BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-067J09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 105,961,665 - 106,058,000
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCdh11, EG667618, LOC100041368, 1600027J07Rik
Downstream geneLOC100041397, LOC667656, Cdh5, Bean, Tk2, Cklf, Cmtm2a, Cmtm2b, Cmtm3, Cmtm4, Dync1li2, Ccdc79, Appbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-067J09.bB6Ng01-067J09.g
ACCDH886429DH886430
length4711,140
definitionDH886429|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067J09, 5' end.DH886430|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067J09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,961,665 - 105,962,141)(106,056,849 - 106,058,000)
sequence
ttttgttctatcatgagaccaaaactctgctaaaaaatcacaaaagcctt
gaaaaattcttttcgcttccacaaggccagactagacaagttgattaagc
ttgtcacatttgggattcaggaatctagaagcactctagattgcatcata
aatatactatctcgccgggcgaggtggcacatgcctttaatcccagcact
caggaggcagaggcaggcggatttctgagttcgaggccagcctggtctac
aaagtgagttccaggatagccaggactatacagagagaccctgtcttgaa
ccccccccccaatatatatatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatg
tatgtatatatactatctcagagctagttataagtagactcccccaaaat
atttgtgtttgtcccttctagaaactctgattctatgctacaacatccca
tgttttaaaaagtagcaagaa
gaattccttaaattcctttaactcatacattcactcaactgctcatgcat
tactgtctacatgtattaatgcatcctgggctttgggttgctaactagta
aatggcaggggaaaatgctgttggattattttgagggttaaatagatcac
taaaggcttcgagtatgttgacagccatcctgcaaatgtttgtgagtgtt
aattgcctctatttttattgttcctgttgttcagtcagcaagagtcactg
gcaccaggcttatgtcagctgtgtctgagctcaagtccttgttcctgggt
ggaaaagctaagctttgaaggatgccctccagaaagtctccctcaataac
tttcatctcattggccattattccctttaaggcagactagtaactgtcat
tggttagtcaaactttaggttccctatgaataaaaccagagattttattt
ttttaattgggaaacaagggaggtagagtatccctaggatgctgtccaca
atttatggaaacatttgacccaaagaagttgtgggggaaaggaaaagata
aattatgttgtctcatttcatctctccaccacgctgcaagttcagtagtt
tccctctcaaatcagtgtgatgaaacagagatgtgagatctgctattgat
atggggaaaggcaaaagagaacctggagcaatgagttgcaaatctacatg
catgcatctagccattgtgttatgcccggtgttgggggttgactgtaaac
acacccatcctgaggtcctttggaagacctttatgcttcatccccaactt
gcatgccagcagatgccttcatacccagcacggtaaagtctggtttctct
gttcttccacctccacccttccaggagaatgaaagcaatatcttcttacc
caccaccattctacacctgaccaacttctgggactggaagcattgttcat
ctttgggagcctctttaaagggttggcactctcccttcctttggagaggt
ccctgcttggctgaccttcactgcacagcttaggaggaatatgggctgtg
ctctgcctggctgtcaggtactacacctgctcacagtattctgcgatacg
ggaacccttggactttcctgtctaattcaggacatttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_105961665_105962141
seq2: B6Ng01-067J09.b_46_522

seq1  GAATTCTTTTGTTCTATCATGAGACCAAAACTCTGCTAAAAAATCACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTTCTATCATGAGACCAAAACTCTGCTAAAAAATCACAAA  50

seq1  AGCCTTGAAAAATTCTTTTCGCTTCCACAAGGCCAGACTAGACAAGTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGAAAAATTCTTTTCGCTTCCACAAGGCCAGACTAGACAAGTTGA  100

seq1  TTAAGCTTGTCACATTTGGGATTCAGGAATCTAGAAGCACTCTAGATTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTTGTCACATTTGGGATTCAGGAATCTAGAAGCACTCTAGATTGC  150

seq1  ATCATAAATATACTATCTCGCCGGGCGAGGTGGCACATGCCTTTAATCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAATATACTATCTCGCCGGGCGAGGTGGCACATGCCTTTAATCCC  200

seq1  AGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTG  250

seq1  GTCTACAAAGTGAGTTCCAGGATAGCCAGGACTATACAGAGAGACCCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAAAGTGAGTTCCAGGATAGCCAGGACTATACAGAGAGACCCTGT  300

seq1  CTTGAACCCCCCCCCCAATATATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACCCCCCCCCCAATATATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTA  350

seq1  TGTATGTATGTATATATACTATCTCAGAGCTAGTTATAAGTAGACTCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATATATACTATCTCAGAGCTAGTTATAAGTAGACTCCCC  400

seq1  CAAAATATTTGTGTTTGTCCCTTCTAGAAACTCTGATTCTATGCTACAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATTTGTGTTTGTCCCTTCTAGAAACTCTGATTCTATGCTACAAC  450

seq1  ATCCCAGGTTTTAAAAAGTAGCAAGAA  477
      |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATGTTTTAAAAAGTAGCAAGAA  477

seq1: chr8_106056849_106058000
seq2: B6Ng01-067J09.g_66_1205 (reverse)

seq1  AAAAATTGTCCTGAAATGTAGACAGGAAAGTCCAAAGGGGTTTCCGTGAT  50
      ||||| |||||||||   |||||||||||||||||  ||||| |||| ||
seq2  AAAAAATGTCCTGAA--TTAGACAGGAAAGTCCAA--GGGTTCCCGT-AT  45

