BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062E01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 36,569,073 - 36,718,864
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMfhas1
Upstream geneLOC666746, Dusp4, LOC675578, Tnks, LOC666792, LOC666797, LOC666804, Ppp1r3b, Thex1
Downstream geneLOC100041572, Gm501, Cldn23, LOC671641, D8Ertd82e, Lonrf1, EG544878, 6430573F11Rik, Dlc1, LOC100042892
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062E01.bB6Ng01-062E01.g
ACCDH882708DH882709
length1,1861,093
definitionDH882708|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E01, 5' end.DH882709|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,569,073 - 36,570,268)(36,717,767 - 36,718,864)
sequence
gaattcctttccttcctctaaaaaaatagatgttgtgctctaaaacccaa
ttccacaaagactagaccagaggacaggagaacatgaccacatttaggaa
gccggggtgggagggataggtcagtaatatgtttaacagaaccaagaaac
cagaatcacaagttagcactggggaaagctagcccagctgtgtcacatag
caaacccttcagagccgttgccagggttttaaggtgaggagagctaagtc
aaggaagtggggcgaaagcagtggagacattggtttgaaaagaagcaagg
gacccaaatccttgctgacccagcaggcgtttgggtgcttgttctcattg
aggggaattaagggattcccccaccccaccctccttgtgggtaagcaagg
tgttcagccagattagttcccagaacagagaagctagacttcaccctcca
ggtggaagaagaaagactcttcccttggggcctctggccatctataaaga
gactacacaggtttcttaactgttttaagaacagggttggactgtgtagt
tcaggctggtcagaaactcataaacctcctgcctctgcctttaagtacca
gcattacaagtgtgagccgccatgtccggcttgctcgttgactcttagag
gagtcctaaagccactataaattgaaactggcatcagttgctaatgccta
ctgaacatcacagttgaatctagcttctgtaaacctgctttggaacacct
tttattaacctacagctggcaaaaccacctaaccagagcctacgttataa
ttaagtattgaatatctctttgtaacttagtaacactgtagggaaaatga
atacagccccccccccaagttaaaaagtcattcaggaatgcctggcacct
tctccatgtactgtactctgaaacacaagctttagattcagttagtttct
gtctacttgtgatctgcggagtccagtgaagttgcttttggtttttatct
gccacttgcgttgtcttgaacaggcttgacgcattctttgtttttccttg
agtctacgaatgcatttgtttccgggaaatattaaaagacggcagttccc
acgctaacctcactactcttgctctgcgtctcttgctctctagctaactc
agttggcagctttctttcccggttcgctgtctccta
gaattcctagcgatgagacccaggtggagacttcaggacgactccacttt
gaagtgcaaggctctaacacatacaaaataatagtgctggggccagaata
aacatctggggccagcagatggacagggctcatcctgagcttacgaatca
atcggagaaagaaggggctcaagggaagttgttggaagcagagtcaccca
tgatgaagggctctggattgggttcaaaagtaggaaacagcaggaaagtg
ccaaccaacactttcaactagctatcccctacctcttctcctgtcccaga
ctagtccagatatgatatggcttggcaaggaaccaaggccctctttagat
cccacaagagaatctaaattctgtagagtccaaaagtaagtcaccttata
tcctagagaaagcagagccaggggaaacaggaaaagaaatctttaaacaa
ccaatagcaaatatgagtgacaaattcactctgtccaaagaagaggaagg
actggtctaatagtaacaacaacaacaacaacaacactccccacaagttc
atgcaaataaaccaacatggcaactgacatcagaggactcctaaggcttc
tccaacattgctctcccctgtgtgcagagagctgctccttcctataggca
gcacaccatccacagcagcaagtgtgcatacccaggggcaatgtcccagg
accaagagctttgctcttccatgcccctattgtgtctttcaaacatacag
agggcataccctgttctcctctttggcccttgaaagtcccagacgccctc
tgaccctagttcatccatctagggggcaaaggagtagagggcccttgcct
cttcccgccattcatacagtcccatgcaccttccctctgagcgtgtgcct
gccacttggctcattttcagggctaagggtttatataaatacaaatccac
ccaagaaggaaaactatttctctttttctgctctggctaaagttcagcgc
acttggtcgagataagaagggcagtgtcagatcaaagtgttgctgagaag
ctgggtaggggggtagaccaagtcttcctcctccccctcagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_36569073_36570268
seq2: B6Ng01-062E01.b_47_1232

seq1  GAATTCCTTTCCTTCCTCTAAAAAAATAGATGTTGTGCTCTAAAACCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTCCTTCCTCTAAAAAAATAGATGTTGTGCTCTAAAACCCAA  50

seq1  TTCCACAAAGACTAGACCAGAGGACAGGAGAACATGACCACATTTAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACAAAGACTAGACCAGAGGACAGGAGAACATGACCACATTTAGGAA  100

seq1  GCCGGGGTGGGAGGGATAGGTCAGTAATATGTTTAACAGAACCAAGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGGTGGGAGGGATAGGTCAGTAATATGTTTAACAGAACCAAGAAAC  150

seq1  CAGAATCACAAGTTAGCACTGGGGAAAGCTAGCCCAGCTGTGTCACATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCACAAGTTAGCACTGGGGAAAGCTAGCCCAGCTGTGTCACATAG  200

seq1  CAAACCCTTCAGAGCCGTTGCCAGGGTTTTAAGGTGAGGAGAGCTAAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCTTCAGAGCCGTTGCCAGGGTTTTAAGGTGAGGAGAGCTAAGTC  250

seq1  AAGGAAGTGGGGCGAAAGCAGTGGAGACATTGGTTTGAAAAGAAGCAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTGGGGCGAAAGCAGTGGAGACATTGGTTTGAAAAGAAGCAAGG  300

seq1  GACCCAAATCCTTGCTGACCCAGCAGGCGTTTGGGTGCTTGTTCTCATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAAATCCTTGCTGACCCAGCAGGCGTTTGGGTGCTTGTTCTCATTG  350

seq1  AGGGGAATTAAGGGATTCCCCCACCCCACCCTCCTTGTGGGTAAGCAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAATTAAGGGATTCCCCCACCCCACCCTCCTTGTGGGTAAGCAAGG  400

seq1  TGTTCAGCCAGATTAGTTCCCAGAACAGAGAAGCTAGACTTCACCCTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAGCCAGATTAGTTCCCAGAACAGAGAAGCTAGACTTCACCCTCCA  450

seq1  GGTGGAAGAAGAAAGACTCTTCCCTTGGGGCCTCTGGCCATCTATAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAAGAAGAAAGACTCTTCCCTTGGGGCCTCTGGCCATCTATAAAGA  500

seq1  GACTACACAGGTTTCTTAACTGTTTTAAGAACAGGGTTGGACTGTGTAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACACAGGTTTCTTAACTGTTTTAAGAACAGGGTTGGACTGTGTAGT  550

seq1  TCAGGCTGGTCAGAAACTCATAAACCTCCTGCCTCTGCCTTTAAGTACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTGGTCAGAAACTCATAAACCTCCTGCCTCTGCCTTTAAGTACCA  600

seq1  GCATTACAAGTGTGAGCCGCCATGTCCGGCTTGCTCGTTGACTCTTAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACAAGTGTGAGCCGCCATGTCCGGCTTGCTCGTTGACTCTTAGAG  650

seq1  GAGTCCTAAAGCCACTATAAATTGAAACTGGCATCAGTTGCTAATGCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTAAAGCCACTATAAATTGAAACTGGCATCAGTTGCTAATGCCTA  700

seq1  CTGAACATCACAGTTGAATCTAGCTTCTGTAAACCTGC-TTGGAACACC-  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CTGAACATCACAGTTGAATCTAGCTTCTGTAAACCTGCTTTGGAACACCT  750

