BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066N06
Chromosome8 (Build37)8 (Build37)
Map Location 19,736,301 - 19,737,20119,976,178 - 19,977,084
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap gene4930467E23Rik
Upstream geneMcph1, Angpt2, Agpat5, LOC100040486, Xkr5, Defb40, Defb37, Defb38, Defb39, Defb12, Defb34, EG546038, Spag11, Defb14, Defb4, EG654452, Defb6, EG574081, Defb5, Defb3, Defb54-ps, LOC100040504, LOC100040514, Defb8, LOC100040528, LOC100041511, Defb7, LOC670326, LOC100040561, LOC624198, EG665730
Downstream geneLOC100041567, LOC547150, LOC100040599, EG665822, 6820431F20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066N06.bB6Ng01-066N06.g
ACCDH885895DH885896
length901902
definitionDH885895|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066N06, 5' end.DH885896|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066N06, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,736,301 - 19,737,201)(19,976,178 - 19,977,084)
sequence
gaattcaacgttttgtctagtcttgttggcccatggattgcatcccagaa
cttgggaaggaggacatgaacagatttctgtgagttaaggccaacatgct
ccatagagcagttttcagaccagcatggatacatagtgagatcctgattc
aaaaaaatgttgtttgtaaacatctaaagtaagatacagaagggacacaa
atataaagtacttaaaacacttgctaaatatttttcttatgaatagcaca
ataatgctaactttaaaatctatgtcacagtactggatcgtcagctcaga
gaactgaagtgaagcatgtcaggttcaatgaaggtaaggtttttatagtg
aatataaatatggtatatagtagccagtcctattaccctaaagaagagta
gagattaagcttctttcccactgagtccagaaaaggcagctcaactagca
gaaaggaatccaaatgcagacaacagtgtgaagcggtcctcccttcagtt
tatagagaacccacatgaagaccaagctgcacatctgctacatatgggga
gggggtctatgtgcagcccatgcatgctctttgattggtggttcaatctc
tgtgagccctcatgggcccaggctacttgattgtgtaggttttcttgtgg
tgtccctgacccctcagtcacaatgttctcctttgagttcaatgtccttc
cccaactcttccacaagactctccaaactccccttgatgtttgtctgtgg
ttctgtacatttgtttccgtcctctgctggatgaagcctcttagaagtgt
tatcctaggctcctgtctacaagcatagcagaacatcattaatggtgtca
aagcctggctctcttccacagtgtgggtctcaaattgggccagttattgg
g
gaattctcagctgtaaaagaatccagatgttctaagatgatttggggggg
atgccaaaaggatgccagatttttacaaagacctgccaagtcttgatgtg
tgctccttaggaaccattctggaagagatgctgggaagtgcacccccccg
ccactccccctccaccccccccccaagcaagatattcgtgagaaagggag
gaagacagagttgggtggacagaggagctgagcctcaatgttgtagccac
tgaggtctaagccagttctacaggagctggggaggctccaaactgtgagg
agggggtccttagtaccacctgtgtcagctttactcactacaggctctca
tctaagacagtggttggagttttaacacagctcctcctgttgtgaggact
ctcaaccataaaattatcttgttgcggttctctcgacagctgtccctctt
tataagttggcactccgtaaggatgaagccatgttcagctccagtgccaa
gactgtgaagccaaatggggagaagccggatgagttccaagtctggcatc
tctcaggtgctgctcgagctggagatgaacgcagatgtcaaggctctgct
gcaggaagtcaacatcaccacaaccaaggaatttgaagttggtggtggtc
ggaaagctaccataatttttgtaccagtttctcagttttaagtctttcca
gaaaattcatgtcaggctagttcgtgaattggagaaaaaattcagtggga
agcaagtagtgttcattgctcagaggaggattctgccaagccaacctgga
atattcgtatgaaaaataagcaaaagcgcccaaaaccacactctgacatt
agtgcatgacagcatacttggtcttcccagtgaaattgtgggtagaggat
ct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_19736301_19737201
seq2: B6Ng01-066N06.b_47_947

seq1  GAATTCAACGTTTTGTCTAGTCTTGTTGGCCCATGGATTGCATCCCAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACGTTTTGTCTAGTCTTGTTGGCCCATGGATTGCATCCCAGAA  50

seq1  CTTGGGAAGGAGGACATGAACAGATTTCTGTGAGTTAAGGCCAACATGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAAGGAGGACATGAACAGATTTCTGTGAGTTAAGGCCAACATGCT  100

seq1  CCATAGAGCAGTTTTCAGACCAGCATGGATACATAGTGAGATCCTGATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGAGCAGTTTTCAGACCAGCATGGATACATAGTGAGATCCTGATTC  150

seq1  AAAAAAATGTTGTTTGTAAACATCTAAAGTAAGATACAGAAGGGACACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATGTTGTTTGTAAACATCTAAAGTAAGATACAGAAGGGACACAA  200

seq1  ATATAAAGTACTTAAAACACTTGCTAAATATTTTTCTTATGAATAGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAGTACTTAAAACACTTGCTAAATATTTTTCTTATGAATAGCACA  250

seq1  ATAATGCTAACTTTAAAATCTATGTCACAGTACTGGATCGTCAGCTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGCTAACTTTAAAATCTATGTCACAGTACTGGATCGTCAGCTCAGA  300

seq1  GAACTGAAGTGAAGCATGTCAGGTTCAATGAAGGTAAGGTTTTTATAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGAAGTGAAGCATGTCAGGTTCAATGAAGGTAAGGTTTTTATAGTG  350

seq1  AATATAAATATGGTATATAGTAGCCAGTCCTATTACCCTAAAGAAGAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAATATGGTATATAGTAGCCAGTCCTATTACCCTAAAGAAGAGTA  400

seq1  GAGATTAAGCTTCTTTCCCACTGATTCCAGAAAAGGCAGCTCAACTAGCA  450
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTAAGCTTCTTTCCCACTGAGTCCAGAAAAGGCAGCTCAACTAGCA  450

seq1  GAAAGGAATCCAAATGCAGACAACAGTGTGAAGCGGTCCTCCCTTCAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAATCCAAATGCAGACAACAGTGTGAAGCGGTCCTCCCTTCAGTT  500

seq1  TATAGAGAACCCACATGAAGACCAAGCTGCACATCTGCTACATATGGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGAACCCACATGAAGACCAAGCTGCACATCTGCTACATATGGGGA  550

seq1  GGGGGTCTATGTGCAGCCCATGCATGCTCTTTGATTGGTGGTTCAATCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTCTATGTGCAGCCCATGCATGCTCTTTGATTGGTGGTTCAATCTC  600

seq1  TGTGAGCCCTCATGGGCCCAGGCTACTTGATTGTGTAGGTTTTCTTGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCCCTCATGGGCCCAGGCTACTTGATTGTGTAGGTTTTCTTGTGG  650

seq1  TGTCCCTGACCCCTCAGTCACAATGTTCTCCTTTGAGTTCAATGTCCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGACCCCTCAGTCACAATGTTCTCCTTTGAGTTCAATGTCCTTC  700

seq1  CCCAACTCTTCCACAAGACTCTCCAAACTCCCCTTGATGTTTGTCTGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTCTTCCACAAGACTCTCCAAACTCCCCTTGATGTTTGTCTGTGG  750

seq1  TTCTGTACATTTGTTTCCATCCTCTGCTGGATGAAGCCTCTTAGAAGTGT  800
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTACATTTGTTTCCGTCCTCTGCTGGATGAAGCCTCTTAGAAGTGT  800

seq1  TATCCTAGGCTCCTGTCTACAAGCATAGCAGAACATCATTAATGGTGTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTAGGCTCCTGTCTACAAGCATAGCAGAACATCATTAATGGTGTCA  850

seq1  AAGCCTGGCTCTCTCCCACAGTGTGGGTCTCAAATTGGGCCAGTTATTGG  900
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGGCTCTCTTCCACAGTGTGGGTCTCAAATTGGGCCAGTTATTGG  900

seq1  G  901
      |
seq2  G  901

seq1: chr8_19976178_19977084
seq2: B6Ng01-066N06.g_69_970

seq1  GAATTCTCAGCTGTAAAAGAATCCAGATGTTCTAAGATGATTTGGGGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCTGTAAAAGAATCCAGATGTTCTAAGATGATTTGGGGGGG  50

seq1  ATGCCAAAAGGATGCCAGATTTTTACAAAGACCTGCCAAGTCTTGATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAAAGGATGCCAGATTTTTACAAAGACCTGCCAAGTCTTGATGTG  100

seq1  TGCTCCTTAGGAACCATTCTGGAAGAGATGCTGGGAAGTGCACCCCCCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTTAGGAACCATTCTGGAAGAGATGCTGGGAAGTGCACCCCCCCG  150

seq1  CCACTCCCCCTCCACCCCCTCCCCCAAGCAAGATATTCGTGAGAAAGGGA  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCCCCTCCACCCCC-CCCCCAAGCAAGATATTCGTGAGAAAGGGA  199

seq1  GGAAGACAGAGTTGGGTGGACAGAGGAGCTGAGCCTCAATGTTGTAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACAGAGTTGGGTGGACAGAGGAGCTGAGCCTCAATGTTGTAGCCA  249

seq1  CTGAGGTCTAAGCCAGTTCTACAGGAGCTGGGGAGGCTCCAAACTGTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTCTAAGCCAGTTCTACAGGAGCTGGGGAGGCTCCAAACTGTGAG  299

seq1  GAGGGGGTCCTTAGTACCACCTGTGTCAGCTTTACTCACTACAGGCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGGTCCTTAGTACCACCTGTGTCAGCTTTACTCACTACAGGCTCTC  349

seq1  ATCTAAGACAGTGGTTGGAGTTTTAACACAGCTCCTCCTGTTGTGAGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAGACAGTGGTTGGAGTTTTAACACAGCTCCTCCTGTTGTGAGGAC  399

seq1  TCTCAACCATAAAATTATCTTGTTGCGGTTCTCTCGACAGCTGTCCCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACCATAAAATTATCTTGTTGCGGTTCTCTCGACAGCTGTCCCTCT  449

seq1  TTATAAGTTGGCACTCCGTAAGGATGAAGCCATGTTCAGCTCCAGTGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTATAAGTTGGCACTCCGTAAGGATGAAGCCATGTTCAGCTCCAGTGCCA  499

seq1  AGACTGTGAAGCCAAATGGGGAGAAGCCGGATGAGTTCCAAGTCTGGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTGAAGCCAAATGGGGAGAAGCCGGATGAGTTCCAAGTCTGGCAT  549

seq1  CTCTCAGGTGCTGCTTGAGCTGGAGATGAACGCAGATGTCAAGGCTCTGC  600
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGGTGCTGCTCGAGCTGGAGATGAACGCAGATGTCAAGGCTCTGC  599

seq1  TGCAGGAAGTCAACATCACCACAACCAAGGAAATTGAAGTTGGTGGTGGT  650
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAAGTCAACATCACCACAACCAAGGAATTTGAAGTTGGTGGTGGT  649

seq1  CGGAAAGCTACCATAATTTTTGTACCAGTTCCTCAGCTTTAAGTCTTTCC  700
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  CGGAAAGCTACCATAATTTTTGTACCAGTTTCTCAGTTTTAAGTCTTTCC  699

seq1  AGAAAATTCATGTCAGGCTAGTTCGTGAATTGGAGAAAAAATTCAGTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATTCATGTCAGGCTAGTTCGTGAATTGGAGAAAAAATTCAGTGGG  749

seq1  AAGCAAGTAGTGTTCATTGCTCAGAGGAGGATTCTGCCCAAGCCAACCTG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAGCAAGTAGTGTTCATTGCTCAGAGGAGGATTCTG-CCAAGCCAACCTG  798

seq1  GAAAATCCGTATGAAAAATAAGCAGAAGCGCCCCAGAAACCACACCCTGA  850
      ||| || ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||| ||||
seq2  GAATATTCGTATGAAAAATAAGCAAAAGCGCCC--AAAACCACACTCTGA  846

seq1  CAGTAGTGCATGACAGCAGACTTGGTCTTCCCAAGTGAAATTGTGGGTAG  900
      || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CATTAGTGCATGACAGCATACTTGGTCTTCCC-AGTGAAATTGTGGGTAG  895

seq1  AGGATCT  907
      |||||||
seq2  AGGATCT  902