BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069O10
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,019,829 - 16,184,386
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream gene2900016B01Rik, Kbtbd11, BB014433, Myom2, EG665599, EG234097, EG665619, LOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069O10.bB6Ng01-069O10.g
ACCDH888065DH888066
length1,1051,184
definitionDH888065|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069O10, 5' end.DH888066|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069O10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,183,277 - 16,184,386)(16,019,829 - 16,021,025)
sequence
gaattctgggagagaagttggcagggatcttcggaggcaagatatggcca
gatggacacatggtacctgaacacagataaccagccatatggcagaaagt
ggactagaataaatggaatatttgaagttatatctagtcagagaagagtc
aagctagaaggccaaaggatttgtaaatgtattttgagtccgagtcttat
ttcaggaagcatggggatgggaggaagaaccagagccatactttaacagc
tattacctaaggggtaaccaaagcaacccttccaagcaaacctgcatcgg
aaacactgcttcaacccacaggtgtgctctggactaacagatgacatact
cccataatgttaccatgtcttagatctatttctcatagtctctcttttaa
accagggacaacagtgtctagtttgtgtccctctgcacattacagagatg
accaatctgccatgacctgcacagctttgtcgttgacctcaccgggacaa
agatgggatgatctaagacacacagatacatagtaaagcggggactgggt
aggtcatgtgctctgatggagatgcagaagcagcagcatggaaactcaag
gtgtttattttatacatctgaatggaggggccaggtttattgtaaacagt
tgaaagaggaggcaggtgcccatccaggaagaagttgcaggctgtacttc
ctgtgcacactgtcagcatacacacatggaacagggatggctttgccctt
tccatggacctgaggcactcaggtacttgatacagctgtgctcatatcaa
caatctccattcactcaggactacatctgtttgccacagtgttctgaaag
gtggcacaggatgattttttttttctttacatccaagttgtcttcttgca
gacacagtgatgagcacataagaaccaattctttctacttacttttccca
aagccttgcagtgctgtccataagagagatattgtcagtagtttgaactg
tgaacagaaacttgtcacagcaataggtttggctgtgtgaattattctga
aggaatttctggtgatgaaagataaaatcattggtcattagccactgtga
tggtt
gaattctgatggtcaagtcacattccaggatccaatacataaggggtcat
cataggacctgattttgaaaggactaggaatggtggcacacacctttgat
gccagcacataggaggcatccacatgtttatctctctaagatcaaatcca
ggctggtctatatattgagactgcgtctcaaaggaggagattcactggca
agatggctcattaggtcaagacatttgctgctgctatgacttatgacctg
agctctagctctgtgatatacacagtggaatgagaaaaacaacccctgca
agttgccccttgacctccatgtatgtgcaatagcacatgtgcctccctta
caataaaaccccccaaaatgtggattttgtaaaagtttattctttatatg
catgtctggtttgagcacatgcatatctgtgcatcggaagtgtttaatgg
cctagaaggccagaagaaggcttctggaactagagttccaaactgttatg
aacggccatgtgactactcagacatgaacctgggacctctgcaataccag
ccagagctcttaaacactgacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacgtcagaagccagagatttcagaagtgt
tcaaacaagcgccttggttctgccctggccagaagtcagatatgctagaa
agtaggtctgggtttacctttttaaaatgaagacccttactagaggctac
atatgagggtatgacagaaaactctagatccttagatcctattggcttcc
ggtaaacacatatagaagtggattctggtcaaagaataaaatttgctttc
tggctctgtgtctggagatactacattctgattttctcccagattaaagc
attgctttctactgtcttactgatagccatgaaactaaactaagagtgat
ctaactggactatcattaccgattagagaccaacccctcaggaggttgct
tcatataaacccatgctaaagagatgaaaaggattatttatcctttatga
gatgggtgtatccatcttctgagaagccctctctttggggtagtttgctg
atggaaccacttctatctacatctgcaaactgattgtcttttcgagttac
taaagacaggactttcttttgatcttttcctttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16183277_16184386
seq2: B6Ng01-069O10.b_49_1153 (reverse)

seq1  AACCATCACAGTGCCTAATGACCAAATGATTTTTATCTATCATCAAACAA  50
      ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||  || |
seq2  AACCATCACAGTGGCTAATGACC-AATGA-TTTTATCTTTCATC--ACCA  46

seq1  GAAATTCCCTTCAG-ATATATCACACAGCCAAACCTATTGCTTGTGACAA  99
      |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAAATT-CCTTCAGAATAATTCACACAGCCAAACCTATTGC-TGTGACAA  94

seq1  GTTTCTTGTCACAGTTCAAACTACTGACAATATTCTCTCTTATGGACAGC  149
      ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTTCACAGTTCAAACTACTGACAATA-TCTCTCTTATGGACAGC  143

seq1  ACTGCAAGGCTTTGGG-AAAGTAAGTAGAAAGGATTGGTTCTTATGTGCT  198
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  ACTGCAAGGCTTTGGGAAAAGTAAGTAGAAAGAATTGGTTCTTATGTGC-  192

seq1  TCATCACTGTGTCTGCATGAAGACAACTTGGATGTAAAG-AAAAAAAAAT  247
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCATCACTGTGTCTGCAAGAAGACAACTTGGATGTAAAGAAAAAAAAAAT  242

seq1  CATCCTGTGCCACCTTTCAGAACACTGTGGCAAACAGATGTAGTCCTGAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGTGCCACCTTTCAGAACACTGTGGCAAACAGATGTAGTCCTGAG  292

seq1  TGAATGGAGATTGTTGATATGAGCACAGCTGTATCAAGTACCTGAGTGCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGAGATTGTTGATATGAGCACAGCTGTATCAAGTACCTGAGTGCC  342

seq1  TCAGGTCCATGGAAAGGGCAAAGCCATCCCTGTTCCATGTGTGTATGCTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCCATGGAAAGGGCAAAGCCATCCCTGTTCCATGTGTGTATGCTG  392

seq1  ACAGTGTGCACAGGAAGTACAGCCTGCAACTTCTTCCTGGATGGGCACCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGCACAGGAAGTACAGCCTGCAACTTCTTCCTGGATGGGCACCT  442

seq1  GCCTCCTCTTTCAACTGTTTACAATAAACCTGGCCCCTCCATTCAGATGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTCTTTCAACTGTTTACAATAAACCTGGCCCCTCCATTCAGATGT  492

seq1  ATAAAATAAACACCTTGAGTTTCCATGCTGCTGCTTCTGCATCTCCATCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAACACCTTGAGTTTCCATGCTGCTGCTTCTGCATCTCCATCA  542

seq1  GAGCACATGACCTACCCAGTCCCCGCTTTACTATGTATCTGTGTGTCTTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATGACCTACCCAGTCCCCGCTTTACTATGTATCTGTGTGTCTTA  592

seq1  GATCATCCCATCTTTGTCCCGGTGAGGTCAACGACAAAGCTGTGCAGGTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATCCCATCTTTGTCCCGGTGAGGTCAACGACAAAGCTGTGCAGGTC  642

seq1  ATGGCAGATTGGTCATCTCTGTAATGTGCAGAGGGACACAAACTAGACAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGATTGGTCATCTCTGTAATGTGCAGAGGGACACAAACTAGACAC  692

seq1  TGTTGTCCCTGGTTTAAAAGAGAGACTATGAGAAATAGATCTAAGACATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCCCTGGTTTAAAAGAGAGACTATGAGAAATAGATCTAAGACATG  742

seq1  GTAACATTATGGGAGTATGTCATCTGTTAGTCCAGAGCACACCTGTGGGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACATTATGGGAGTATGTCATCTGTTAGTCCAGAGCACACCTGTGGGT  792

seq1  TGAAGCAGTGTTTCCGATGCAGGTTTGCTTGGAAGGGTTGCTTTGGTTAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGTGTTTCCGATGCAGGTTTGCTTGGAAGGGTTGCTTTGGTTAC  842

seq1  CCCTTAGGTAATAGCTGTTAAAGTATGGCTCTGGTTCTTCCTCCCATCCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAGGTAATAGCTGTTAAAGTATGGCTCTGGTTCTTCCTCCCATCCC  892

seq1  CATGCTTCCTGAAATAAGACTCGGACTCAAAATACATTTACAAATCCTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTCCTGAAATAAGACTCGGACTCAAAATACATTTACAAATCCTTT  942

seq1  GGCCTTCTAGCTTGACTCTTCTCTGACTAGATATAACTTCAAATATTCCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCTAGCTTGACTCTTCTCTGACTAGATATAACTTCAAATATTCCA  992

seq1  TTTATTCTAGTCCACTTTCTGCCATATGGCTGGTTATCTGTGTTCAGGTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCTAGTCCACTTTCTGCCATATGGCTGGTTATCTGTGTTCAGGTA  1042

seq1  CCATGTGTCCATCTGGCCATATCTTGCCTCCGAAGATCCCTGCCAACTTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGTCCATCTGGCCATATCTTGCCTCCGAAGATCCCTGCCAACTTC  1092

seq1  TCTCCCAGAATTC  1110
      |||||||||||||
seq2  TCTCCCAGAATTC  1105

seq1: chr8_16019829_16021025
seq2: B6Ng01-069O10.g_68_1251

seq1  GAATTCTGATGGTCAAGTCACATTCCAGGATCCAATACATAAGGGGTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGATGGTCAAGTCACATTCCAGGATCCAATACATAAGGGGTCAT  50

seq1  CATAGGACCTGATTTTGAAAGGACTAGGAATGGTGGCACACACCTTTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGACCTGATTTTGAAAGGACTAGGAATGGTGGCACACACCTTTGAT  100

seq1  GCCAGCACATAGGAGGCATCCACATGTTTATCTCTCTAAGATCAAATCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCACATAGGAGGCATCCACATGTTTATCTCTCTAAGATCAAATCCA  150

seq1  GGCTGGTCTATATATTGAGACTGCGTCTCAAAGGAGGAGATTCACTGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGTCTATATATTGAGACTGCGTCTCAAAGGAGGAGATTCACTGGCA  200

seq1  AGATGGCTCATTAGGTCAAGACATTTGCTGCTGCTATGACTTATGACCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTCATTAGGTCAAGACATTTGCTGCTGCTATGACTTATGACCTG  250

seq1  AGCTCTAGCTCTGTGATATACACAGTGGAATGAGAAAAACAACCCCTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGCTCTGTGATATACACAGTGGAATGAGAAAAACAACCCCTGCA  300

seq1  AGTTGCCCCTTGACCTCCATGTATGTGCAATAGCACATGTGCCTCCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCCCTTGACCTCCATGTATGTGCAATAGCACATGTGCCTCCCTTA  350

seq1  CAATAAAACCCCCCAAAATGTGGATTTTGTAAAAGTTTATTCTTTATATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAACCCCCCAAAATGTGGATTTTGTAAAAGTTTATTCTTTATATG  400

seq1  CATGTCTGGTTTGAGCACATGCATATCTGTGCATCGGAAGTGTTTAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTGGTTTGAGCACATGCATATCTGTGCATCGGAAGTGTTTAATGG  450

seq1  CCTAGAAGGCCAGAAGAAGGCTTCTGGAACTAGAGTTCCAAACTGTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAAGGCCAGAAGAAGGCTTCTGGAACTAGAGTTCCAAACTGTTATG  500

seq1  AACGGCCATGTGACTACTCAGACATGAACCTGGGACCTCTGCAATACCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGCCATGTGACTACTCAGACATGAACCTGGGACCTCTGCAATACCAG  550

seq1  CCAGAGCTCTTAAACACTGACACACACACACACACACACACACACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCTCTTAAACACTGACACACACACACACACACACACACACACACA  600

seq1  CACACACACACACACACACACACGTCAGAAGCCAGAGATTTCAGAAGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACGTCAGAAGCCAGAGATTTCAGAAGTGT  650

seq1  TCAAACAAGCGCCTTGGTTCTGCCCTGGCCAGAAGTCAGATATGCTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAAGCGCCTTGGTTCTGCCCTGGCCAGAAGTCAGATATGCTAGAA  700

seq1  AGTAGGTCTGGGTTTACCTTTTTAAAATGAAGACCCTTACTAGAGGCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTCTGGGTTTACCTTTTTAAAATGAAGACCCTTACTAGAGGCTAC  750

seq1  ATATGAGGGTATGACAGAAAACTCTAGATCCTTAGATCCTATTGGCTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGGGTATGACAGAAAACTCTAGATCCTTAGATCCTATTGGCTTCC  800

seq1  GGTAAACACATATAGAAGTGGATTCTGGTCAAAAGAATAAAATTTGC-TT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  GGTAAACACATATAGAAGTGGATTCTGGTC-AAAGAATAAAATTTGCTTT  849

seq1  CTGGCTCTGTGTCTGGAGATACTACATTCTGATTTTCTCCCAAGATTAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGGCTCTGTGTCTGGAGATACTACATTCTGATTTTCTCCC-AGATTAAA  898

seq1  GCATTGCTTTCTACTGTCTTACCTGATAGCCATGAAACTAAACTAAGAGT  949
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCTTTCTACTGTCTTA-CTGATAGCCATGAAACTAAACTAAGAGT  947

seq1  GAATCTAACTGGGACTATCAATTACCGATTAGAGACCAACCCCTCAGGGA  999
      | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  G-ATCTAACT-GGACTATC-ATTACCGATTAGAGACCAACCCCTCA-GGA  993

seq1  GGTTGCTTCATATAAACCCATGCTAAAGAGATG-AGAGGTATATTTATTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||| ||
seq2  GGTTGCTTCATATAAACCCATGCTAAAGAGATGAAAAGGATTATTTA-TC  1042

seq1  CTTTAATGAGAT-GGTGTATCCATTCTTCTGAGAAGCCC-CTCCTTTGGT  1096
      |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| || || 
seq2  CTTT-ATGAGATGGGTGTATCCA-TCTTCTGAGAAGCCCTCTCTTTGGGG  1090

seq1  GATGTTGCTGATGGACCCACTTCTATCTACATCTGCAAAACTGGTCTGCC  1146
       |  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || |
seq2  TAGTTTGCTGATGGAACCACTTCTATCTACATCTGC-AAACTGAT-TGTC  1138

seq1  TTTCTGAGTTACTTAAAGCATGGACTTTTTCTTTTGAATCTTTTCTCTTT  1196
      |||  ||||||| |||||   ||||  ||||||||| |||||||| ||||
seq2  TTTTCGAGTTAC-TAAAGACAGGAC--TTTCTTTTG-ATCTTTTC-CTTT  1183

seq1  C  1197
      |
seq2  C  1184