seq1  TTTATTAACCTACAGCTGGCAAAACCACCTAACCAGAGCCTACGTTATAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAACCTACAGCTGGCAAAACCACCTAACCAGAGCCTACGTTATAA  800

seq1  TTAAGTATTGAATATCTC-TTGTAACTTAGTAACACTGTAGGGAAAATGA  847
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTATTGAATATCTCTTTGTAACTTAGTAACACTGTAGGGAAAATGA  850

seq1  ATACAGCCCCCCCCCCAAGTTAAAAAGTCATTCAGGAATGCCTGGCACCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCCCCCCCCCCAAGTTAAAAAGTCATTCAGGAATGCCTGGCACCT  900

seq1  TCTCCATGTCACTGTACTCTGAAACACAAGCTTTAGATTCAGGTTAGTTT  947
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTCCATGT-ACTGTACTCTGAAACACAAGCTTTAGATTCA-GTTAGTTT  948

seq1  CTGTCTACTTGTGACCTGCGGAGTCCAGTGAAGTTGCTTTTGGTTTTTAT  997
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTACTTGTGATCTGCGGAGTCCAGTGAAGTTGCTTTTGGTTTTTAT  998

seq1  CTG-CACTTGCGTTGTCTTGAACAGGGCTTGACGGCATTCTTTGTTTTCC  1046
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
seq2  CTGCCACTTGCGTTGTCTTGAACA-GGCTTGAC-GCATTCTTTGTTTTTC  1046

seq1  CTTTGAGTCCTACGAATGCATTTGTTT-CGGGAAATATTAAAAAGAACGG  1095
      | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||
seq2  C-TTGAGT-CTACGAATGCATTTGTTTCCGGGAAATATTAAAA--GACGG  1092

seq1  CAGTTCCCACGCTACACCCAGCTACTCTCTGCCCTGCGGTCTCTCTGC-C  1144
      |||||||||||||| |||   ||||||| ||| |||| |||||| ||| |
seq2  CAGTTCCCACGCTA-ACCTCACTACTCT-TGCTCTGC-GTCTCT-TGCTC  1138

seq1  TCTAGCTAGCCCCAGTTGGCAGTCTTCCCTTCCCCGGTTCGCCTGTCTCC  1194
      ||||||||  | ||||||||||  ||  ||| ||||||||| ||||||||
seq2  TCTAGCTA-ACTCAGTTGGCAGCTTT--CTTTCCCGGTTCG-CTGTCTCC  1184

seq1  TA  1196
      ||
seq2  TA  1186

seq1: chr8_36717767_36718864
seq2: B6Ng01-062E01.g_66_1158 (reverse)

seq1  GACTGAGGGGTGGGTGGAAGACTCTGCTCTTTCCCCCCCTACCCAGCCTC  50
      ||||||||||  || |||||||| || ||  | |||||||||||||| ||
seq2  GACTGAGGGGGAGGAGGAAGACT-TGGTC--TACCCCCCTACCCAGCTTC  47

seq1  TCAGC-ACACTTTGATCTG-CACTGCCTGTCTAATCCTCCGCCAAGTGCG  98
      ||||| ||||||||||||| |||||||  ||| || |||  |||||||||
seq2  TCAGCAACACTTTGATCTGACACTGCCCTTCTTAT-CTCGACCAAGTGCG  96

seq1  CTGGAACTTTAGCCAGAGCAGGAAAAAGAGAAATAGTTTTCCTTTCTTGG  148
      || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CT-GAACTTTAGCCAGAGCA-GAAAAAGAGAAATAGTTTTCC-TTCTTGG  143

seq1  GTGGATTTGTATTTATATAAACCCTTAGCCCTGAAAATGAGCCAAGTGGC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATTTGTATTTATATAAACCCTTAGCCCTGAAAATGAGCCAAGTGGC  193

seq1  AGGCACACGCTCAGAGGGAAGGTGCATGGGACTGTATGAATGGCGGGAAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACACGCTCAGAGGGAAGGTGCATGGGACTGTATGAATGGCGGGAAG  243

seq1  AGGCAAGGGCCCTCTACTCCTTTGCCCCCTAGATGGATGAACTAGGGTCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGGGCCCTCTACTCCTTTGCCCCCTAGATGGATGAACTAGGGTCA  293

seq1  GAGGGCGTCTGGGACTTTCAAGGGCCAAAGAGGAGAACAGGGTATGCCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCGTCTGGGACTTTCAAGGGCCAAAGAGGAGAACAGGGTATGCCCT  343

seq1  CTGTATGTTTGAAAGACACAATAGGGGCATGGAAGAGCAAAGCTCTTGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGTTTGAAAGACACAATAGGGGCATGGAAGAGCAAAGCTCTTGGT  393

seq1  CCTGGGACATTGCCCCTGGGTATGCACACTTGCTGCTGTGGATGGTGTGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGACATTGCCCCTGGGTATGCACACTTGCTGCTGTGGATGGTGTGC  443

seq1  TGCCTATAGGAAGGAGCAGCTCTCTGCACACAGGGGAGAGCAATGTTGGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATAGGAAGGAGCAGCTCTCTGCACACAGGGGAGAGCAATGTTGGA  493

seq1  GAAGCCTTAGGAGTCCTCTGATGTCAGTTGCCATGTTGGTTTATTTGCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTTAGGAGTCCTCTGATGTCAGTTGCCATGTTGGTTTATTTGCAT  543

seq1  GAACTTGTGGGGAGTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTACTATTAGACCAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGTGGGGAGTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTACTATTAGACCAGT  593

seq1  CCTTCCTCTTCTTTGGACAGAGTGAATTTGTCACTCATATTTGCTATTGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTCTTCTTTGGACAGAGTGAATTTGTCACTCATATTTGCTATTGG  643

seq1  TTGTTTAAAGATTTCTTTTCCTGTTTCCCCTGGCTCTGCTTTCTCTAGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAAAGATTTCTTTTCCTGTTTCCCCTGGCTCTGCTTTCTCTAGGA  693

seq1  TATAAGGTGACTTACTTTTGGACTCTACAGAATTTAGATTCTCTTGTGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGTGACTTACTTTTGGACTCTACAGAATTTAGATTCTCTTGTGGG  743

seq1  ATCTAAAGAGGGCCTTGGTTCCTTGCCAAGCCATATCATATCTGGACTAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAGAGGGCCTTGGTTCCTTGCCAAGCCATATCATATCTGGACTAG  793

seq1  TCTGGGACAGGAGAAGAGGTAGGGGATAGCTAGTTGAAAGTGTTGGTTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGACAGGAGAAGAGGTAGGGGATAGCTAGTTGAAAGTGTTGGTTGG  843

seq1  CACTTTCCTGCTGTTTCCTACTTTTGAACCCAATCCAGAGCCCTTCATCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCCTGCTGTTTCCTACTTTTGAACCCAATCCAGAGCCCTTCATCA  893

seq1  TGGGTGACTCTGCTTCCAACAACTTCCCTTGAGCCCCTTCTTTCTCCGAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGACTCTGCTTCCAACAACTTCCCTTGAGCCCCTTCTTTCTCCGAT  943

seq1  TGATTCGTAAGCTCAGGATGAGCCCTGTCCATCTGCTGGCCCCAGATGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCGTAAGCTCAGGATGAGCCCTGTCCATCTGCTGGCCCCAGATGTT  993

seq1  TATTCTGGCCCCAGCACTATTATTTTGTATGTGTTAGAGCCTTGCACTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGGCCCCAGCACTATTATTTTGTATGTGTTAGAGCCTTGCACTTC  1043

seq1  AAAGTGGAGTCGTCCTGAAGTCTCCACCTGGGTCTCATCGCTAGGAATTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGAGTCGTCCTGAAGTCTCCACCTGGGTCTCATCGCTAGGAATTC  1093