BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079G04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 11,068,134 - 11,200,649
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol4a1
Upstream geneMyo16, LOC100040008, LOC384782, LOC100040507, LOC665306, Irs2
Downstream geneCol4a2, Rab20, 0710008K08Rik, Cars2, Ing1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079G04.bB6Ng01-079G04.g
ACCDH894808DH894809
length575732
definitionDH894808|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079G04, 5' end.DH894809|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079G04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,068,134 - 11,068,714)(11,199,477 - 11,200,649)
sequence
actctccaggacctgcattgtggaaggacagaactgaaccctgcaggttg
ttctcggacctccacacattcaccatggcatgcacataaatacacatgaa
atatagttaaaatgactttcatgtgttatttccttcagtcttcacaggca
tggctttttatttagtgatatggtatatctcatatatctcagatttcatt
tgtatatgtgtatatatgcatacatatatatgcacattttttctaataag
caattcaaagtggagctttggtgattgcttgtttccatgtggcttttaca
atgatcactgctagaatttcaggattgagacagcctccctttgcatgcct
tgattttggttgacaaataggctgcaaagagatcaaatactagtgggaag
agaggcagttgctaagagaatcgattgacaacaagtggtggtaatctggc
atctgaaaagaatgcaaatgctaccgaaaacgtaaatatccacctttaaa
acatcagtagtatgtgggtgtgtacgcacaggtgtgtgcgtatgcatgtg
catgcctgtacgtgtgtgtgtgtgt
gaattcaccttgctaatgactaaaataaggatcaagacgagtctcagctg
ctcagtgtctccccctctctctggcctcacctcaggccatgtgtattgaa
acactcccagggttatgaacagggtttgagtgtcagctcattactccagg
tttaccacttaccctaccatccaatgaaatgtaaggaacactcactgtca
aatattgtggagaaaaataatgttcttccataccctgggaaggctctaat
ctattagagacaatgaaaagctaattataggactagagacatggctcagt
ggttaagagcactgattgctcttccagaggccctgagttcaattctcagc
aaccacattgtttcacaaccatctgtaacgggatctgatgcactctcctg
ctgtgtatctgaagatagttacagtgtgcttgtataaagaaaaataaata
aattaataaaaatacatatttcttaaaaaaaaaaaaagaaaagctaatta
gtcctatggctgagaggtgtgatcttggctgggctccggtgggctcgtgc
atgtaggtaatgtctaaaacattcccatgttgtagaaccacagaccccag
ttgctgtttatcatcaatgtagacggatgtttatctggtcccttagggat
catagggctctggagctggggctacagaatttctgattctgtaagcacct
gcatttctgatgctccatgactcgctgttgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_11068134_11068714
seq2: B6Ng01-079G04.b_47_627

seq1  GAATTCACTCTCCAGGACCTGCATTGTGGAAGGACAGAACTGAACCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTCCAGGACCTGCATTGTGGAAGGACAGAACTGAACCCTGC  50

seq1  AGGTTGTTCTCGGACCTCCACACATTCACCATGGCATGCACATAAATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTTCTCGGACCTCCACACATTCACCATGGCATGCACATAAATACA  100

seq1  CATGAAATATAGTTAAAATGACTTTCATGTGTTATTTCCTTCAGTCTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATATAGTTAAAATGACTTTCATGTGTTATTTCCTTCAGTCTTCA  150

seq1  CAGGCATGGCTTTTTATTTAGTGATATGGTATATCTCATATATCTCAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATGGCTTTTTATTTAGTGATATGGTATATCTCATATATCTCAGAT  200

seq1  TTCATTTGTATATGTGTATATATGCATACATATATATGCACATTTTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGTATATGTGTATATATGCATACATATATATGCACATTTTTTCT  250

seq1  AATAAGCAATTCAAAGTGGAGCTTTGGTGATTGCTTGTTTCCATGTGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCAATTCAAAGTGGAGCTTTGGTGATTGCTTGTTTCCATGTGGCT  300

seq1  TTTACAATGATCACTGCTAGAATTTCAGGATTGAGACAGCCTCCCTTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAATGATCACTGCTAGAATTTCAGGATTGAGACAGCCTCCCTTTGC  350

seq1  ATGCCTTGATTTTGGTTGACAAATAGGCTGCAAAGAGATCAAATACTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTGATTTTGGTTGACAAATAGGCTGCAAAGAGATCAAATACTAGT  400

seq1  GGGAAGAGAGGCAGTTGCTAAGAGAATCGATTGACAACAAGTGGTGGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAGAGGCAGTTGCTAAGAGAATCGATTGACAACAAGTGGTGGTAA  450

seq1  TCTGGCATCTGAAAAGAATGCAAATGCTACCGAAAACGTAAATATCCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCATCTGAAAAGAATGCAAATGCTACCGAAAACGTAAATATCCACC  500

seq1  TTTAAAACATCAGTAGTATGTGGGTGTGTACGCACAGGTGTGTGCGTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACATCAGTAGTATGTGGGTGTGTACGCACAGGTGTGTGCGTATG  550

seq1  CATGTGCATGCCTGTACGTGTGTGTGTGTGT  581
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCATGCCTGTACGTGTGTGTGTGTGT  581

seq1: chr8_11199477_11200649
seq2: B6Ng01-079G04.g_68_1228 (reverse)

seq1  ATGGAG-TTCTCGCCCCAGACATCAGTGCACTGGATTGCAAAATGCAATT  49
      |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||   |||  |||||||||
seq2  ATGGAGTTTCTCGCCCCAGACATCAGGGCATTG--ATGC--AATGCAATT  46

seq1  CATCTTTTATTGGATCAGGAGCGCCATTTGGTATGTGCCATTATGGAAAG  99
      |||  |||||| |||||| || ||||||  |||||| ||||||| |||||
seq2  CATTCTTTATT-GATCAGAAGGGCCATT--GTATGT-CCATTAT-GAAAG  91

seq1  CTCTCCGCTGCCTGTCCTTCTCCTTCAGCAAACAGAGGCCAACGAAGCGG  149
      | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  C-CTCCGCTGCCTGTCC-TCTCC-TCAGCAAACAGAGG-CAACGAAGCGG  137

seq1  GGTGTGTTAGTTACGCGAATCCCTATAAGGCACTTTATGGTTTTCATAGT  199
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTGTG-TAGTTACGCGAATCCCTATAAGGCACTTTATGG-TTTCATAGT  185

seq1  GGACAGTGAGGTA-CACAGGATATAATTCTAGGGTTCATTGCTGTTACAA  248
      ||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTGAGGTACCACAGGATATAATCTAAGGGTTCATTGCTGTTACAA  235

seq1  ATAC-AATGGGAGGGAGAAGAGGACAAGGGGGGGGAGTAGCACCATGTTG  297
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATGGGAGGGAGAAGAGGACAAGGGGGGGGAGTAGCACCATGTTG  285

seq1  TGACGGTGGCAGAGGCGAGCATCATAGTTATGTTCTTCTCATGCACACTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGACGGTGGCAGAGGCGAGCATCATAGTTATGTTCTTCTCATGCAAACTT  335

seq1  GGCAGCGGCTGACGTGTGTTCGCAGCTCCCCTGCCTTCAAGGTGGATGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCGGCTGACGTGTGTTCGCAGCTCCCCTGCCTTCAAGGTGGATGGC  385

seq1  GTGGGCTTCCTGCAACACAACAGAGTTACACCGTCAGCAGCAGCAGCAAC  447
      |||||||||||||||||||||||||||                 ||||||
seq2  GTGGGCTTCCTGCAACACAACAGAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCAAC  435

seq1  AGCGAGTCATGGAGCATCAGAAATGCAGGTGCTTACAGAATCAGAAATTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGTCATGGAGCATCAGAAATGCAGGTGCTTACAGAATCAGAAATTC  485

seq1  TGTAGCCCCAGCTCCAGAGCCCTATGATCCCTAAGGGACCAGATAAACAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCCCAGCTCCAGAGCCCTATGATCCCTAAGGGACCAGATAAACAT  535

seq1  CCGTCTACATTGATGATAAACAGCAACTGGGGTCTGTGGTTCTACAACAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCTACATTGATGATAAACAGCAACTGGGGTCTGTGGTTCTACAACAT  585

seq1  GGGAATGTTTTAGACATTACCTACATGCACGAGCCCACCGGAGCCCAGCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGTTTTAGACATTACCTACATGCACGAGCCCACCGGAGCCCAGCC  635

seq1  AAGATCACACCTCTCAGCCATAGGACTAATTAGCTTTTCTTTTTTTTTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCACACCTCTCAGCCATAGGACTAATTAGCTTTTCTTTTTTTTTTT  685

seq1  TTAAGAAATATGTATTTTTATTAATTTATTTATTTTTCTTTATACAAGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAATATGTATTTTTATTAATTTATTTATTTTTCTTTATACAAGCA  735

seq1  CACTGTAACTATCTTCAGATACACAGCAGGAGAGTGCATCAGATCCCGTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAACTATCTTCAGATACACAGCAGGAGAGTGCATCAGATCCCGTT  785

seq1  ACAGATGGTTGTGAAACAATGTGGTTGCTGAGAATTGAACTCAGGGCCTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGTTGTGAAACAATGTGGTTGCTGAGAATTGAACTCAGGGCCTC  835

seq1  TGGAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATGTCTCTAGTCCTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATGTCTCTAGTCCTAT  885

seq1  AATTAGCTTTTCATTGTCTCTAATAGATTAGAGCCTTCCCAGGGTATGGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGCTTTTCATTGTCTCTAATAGATTAGAGCCTTCCCAGGGTATGGA  935

seq1  AGAACATTATTTTTCTCCACAATATTTGACAGTGAGTGTTCCTTACATTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATTATTTTTCTCCACAATATTTGACAGTGAGTGTTCCTTACATTT  985

seq1  CATTGGATGGTAGGGTAAGTGGTAAACCTGGAGTAATGAGCTGACACTCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGATGGTAGGGTAAGTGGTAAACCTGGAGTAATGAGCTGACACTCA  1035

seq1  AACCCTGTTCATAACCCTGGGAGTGTTTCAATACACATGGCCTGAGGTGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGTTCATAACCCTGGGAGTGTTTCAATACACATGGCCTGAGGTGA  1085

seq1  GGCCAGAGAGAGGGGGAGACACTGAGCAGCTGAGACTCGTCTTGATCCTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAGAGAGGGGGAGACACTGAGCAGCTGAGACTCGTCTTGATCCTT  1135

seq1  ATTTTAGTCATTAGCAAGGTGAATTC  1173
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGTCATTAGCAAGGTGAATTC  1161