BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057L08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 82,554,628 - 82,714,134
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHhip, LOC546075
Upstream geneD630040G17Rik, 1700011L22Rik, Mmaa, A630049P17, Smad1, LOC666378, LOC666388, LOC666392, Otud4, Tpd52-ps, Abce1, Anapc10, LOC100039439
Downstream geneGypa, Frem3, Smarca5, Gab1, LOC666237, LOC100039496, LOC234501, LOC100039518, Usp38, EG70793
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057L08.bB6Ng01-057L08.g
ACCDH879498DH879499
length1,1031,075
definitionDH879498|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057L08, 5' end.DH879499|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057L08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,713,027 - 82,714,134)(82,554,628 - 82,555,719)
sequence
gaattccagttcctcacacaaattttaagactgtttctttataaaacaga
gcaagagagaaatcagaaagagccctgttttcaagagaattgtcctacag
tcttatagtttgttttataattcttgtttaagtgcttctcagagtattta
gcgcttggagtataaatgtagtttcacagtcaatgttttatgttgggata
cagtgccagcaacacatatgatgtctgaacctttcccactggagtgacat
agccaaatgcatatagacttgggattaacacccgagttctatgtccttag
ccagggatggttagattatgctctttgctaggcttgtatctccaaagtta
tagagttgtgtggacttcatgaagtgcaggatccaggagctctggagtag
agtatgcacataaattggaatatatatatacatacattctagatgtatgc
aggatggtgatagggacccatgcctttaatctccgcactcaggaggcaga
ggtaggcagatctctgagttccagaacagccagatcttcaccacagagaa
gccctgtctcaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaat
ctgcagaacccaccaaagctaaatgtatcaataaaacccatttgtgttct
cttaatgaatatgcaagtgctgcaaaaaaggtgttcatggtgattattct
ctctcctcactgtctaccctgcatcttcactgtccactctgcatcctcac
tgtccacactgtatcctcacagtccatactgcattttcattgtgcacact
gcatcctcactgccaaggctgcatcctcactgtccaccctgcatcctcac
tgtccacactgcgtcatcactgtccacactgcatcctcacggtccacact
acgtcctcactgtccaccctgcatcctcactgtccacactgcatcatcac
tgtccacactgcttcctcactgtccacactgcatcttcattgggcaaact
gcatctcactgtcaatctgcattcacctgttcacctgcatcctcactgtt
caacccacaaacttcactgtcacctgcatccccatgtccatactgcaatt
ctc
gaattctctcaaagcaatgccgagcacagaaacacttaagtgtgcaagca
aagtcaggaaggcctgcccccttcccattcagcttttcacttactctgtc
cacagcctattaacttctgtagactcagaagcaggtagaaaatggaacag
ctcttggctagcttaacaaccagcatgaaaagatgagttgttagtgaagg
ttatttgttcaaatgccaataatgagggagtctaatgaggatatttggaa
atattctactcgatgtttcagaaataattgaattattggacaattttaaa
agttagaaattccacacaacagcttgtttgcatcttccttatgagaaatc
tatatttttggattttattatcatttaatcttcggggtatcttgatcagt
tttagatggtagcatttttatgaattagcatttacaaatggtatatacta
tgctcctttttcccccaccccgcatgattactatttccctgtgatttata
gcctctcactggatccattaaacacattaggtttctgcagcactaagtat
caaaatttgctccttaaaagtcttaggaaggaagtagaaattccggaaat
accatgtgtaaaatgcttaatacagaaaatatctgactatttctccaaat
actaacccgctaaacggaggaactgacaagaggcatagctattattgact
tcattatgcacgtgaggaatagaaacaagaagggaaagctggagggcccg
tgagtgtaaaccactgagcggagctggaaggagatagaagctggaatttg
accccacagccagtgttcacttatgccttcccttgtctgctccgagcatg
agtgctattgatcttggcgtgatcgtgatttttcttttcttaagatcagc
ttagattaatcattcttatatcccaaactctgcagtaagtctcccttcct
ctgggtaaaagcaaagattttcacagaacctgcagacctatgtgatcgag
tgtacttccacaccaatgaccatagtgcttgctcacagacttcttgcctg
cgtctgtttagttactagactgcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_82713027_82714134
seq2: B6Ng01-057L08.b_46_1148 (reverse)

seq1  GAGAA-TGCAGTATGGACAGTGAGGATGCAGGGTGGACAGTGAAG-TTGT  48
      ||||| ||||||||||||| || |||||||||   |||||||||| ||||
seq2  GAGAATTGCAGTATGGACA-TGGGGATGCAGG--TGACAGTGAAGTTTGT  47

seq1  GGGGTGGACAGTGAGGATGCAGTGTGAACAGTGTGAATGCAGGATGGACA  98
      ||| || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||
seq2  GGGTTGAACAGTGAGGATGCAG-GTGAACAG-GTGAATGCA-GATTGACA  94

seq1  GTGAGGATGCAGTGTGCACAATGAAGATGCAGTGTGGACAGTGAGGAAGC  148
      |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGA-GATGCAGTTTGCCCAATGAAGATGCAGTGTGGACAGTGAGGAAGC  143

seq1  AGTGTGGACAGTGATGATGCAGTGTGGACAGTGAGGATGCAGGGTGGACA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGACAGTGATGATGCAGTGTGGACAGTGAGGATGCAGGGTGGACA  193

seq1  GTGAGGACGTAGTGTGGACCGTGAGGATGCAGTGTGGACAGTGATGACGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGACGTAGTGTGGACCGTGAGGATGCAGTGTGGACAGTGATGACGC  243

seq1  AGTGTGGACAGTGAGGATGCAGGGTGGACAGTGAGGATGCAGCCTTGGCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGACAGTGAGGATGCAGGGTGGACAGTGAGGATGCAGCCTTGGCA  293

seq1  GTGAGGATGCAGTGTGCACAATGAAAATGCAGTATGGACTGTGAGGATAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGATGCAGTGTGCACAATGAAAATGCAGTATGGACTGTGAGGATAC  343

seq1  AGTGTGGACAGTGAGGATGCAGAGTGGACAGTGAAGATGCAGGGTAGACA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGACAGTGAGGATGCAGAGTGGACAGTGAAGATGCAGGGTAGACA  393

seq1  GTGAGGAGAGAGAATAATCACCATGAACACCTTTTTTGCAGCACTTGCAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAGAGAGAATAATCACCATGAACACCTTTTTTGCAGCACTTGCAT  443

seq1  ATTCATTAAGAGAACACAAATGGGTTTTATTGATACATTTAGCTTTGGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTAAGAGAACACAAATGGGTTTTATTGATACATTTAGCTTTGGTG  493

seq1  GGTTCTGCAGATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGCAGATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  543

seq1  GAGACAGGGCTTCTCTGTGGTGAAGATCTGGCTGTTCTGGAACTCAGAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGGCTTCTCTGTGGTGAAGATCTGGCTGTTCTGGAACTCAGAGA  593

seq1  TCTGCCTACCTCTGCCTCCTGAGTGCGGAGATTAAAGGCATGGGTCCCTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTACCTCTGCCTCCTGAGTGCGGAGATTAAAGGCATGGGTCCCTA  643

seq1  TCACCATCCTGCATACATCTAGAATGTATGTATATATATATTCCAATTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATCCTGCATACATCTAGAATGTATGTATATATATATTCCAATTTA  693

seq1  TGTGCATACTCTACTCCAGAGCTCCTGGATCCTGCACTTCATGAAGTCCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATACTCTACTCCAGAGCTCCTGGATCCTGCACTTCATGAAGTCCA  743

seq1  CACAACTCTATAACTTTGGAGATACAAGCCTAGCAAAGAGCATAATCTAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTCTATAACTTTGGAGATACAAGCCTAGCAAAGAGCATAATCTAA  793

seq1  CCATCCCTGGCTAAGGACATAGAACTCGGGTGTTAATCCCAAGTCTATAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCTGGCTAAGGACATAGAACTCGGGTGTTAATCCCAAGTCTATAT  843

seq1  GCATTTGGCTATGTCACTCCAGTGGGAAAGGTTCAGACATCATATGTGTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGGCTATGTCACTCCAGTGGGAAAGGTTCAGACATCATATGTGTT  893

seq1  GCTGGCACTGTATCCCAACATAAAACATTGACTGTGAAACTACATTTATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCACTGTATCCCAACATAAAACATTGACTGTGAAACTACATTTATA  943

seq1  CTCCAAGCGCTAAATACTCTGAGAAGCACTTAAACAAGAATTATAAAACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGCGCTAAATACTCTGAGAAGCACTTAAACAAGAATTATAAAACA  993

seq1  AACTATAAGACTGTAGGACAATTCTCTTGAAAACAGGGCTCTTTCTGATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATAAGACTGTAGGACAATTCTCTTGAAAACAGGGCTCTTTCTGATT  1043

seq1  TCTCTCTTGCTCTGTTTTATAAAGAAACAGTCTTAAAATTTGTGTGAGGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTGCTCTGTTTTATAAAGAAACAGTCTTAAAATTTGTGTGAGGA  1093

seq1  ACTGGAATTC  1108
      ||||||||||
seq2  ACTGGAATTC  1103

seq1: chr8_82554628_82555719
seq2: B6Ng01-057L08.g_68_1142

seq1  GAATTCTCTCAAAGCAATGCCGAGCACAGAAACACTTAAGTGTGCAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCAAAGCAATGCCGAGCACAGAAACACTTAAGTGTGCAAGCA  50

