BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072O08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 13,241,201 - 13,435,129
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1
Upstream geneLOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik, Tubgcp3, Atp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1
Downstream geneGm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536, Fbxo25, LOC100041103, 2610019F03Rik, EG546036, Erich1, Dlgap2, LOC100041140
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072O08.bB6Ng01-072O08.g
ACCDH890180DH890181
length1,0981,053
definitionDH890180|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072O08, 5' end.DH890181|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072O08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,241,201 - 13,242,300)(13,434,077 - 13,435,129)
sequence
gaattctctgaggagagtggaaagaatgttgaaggacctgatatagtttg
tgggacaaagctctggccccacatagaactccgctggcagcctcggactc
tggccacacgctcaactgcaccaagatgcacttgtcctggtcagaggcag
ctacaagggcagtgacccatggtccatcctgcctcccttgtccataccag
gtaccccgccagccctcctcatctcctatcttgcctcagaacatggctgc
ttatgttctagatcctctgtgatcactccatccctgtctgcaaggacgag
gggacaacgcaagtgtctttttgcctttctgtctatataagatgctccta
cctatgtagactctctgaggtgactcccctgcctatgtggactctctgag
gtgactccccctgctctgcctcagctccttctgccctccttacagcctgg
ctcctccggaagttcatggctgacttcagcggcgtggacacaggttgtcc
tagctaaagtacaggtaccagcaaacatcagtgagcctaatgtttgtgga
tttctgcacagttcttatcgtttgttcccacacttggtaagcccatggag
tgagggcctctgagggacaataggcctcaggaagagacacatttcaccca
gacccaggaacctggctataaaatgctgtgctttgtacaggccacagaac
tgcagcagggaggaacctgtatagtctggtcgagagagacctgtcaactc
tggagggtggctggaaagagaagagtccctgtgcctggtcactgtcctga
cagtagtcacctgtgagactttgatgtgggacacaccaaagtagttactg
taactgtatctgtggcctacatgccacagtagcgtgtactgcagtcagag
actgcagagtgtgtccagcaatggagatgagcctggaatctgggactgta
gctgaaccccacatctgtggaccctaaatccctagaagtgcttcagtgta
cagagattagcaccttctggaagtaggcataccaaaggagggtgccttac
ctccgtgtaacctggctcgctggcacagctcggtccagtgctccccga
gaattctccacacagctggaaaggactcaagccccgcctacttcagaccc
ccagctgagccctcccgcatcaatcattaagaaaatgctctacagacttg
cacacaggtgatgtgatggaccgaggcatcttctcagttggggttcgggg
gaagggggtctgcatatagcatggaaactcaggttctgttgtgagcatgc
cccaacccagcagctaaagttcagagtgaaggctgctatgggaagccaga
gaggggctgcaagaaaacaggcaagcagactgggcatgtcttatttaagt
tccttagttaagttcctgttgcttcaataaagacaccatggccaaaagca
gcctggcaaggaaagagctccttgggcttatatgtctgatcacagtccac
cattggaagagccaaggcaggtacggaagcagcaaccacggacaggctct
gcttactggcttgtgtctcatagtttgctcagtctgctttcttagaccac
ccaagaccacctactcaggggtggcacctcccccagtgagctgggccctt
ccacaccagtccttaactcagaaaatgctcagtagtcttgcccacaggtg
ataggacagaggcagtttctcaggtgatattcctcttctaagattactct
agcttgggtcaagttggcaaaaaactaaccaagacggagtaccatgcatg
gcagcagtaggggaaagtaagtcttttaaagactattaatgcattgctta
aaaggttttgagaaccaggagtatagtactcaatggtgaagtgcttacat
agctcagtgttatagtagttacacagttccatagtagggtgcttacatag
cttcagggtagagtacttacacaggtccatagtagggtgcttacatagct
caggggtagagtacttacacagttccatagcagagtgcttacatataact
cagtttgtgggtactacacagttctttagtagagtgcttacgtatactac
ttagttggcaaaatgcataccacagttccttagtaaagtgtttaaatagc
tca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_13241201_13242300
seq2: B6Ng01-072O08.b_45_1142

seq1  GAATTCTCTGAGGAGAGTGGAAAGAATGTTGAAGGACCTGATATAGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAGGAGAGTGGAAAGAATGTTGAAGGACCTGATATAGTTTG  50

seq1  TGGGACAAAGCTCTGGCCCCACATAGAACTCCGCTGGCAGCCTCGGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAAAGCTCTGGCCCCACATAGAACTCCGCTGGCAGCCTCGGACTC  100

seq1  TGGCCACACGCTCAACTGCACCAAGATGCACTTGTCCTGGTCAGAGGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACACGCTCAACTGCACCAAGATGCACTTGTCCTGGTCAGAGGCAG  150

seq1  CTACAAGGGCAGTGACCCATGGTCCATCCTGCCTCCCTTGTCCATACCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGGGCAGTGACCCATGGTCCATCCTGCCTCCCTTGTCCATACCAG  200

seq1  GTACCCCGCCAGCCCTCCTCATCTCCTATCTTGCCTCAGAACATGGCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCCGCCAGCCCTCCTCATCTCCTATCTTGCCTCAGAACATGGCTGC  250

seq1  TTATGTTCTAGATCCTCTGTGATCACTCCATCCCTGTCTGCAAGGACGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTCTAGATCCTCTGTGATCACTCCATCCCTGTCTGCAAGGACGAG  300

seq1  GGGACAACGCAAGTGTCTTTTTGCCTTTCTGTCTATATAAGATGCTCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAACGCAAGTGTCTTTTTGCCTTTCTGTCTATATAAGATGCTCCTA  350

seq1  CCTATGTAGACTCTCTGAGGTGACTCCCCTGCCTATGTGGACTCTCTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTAGACTCTCTGAGGTGACTCCCCTGCCTATGTGGACTCTCTGAG  400

seq1  GTGACTCCCCCTGCTCTGCCTCAGCTCCTTCTGCCCTCCTTACAGCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCCCCCTGCTCTGCCTCAGCTCCTTCTGCCCTCCTTACAGCCTGG  450

seq1  CTCCTCCGGAAGTTCATGGCTGACTTCAGCGGCGTGGACACAGGTTGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCGGAAGTTCATGGCTGACTTCAGCGGCGTGGACACAGGTTGTCC  500

seq1  TAGCTAAAGTACAGGTACCAGCAAACATCAGTGAGCCTAATGTTTGTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAAAGTACAGGTACCAGCAAACATCAGTGAGCCTAATGTTTGTGGA  550

seq1  TTTCTGCACAGTTCTTATCGTTTGTTCCCACACTTGGTAAGCCCATGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCACAGTTCTTATCGTTTGTTCCCACACTTGGTAAGCCCATGGAG  600

seq1  TGAGGGCCTCTGAGGGACAATAGGCCTCAGGAAGAGACACATTTCACCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGCCTCTGAGGGACAATAGGCCTCAGGAAGAGACACATTTCACCCA  650

seq1  GACCCAGGAACCTGGCTATAAAATGCTGTGCTTTGTACAGGCCACAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGGAACCTGGCTATAAAATGCTGTGCTTTGTACAGGCCACAGAAC  700

seq1  TGCAGCAGGGAGGAACCTGTATAGTCTGGTCGAGAGAGACCTGTCAACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAGGGAGGAACCTGTATAGTCTGGTCGAGAGAGACCTGTCAACTC  750

seq1  TGGAGGGTGGCTGGAAAGAGAAGAGTCCCTGTGCCTGGTCACTGTCCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGTGGCTGGAAAGAGAAGAGTCCCTGTGCCTGGTCACTGTCCTGA  800

seq1  CAGTAGTCACCTGTGAGACTTTGATGTGGGACACACCAAAGTAGGTTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGTAGTCACCTGTGAGACTTTGATGTGGGACACACCAAAGTA-GTTACT  849

seq1  GTAACTGTATCTGTGGCCTACATGCCACAGTAGCGTGTACTGCAGTCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTGTATCTGTGGCCTACATGCCACAGTAGCGTGTACTGCAGTCAGA  899

seq1  GACTGCAGAGTGTGTCCAGCAATGGAGATGAGCCTGGAATCTGGGACTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCAGAGTGTGTCCAGCAATGGAGATGAGCCTGGAATCTGGGACTGT  949

seq1  AGCTGAACCCCACATCTGTGGACCCTAAATCCCTAGAAGTGCTTCAGTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAACCCCACATCTGTGGACCCTAAATCCCTAGAAGTGCTTCAGTGT  999

seq1  ACAGAGATTAGCACCTTCTGGAAGTAGCCATACCAAAGGAGGGTGCCTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGATTAGCACCTTCTGGAAGTAGGCATACCAAAGGAGGGTGCCTTA  1049

seq1  CCTCCGTGAAACATGGCTCGCTGGCACAGCTCGGTCCAGTTGCTCCCCGA  1100
      |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTCCGTGTAACCTGGCTCGCTGGCACAGCTCGGTCCAG-TGCTCCCCGA  1098

seq1: chr8_13434077_13435129
seq2: B6Ng01-072O08.g_68_1120 (reverse)

seq1  TGAGCTATTTAAGCACTCTACTATGGAACTGT-GTATGCATTTTGCC-AC  48
      |||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||
seq2  TGAGCTATTTAAACACTTTACTAAGGAACTGTGGTATGCATTTTGCCAAC  50

seq1  TGAGTAGTTATACGTAAGCACTCTACTAAAGAACTGTGTAAGTACCCTAC  98
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   
seq2  TAAGTAG-TATACGTAAGCACTCTACTAAAGAACTGTGT-AGTACCCACA  98

seq1  AACTGAGTTATATGTAAGCACTCTGCTATGGAACTGTGTAAGTACTCTAC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGTTATATGTAAGCACTCTGCTATGGAACTGTGTAAGTACTCTAC  148

seq1  CCCTGAGCTATGTAAGCACCCTACTATGGAACTGTGTAAGTACTCTACCC  198
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGCTATGTAAGCACCCTACTATGGACCTGTGTAAGTACTCTACCC  198

seq1  CTGAGCTATGTAAGCACCCTACTATGGAACTGTGTAACTACTATAACACT  248
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTATGTAAGCACCCTACTATGGAACTGTGTAACTACTATAACACT  248

seq1  GAGCTATGTAAGCACTTCACCATTGAGTACTATACTCCTGGTTCTCAAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATGTAAGCACTTCACCATTGAGTACTATACTCCTGGTTCTCAAAA  298

seq1  CCTTTTAAGCAATGCATTAATAGTCTTTAAAAGACTTACTTTCCCCTACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAAGCAATGCATTAATAGTCTTTAAAAGACTTACTTTCCCCTACT  348

seq1  GCTGCCATGCATGGTACTCCGTCTTGGTTAGTTTTTTGCCAACTTGACCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCATGCATGGTACTCCGTCTTGGTTAGTTTTTTGCCAACTTGACCC  398

seq1  AAGCTAGAGTAATCTTAGAAGAGGAATATCACCTGAGAAACTGCCTCTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGAGTAATCTTAGAAGAGGAATATCACCTGAGAAACTGCCTCTGT  448

seq1  CCTATCACCTGTGGGCAAGACTACTGAGCATTTTCTGAGTTAAGGACTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCACCTGTGGGCAAGACTACTGAGCATTTTCTGAGTTAAGGACTGG  498

seq1  TGTGGAAGGGCCCAGCTCACTGGGGGAGGTGCCACCCCTGAGTAGGTGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAGGGCCCAGCTCACTGGGGGAGGTGCCACCCCTGAGTAGGTGGT  548

seq1  CTTGGGTGGTCTAAGAAAGCAGACTGAGCAAACTATGAGACACAAGCCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTGGTCTAAGAAAGCAGACTGAGCAAACTATGAGACACAAGCCAG  598

seq1  TAAGCAGAGCCTGTCCGTGGTTGCTGCTTCCGTACCTGCCTTGGCTCTTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGAGCCTGTCCGTGGTTGCTGCTTCCGTACCTGCCTTGGCTCTTC  648

seq1  CAATGGTGGACTGTGATCAGACATATAAGCCCAAGGAGCTCTTTCCTTGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTGGACTGTGATCAGACATATAAGCCCAAGGAGCTCTTTCCTTGC  698

seq1  CAGGCTGCTTTTGGCCATGGTGTCTTTATTGAAGCAACAGGAACTTAACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGCTTTTGGCCATGGTGTCTTTATTGAAGCAACAGGAACTTAACT  748

seq1  AAGGAACTTAAATAAGACATGCCCAGTCTGCTTGCCTGTTTTCTTGCAGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACTTAAATAAGACATGCCCAGTCTGCTTGCCTGTTTTCTTGCAGC  798

seq1  CCCTCTCTGGCTTCCCATAGCAGCCTTCACTCTGAACTTTAGCTGCTGGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTGGCTTCCCATAGCAGCCTTCACTCTGAACTTTAGCTGCTGGG  848

seq1  TTGGGGCATGCTCACAACAGAACCTGAGTTTCCATGCTATATGCAGACCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGCATGCTCACAACAGAACCTGAGTTTCCATGCTATATGCAGACCC  898

seq1  CCTTCCCCCGAACCCCAACTGAGAAGATGCCTCGGTCCATCACATCACCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCCCGAACCCCAACTGAGAAGATGCCTCGGTCCATCACATCACCT  948

seq1  GTGTGCAAGTCTGTAGAGCATTTTCTTAATGATTGATGCGGGAGGGCTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCAAGTCTGTAGAGCATTTTCTTAATGATTGATGCGGGAGGGCTCA  998

seq1  GCTGGGGGTCTGAAGTAGGCGGGGCTTGAGTCCTTTCCAGCTGTGTGGAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGGTCTGAAGTAGGCGGGGCTTGAGTCCTTTCCAGCTGTGTGGAG  1048

seq1  AATTC  1053
      |||||
seq2  AATTC  1053