BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-058M23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 8,387,658 - 8,499,908
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039836
Upstream genenone
Downstream geneEfnb2, 9430010O03Rik, Tmem28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-058M23.bB6Ng01-058M23.g
ACCDH880287DH880288
length1,073901
definitionDH880287|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058M23, 5' end.DH880288|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058M23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,498,817 - 8,499,908)(8,387,658 - 8,388,560)
sequence
gaattccaggcattgagtgacggagagattccaggtgagactgcaccagc
aaccctgggcacttattttattgaaagatacacaataaaaactggtaaca
gtggtacacacctattaactgggaacacaggaggctaatccaggaggatt
gctatgcattcaaaggccagcttactgtatgagaccgtgcctcaaaaaac
aaagagcaaaacaaaaacctgggaaggatagagagtaagatgtgtccgta
tgaaactcttgcatgctgcagtgatagcgctgtgacggcacactttctca
gagcttggggacaagtcctgagcatagcctcatcagtcacacccagttct
gcttttcacttggagatcacaggggcagcttgtgccgtgggtttccccat
attggctctgtgcagtgtgccccttgttctatcagacagttccctggggt
gccatggctaccagccacctcaaggtcccgagggcagctggctcaggtca
aggctgtggggatagtaggatcaggtcatgatttccagagaattctgtgg
ggcttctggaagaaacagtccagtcttgtagccttatccgacattgtgta
ccagctgttgtgattgaagagtcctctgccctctgccctctgccctctgc
cctgtctgtgctgtagtgacaggtttagtagtgacaggtttaattctgta
gcccaaatccccaggaactccttccttatacttgcctggcttggtagtgg
gctgcagcatggcgtccctccacccctagctggattccccttcaccagca
tttttaccacctttgcctctactggttccctccaggcgtgggtcaggact
ttttcttttttcagactctgcccctttcagtgtccctgagaacagctcca
gaccctgcctggccttcccagaaattccccaggaagctgcccatggagat
ccctggccctgagcaatctgtgtcacactctgctgactgatagattatta
tttctgtatttatgacttctctacaaagatgtgtccctgagctactcaag
gcgatcgctggggttcgtatttt

gaattcccttctcatcccagaagcaggcaggagaattaactttaagacag
aagcttacattcccagtaatggagataagaggcttatcacgcctgtaaaa
gtgtccaagtctagctgtgtgctacatccccattctaaatgagctgtggc
tcagagtcggagtgggctctggtctgctatctacctcagggcacactggc
agcggcacaccaggggaagatgaaggtcactaatcccacgaagcacactg
cttgaaaccacggcaatggttaggatgaagacagtacatttaaaaagcca
tggtgtggactcaccccctgtttaacactcacgatcatcaacttttcacc
cagaacccaaggctcgctcttctacctattgacctctgtgactctgctga
gggacatactggtcagatacagtttgtacaaacacagatgttgtagacag
gaattaggtcaaagtccgttgataaatgcaaggaatgtatattatatata
cgtgtgtgtgtatacatatatatgtgtgtgtacatatataatatatatac
ataaactattctaggtctttcaattttatacagttgcaatacatcttggt
aatctttccatatgaatgtgtatagattaagtttcttttcaaaaactaat
aaagtatagctcaaatattataaatatgaagagaaataaatagcataaaa
ggaaccaaataacacaattagacttctaattcctgaactctcagtcttac
atctttgttcatagagataaacactggtaaagttatgaaatagaaacata
agttaaaaattcacaggagaatgtgcctcaatggataagtatttgtctat
catacacacagtcctggatccctagtgtttcaggttagtggggggggggg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_8498817_8499908
seq2: B6Ng01-058M23.b_46_1118 (reverse)

seq1  AAAATACCGAAACTCCAGCGATCGCCTTTGAGTAGGCTCAGGGACAACAT  50
      |||||||   ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||
seq2  AAAATAC--GAACCCCAGCGATCGCC-TTGAGTA-GCTCAGGGAC-ACAT  45

seq1  CTGTTGGTAGAGAAGTCATTAAAATAACAAGGAAATAATAATCTATCAAG  100
      |  || |||||||||||||  |||| |||  |||||||||||||||| ||
seq2  C--TTTGTAGAGAAGTCAT--AAAT-ACA--GAAATAATAATCTATC-AG  87

seq1  TCAGGCAGAGTGGTGACAACAGATTGCTCAGGGGCCAGGGATCTCCATGG  150
      ||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  TCA-GCAGAGT-GTGAC-ACAGATTGCTCA-GGGCCAGGGATCTCCAT-G  132

seq1  GGCAGCTTCCTGGGGAATTTCTGGGAAGGCCAGGCAGGGTCTGGAGCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTTCCTGGGGAATTTCTGGGAAGGCCAGGCAGGGTCTGGAGCTGT  182

seq1  TCTCAGGGACACTGAAAGGGGCAGAGTCTGAAAAAAGAAAAAGTCCCTGA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTCAGGGACACTGAAAGGGGCAGAGTCTGAAAAAAGAAAAAGT-CCTGA  231

seq1  CCCACGCCTGGAGGGAACCAGTAGAGGCAAAGGTGGTAAAAATGCTGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACGCCTGGAGGGAACCAGTAGAGGCAAAGGTGGTAAAAATGCTGGTG  281

seq1  AAGGGGAATCCAGCTAGGGGTGGAGGGACGCCATGCTGCAGCCCACTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGAATCCAGCTAGGGGTGGAGGGACGCCATGCTGCAGCCCACTACC  331

seq1  AAGCCAGGCAAGTATAAGGAAGGAGTTCCTGGGGATTTGGGCTACAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGGCAAGTATAAGGAAGGAGTTCCTGGGGATTTGGGCTACAGAAT  381

seq1  TAAACCTGTCACTACTAAACCTGTCACTACAGCACAGACAGGGCAGAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTGTCACTACTAAACCTGTCACTACAGCACAGACAGGGCAGAGGG  431

seq1  CAGAGGGCAGAGGGCAGAGGACTCTTCAATCACAACAGCTGGTACACAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGCAGAGGGCAGAGGACTCTTCAATCACAACAGCTGGTACACAAT  481

seq1  GTCGGATAAGGCTACAAGACTGGACTGTTTCTTCCAGAAGCCCCACAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGATAAGGCTACAAGACTGGACTGTTTCTTCCAGAAGCCCCACAGAA  531

seq1  TTCTCTGGAAATCATGACCTGATCCTACTATCCCCACAGCCTTGACCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGGAAATCATGACCTGATCCTACTATCCCCACAGCCTTGACCTGA  581

seq1  GCCAGCTGCCCTCGGGACCTTGAGGTGGCTGGTAGCCATGGCACCCCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTGCCCTCGGGACCTTGAGGTGGCTGGTAGCCATGGCACCCCAGG  631

seq1  GAACTGTCTGATAGAACAAGGGGCACACTGCACAGAGCCAATATGGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTCTGATAGAACAAGGGGCACACTGCACAGAGCCAATATGGGGAA  681

seq1  ACCCACGGCACAAGCTGCCCCTGTGATCTCCAAGTGAAAAGCAGAACTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACGGCACAAGCTGCCCCTGTGATCTCCAAGTGAAAAGCAGAACTGG  731

seq1  GTGTGACTGATGAGGCTATGCTCAGGACTTGTCCCCAAGCTCTGAGAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACTGATGAGGCTATGCTCAGGACTTGTCCCCAAGCTCTGAGAAAG  781

seq1  TGTGCCGTCACAGCGCTATCACTGCAGCATGCAAGAGTTTCATACGGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCGTCACAGCGCTATCACTGCAGCATGCAAGAGTTTCATACGGACA  831

seq1  CATCTTACTCTCTATCCTTCCCAGGTTTTTGTTTTGCTCTTTGTTTTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTACTCTCTATCCTTCCCAGGTTTTTGTTTTGCTCTTTGTTTTTTG  881

seq1  AGGCACGGTCTCATACAGTAAGCTGGCCTTTGAATGCATAGCAATCCTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACGGTCTCATACAGTAAGCTGGCCTTTGAATGCATAGCAATCCTCC  931

seq1  TGGATTAGCCTCCTGTGTTCCCAGTTAATAGGTGTGTACCACTGTTACCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTAGCCTCCTGTGTTCCCAGTTAATAGGTGTGTACCACTGTTACCA  981

seq1  GTTTTTATTGTGTATCTTTCAATAAAATAAGTGCCCAGGGTTGCTGGTGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTATTGTGTATCTTTCAATAAAATAAGTGCCCAGGGTTGCTGGTGC  1031

