BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066A20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 7,665,784 - 7,797,095
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665127, EG546032
Downstream geneLOC100039836, Efnb2, 9430010O03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066A20.bB6Ng01-066A20.g
ACCDH885342DH885343
length1,133935
definitionDH885342|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066A20, 5' end.DH885343|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066A20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,665,784 - 7,666,934)(7,796,163 - 7,797,095)
sequence
gaattcctacataaagatctctgcaactttcagagttctaaacctatgat
ctttgactactttcaaagttcattcaattcggccagtatcacccagaaaa
atctctaaatgatatcagtttagagttaaatagtttggaaaattagtgtc
ttctgaactcttacatcttcacctctccaaaaaatatagcctgccactgt
tatgccattccagagcagaaaatacctatatacattagaagctccactta
aaggccatcaaggacaacactgttaaaatcccaccgaagtcattttcaga
gccttctaactacaacaaacaacattgaggctgaaattcaaagcgtctcc
caactgtaaaataagttaaacaatagaaagcatgcattattttatgcagc
aattcaaaagtcacttccatcatttatccatggttttctgcccctcacct
cttagagaactgttggttcgtccttgatggttttctgatatagatcctga
acatgctgacatatggagctgtgttgtgttctgaatacattagcaaacaa
ttttaggaatctaagcacagcctgtgtaattgatttctcccattttttcc
atgctctgaagaaaaatttgaaagacacagaacaaccatgagataatgaa
gatctctgtgaaagcaaaaagccataaataaaaaatcaccagtatgtcaa
tcattatgtcagagcaaacgtcttccagggaaataagtcagactgatttg
cacactgaagttgcacactcgagctcagtcaaaaacatcctttctgcttc
tcttgtgtgcactcacaaaccaagaaaagataaattagcaaatgaagtga
ctgaaatgtgggattaaaggtttctcatttggtaaaacctgaaatcacac
ctgttgttagttaacaatcccagtgacacatggacaagtttgttgccacc
tttatggtgatgtggtgatgcaggacacatctgtggggagtagtacaagt
gttccaatcagagagtcaggactttttcttgactgttgaaataacacagt
aaatacaagtgtttcatttcaggcagtttgatatacaaatatctccccaa
taaatttgctactttaaaaagatctttttatca

gaattcaattttagaaagaaaggtaattggtaataataattattagctta
tgttagtagaatattactgatctatttctctatagatttttaaatactgt
atttgaatgggataaaacacttaaaatatacatatatagacatagaattt
taccattgtgttgttttaaatgcatagcccaatcatattaattattctta
taatattacacacccatcacttccttttatttctagaactctttaaatca
ttccaaataaaatctctactctaaatactctataaaacagtatatctccc
cattcttccttagtagagctcttggcaagaatttctactttgtgtccttg
tgaatgtgtctcatctataacagatacctcatctgaatggcattaaacaa
cattttttctttggtatctggtttatttcatggaacatgtccatgttttt
aaagttcatctttgttgtagcatatattataactttacttattttcatgg
ttgaaaacatttcttctgacatatattctgtccctctgtccatcagacga
tggtcacttgggttgccgccacattttagctattgttcatgatgttgcca
ataatactgaagttcagcatgtgagtttgtttcaacagagtgtatactta
ggacttgaatgctggatcatgtggaaattgtatatttaacttttagaggc
tctgtcaagctattgttccttggttttagctaatatttacacatgaggta
gataggcttctattgtagccatagggcttggcaatgttacgggtcagata
ggacagcaatcctaagtgttatcactttctttctcagagctttatcaggg
agaaatctgtgcatgactttgggaaacttcttttgtgctgcccaaaatcg
atgaagaaaggagagagaggggggggggggactgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_7665784_7666934
seq2: B6Ng01-066A20.b_44_1176

seq1  GAATTCCTACATAAAGATCTCTGCAACTTTCAGAGTTCTAAACCTATGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACATAAAGATCTCTGCAACTTTCAGAGTTCTAAACCTATGAT  50

seq1  CTTTGACTACTTTCAAAGTTCATTCAATTCGGCCAGTATCACCCAGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACTACTTTCAAAGTTCATTCAATTCGGCCAGTATCACCCAGAAAA  100

seq1  ATCTCTAAATGATATCAGTTTAGAGTTAAATAGTTTGGAAAATTAGTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAATGATATCAGTTTAGAGTTAAATAGTTTGGAAAATTAGTGTC  150