seq1  CTGCAGAATACTGGTGAGCAGGTGTAGGTACATGACAGGCAGGGCAGAGC  100
      | |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||
seq2  C-GCAGAATACT-GTGAGCAGGTGTA-GTACCTGACAGCCA-GGCAGAGC  91

seq1  ACAGCCCCTATTTCCTCCTGAAGCTGTGCAGTGAAGGTCAGCCAAGCAGG  150
      ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACAGCCCATA-TTCCTCCT-AAGCTGTGCAGTGAAGGTCAGCCAAGCA-G  138

seq1  GGACTTCT-CAAAGG-AGGGAGAGTGCTATCCCTTTGAAAGAGGCTCCC-  197
      |||| ||| |||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||| 
seq2  GGACCTCTCCAAAGGAAGGGAGAGTGCCAACCCTTT-AAAGAGGCTCCCA  187

seq1  AAGATGACCAATGCTTCCAGTTCCATGAAGTTGGTCAGGTTGTAGAATGG  247
      ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGATGAACAATGCTTCCAGTCCCA-GAAGTTGGTCAGG-TGTAGAATGG  235

seq1  TGGTGGGTAAGAAGATATTGCTTTCATTCTCCTGGAAGGGTGGAGGTGGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGTAAGAAGATATTGCTTTCATTCTCCTGGAAGGGTGGAGGTGGA  285

seq1  AGAACAGAGGAAACCAGACTTTACCGTGCTGGGTATG-AGGCATCTGCTG  346
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGAACAGA-GAAACCAGACTTTACCGTGCTGGGTATGAAGGCATCTGCTG  334

seq1  GCATGCAAGTTGGGGATGAAGCATAAAGGTCTTCCAAAGGACCTCAGGAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCAAGTTGGGGATGAAGCATAAAGGTCTTCCAAAGGACCTCAGGAT  384

seq1  GGGTGTGTTTACAGTCAACCCCCAACACCGGGCATAACACAATGGCTAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGTTTACAGTCAACCCCCAACACCGGGCATAACACAATGGCTAGA  434

seq1  TGCATGCATGTAGATTTGCAACTCATTGCTCCAGGTTCTCTTTTGCCTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCATGTAGATTTGCAACTCATTGCTCCAGGTTCTCTTTTGCCTTT  484

seq1  CCCCATATCAATAGCAGATCTCACATCTCTGTTTCATCACACTGATTTGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATATCAATAGCAGATCTCACATCTCTGTTTCATCACACTGATTTGA  534

seq1  GAGGGAAACTACTGAACTTGCAGCGTGGTGGAGAGATGAAATGAGACAAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAACTACTGAACTTGCAGCGTGGTGGAGAGATGAAATGAGACAAC  584

seq1  ATAATTTATCTTTTCCTTTCCCCCACAACTTCTTTGGGTCAAATGTTTCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTATCTTTTCCTTTCCCCCACAACTTCTTTGGGTCAAATGTTTCC  634

seq1  ATAAATTGTGGACAGCATCCTAGGGATACTCTACCTCCCTTGTTTCCCAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTGTGGACAGCATCCTAGGGATACTCTACCTCCCTTGTTTCCCAA  684

seq1  TTAAAAAAATAAAATCTCTGGTTTTATTCATAGGGAACCTAAAGTTTGAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAATAAAATCTCTGGTTTTATTCATAGGGAACCTAAAGTTTGAC  734

seq1  TAACCAATGACAGTTACTAGTCTGCCTTAAAGGGAATAATGGCCAATGAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAATGACAGTTACTAGTCTGCCTTAAAGGGAATAATGGCCAATGAG  784

seq1  ATGAAAGTTATTGAGGGAGACTTTCTGGAGGGCATCCTTCAAAGCTTAGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGTTATTGAGGGAGACTTTCTGGAGGGCATCCTTCAAAGCTTAGC  834

seq1  TTTTCCACCCAGGAACAAGGACTTGAGCTCAGACACAGCTGACATAAGCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCACCCAGGAACAAGGACTTGAGCTCAGACACAGCTGACATAAGCC  884

seq1  TGGTGCCAGTGACTCTTGCTGACTGAACAACAGGAACAATAAAAATAGAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCAGTGACTCTTGCTGACTGAACAACAGGAACAATAAAAATAGAG  934

seq1  GCAATTAACACTCACAAACATTTGCAGGATGGCTGTCAACATACTCGAAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTAACACTCACAAACATTTGCAGGATGGCTGTCAACATACTCGAAG  984

seq1  CCTTTAGTGATCTATTTAACCCTCAAAATAATCCAACAGCATTTTCCCCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGTGATCTATTTAACCCTCAAAATAATCCAACAGCATTTTCCCCT  1034

seq1  GCCATTTACTAGTTAGCAACCCAAAGCCCAGGATGCATTAATACATGTAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTACTAGTTAGCAACCCAAAGCCCAGGATGCATTAATACATGTAG  1084

seq1  ACAGTAATGCATGAGCAGTTGAGTGAATGTATGAGTTAAAGGAATTTAAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAATGCATGAGCAGTTGAGTGAATGTATGAGTTAAAGGAATTTAAG  1134

seq1  GAATTC  1152
      ||||||
seq2  GAATTC  1140