctc
cataagcaggatgattagtgacattatactctgctcttctcttcctttca
cacatcactttaactttctaatttaggatatgagcagcctcacaaacaat
tcttggttaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaa
acagatcgtcgactctgttgagttgagaaagtctctggactataaataag
atactagcttcaaaaaaaatactcaattaactgggtttaattctt
gaattccacttcccaagagaaaaccacagcaatttcctgacactccctct
aggcacctgtctctttactcatgtgtggacatttgtgttgttataaatgt
gatcacattcgagatctactttttaacaagcactaattggactataggga
accatgttagaatgggagggaaatagattattcaagagctgtttaggaat
aagaagcacaacaggatgaactgcaaatgggagatggggagttaggaaca
gaattttgctttttatatggcagagccagttagaatggctttgacttcgg
agaacagtatcattcttaactaaactaattttgtttgttggttggtttgt
ttgaggcaaactttctctgtgtagccctggctgccctggaactccctatg
tagaccaggctggccttgaactcacagagacctgcctgcctctccctcct
gagtgcagggaagaaaggtgttcagctccacctcctggcatgcattcttt
gctcatttgttagtattactgtctgtactaatttccatgccatgcatgat
ttctcagtgcatcctcttttctctcttaaaaatatccattttttgtcggt
ctgcatatatgttgtggaccatgcatgtccctgatgtccaaggaggctgg
gagaggatgtcagagttacagactagtaagccatcatgtgggtgctgaga
accaaacccagtgcctctgcaacagcaccaaatacccttaactgctggac
catctctctagctccatcctatttcgtgtgtgtagcttcatatgtaattt
agttaactaacgacaaatatttaagttgagcagcttcgttttattctcca
cgattttcagcaaagcaaaagtgagcattctatgatggcatttggtttcc
cagctactcactttctagttaggataaattccagaaagaaaatcacttcg
ctaaaagtatcacagcatacattgtgatgatgtgacaagtttgctacata
aagctggactattaagcttatgccaacgaacaagaaagtgtaccttatca
atgtcttgtcccttgccagcctggtaacctgatcttcaaaaacattaatg
tttctaaaatagaatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_33610959_33612124
seq2: B6Ng01-055I18.b_47_1191 (reverse)

seq1  AAGAATTAAAACCAGTGTTAATTGAGTATTTTTATTGGAAGCTAAGTATC  50
      |||||||||| |||  ||||||||||||||||| || |||||| ||||||
seq2  AAGAATTAAACCCA--GTTAATTGAGTATTTTT-TTTGAAGCT-AGTATC  46

seq1  TTAATTTATAGTCCCAGAGACTTTCTCAACTCAACAGAGTC--AGAACTG  98
      || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   || |||
seq2  TT-ATTTATAGT-CCAGAGACTTTCTCAACTCAACAGAGTCGACGATCTG  94

seq1  ATTCTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTT  148
              |||||||   |||||||   |||||||   |||||||   ||
seq2  --------TTTGTTT--GTTTGTTT--GTTTGTTT--GTTTGTTT--GTT  128

seq1  TGTTTTGTTTTAACCAAGAA-TGTTTGTGAGGCTGCTCATATCCTAAATT  197
      |||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTT--GTTTAACCAAGAATTGTTTGTGAGGCTGCTCATATCCTAAATT  176

seq1  AGAAAGTTAAAGTGATGTGTGAAAGGAAGAGAAGAGCAGAGTATAATGTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTTAAAGTGATGTGTGAAAGGAAGAGAAGAGCAGAGTATAATGTC  226

seq1  ACTAATCATCCTGCTTATGGAGGAATCAGTGTGATGTCATTCCAAGTCAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATCATCCTGCTTATGGAGGAATCAGTGTGATGTCATTCCAAGTCAT  276

seq1  GCCTACTAGCTATAACCACACCCTTGATATTTATGGCCCTTCATCCTTTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTAGCTATAACCACACCCTTGATATTTATGGCCCTTCATCCTTTC  326

seq1  AGTGGATCTAATCCAAAGAGGTGACTCTTCTAACAGATGCTGAAACAAAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATCTAATCCAAAGAGGTGACTCTTCTAACAGATGCTGAAACAAAC  376

seq1  TTAAAGAATAAGTACATATTGTAGGCTCACATATGATAACCTCATTGTGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAATAAGTACATATTGTAGGCTCACATATGATAACCTCATTGTGT  426

seq1  TAACTATTTTATTAAATGGATATTAGAATTTCCTCTGGCCTCTCTACATT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATTTTATTAAATGGATATTAGAATTTCCTCTGGCCTCTCTACATT  476

seq1  AAGGCATAATACCCACTGATAATTCCTTTAAAGAGGTAATGGCTTCTGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATAATACCCACTGATAATTCCTTTAAAGAGGTAATGGCTTCTGCA  526

seq1  AAATATGAACTACTATATTCCTACTTGAATGTTGCACAACTGAACTCTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAACTACTATATTCCTACTTGAATGTTGCACAACTGAACTCTGT  576

seq1  CTTTATGCCTATTGCCTCTACATAGGAGAAAGTCATAATTATACCCACAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGCCTATTGCCTCTACATAGGAGAAAGTCATAATTATACCCACAG  626

seq1  TTATTATTACCCCATGGCTACCTCTTGCTTTTACTTTTGAAGGCAGTTAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTACCCCATGGCTACCTCTTGCTTTTACTTTTGAAGGCAGTTAG  676

seq1  TAGAGCAGACTGTGGGCTATGGAGCTCTACAGAAATGCAATTGTATGGGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAGACTGTGGGCTATGGAGCTCTACAGAAATGCAATTGTATGGGT  726

seq1  GAGTGAATTGCACTTACACCATGTAATAGAAGCTAAAGGGTAGGTACCTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAATTGCACTTACACCATGTAATAGAAGCTAAAGGGTAGGTACCTA  776

seq1  GAGGCAGAGTCTTTAGTCCAAAGGTCCAGTGTAGACGCCAAAAAGGAAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGTCTTTAGTCCAAAGGTCCAGTGTAGACGCCAAAAAGGAAAT  826

seq1  CAACCAGAACCAGGGATGACAAGAGATGTTCCCTGGAGCCCATCCTGATC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGAACCAGGGATGACAAGAGATGTTCCCTGGAGCCCATCCTGATC  876

seq1  AAAATGTTCCTTAATTGGCTGCCTGCAACACCTCCTGCCAGACTCCGTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTCCTTAATTGGCTGCCTGCAACACCTCCTGCCAGACTCCGTTT  926

seq1  ACCCGTTCTAAAGAGAGAAAAAGTGTTGATATGTGAATTGACCATTCTGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGTTCTAAAGAGAGAAAAAGTGTTGATATGTGAATTGACCATTCTGG  976

seq1  ACTTCAATGAAGAGAATCTCACTCCTTCCATAGCCAGTGTCTACTTAGAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAATGAAGAGAATCTCACTCCTTCCATAGCCAGTGTCTACTTAGAT  1026

seq1  ATCCTTGCCCACCTTTATTTTATAAAACCTTCACTAAGTAATTGGCCTTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGCCCACCTTTATTTTATAAAACCTTCACTAAGTAATTGGCCTTT  1076

seq1  GTACATCATAACTCCTTCAACCTAAGACACTATATAATGTTCTTATCCCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATCATAACTCCTTCAACCTAAGACACTATATAATGTTCTTATCCCT  1126

seq1  CATGATATAATAAGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||
seq2  CATGATATAATAAGAATTC  1145

seq1: chr8_33468675_33469817
seq2: B6Ng01-055I18.g_67_1183

seq1  GAATTCCACTTCCCAAGAGAAAACCACAGCAATTTCCTGACACTCCCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTTCCCAAGAGAAAACCACAGCAATTTCCTGACACTCCCTCT  50

seq1  AGGCACCTGTCTCTTTACTCATGTGTGGACATTTGTGTTGTTATAAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACCTGTCTCTTTACTCATGTGTGGACATTTGTGTTGTTATAAATGT  100

seq1  GATCACATTCGAGATCTACTTTTTAACAAGCACTAATTGGACTATAGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACATTCGAGATCTACTTTTTAACAAGCACTAATTGGACTATAGGGA  150

seq1  ACCATGTTAGAATGGGAGGGAAATAGATTATTCAAGAGCTGTTTAGGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTTAGAATGGGAGGGAAATAGATTATTCAAGAGCTGTTTAGGAAT  200

seq1  AAGAAGCACAACAGGATGAACTGCAAATGGGAGATGGGGAGTTAGGAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCACAACAGGATGAACTGCAAATGGGAGATGGGGAGTTAGGAACA  250

seq1  GAATTTTGCTTTTTATATGGCAGAGCCAGTTAGAATGGCTTTGACTTCGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTGCTTTTTATATGGCAGAGCCAGTTAGAATGGCTTTGACTTCGG  300

seq1  AGAACAGTATCATTCTTAACTAAACTAATTTTGTTTGTTGGTTGGTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGTATCATTCTTAACTAAACTAATTTTGTTTGTTGGTTGGTTTGT  350

seq1  TTGAGGCAAACTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGCCCTGGAACTCCCTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGCAAACTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGCCCTGGAACTCCCTATG  400

seq1  TAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCACAGAGACCTGCCTGCCTCTCCCTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCACAGAGACCTGCCTGCCTCTCCCTCCT  450

seq1  GAGTGCAGGGAAGAAAGGTGTTCAGCTCCACCTCCTGGCATGCATTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCAGGGAAGAAAGGTGTTCAGCTCCACCTCCTGGCATGCATTCTTT  500

seq1  GCTCATTTGTTAGTATTACTGTCTGTACTAATTTCCATGCCATGCATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTTGTTAGTATTACTGTCTGTACTAATTTCCATGCCATGCATGAT  550

seq1  TTCTCAGTGCATCCTCTTTTCTCTCTTAAAAATATCCATTTTTTGTCGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTGCATCCTCTTTTCTCTCTTAAAAATATCCATTTTTTGTCGGT  600

seq1  CTGCATATATGTTGTGGACCATGCATGTCCCTGATGTCCAAGGAGGCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATATATGTTGTGGACCATGCATGTCCCTGATGTCCAAGGAGGCTGG  650

seq1  GAGAGGATGTCAGAGTTACAGACTAGTAAGCCATCATGTGGGTGCTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGATGTCAGAGTTACAGACTAGTAAGCCATCATGTGGGTGCTGAGA  700

seq1  ACCAAACCCAGTGCCTCTGCAACAGCACCAAATACCCTTAACTGCTGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAACCCAGTGCCTCTGCAACAGCACCAAATACCCTTAACTGCTGGAC  750

seq1  CATCTCTCTAGCTCCATCCTATTTCGTGTGTGTAGCTTCATATGTAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCTAGCTCCATCCTATTTCGTGTGTGTAGCTTCATATGTAATTT  800

seq1  AGTTAACTAACGACAAATATTTAAGTTGAGCAGCTTCGTTTTATTCTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACTAACGACAAATATTTAAGTTGAGCAGCTTCGTTTTATTCTCCA  850

seq1  CGATTTTCAGCAAAGCAAAAGTGAGCATTCTTATGATGGCATTTGGTTTC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CGATTTTCAGCAAAGCAAAAGTGAGCATTC-TATGATGGCATTTGGTTTC  899

seq1  CCAGCTACTCAACTTTCTAGTTAGGATAAATTCCAGAAAAGAAAATCACT  950
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCAGCTACTC-ACTTTCTAGTTAGGATAAATTCCAG-AAAGAAAATCACT  947

seq1  TCGCTAAAAGGTATCACAGCATACATTGTGATGAATGTTGACAAGTTTGC  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| 
seq2  TCGCTAAAA-GTATCACAGCATACATTGTGATG-ATG-TGACAAGTTTG-  993

seq1  CTACATAAAAGCTGGACTAATTTAGGCTTATGCCAACAGAACAAGAAAGT  1050
      |||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTACAT-AAAGCTGGACTA--TTAAGCTTATGCCAAC-GAACAAGAAAGT  1039

seq1  GTACCCTAATCAATGTCTTGTCCCCTTGCCAGCCCTGGATAACACTGATC  1100
      ||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||
seq2  GTA-CCTTATCAATGTCTTGT-CCCTTGCCAG-CCTGG-TAAC-CTGATC  1084

seq1  TTTCAAAAAAACATTTTAAAATGCTCATTTAAAAATAGAATCA  1143
      ||    |||||||||    ||||    ||  ||||||||||||
seq2  TT---CAAAAACATT----AATG---TTTCTAAAATAGAATCA  1117