seq1  TTCTGAACTCTTACATCTTCACCTCTCCAAAAAATATAGCCTGCCACTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAACTCTTACATCTTCACCTCTCCAAAAAATATAGCCTGCCACTGT  200

seq1  TATGCCATTCCAGAGCAGAAAATACCTATATACATTAGAAGCTCCACTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCATTCCAGAGCAGAAAATACCTATATACATTAGAAGCTCCACTTA  250

seq1  AAGGCCATCAAGGACAACACTGTTAAAATCCCACCGAAGTCATTTTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCATCAAGGACAACACTGTTAAAATCCCACCGAAGTCATTTTCAGA  300

seq1  GCCTTCTAACTACAACAAACAACATTGAGGCTGAAATTCAAAGCGTCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTAACTACAACAAACAACATTGAGGCTGAAATTCAAAGCGTCTCC  350

seq1  CAACTGTAAAATAAGTTAAACAATAGAAAGCATGCATTATTTTATGCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTAAAATAAGTTAAACAATAGAAAGCATGCATTATTTTATGCAGC  400

seq1  AATTCAAAAGTCACTTCCATCATTTATCCATGGTTTTCTGCCCCTCACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAAAGTCACTTCCATCATTTATCCATGGTTTTCTGCCCCTCACCT  450

seq1  CTTAGAGAACTGTTGGTTCGTCCTTGATGGTTTTCTGATATAGATCCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGAACTGTTGGTTCGTCCTTGATGGTTTTCTGATATAGATCCTGA  500

seq1  ACATGCTGACATATGGAGCTGTGTTGTGTTCTGAATACATTAGCAAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTGACATATGGAGCTGTGTTGTGTTCTGAATACATTAGCAAACAA  550

seq1  TTTTAGGAATCTAAGCACAGCCTGTGTAATTGATTTCTCCCATTTTTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGAATCTAAGCACAGCCTGTGTAATTGATTTCTCCCATTTTTTCC  600

seq1  ATGCTCTGAAGAAAAATTTGAAAGACACAGAACAACCATGAGATAATGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGAAGAAAAATTTGAAAGACACAGAACAACCATGAGATAATGAA  650

seq1  GATCTCTGTGAAAGCAAAAAGCCATAAATAAAAAATCACCAGTATGTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTGTGAAAGCAAAAAGCCATAAATAAAAAATCACCAGTATGTCAA  700

seq1  TCATTATGTCAGAGCAAACGTCTTCCAGGGAAATAAGTCAGACTGATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATGTCAGAGCAAACGTCTTCCAGGGAAATAAGTCAGACTGATTTG  750

seq1  CACACTGAAGTTGCACACTCGAGCTCAGTCAAAAACATCCTTTCTGCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGAAGTTGCACACTCGAGCTCAGTCAAAAACATCCTTTCTGCTTC  800

seq1  TCTTGTGTGCACTCACAAACCAAGAAAAGATAAATTAGCAAATGAAGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGTGCACTCACAAACCAAGAAAAGATAAATTAGCAAATGAAGTGA  850

seq1  CTGAAATGTGGGATTAAAGGTTTCTCATTTGGTAAAACCTGAAATCACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATGTGGGATTAAAGGTTTCTCATTTGGTAAAACCTGAAATCACAC  900

seq1  CTGTTGTTAGTTAACAATCCCAGTGACACATGGACAAGTTTGTTGCCACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTTAGTTAACAATCCCAGTGACACATGGACAAGTTTGTTGCCACC  950

seq1  TTTATGGTGATGTGGTGATGCAGGACAACATCTTGTGGGGAGTAAGTACA  1000
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||
seq2  TTTATGGTGATGTGGTGATGCAGGAC-ACATC-TGTGGGGAGT-AGTACA  997

seq1  AGTGTTCCAATCAGAGAAGTCAGGAACTATTCTTGACTGTTGAAAATAAC  1050
      |||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||| |||||||
seq2  AGTGTTCCAATCAGAG-AGTCAGGACTTTTTCTTGACTGTTG-AAATAAC  1045

seq1  AACAGTAAATACAAAGTGTTTCAATTTTTAAGGCAGTTTTGATATACAAA  1100
       ||||||||||| ||||||||||   ||| |||||| |||||||||||||
seq2  -ACAGTAAATAC-AAGTGTTTCA---TTTCAGGCAG-TTTGATATACAAA  1089

seq1  TTATTCTCTCAATAAAATTTGCTACTTTTTAAAATAGATTCTTTTTTATC  1150
      |   |||| | |  ||||||||||||||   ||| ||||   ||||||||
seq2  T--ATCTCCCCAATAAATTTGCTACTTT---AAAAAGAT--CTTTTTATC  1132

seq1  A  1151
      |
seq2  A  1133


seq1: chr8_7796163_7797095
seq2: B6Ng01-066A20.g_69_1003 (reverse)

seq1  CCAGT-CCCCCCCCCCCTCTCTCTCCTTTCTTCATCGATTTTGGGCAGCA  49
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCCCCCCCCCCCCTCTCTCTCCTTTCTTCATCGATTTTGGGCAGCA  50

seq1  CAAAAGAAGTTT-CCAAAGTCATGCACAGATTTCTCCCTGATAAAGCTCT  98
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAAGTTTCCCAAAGTCATGCACAGATTTCTCCCTGATAAAGCTCT  100

seq1  GAGAAAGAAAGTGATAACACTTAGGATTGCTGTCCTATCTGACCCGTAAC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGAAAGTGATAACACTTAGGATTGCTGTCCTATCTGACCCGTAAC  150

seq1  ATTGCCAAGCCCTATGGCTACAATAGAAGCCTATCTACCTCATGTGTAAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCAAGCCCTATGGCTACAATAGAAGCCTATCTACCTCATGTGTAAA  200

seq1  TATTAGCTAAAACCAAGGAACAATAGCTTGACAGAGCCTCTAAAAGTTAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCTAAAACCAAGGAACAATAGCTTGACAGAGCCTCTAAAAGTTAA  250

seq1  ATATACAATTTCCACATGATCCAGCATTCAAGTCCTAAGTATACACTCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAATTTCCACATGATCCAGCATTCAAGTCCTAAGTATACACTCTG  300

seq1  TTGAAACAAACTCACATGCTGAACTTCAGTATTATTGGCAACATCATGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACAAACTCACATGCTGAACTTCAGTATTATTGGCAACATCATGAA  350

seq1  CAATAGCTAAAATGTGGCGGCAACCCAAGTGACCATCGTCTGATGGACAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGCTAAAATGTGGCGGCAACCCAAGTGACCATCGTCTGATGGACAG  400

seq1  AGGGACAGAATATATGTCAGAAGAAATGTTTTCAACCATGAAAATAAGTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAGAATATATGTCAGAAGAAATGTTTTCAACCATGAAAATAAGTA  450

seq1  AAGTTATAATATATGCTACAACAAAGATGAACTTTAAAAACATGGACATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATAATATATGCTACAACAAAGATGAACTTTAAAAACATGGACATG  500

seq1  TTCCATGAAATAAACCAGATACCAAAGAAAAAATGTTGTTTAATGCCATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGAAATAAACCAGATACCAAAGAAAAAATGTTGTTTAATGCCATT  550

seq1  CAGATGAGGTATCTGTTATAGATGAGACACATTCACAAGGACACAAAGTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAGGTATCTGTTATAGATGAGACACATTCACAAGGACACAAAGTA  600

seq1  GAAATTCTTGCCAAGAGCTCTACTAAGGAAGAATGGGGAGATATACTGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCTTGCCAAGAGCTCTACTAAGGAAGAATGGGGAGATATACTGTT  650

seq1  TTATAGAGTATTTAGAGTAGAGATTTTATTTGGAATGATTTAAAGAGTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAGTATTTAGAGTAGAGATTTTATTTGGAATGATTTAAAGAGTTC  700

seq1  TAGAAATAAAAGGAAGTGATGGGTGTGTAATATTATAAGAATAATTAATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAAAAGGAAGTGATGGGTGTGTAATATTATAAGAATAATTAATA  750

seq1  TGATTGGGCTATGCATTTAAAACAACACAATGGTAAAATTCTATGTCTAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGGCTATGCATTTAAAACAACACAATGGTAAAATTCTATGTCTAT  800

seq1  ATATGTATATTTTAAGTGTTTTATCCCATTCAAATACAGTATTTAAAAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATATTTTAAGTGTTTTATCCCATTCAAATACAGTATTTAAAAAT  850

seq1  CTATAGAGAAATAGATCAGTAATATTCTACTAACATAAGCTAATAATTAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGAGAAATAGATCAGTAATATTCTACTAACATAAGCTAATAATTAT  900

seq1  TATTACCAATTACCTTTCTTTCTAAAATTGAATTC  933
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCAATTACCTTTCTTTCTAAAATTGAATTC  935


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |