BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074M13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 89,339,292 - 89,442,654
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC004022, LOC666960
Upstream geneItfg1, LOC100040798, Phkb, LOC671665, LOC100040165, Abcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178
Downstream geneEG625298, EG330819, Cbln1, LOC100040294, 4933402J07Rik, Zfp423
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074M13.bB6Ng01-074M13.g
ACCDH891534DH891535
length1,1851,171
definitionDH891534|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074M13, 5' end.DH891535|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074M13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,339,292 - 89,340,501)(89,441,491 - 89,442,654)
sequence
gaattcagccttgcagctgcgtgagaaggagatcaggaggcttaggcggc
tgaacagagcaggtgctgtagggttataggcagccttgctctctgccctg
actctgcctgcagagatgtaagcaagcaagcagccttggggtcctcccaa
cacggacaagagccacagtggaccaacctatgttggggttggaggattca
ggcctaaggggatcccagctgtctgctcccccaagactgttccccaaaat
tgtgcctaggatgccccacatctacacagttgccatggaaatttgtttgt
ttctgagctttatggctgtgtccttccttttcttccctccccatctgctt
ccttcttctcttttattttatttaaaatgtttttaagaaaaaagctgggc
gtggtggcgcacacctttaatcccaacactcaggaggcagaggcaggtgg
ttttctgagttcgaggccagcctggtctacacagtgagttccaggacagc
cagggctacacagagaaactctgtctcaaaaaaccaaaaaaaaaaaaaat
ttaaagagaattgatttttattatttttatgtgcattgtgtcttgtaatc
tattacctggatgtgtctgtgtgagggcgtcagatgcccttgaagctgga
ggtagagtcttgagctgtcatgttggtgctaggaattgaaacagggtcct
ctggaaaagcagccagtgctcttaaccactgagcccatctctccagctcc
cttttattctatttttaattgtgtgtttgtatgcaggtgtatcctcagga
gctggacttatagatggcactgatatgagagcttggggaacatttaggtg
gtagggtctgctatgagtaccgggaactgaactcaggtcctccaagaaca
gtcactccttccacacagacatctctccagcccccccatctccttctttc
tcccttcttttttaaattaaaattttacacttgtatttgatagccaaaag
aacaaaaaggttttgtattgttgttggatgtaaagtaaaaaccccttgaa
actggagaatgctggtgatagagcccttgctgtttcttacgaggtccgat
caatccagcactctcaggcagctccacttcttgtgactccatttcaggta
tccaagcctctcttctggacctcctttaggctaag
gaattctcctgtgggctccactctgaattgctaaccaactccttgtagca
tggtggaagacaagaagaacgcccctaagccatcataatatctgaagtgc
tctctgacttggggactgggacgcctcccttattccacgtcttgtctctt
tccttaaaattatcatgggacattcattttcaagtcccttgtactcctaa
ctacaatgcatcctcaagacctagaataaatacgttccttcagccttcct
tgcaccccatccagccatgcagatcttggggactcctctccctttcctgt
attcctgctgtcctgcactcacccctcccagacaagttagagaccttgag
atctctcactcatccttccactctctgtgaacccctaccagagccatgtc
ccactatcctgcttaccctggaaccttcacaccctcgcacacactgtgtg
attatcccagcagaaaagggctctggctctgtggagactacaatgtctgc
tgctctgtgtttccgctactttataccagctccagctggtcagactagaa
gtctcaagaccttctgctctcccaattctcctgctaacacttacactgtc
ctgaacactcatcatggctgaaaagggtacaagactcatatgtatcccag
gctcaacccagcaaggcattttagaggcccctgctttgcacttcttgcat
cctgtcctcaactggccggtaatgccagaggtgtttgatctcctcccaca
ccccagtgcacactcctgccccaactggagaagccagaggatattccata
catgcacagtacacatgagcaccctggcttatgaagttaggggtcatggc
cctgggacacacccctataacactgctcaactcaggatcatgagatcaga
gaacacatgaaactaccacctctagtacaaactcccaacatgttgtacag
actctggtttatgagaccaaagaccacgcccacactgtagccaagccaat
tataccttcagtttcttccatccaggagctaacactgagtgtctactact
agaatcaagcaacacttgagcctgaaccataccagtaccaagcggagaaa
atagcaaacacctttagcaatgctccactctcaacacatgcatcacggga
aagacttaactaaaaggctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_89339292_89340501
seq2: B6Ng01-074M13.b_45_1229

seq1  GAATTCAGCCTTGCAGCTGCGTGAGAAGGAGATCAGGAGGCTTAGGCGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTTGCAGCTGCGTGAGAAGGAGATCAGGAGGCTTAGGCGGC  50

seq1  TGAACAGAGCAGGTGCTGTAGGGTTATAGGCAGCCTTGCTCTCTGCCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGAGCAGGTGCTGTAGGGTTATAGGCAGCCTTGCTCTCTGCCCTG  100

seq1  ACTCTGCCTGCAGAGATGTAAGCAAGCAAGCAGCCTTGGGGTCCTCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCCTGCAGAGATGTAAGCAAGCAAGCAGCCTTGGGGTCCTCCCAA  150

seq1  CACGGACAAGAGCCACAGTGGACCAACCTATGTTGGGGTTGGAGGATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGACAAGAGCCACAGTGGACCAACCTATGTTGGGGTTGGAGGATTCA  200

seq1  GGCCTAAGGGGATCCCAGCTGTCTGCTCCCCCAAGACTGTTCCCCAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAAGGGGATCCCAGCTGTCTGCTCCCCCAAGACTGTTCCCCAAAAT  250

seq1  TGTGCCTAGGATGCCCCACATCTACACAGTTGCCATGGAAATTTGTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTAGGATGCCCCACATCTACACAGTTGCCATGGAAATTTGTTTGT  300

seq1  TTCTGAGCTTTATGGCTGTGTCCTTCCTTTTCTTCCCTCCCCATCTGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGCTTTATGGCTGTGTCCTTCCTTTTCTTCCCTCCCCATCTGCTT  350

seq1  CCTTCTTCTCTTTTATTTTATTTAAAATGTTTTTAAGAAAAAAGCTGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTCTCTTTTATTTTATTTAAAATGTTTTTAAGAAAAAAGCTGGGC  400

seq1  GTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAACACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAACACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGG  450

seq1  TTTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGC  500

seq1  CAGGGCTACACAGAGAAACTCTGTCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTACACAGAGAAACTCTGTCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAT  550

seq1  TTAAAGAGAATTGATTTTTATTATTTTTATGTGCATTGTGTCTTGTAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAGAATTGATTTTTATTATTTTTATGTGCATTGTGTCTTGTAATC  600

seq1  TATTACCTGGATGTGTCTGTGTGAGGGCGTCAGATGCCCTTGAAGCTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCTGGATGTGTCTGTGTGAGGGCGTCAGATGCCCTTGAAGCTGGA  650

seq1  GGTAGAGTCTTGAGCTGTCATGTTGGTGCTAGGAATTGAAACAGGGTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGTCTTGAGCTGTCATGTTGGTGCTAGGAATTGAAACAGGGTCCT  700

seq1  CTGGAAAAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCCATCTCTCCAGCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCCATCTCTCCAGCTCC  750

seq1  CTTTTATTCTATTTTTAATTGTGTGTTTGTATGCAGGTGTATCCTCAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTCTATTTTTAATTGTGTGTTTGTATGCAGGTGTATCCTCAGGA  800

seq1  GCTGGACTTATAGATGGCACTGATATGAGAGCTTGGGGAACATTTAGGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACTTATAGATGGCACTGATATGAGAGCTTGGGGAACATTTAGGTG  850

seq1  GTAGGGTCTGCTATGAGTACCGGGAACTGAACTCAGGTCCTCCAAGAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGTCTGCTATGAGTACCGGGAACTGAACTCAGGTCCTCCAAGAACA  900

seq1  GTCACTCCTTCCACACAGACATCTCTCCAGCCACCCCCATCTCCTTCTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTCACTCCTTCCACACAGACATCTCTCCAGCC-CCCCCATCTCCTTCTTT  949

seq1  CTCCCTTCTTTTTTAAATTAAAAATTTTACACTTGTATTTGATAGCCAAA  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTCTTTTTTAAATT-AAAATTTTACACTTGTATTTGATAGCCAAA  998

seq1  AGAACAAAAAGTTTTTGTTTATTTGTTTTTGTTTTGGATGTAAAAGTAAA  1050
      ||||||||||| |||||| |  |||        |||||||| ||||||||
seq2  AGAACAAAAAGGTTTTGTATTGTTG--------TTGGATGT-AAAGTAAA  1039

seq1  AACCTCTTGAAACTGGAGAAATGGCTTGGTGATTAAGAGCCCTTGCTG-T  1099
      |||| ||||||||||||| ||||   |||||||  ||||||||||||| |
seq2  AACCCCTTGAAACTGGAG-AATG--CTGGTGAT--AGAGCCCTTGCTGTT  1084

seq1  TCTTACAGAGGTCCCAGATTCAATTCCCAGCACTCTCAAGGCAGCTCACA  1149
      |||||| ||||||| |   |||||  ||||||||||| ||||||||  | 
seq2  TCTTAC-GAGGTCCGA---TCAAT--CCAGCACTCTC-AGGCAGCT--CC  1125

seq1  ACTTTCTGTGACTCCAATTCCAGGTAATCCAAAGCCCTCTTCT-GACCTC  1198
      ||||  ||||||||| ||| ||||| ||||||  | ||||||| ||||||
seq2  ACTTCTTGTGACTCC-ATTTCAGGT-ATCCAAGCCTCTCTTCTGGACCTC  1173

seq1  C-TTAGGCATAAG  1210
      | |||||| ||||
seq2  CTTTAGGC-TAAG  1185

seq1: chr8_89441491_89442654
seq2: B6Ng01-074M13.g_68_1238 (reverse)

seq1  CTAGCTTTTTAGTTAAGTCTTT-CCGTGATGCCTGTGTTGAG---TGAGC  46
      ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    ||||
seq2  CTAGCCTTTTAGTTAAGTCTTTCCCGTGATGCATGTGTTGAGAGTGGAGC  50

seq1  ATTTGCTTCA-GTGTTTGCTATTTCCTCTGCTTGGTACTGGTATTGGTTC  95
      | |||||  | ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||
seq2  A-TTGCTAAAGGTGTTTGCTATTTTCTCCGCTTGGTACTGGTA-TGGTTC  98

seq1  A-GCTC-AGTGTTGCTTGATTCTAGTAGTAGACACTCAGTGTTAGCTCCT  143
      | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAAGTGTTGCTTGATTCTAGTAGTAGACACTCAGTGTTAGCTCCT  148

seq1  GGATGG-AGAAACTGAAGGTAT-ATTGGCTTGGCTACAGTGTGGGCGTGG  191
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAAGAAACTGAAGGTATAATTGGCTTGGCTACAGTGTGGGCGTGG  198

seq1  TCTTTGGTCTCATAAACCAGAGTCTGTACAACATGTTGGGAGTTTGTACT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGTCTCATAAACCAGAGTCTGTACAACATGTTGGGAGTTTGTACT  248

seq1  AGAGGTGGTAGTTTCATGTGTTCTCTGATCTCATGATCCTGAGTTGAGCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGGTAGTTTCATGTGTTCTCTGATCTCATGATCCTGAGTTGAGCA  298

seq1  GTGTTATAGGGGTGTGTCCCAGGGCCATGACCCCTAACTTCATAAGCCAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTATAGGGGTGTGTCCCAGGGCCATGACCCCTAACTTCATAAGCCAG  348

seq1  GGTGCTCATGTGTACTGTGCATGTATGGAATATCCTCTGGCTTCTCCAGT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCATGTGTACTGTGCATGTATGGAATATCCTCTGGCTTCTCCAGT  398

seq1  TGGGGCAGGAGTGTGCACTGGGGTGTGGGAGGAGATCAAACACCTCTGGC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCAGGAGTGTGCACTGGGGTGTGGGAGGAGATCAAACACCTCTGGC  448

seq1  ATTACCGGCCAGTTGAGGACAGGATGCAAGAAGTGCAAAGCAGGGGCCTC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCGGCCAGTTGAGGACAGGATGCAAGAAGTGCAAAGCAGGGGCCTC  498

seq1  TAAAATGCCTTGCTGGGTTGAGCCTGGGATACATATGAGTCTTGTACCCT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGCCTTGCTGGGTTGAGCCTGGGATACATATGAGTCTTGTACCCT  548

seq1  TTTCAGCCATGATGAGTGTTCAGGACAGTGTAAGTGTTAGCAGGAGAATT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCCATGATGAGTGTTCAGGACAGTGTAAGTGTTAGCAGGAGAATT  598

seq1  GGGAGAGCAGAAGGTCTTGAGACTTCTAGTCTGACCAGCTGGAGCTGGTA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGCAGAAGGTCTTGAGACTTCTAGTCTGACCAGCTGGAGCTGGTA  648

seq1  TAAAGTAGCGGAAACACAGAGCAGCAGACATTGTAGTCTCCACAGAGCCA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAGCGGAAACACAGAGCAGCAGACATTGTAGTCTCCACAGAGCCA  698

seq1  GAGCCCTTTTCTGCTGGGATAATCACACAGTGTGTGCGAGGGTGTGAAGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTTTTCTGCTGGGATAATCACACAGTGTGTGCGAGGGTGTGAAGG  748

seq1  TTCCAGGGTAAGCAGGATAGTGGGACATGGCTCTGGTAGGGGTTCACAGA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGGTAAGCAGGATAGTGGGACATGGCTCTGGTAGGGGTTCACAGA  798

seq1  GAGTGGAAGGATGAGTGAGAGATCTCAAGGTCTCTAACTTGTCTGGGAGG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGAAGGATGAGTGAGAGATCTCAAGGTCTCTAACTTGTCTGGGAGG  848

seq1  GGTGAGTGCAGGACAGCAGGAATACAGGAAAGGGAGAGGAGTCCCCAAGA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTGCAGGACAGCAGGAATACAGGAAAGGGAGAGGAGTCCCCAAGA  898

seq1  TCTGCATGGCTGGATGGGGTGCAAGGAAGGCTGAAGGAACGTATTTATTC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATGGCTGGATGGGGTGCAAGGAAGGCTGAAGGAACGTATTTATTC  948

seq1  TAGGTCTTGAGGATGCATTGTAGTTAGGAGTACAAGGGACTTGAAAATGA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTTGAGGATGCATTGTAGTTAGGAGTACAAGGGACTTGAAAATGA  998

seq1  ATGTCCCATGATAATTTTAAGGAAAGAGACAAGACGTGGAATAAGGGAGG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCATGATAATTTTAAGGAAAGAGACAAGACGTGGAATAAGGGAGG  1048

seq1  CGTCCCAGTCCCCAAGTCAGAGAGCACTTCAGATATTATGATGGCTTAGG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCCAGTCCCCAAGTCAGAGAGCACTTCAGATATTATGATGGCTTAGG  1098

seq1  GGCGTTCTTCTTGTCTTCCACCATGCTACAAGGAGTTGGTTAGCAATTCA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTTCTTCTTGTCTTCCACCATGCTACAAGGAGTTGGTTAGCAATTCA  1148

seq1  GAGTGGAGCCCACAGGAGAATTC  1164
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGAGCCCACAGGAGAATTC  1171