BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062I05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 95,234,919 - 95,363,123
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041325, Mmp2
Upstream geneIrx3, 4933436C20Rik, Irx5, Irx6
Downstream geneAytl1, Capns2, LOC100040752, Slc6a2, EG244595, LOC382044, Es1, LOC676523, Ces3, Es22, AU018778, Ces1, 2310039D24Rik, Ces7, Gnao1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062I05.bB6Ng01-062I05.g
ACCDH882885DH882886
length9681,075
definitionDH882885|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062I05, 5' end.DH882886|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062I05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,362,156 - 95,363,123)(95,234,919 - 95,236,005)
sequence
gaattcaagagagaaataagacaggcatcaagacttgcttaataggaagg
aggtttgggggaggacaactccagggtagagctaaaagttctagaagtgg
cacatattggtttttcccttgtgctgagagtgctgttgcttttgagtagg
ccagtcagcatcctcttgccttttcccaatgatggctgcatgtggtatga
gggcgagagaaaggggcatctgcttcaagtcccatctgtgaaaaagcatg
ctttttagccctttgtgagagttgacacaaaacctgctgctcaggatctc
aaagaagaagagtgagagggagagtctggcctcagggtttcaccatttct
tcccagggaaggaagtaaaagccactcccctgggaatgcagcttgatgat
ataacattcgcctagtgtatgccagcaaatccagtcccatggggaaactg
aaacaaaacatattcatgcctgtatggcttgctcaggcttggccatggag
agcaggcaaatcgtgtgccacaccctccgtgctgtgactcaattatccca
caagccccactacaataacaataacaataacaacaacaacaacaataata
atgatgatgatgatgatagtataaaatagaattctgtccctggttaccta
ggacatgccatcttatttgcagacatcaccaaaatggaagccagagccaa
gaatgatatatctaactataattccagtgcttgacatgctgaagtagggt
tgtgagcttaagacgaatctgggctgcatagtgaaaccctgtctcaaata
gatgaatcagttaaaatgctaccctcattgcagccaacgagcccttaacc
cactgtggattacaacctcttaggaagagagacaaagggaccgataggga
ccagagagtgacatataatggctgaagcgggcaataggtgatacaggcat
gggggtggggggtagggg
gaattccatatctaaagctaggctactgtgcagaccccagtctgcttaac
aacttaggcctgaaagtctatagaggtcagagagtttctgcttggctagg
atggtcagtgctcacacttaactgatgcttccagaatacctccttttcac
tgagaaaactcgaccctggcttggaagaggtttcttggttctataatctt
gctctctctctcattctaatgctcttcctcaatcattcatcaccaacaag
ggcttgggttttctgtgaaggagctgataagccccgggtaacatggacta
agcctctatttgtgcttttgaaatacttcaagacactgcaaatctgtctt
cagaagcattagctttccaggcatatgcctagcatctaacttcagttgaa
tggtgtagcacaaagatatgacagagacttctgtaaagattttgtatgtg
cttctctttattaactaagctgttctccctgaaggtcaatagctccctcg
gtttcttaagaaaataaggaaatgcctgtgattctgattccagtggcttt
tgtaaagcagggggctggctagacaggcagagctgagattgttcatttct
cctcctcttatctgatcctggacctggaaatagttatatatatgtatata
actattaaatataatatataaaatatatatatacacatacatatatatac
atatatatatacatatataactatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtataaca
ccacaccctttcttcctgctggtcgctccccctttgctccctctagattc
agggtccgcctgtactcagcattctttagttgcttgtagttcttttttct
gggtatgaggccccatgaaaattcccccttccatattaactatatataga
taattggtattgtactcacttaggcagctctatattgaggcaccatggat
gaaacttttcctgcatttctggggagtataacctcacagcaggtcttgtg
ctctaattattaatatttctgactcctcttcccatgttcctgagctctgg
gtgcaaagtgggttgaagcatattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_95362156_95363123
seq2: B6Ng01-062I05.b_48_1015 (reverse)

seq1  CCCCTA-CCCCCACCCCCATGCCTGTATCACCTTATTGCCCGCTTCAGCC  49
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCCCTACCCCCCACCCCCATGCCTGTATCACC-TATTGCCCGCTTCAGCC  49

seq1  ATTATATGTCACTCTCTGGTCCCTATCGGTCCCTTTGTCTCTCTTCCTAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATGTCACTCTCTGGTCCCTATCGGTCCCTTTGTCTCTCTTCCTAA  99

seq1  GAGGTTGTAATCCACAGTGGGTTAAGGGCTCGTTGGCTGCAATGAGGGTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGTAATCCACAGTGGGTTAAGGGCTCGTTGGCTGCAATGAGGGTA  149

seq1  GCATTTTAACTGATTCATCTATTTGAGACAGGGTTTCACTATGCAGCCCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTAACTGATTCATCTATTTGAGACAGGGTTTCACTATGCAGCCCA  199

seq1  GATTCGTCTTAAGCTCACAACCCTACTTCAGCATGTCAAGCACTGGAATT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGTCTTAAGCTCACAACCCTACTTCAGCATGTCAAGCACTGGAATT  249

seq1  ATAGTTAGATATATCATTCTTGGCTCTGGCTTCCATTTTGGTGATGTCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTAGATATATCATTCTTGGCTCTGGCTTCCATTTTGGTGATGTCTG  299

seq1  CAAATAAGATGGCATGTCCTAGGTAACCAGGGACAGAATTCTATTTTATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAGATGGCATGTCCTAGGTAACCAGGGACAGAATTCTATTTTATA  349

seq1  CTATCATCATCATCATCATTATTATTGTTGTTGTTGTTGTTATTGTTATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCATCATCATCATCATTATTATTGTTGTTGTTGTTGTTATTGTTATT  399

seq1  GTTATTGTAGTGGGGCTTGTGGGATAATTGAGTCACAGCACGGAGGGTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGTAGTGGGGCTTGTGGGATAATTGAGTCACAGCACGGAGGGTGT  449

seq1  GGCACACGATTTGCCTGCTCTCCATGGCCAAGCCTGAGCAAGCCATACAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACGATTTGCCTGCTCTCCATGGCCAAGCCTGAGCAAGCCATACAG  499

seq1  GCATGAATATGTTTTGTTTCAGTTTCCCCATGGGACTGGATTTGCTGGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAATATGTTTTGTTTCAGTTTCCCCATGGGACTGGATTTGCTGGCA  549

seq1  TACACTAGGCGAATGTTATATCATCAAGCTGCATTCCCAGGGGAGTGGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTAGGCGAATGTTATATCATCAAGCTGCATTCCCAGGGGAGTGGCT  599

seq1  TTTACTTCCTTCCCTGGGAAGAAATGGTGAAACCCTGAGGCCAGACTCTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTCCTTCCCTGGGAAGAAATGGTGAAACCCTGAGGCCAGACTCTC  649

seq1  CCTCTCACTCTTCTTCTTTGAGATCCTGAGCAGCAGGTTTTGTGTCAACT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCACTCTTCTTCTTTGAGATCCTGAGCAGCAGGTTTTGTGTCAACT  699

seq1  CTCACAAAGGGCTAAAAAGCATGCTTTTTCACAGATGGGACTTGAAGCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAAGGGCTAAAAAGCATGCTTTTTCACAGATGGGACTTGAAGCAG  749

seq1  ATGCCCCTTTCTCTCGCCCTCATACCACATGCAGCCATCATTGGGAAAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCTTTCTCTCGCCCTCATACCACATGCAGCCATCATTGGGAAAAG  799

seq1  GCAAGAGGATGCTGACTGGCCTACTCAAAAGCAACAGCACTCTCAGCACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGGATGCTGACTGGCCTACTCAAAAGCAACAGCACTCTCAGCACA  849

seq1  AGGGAAAAACCAATATGTGCCACTTCTAGAACTTTTAGCTCTACCCTGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAAACCAATATGTGCCACTTCTAGAACTTTTAGCTCTACCCTGGA  899

seq1  GTTGTCCTCCCCCAAACCTCCTTCCTATTAAGCAAGTCTTGATGCCTGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCCTCCCCCAAACCTCCTTCCTATTAAGCAAGTCTTGATGCCTGTC  949

seq1  TTATTTCTCTCTTGAATTC  968
      |||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTCTCTTGAATTC  968

seq1: chr8_95234919_95236005
seq2: B6Ng01-062I05.g_67_1141

seq1  GAATTCCATATCTAAAGCTAGGCTACTGTGCAGACCCCAGTCTGCTTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATCTAAAGCTAGGCTACTGTGCAGACCCCAGTCTGCTTAAC  50

seq1  AACTTAGGCCTGAAAGTCTATAGAGGTCAGAGAGTTTCTGCTTGGCTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAGGCCTGAAAGTCTATAGAGGTCAGAGAGTTTCTGCTTGGCTAGG  100

seq1  ATGGTCAGTGCTCACACTTAACTGATGCTTCCAGAATACCTCCTTTTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCAGTGCTCACACTTAACTGATGCTTCCAGAATACCTCCTTTTCAC  150

seq1  TGAGAAAACTCGACCCTGGCTTGGAAGAGGTTTCTTGGTTCTATAATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAACTCGACCCTGGCTTGGAAGAGGTTTCTTGGTTCTATAATCTT  200

seq1  GCTCTCTCTCTCATTCTAATGCTCTTCCTCAATCATTCATCACCAACAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTCTCTCATTCTAATGCTCTTCCTCAATCATTCATCACCAACAAG  250

seq1  GGCTTGGGTTTTCTGTGAAGGAGCTGATAAGCCCCGGGTAACATGGACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGGTTTTCTGTGAAGGAGCTGATAAGCCCCGGGTAACATGGACTA  300

seq1  AGCCTCTATTTGTGCTTTTGAAATACTTCAAGACACTGCAAATCTGTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTATTTGTGCTTTTGAAATACTTCAAGACACTGCAAATCTGTCTT  350

seq1  CAGAAGCATTAGCTTTCCAGGCATATGCCTAGCATCTAACTTCAGTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCATTAGCTTTCCAGGCATATGCCTAGCATCTAACTTCAGTTGAA  400

seq1  TGGTGTAGCACAAAGATATGACAGAGACTTCTGTAAAGATTTTGTATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTAGCACAAAGATATGACAGAGACTTCTGTAAAGATTTTGTATGTG  450

seq1  CTTCTCTTTATTAACTAAGCTGTTCTCCCTGAAGGTCAATAGCTCCCTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTTATTAACTAAGCTGTTCTCCCTGAAGGTCAATAGCTCCCTCG  500

seq1  GTTTCTTAAGAAAATAAGGAAATGCCTGTGATTCTGATTCCAGTGGCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTAAGAAAATAAGGAAATGCCTGTGATTCTGATTCCAGTGGCTTT  550

seq1  TGTAAAGCAGGGGGCTGGCTAGACAGGCAGAGCTGAGATTGTTCATTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGCAGGGGGCTGGCTAGACAGGCAGAGCTGAGATTGTTCATTTCT  600

seq1  CCTCCTCTTATCTGATCCTGGACCTGGAAATAGTTATATATATGTATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCTTATCTGATCCTGGACCTGGAAATAGTTATATATATGTATATA  650

seq1  ACTATTAAATATAATATATAAAATATATATATACACATACATATATATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTAAATATAATATATAAAATATATATATACACATACATATATATAC  700

seq1  ATATATATATACATATATAACTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATACATATATAACTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATAACA  750

seq1  CCACACCCTTTCTTCCTGCTGGTCTCTCCCCCTTTGCTCCCTCTAAAATT  800
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||
seq2  CCACACCCTTTCTTCCTGCTGGTCGCTCCCCCTTTGCTCCCTCT-AGATT  799

seq1  CATGGTCCTCCTGTACTCAGCATTCTTTAGTTGCTTGTAGTTC-TTTTTC  849
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGGGTCCGCCTGTACTCAGCATTCTTTAGTTGCTTGTAGTTCTTTTTTC  849

seq1  TGGGTATGAGGCCCCATGAAAATTCCCCCTTCCATATTAACTATATATTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGGTATGAGGCCCCATGAAAATTCCCCCTTCCATATTAACTATATA-TA  898

seq1  GATAATTGGTATTGTACTCACTTAGGCAGCCATATTATTGAGGCACCATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||
seq2  GATAATTGGTATTGTACTCACTTAGGCAGCTCTA-TATTGAGGCACCATG  947

seq1  GATGAAAC-TTTCCTGCCATTTCTGGGGAGTATAACCTCACAGCAGGTTC  998
      |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GATGAAACTTTTCCTG-CATTTCTGGGGAGTATAACCTCACAGCAGG-TC  995

seq1  TTGGTGCTCTAATTATTTAAATATTTCTGACCCCTCTTCCCCAGTGTTCC  1048
      || ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||   |||| |
seq2  TT-GTGCTCTAATTATT--AATATTTCTGACTCCTCTTCCC--ATGTT-C  1039

seq1  CTGAGCCTTGGGTGCAGAAGTTGTGTTGAAGCTATATTC  1087
      ||||||  |||||||| ||| || |||||||| ||||||
seq2  CTGAGCTCTGGGTGCA-AAG-TGGGTTGAAGC-ATATTC  1075