seq1  AAGTCAGGAAGGCCTGCCCCCTTCCCATTCAGCTTTTCACTTACTCTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGGAAGGCCTGCCCCCTTCCCATTCAGCTTTTCACTTACTCTGTC  100

seq1  CACAGCCTATTAACTTCTGTAGACTCAGAAGCAGGTAGAAAATGGAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCTATTAACTTCTGTAGACTCAGAAGCAGGTAGAAAATGGAACAG  150

seq1  CTCTTGGCTAGCTTAACAACCAGCATGAAAAGATGAGTTGTTAGTGAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGCTAGCTTAACAACCAGCATGAAAAGATGAGTTGTTAGTGAAGG  200

seq1  TTATTTGTTCAAATGCCAATAATGAGGGAGTCTAATGAGGATATTTGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTTCAAATGCCAATAATGAGGGAGTCTAATGAGGATATTTGGAA  250

seq1  ATATTCTACTCGATGTTTCAGAAATAATTGAATTATTGGACAATTTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTACTCGATGTTTCAGAAATAATTGAATTATTGGACAATTTTAAA  300

seq1  AGTTAGAAATTCCACACAACAGCTTGTTTGCATCTTCCTTATGAGAAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAAATTCCACACAACAGCTTGTTTGCATCTTCCTTATGAGAAATC  350

seq1  TATATTTTTGGATTTTATTATCATTTAATCTTCGGGGTATCTTGATCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTTGGATTTTATTATCATTTAATCTTCGGGGTATCTTGATCAGT  400

seq1  TTTAGATGGTAGCATTTTTATGAATTAGCATTTACAAATGGTATATACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATGGTAGCATTTTTATGAATTAGCATTTACAAATGGTATATACTA  450

seq1  TGCTCCTTTTTCCCCCACCCCGCATGATTACTATTTCCCTGTGATTTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTTTTTCCCCCACCCCGCATGATTACTATTTCCCTGTGATTTATA  500

seq1  GCCTCTCACTGGATCCATTAAACACATTAGGTTTCTGCAGCACTAAGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCACTGGATCCATTAAACACATTAGGTTTCTGCAGCACTAAGTAT  550

seq1  CAAAATTTGCTCCTTAAAAGTCTTAGGAAGGAAGTAGAAATTCCGGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTTGCTCCTTAAAAGTCTTAGGAAGGAAGTAGAAATTCCGGAAAT  600

seq1  ACCATGTGTAAAATGCTTAATACAGAAAATATCTGACTATTTCTCCAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGTAAAATGCTTAATACAGAAAATATCTGACTATTTCTCCAAAT  650

seq1  ACTAACCCGCTAAACGGAGGAACTGACAAGAGGCATAGCTATTATTGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCCGCTAAACGGAGGAACTGACAAGAGGCATAGCTATTATTGACT  700

seq1  TCATTATGCACGTGAGGAATAGAAACAAGAAGGGAAAGCTGGAGGGCCCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATGCACGTGAGGAATAGAAACAAGAAGGGAAAGCTGGAGGGCCCG  750

seq1  TGAGTGTAAACCACTGAGCGGAGCTGGAAGGAGATAGAAGCTGGAATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTAAACCACTGAGCGGAGCTGGAAGGAGATAGAAGCTGGAATTTG  800

seq1  ACCCCACAGCCAGTGTTCACTTATGCCTTCCCTTGTCTGCTCCGAGCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACAGCCAGTGTTCACTTATGCCTTCCCTTGTCTGCTCCGAGCATG  850

seq1  AGTGCTATTGATCTTGGCGTGATCGTGATTTTTC-TTTCTTAAGATCAGC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTGCTATTGATCTTGGCGTGATCGTGATTTTTCTTTTCTTAAGATCAGC  900

seq1  TTAGATTAAATCATTCTTATATCCAAAACTCTGCAGTAAGTCTCCCTTCC  949
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATT-AATCATTCTTATATCCCAAACTCTGCAGTAAGTCTCCCTTCC  949

seq1  TCTGGGTAAAAAGCCAAAGATTTTCACAGAACCTGCAAGACCTAGTGTGA  999
      |||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TCTGGGTAAAA--GCAAAGATTTTCACAGAACCTGC-AGACCTA-TGTGA  995

seq1  TCGAAGGTGTACTTCCCACACCAATGACCCATAGTTGCTTGGCTCCACAG  1049
      ||||  |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||| |||||
seq2  TCGA--GTGTACTT-CCACACCAATGA-CCATAG-TGCTT-GCT-CACAG  1038

seq1  ACTTCTTTGCCCTGCGTCCTGCTTTAGTTCTACATGACTGCAA  1092
      |||||||   ||||||| ||| ||||||  |||  ||||||||
seq2  ACTTCTT--GCCTGCGT-CTG-TTTAGT--TACTAGACTGCAA  1075