seq1  AGTCTCACCTGGAATCTCTCCGTCACTCAATGCCTGGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCACCTGGAATCTCTCCGTCACTCAATGCCTGGAATTC  1073


seq1: chr8_8387658_8388560
seq2: B6Ng01-058M23.g_67_967

seq1  GAATTCCCTTCTCATCCCAGAAGCAGGCAGGAGAATTAACTTTAAGACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTCTCATCCCAGAAGCAGGCAGGAGAATTAACTTTAAGACAG  50

seq1  AAGCTTACATTCCCAGTAATGGAGATAAGAGGCTTATCACGCCTGTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTACATTCCCAGTAATGGAGATAAGAGGCTTATCACGCCTGTAAAA  100

seq1  GTGTCCAAGTCTAGCTGTGTGCTACATCCCCATTCTAAATGAGCTGTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCAAGTCTAGCTGTGTGCTACATCCCCATTCTAAATGAGCTGTGGC  150

seq1  TCAGAGTCGGAGTGGGCTCTGGTCTGCTATCTACCTCAGGGCACACTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCGGAGTGGGCTCTGGTCTGCTATCTACCTCAGGGCACACTGGC  200

seq1  AGCGGCACACCAGGGGAAGATGAAGGTCACTAATCCCACGAAGCACACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGCACACCAGGGGAAGATGAAGGTCACTAATCCCACGAAGCACACTG  250

seq1  CTTGAAACCACGGCAATGGTTAGGATGAAGACAGTACATTTAAAAAGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAACCACGGCAATGGTTAGGATGAAGACAGTACATTTAAAAAGCCA  300

seq1  TGGTGTGGACTCACCCCCTGTTTAACACTCACGATCATCAACTTTTCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGGACTCACCCCCTGTTTAACACTCACGATCATCAACTTTTCACC  350

seq1  CAGAACCCAAGGCTCGCTCTTCTACCTATTGACCTCTGTGACTCTGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCCAAGGCTCGCTCTTCTACCTATTGACCTCTGTGACTCTGCTGA  400

seq1  GGGACATACTGGTCAGATACAGTTTGTACAAACACAGATGTTGTAGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATACTGGTCAGATACAGTTTGTACAAACACAGATGTTGTAGACAG  450

seq1  GAATTAGGTCAAAGTCCGTTGATAAATGCAAGGAATGTATATTATATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGGTCAAAGTCCGTTGATAAATGCAAGGAATGTATATTATATATA  500

seq1  CGTGTGTGTGTATACATATATATGTGTGTGTACATATATAATATATATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGTGTGTATACATATATATGTGTGTGTACATATATAATATATATAC  550

seq1  ATAAACTATTCTAGGTCTTTCAATTTTATACAGTTGCAATACATCTTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTATTCTAGGTCTTTCAATTTTATACAGTTGCAATACATCTTGGT  600

seq1  AATCTTTCCATATGAATGTGTATAGATTAAGTTTCTTTTCAAAAACTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTCCATATGAATGTGTATAGATTAAGTTTCTTTTCAAAAACTAAT  650

seq1  AAAGTATAGCTCAAATATTATAAATATGAAGAGAAATAAATAGCATAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATAGCTCAAATATTATAAATATGAAGAGAAATAAATAGCATAAAA  700

seq1  GGAACCAAATAACACAATTAGACTTCTAATTCCTGAACTCTCAGTCTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAAATAACACAATTAGACTTCTAATTCCTGAACTCTCAGTCTTAC  750

seq1  ATCTTTGTTCATAGAGATAAACACTGGTAAAGTTATGAAATAGAAACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTTCATAGAGATAAACACTGGTAAAGTTATGAAATAGAAACATA  800

seq1  AGTTAAAAATTCACAGGAGAATGTGCCTCAATGGATAAGTATTTGTCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAAATTCACAGGAGAATGTGCCTCAATGGATAAGTATTTGTCTAT  850

seq1  CATACACACAGTCCTGGATCCCTAGTGTTTCAGGGTTAAGTGGGGGGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||
seq2  CATACACACAGTCCTGGATCCCTAGTGTTTCAGG--TTAGTGGGGGGGGG  898

seq1  GGG  903
      |||
seq2  GGG  901


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |