BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071A03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 78,002,046 - 78,140,909
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700007B14Rik
Upstream geneIsx, Hmgb2l1, Tom1, LOC100039134, Hmox1, Mcm5, Rasd2, LOC675507, LOC384845, LOC666211, LOC100039229
Downstream geneLOC666036, LOC100039185, EG631594, LOC666226
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071A03.bB6Ng01-071A03.g
ACCDH888830DH888831
length1,1521,060
definitionDH888830|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071A03, 5' end.DH888831|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071A03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,002,046 - 78,003,209)(78,139,834 - 78,140,909)
sequence
gaattcatagaagttgtaagtgattttattgttaaaactgtaattaaagc
atcattaattttttgtattcttcagattttttaaggaaacacactcagta
aaacactcacaagtatgtatagataaaaaataggtttgctataggaattt
attctcaatattctagaggttaggggataaaaatcacagatccaagaaag
ccaaagatgtgggtgtgttttaatcagatcaaaatgtctgagcagggaag
gcaggaacagtacacaccctgttcaagtatagaagtcctggaggggaaca
agttcgagccatgtgcagtgacatgcctgagaatgcaatagggaacatgt
catgttaggttaaaggaactgaaaaatataaaagcataaatttgcttttc
ctctacattttttgttctgagctctctacagactgaataatgcctactga
cttttggtgagctcaaatcttccttattgaatttattgatccataccctc
atgccttctggaaataccctcatataacattacattatataatgtgcttc
ctcttagccctgttaagatggtgcatatatttaaaccattacaccttcct
tccaaatagaataatatatttgagatatagtggtaagcagttggaaagaa
tagtggtaaacagttggaaagaactattcatttatgtttgctgtctatgt
ggtttaaatgtctatgattaatctatgtctggttagatcaatataaaaaa
caacaaaccattaagacttaaaagattatgtgatcagtctaaaattataa
gagtgggcagatgtggagacaagattgaatctaggagtttctaattccaa
atatcttgcttttaactaacatttgccaacccttcaaaagtcagtggctc
ttgagttattgtcaataaatagtacttggttctgcagactcggtgatgaa
caaaaacagtttatcctttcattatatttttagtctcattggagataata
catgattttaaaatattcattatgccaaaaatacaactacagtacaataa
tgttgtataaggatagatacagtccatggtgcccagtaacgtaacctcaa
gaagctgagaacgcaagaagaatgtagaaataactagtggggcatgatga
ag
gaattccttcatcccatacttaacctgttacttctgaccaggcttaagtt
tcatcattttttttttaaatttctatcttctctggccactcctgaactca
cattcattttatagcccaagttaagctctgtcaggacaccatccatgcct
gtcttcctgcttcctccacactaaaggaatacatcatctgtaaatgtggt
gatttgaataaaatttgtcctcacaggttcatgtatttcaaagcttagtc
accagggagtggaatcatttaaaaggattggaagaacttgaaggtttggt
ccagttggaggttgtttgtcactggggtgagctttgaagcttcaaaagcc
catgctaggctcagtcactctttctgcctagagatcaagatgtaactctc
agctacttgtccagcaccaggactgcctgctgtctgtcatgttccccaca
agatgataatggactgagcctctgaaactgtaacaaaactcccagataaa
tgctttattttataagagtaccttggtcatagtgtctcctcatagcaata
gagcaatgactgagacagtacctttcacatttcagtgcaacactacaaca
caagtctcttaactcactgttatgaacccactagcccctctagtacaatt
tctttgcggcagacttctctcggatataaagtgtttggaaactcatcgta
tataccaaaccataacatgtgatggacttagataaggagtcttggcactg
aagtcaatagatagaaaatctgctgcttgatcaacaacattggaagccac
ttaccctttctgagtgccagttttctattcttaaatacgtatttaaatat
tttaaatatgtaatgctcagctgatatagctgagcattacatattagaca
gtggtgtgtttaatggttataaactgagtactcagtatcagaggactatg
tggctttgttgctttctgctgattcagaaatcatttgtcagacctgttta
ctagcagcactcctatgtacctgctagacatcactgtgtgatctcagatt
tatatcttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_78002046_78003209
seq2: B6Ng01-071A03.b_36_1187

seq1  GAATTCATAGAAGTTGTAAGTGATTTTATTGTTAAAACTGTAATTAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGAAGTTGTAAGTGATTTTATTGTTAAAACTGTAATTAAAGC  50

seq1  ATCATTAATTTTTTGTATTCTTCAGATTTTTTAAGGAAACACACTCAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTAATTTTTTGTATTCTTCAGATTTTTTAAGGAAACACACTCAGTA  100

seq1  AAACACTCACAAGTATGTATAGATAAAAAATAGGTTTGCTATAGGAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTCACAAGTATGTATAGATAAAAAATAGGTTTGCTATAGGAATTT  150

seq1  ATTCTCAATATTCTAGAGGTTAGGGGATAAAAATCACAGATCCAAGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAATATTCTAGAGGTTAGGGGATAAAAATCACAGATCCAAGAAAG  200

seq1  CCAAAGATGTGGGTGTGTTTTAATCAGATCAAAATGTCTGAGCAGGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGATGTGGGTGTGTTTTAATCAGATCAAAATGTCTGAGCAGGGAAG  250

seq1  GCAGGAACAGTACACACCCTGTTCAAGTATAGAAGTCCTGGAGGGGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAACAGTACACACCCTGTTCAAGTATAGAAGTCCTGGAGGGGAACA  300

seq1  AGTTCGAGCCATGTGCAGTGACATGCCTGAGAATGCAATAGGGAACATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCGAGCCATGTGCAGTGACATGCCTGAGAATGCAATAGGGAACATGT  350

seq1  CATGTTAGGTTAAAGGAACTGAAAAATATAAAAGCATAAATTTGCTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTAGGTTAAAGGAACTGAAAAATATAAAAGCATAAATTTGCTTTTC  400

seq1  CTCTACATTTTTTGTTCTGAGCTCTCTACAGACTGAATAATGCCTACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACATTTTTTGTTCTGAGCTCTCTACAGACTGAATAATGCCTACTGA  450

seq1  CTTTTGGTGAGCTCAAATCTTCCTTATTGAATTTATTGATCCATACCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGTGAGCTCAAATCTTCCTTATTGAATTTATTGATCCATACCCTC  500

seq1  ATGCCTTCTGGAAATACCCTCATATAACATTACATTATATAATGTGCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTCTGGAAATACCCTCATATAACATTACATTATATAATGTGCTTC  550

seq1  CTCTTAGCCCTGTTAAGATGGTGCATATATTTAAACCATTACACCTTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGCCCTGTTAAGATGGTGCATATATTTAAACCATTACACCTTCCT  600

seq1  TCCAAATAGAATAATATATTTGAGATATAGTGGTAAGCAGTTGGAAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATAGAATAATATATTTGAGATATAGTGGTAAGCAGTTGGAAAGAA  650

seq1  TAGTGGTAAACAGTTGGAAAGAACTATTCATTTATGTTTGCTGTCTATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTAAACAGTTGGAAAGAACTATTCATTTATGTTTGCTGTCTATGT  700

seq1  GGTTTAAATGTCTATGATTAATCTATGTCTGGTTAGATCAATATAAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAAATGTCTATGATTAATCTATGTCTGGTTAGATCAATATAAAAAA  750

seq1  CAACAAACCATTAAGACTTAAAAGATTATGTGATCAGTCTAAAATTATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAACCATTAAGACTTAAAAGATTATGTGATCAGTCTAAAATTATAA  800

seq1  GAGTGGGCAGATGTGGAGACAAGATTTGAATCTAGGAGTTTCTAATTCCA  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGCAGATGTGGAGACAAGA-TTGAATCTAGGAGTTTCTAATTCCA  849

seq1  AATATCTTGCTTTTAACTAACATTTGCCAACCCTTCAAAAGTCAGTGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTTGCTTTTAACTAACATTTGCCAACCCTTCAAAAGTCAGTGGCT  899

seq1  CTTGAGTTATTGTCAATAAATAGTACTTGGTTCTGCAGACTCGGTGATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTTATTGTCAATAAATAGTACTTGGTTCTGCAGACTCGGTGATGA  949

seq1  ACAAAAACAGTTTATCCTTTCATTATATTTTTAGTCTCATTGGAGATAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAACAGTTTATCCTTTCATTATATTTTTAGTCTCATTGGAGATAAT  999

seq1  ACATGATTTTAAAATATTCATTATGCCAAAAATACAACTACAAGTACAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACATGATTTTAAAATATTCATTATGCCAAAAATACAACTAC-AGTACAAT  1048

seq1  AAATGTGTATAAGGATAGAATACAGTTCCAT-GTGCCCAAGTAACGTTAA  1099
      ||   ||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||| | 
seq2  AATGTTGTATAAGGATAG-ATACAG-TCCATGGTGCCC-AGTAACGTAAC  1095

seq1  CTCAAGAAGCCTGAGAACGCAAAGGAAGGACATGTAGAAATTAACTAGTG  1149
      ||||||||| ||||||||||||  ||||   ||||||||| |||||||||
seq2  CTCAAGAAG-CTGAGAACGCAA--GAAG--AATGTAGAAA-TAACTAGTG  1139

seq1  GGGGCCATGATGAAG  1164
      |||  ||||||||||
seq2  GGG--CATGATGAAG  1152

seq1: chr8_78139834_78140909
seq2: B6Ng01-071A03.g_64_1123 (reverse)

seq1  GGAAGGATATATAAATTCTTGAAGGATCACCACAGTGATGTCCTTAGCAA  50
      |||||   ||||||||   |||  ||||| ||||||||||||  ||||| 
seq2  GGAAG---ATATAAAT--CTGA--GATCA-CACAGTGATGTC--TAGCAG  40

seq1  GTACATAGGAGTGCTGCTAGGTAAACAGGGTCTGACAAATTGATTTTCTG  100
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||
seq2  GTACATAGGAGTGCTGCTA-GTAAACA-GGTCTGACAAA-TGA-TTTCTG  86

seq1  AATCAGCAGAAAGCAACAAAGCCACATAGTCCTCTGATTACTGAGTACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATCAGCAGAAAGCAACAAAGCCACATAGTCCTCTGA-TACTGAGTACTC  135

seq1  AGTTTATAAACCATTAAACACACCACTGTCTAATATGTAATGCTCAGCTA  200
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAT-AACCATTAAACACACCACTGTCTAATATGTAATGCTCAGCTA  184

seq1  TATCAGCTGAGCATTACATATTAAAAATATTTAAATACGTATTTAAGAAT  250
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGCTGAGCATTACATATTTAAAATATTTAAATACGTATTTAAGAAT  234

seq1  AGAAAACTGGCACTCAGAAAGGGTAAGTGGCTTCCAATGTTGTTGATCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACTGGCACTCAGAAAGGGTAAGTGGCTTCCAATGTTGTTGATCAA  284

seq1  GCAGCAGATTTTCTATCTATTGACTTCAGTGCCAAGACTCCTTATCTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGATTTTCTATCTATTGACTTCAGTGCCAAGACTCCTTATCTAAG  334

seq1  TCCATCACATGTTATGGTTTGGTATATACGATGAGTTTCCAAACACTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCACATGTTATGGTTTGGTATATACGATGAGTTTCCAAACACTTTA  384

seq1  TATCCGAGAGAAGTCTGCCGCAAAGAAATTGTACTAGAGGGGCTAGTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCGAGAGAAGTCTGCCGCAAAGAAATTGTACTAGAGGGGCTAGTGGG  434

seq1  TTCATAACAGTGAGTTAAGAGACTTGTGTTGTAGTGTTGCACTGAAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAACAGTGAGTTAAGAGACTTGTGTTGTAGTGTTGCACTGAAATGT  484

seq1  GAAAGGTACTGTCTCAGTCATTGCTCTATTGCTATGAGGAGACACTATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTACTGTCTCAGTCATTGCTCTATTGCTATGAGGAGACACTATGA  534

seq1  CCAAGGTACTCTTATAAAATAAAGCATTTATCTGGGAGTTTTGTTACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTACTCTTATAAAATAAAGCATTTATCTGGGAGTTTTGTTACAGT  584

seq1  TTCAGAGGCTCAGTCCATTATCATCTTGTGGGGAACATGACAGACAGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGGCTCAGTCCATTATCATCTTGTGGGGAACATGACAGACAGCAG  634

seq1  GCAGTCCTGGTGCTGGACAAGTAGCTGAGAGTTACATCTTGATCTCTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCTGGTGCTGGACAAGTAGCTGAGAGTTACATCTTGATCTCTAGG  684

seq1  CAGAAAGAGTGACTGAGCCTAGCATGGGCTTTTGAAGCTTCAAAGCTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGAGTGACTGAGCCTAGCATGGGCTTTTGAAGCTTCAAAGCTCAC  734

seq1  CCCAGTGACAAACAACCTCCAACTGGACCAAACCTTCAAGTTCTTCCAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGACAAACAACCTCCAACTGGACCAAACCTTCAAGTTCTTCCAAT  784

seq1  CCTTTTAAATGATTCCACTCCCTGGTGACTAAGCTTTGAAATACATGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAAATGATTCCACTCCCTGGTGACTAAGCTTTGAAATACATGAAC  834

seq1  CTGTGAGGACAAATTTTATTCAAATCACCACATTTACAGATGATGTATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGGACAAATTTTATTCAAATCACCACATTTACAGATGATGTATTC  884

seq1  CTTTAGTGTGGAGGAAGCAGGAAGACAGGCATGGATGGTGTCCTGACAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTGTGGAGGAAGCAGGAAGACAGGCATGGATGGTGTCCTGACAGA  934

seq1  GCTTAACTTGGGCTATAAAATGAATGTGAGTTCAGGAGTGGCCAGAGAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAACTTGGGCTATAAAATGAATGTGAGTTCAGGAGTGGCCAGAGAAG  984

seq1  ATAGAAATTTAAAAAAAAAATGATGAAACTTAAGCCTGGTCAGAAGTAAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAATTTAAAAAAAAAATGATGAAACTTAAGCCTGGTCAGAAGTAAC  1034

seq1  AGGTTAAGTATGGGATGAAGGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAAGTATGGGATGAAGGAATTC  1060