BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062I02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 105,626,184 - 105,738,470
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCdh11, EG667618, LOC100041368
Downstream gene1600027J07Rik, LOC100041397, LOC667656, Cdh5, Bean
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062I02.bB6Ng01-062I02.g
ACCDH882879DH882880
length1,1251,127
definitionDH882879|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062I02, 5' end.DH882880|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062I02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,626,184 - 105,627,333)(105,737,336 - 105,738,470)
sequence
gaattctgcttagtaccctaaatataagaacccagagaaatggagcatcg
catcacctaagcagcaagcaggaagttcattgctgcatgtagataacaca
gcaacaaagggcggcagaactaaccttaaggttagccagcaggagggccc
gaacaccattgcttaagaccctctatagctttcctatattgtttctctaa
gcccagggtcccccacatttctatcaaatacaaaccatagggtagattga
catatatgttacatttctttacattttgggaatgagggcttccacatttg
caaagacatacctgcacagatcacactacccaactaggcagatgtcaaat
gtgatccaggctaatttcatcagacacatacaataccattcttctagtat
ctatagctgcagttggataactgagtcttactatgatttagacatgcaac
atctgccatgagctcagcatttaaatgctactatagttggtggtactaac
tgggaaaggtctggaaccttacaaggctgcccagccctcctccgccgtct
ctcctccatgctgtgaactgctttactctgctttgccaagccttctccac
tgtggtgaattaaaggttctgaaatctgagcggaaaatcaatcctttctc
tcgaagttgtctacctcaggtattttagtcacagtgacacaaagcaacta
agacaaatctattacctgaccaaagaaagggataatcctcaggcaaaaga
catagtcatcatgaaagcattccgcatggccttttgaaatacacacagct
ggcctggatttccatgtaagctttccaatggcaataacaaagcaggaaac
cagggtctgtttacaggattcttgatatctgcaacaaaatgggaagttga
ggggagggagacagtgagttaatcctaggaagcccagatttcccttgcaa
tgataccagagatctctttcagctggagtctatccacattcagaagcaga
ttccagaaatcagactcacagtcagaagagatcatcatgtcgaaacagtg
catgcgattctcttaccatctacatcaatctcggtgctgcatgtgttcac
cagattcgaaatatctctgctgaaa
gaattcattaaagattgctaaattatgcttatcaggctagctatgtttta
agataagttttaaatatttgttttatattgcattgtttgatcataaaagt
atgtataaaattacttttaaaaattgctaattagaatgtgggtgcatttt
tcctcccttcacacttaagtgggacacttaactaatcaatttaatatatg
ttcagcgctgggatgagatgagaaaagattacttatgactggttgagatt
atttatgactagatttggtccatgaaacattcccaggtcccctgcgaatg
aggcaccactgggctgcttttggtgtaatggtccagctgctgtgcagatt
ggcactgcttagaaaccgttttcaccaggctcttgtggattctgaatttt
cagttacctttgtgtggaaaggacttgcatcgttccaatgagcaatgtca
cccaggaaatcactatgtgagatagaatatgacagatagatagatagata
gatagatagatagatagatagatagatagatagattagacagatagacag
atagatggatagatagatatgccaacatagtcctaatctacaggatcctg
tcgttgggagggatgagagagttactcaacaaacatccattggaatttgc
cagctttctaggtgccggatactgaggatcccatagagaacacttattgg
tacaagctgcagatgtcctaaatctacatagttttatgatactacagagg
aaaatagtgggagaatcccttgggatgatgcatctgagtattactgtaca
ctggaaacacagacatagacacatgcacacacacatatgcatgtacatat
atacacatagacccaggcaggcacacacacacatacacacacacacacac
acacacacaccacactccacagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagagagagaaccctggagagcccttatatacagaaaag
tatataatatatatatgaagcattaagaaaagtataaactggatcttccg
ggaaacaaataactaagggccaggatttattggtcattactcatttacct
tggtgcccttacggcggtttcttacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_105626184_105627333
seq2: B6Ng01-062I02.b_45_1169

seq1  GAATTCTGCTTAGTACCCTAAATATAAGAACCCAGAGAAATGGAGCATCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTTAGTACCCTAAATATAAGAACCCAGAGAAATGGAGCATCG  50

seq1  CATCACCTAAGCAGCAAGCAGGAAGTTCATTGCTGCATGTAGATAACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCTAAGCAGCAAGCAGGAAGTTCATTGCTGCATGTAGATAACACA  100

seq1  GCAACAAAGGGCGGCAGAACTAACCTTAAGGTTAGCCAGCAGGAGGGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAAGGGCGGCAGAACTAACCTTAAGGTTAGCCAGCAGGAGGGCCC  150

seq1  GAACACCATTGCTTAAGACCCTCTATAGCTTTCCTATATTGTTTCTCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCATTGCTTAAGACCCTCTATAGCTTTCCTATATTGTTTCTCTAA  200

seq1  GCCCAGGGTCCCCCACATTTCTATCAAATACAAACCATAGGGTAGATTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGGTCCCCCACATTTCTATCAAATACAAACCATAGGGTAGATTGA  250

seq1  CATATATGTTACATTTCTTTACATTTTGGGAATGAGGGCTTCCACATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGTTACATTTCTTTACATTTTGGGAATGAGGGCTTCCACATTTG  300

seq1  CAAAGACATACCTGCACAGATCACACTACCCAACTAGGCAGATGTCAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACATACCTGCACAGATCACACTACCCAACTAGGCAGATGTCAAAT  350

seq1  GTGATCCAGGCTAATTTCATCAGACACATACAATACCATTCTTCTAGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCCAGGCTAATTTCATCAGACACATACAATACCATTCTTCTAGTAT  400

seq1  CTATAGCTGCAGTTGGATAACTGAGTCTTACTATGATTTAGACATGCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCTGCAGTTGGATAACTGAGTCTTACTATGATTTAGACATGCAAC  450

seq1  ATCTGCCATGAGCTCAGCATTTAAATGCTACTATAGTTGGTGGTACTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCATGAGCTCAGCATTTAAATGCTACTATAGTTGGTGGTACTAAC  500

seq1  TGGGAAAGGTCTGGAACCTTACAAGGCTGCCCAGCCCTCCTCCGCCGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAGGTCTGGAACCTTACAAGGCTGCCCAGCCCTCCTCCGCCGTCT  550

seq1  CTCCTCCATGCTGTGAACTGCTTTACTCTGCTTTGCCAAGCCTTCTCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCATGCTGTGAACTGCTTTACTCTGCTTTGCCAAGCCTTCTCCAC  600

seq1  TGTGGTGAATTAAAGGTTCTGAAATCTGAGCGGAAAATCAATCCTTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGAATTAAAGGTTCTGAAATCTGAGCGGAAAATCAATCCTTTCTC  650

seq1  TCGAAGTTGTCTACCTCAGGTATTTTAGTCACAGTGACACAAAGCAACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAGTTGTCTACCTCAGGTATTTTAGTCACAGTGACACAAAGCAACTA  700

seq1  AGACAAATCTATTACCTGACCAAAGAAAGGGATAATCCTCAGGCAAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATCTATTACCTGACCAAAGAAAGGGATAATCCTCAGGCAAAAGA  750

seq1  CATAGTCATCATGAAAGCATTCCGCATGGCCTTTTGAAATACACACAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCATCATGAAAGCATTCCGCATGGCCTTTTGAAATACACACAGCT  800

seq1  GGCCTGGATTTCCATGTAAGCTTTCCAATGGCAATAACAAAGCAGGAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGATTTCCATGTAAGCTTTCCAATGGCAATAACAAAGCAGGAAAC  850

seq1  CAGGGTCTGTTTACAGGATTCTTGATATCTGCAACAAAATGGGAAGTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCTGTTTACAGGATTCTTGATATCTGCAACAAAATGGGAAGTTGA  900

seq1  GGGGAGGGAGACAGTGAGTTAATCCTAGGAAGCCCAGATTTCCCTTGCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGGAGACAGTGAGTTAATCCTAGGAAGCCCAGATTTCCCTTGCAA  950

seq1  TGATACCAGAGATCTCTTTCAGCTGGAGTCTATCCACATTCAGGAAGCAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TGATACCAGAGATCTCTTTCAGCTGGAGTCTATCCACATTCA-GAAGCA-  998

seq1  GATTCCAGAAAATCAGACTCACAGCCAGGAAGAGATCCATTCTATGTCCG  1050
      |||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||   |||| ||
seq2  GATTCCAG-AAATCAGACTCACAGTCA-GAAGAGAT-CAT--CATGT-CG  1042

seq1  AAACAGTGGCATGCCGATTTCTCTTTACCCATCCTACATTCAATCTCCGT  1100
      ||||||| ||||| ||| |||||||   |||| ||||| |||||||| ||
seq2  AAACAGT-GCATG-CGA-TTCTCTT--ACCAT-CTACA-TCAATCTCGGT  1085

seq1  GTGGTCTGGCCATGTGTCTCACCCAAGATTCCAAAATATCTCTGCTGAAA  1150
      |    |||  ||||||| |||||  ||||| | |||||||||||||||||
seq2  G----CTG--CATGTGT-TCACC--AGATT-CGAAATATCTCTGCTGAAA  1125

seq1: chr8_105737336_105738470
seq2: B6Ng01-062I02.g_67_1193 (reverse)

seq1  ATGTAAGAAAACTGCAGTAAGAGGCTACAAGGT-AATGAGGTAATGACCA  49
      ||||||| |||| || ||||| |||  |||||| ||||| ||||||||||
seq2  ATGTAAG-AAACCGCCGTAAG-GGCACCAAGGTAAATGA-GTAATGACCA  47

seq1  ATTAAATCATGGGCCTTAGTTACTCTGTGT-CCTGAAGATCCAGGTCTAT  98
      | |||||| ||| ||||||||| | ||| | || ||||||||| || |||
seq2  A-TAAATCCTGGCCCTTAGTTA-TTTGTTTCCCGGAAGATCCA-GTTTAT  94

seq1  ACTTTTACTTAATGCTTCATATATATA-TATATACTTATCCTGTATATAA  147
      |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |
seq2  ACTTTT-CTTAATGCTTCATATATATATTATATACTT-TTCTGTATAT-A  141

seq1  AGGGCTCT-CAGGGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  196
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCTCCAGGGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  191

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  246
      |||||||||||||||| ||   | ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTGTG---GAGTGTG-GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  237

seq1  GTGTGTATGTGTGTGTGTGCCTGCCTGGGTCTATGTGTATATATGTACAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTGTGTGTGTGCCTGCCTGGGTCTATGTGTATATATGTACAT  287

seq1  GCATATGTGTGTGTGCATGTGTCTATGTCTGTGTTTCCAGTGTACAGTAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTGTGTGTGCATGTGTCTATGTCTGTGTTTCCAGTGTACAGTAA  337

seq1  TACTCAGATGCATCATCCCAAGGGATTCT-CCACTATTTTCCTCTGTAGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGATGCATCATCCCAAGGGATTCTCCCACTATTTTCCTCTGTAGT  387

seq1  ATCATAAAACTATGTAGATTTAGGACATCTGCAGCTTGTACCAATAAGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAAACTATGTAGATTTAGGACATCTGCAGCTTGTACCAATAAGTG  437

seq1  TTCTCTATGGGATCCTCAGTATCCGGCACCTAGAAAGCTGGCAAATTCCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTATGGGATCCTCAGTATCCGGCACCTAGAAAGCTGGCAAATTCCA  487

seq1  ATGGATGTTTGTTGAGTAACTCTCTCATCCCTCCCAACGACAGGATCCTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTTTGTTGAGTAACTCTCTCATCCCTCCCAACGACAGGATCCTG  537

seq1  TAGATTAGGACTATGTTGGCATATCTATCTATCCATCTATCTGTCTATCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTAGGACTATGTTGGCATATCTATCTATCCATCTATCTGTCTATCT  587

seq1  GTCTAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  637

seq1  TCTATCTGTCATATTCTATCTCACATAGTGATTTCCTGGGTGACATTGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTGTCATATTCTATCTCACATAGTGATTTCCTGGGTGACATTGCT  687

seq1  CATTGGAACGATGCAAGTCCTTTCCACACAAAGGTAACTGAAAATTCAGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGAACGATGCAAGTCCTTTCCACACAAAGGTAACTGAAAATTCAGA  737

seq1  ATCCACAAGAGCCTGGTGAAAACGGTTTCTAAGCAGTGCCAATCTGCACA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACAAGAGCCTGGTGAAAACGGTTTCTAAGCAGTGCCAATCTGCACA  787

seq1  GCAGCTGGACCATTACACCAAAAGCAGCCCAGTGGTGCCTCATTCGCAGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGGACCATTACACCAAAAGCAGCCCAGTGGTGCCTCATTCGCAGG  837

seq1  GGACCTGGGAATGTTTCATGGACCAAATCTAGTCATAAATAATCTCAACC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGGGAATGTTTCATGGACCAAATCTAGTCATAAATAATCTCAACC  887

seq1  AGTCATAAGTAATCTTTTCTCATCTCATCCCAGCGCTGAACATATATTAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATAAGTAATCTTTTCTCATCTCATCCCAGCGCTGAACATATATTAA  937

seq1  ATTGATTAGTTAAGTGTCCCACTTAAGTGTGAAGGGAGGAAAAATGCACC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTAGTTAAGTGTCCCACTTAAGTGTGAAGGGAGGAAAAATGCACC  987

seq1  CACATTCTAATTAGCAATTTTTAAAAGTAATTTTATACATACTTTTATGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCTAATTAGCAATTTTTAAAAGTAATTTTATACATACTTTTATGA  1037

seq1  TCAAACAATGCAATATAAAACAAATATTTAAAACTTATCTTAAAACATAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAATGCAATATAAAACAAATATTTAAAACTTATCTTAAAACATAG  1087

seq1  CTAGCCTGATAAGCATAATTTAGCAATCTTTAATGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCTGATAAGCATAATTTAGCAATCTTTAATGAATTC  1127