BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079P21
Chromosome8 (Build37)
Map Location 37,341,341 - 37,562,811
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG544878, 6430573F11Rik
Upstream genePpp1r3b, Thex1, Mfhas1, LOC100041572, Gm501, Cldn23, LOC671641, D8Ertd82e, Lonrf1
Downstream geneDlc1, LOC100042892, A730069N07Rik, AI429214, LOC666877, LOC100041616, 1700016D18Rik, LOC641121, LOC621149
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079P21.bB6Ng01-079P21.g
ACCDH895251DH895252
length7901,100
definitionDH895251|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P21, 5' end.DH895252|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,341,341 - 37,342,070)(37,561,717 - 37,562,811)
sequence
gaattcaggaagaatgttgcctattcagtgacattcagaattgcctctgg
tattacattatcactttgaataaaagctaggtctctgccctacacaggaa
tttaccatcacctaggaagaaggaagtttcagacctaagaagttacaatg
gcctagggggaaggtggactatacaatagactaaaataggaactatggca
agggcacgaagcccttgaccctggcttctaagattaagtgaatcttaggt
ggagcccttgttgataccagttgttaacaatgaattctatcccaggtggt
tcctgttagaccttctgtgtttgcattcctctgttttatgtaagaatcca
gtaacctctttgtaccttgcaagtatgtcacccaacttccttattgtctt
ctgtataaaaagtttgatgctcgatttgacaaattacattcagattctac
acaacctctcctgtgtgcatctgtctgtcaattcatccaatgctttgccc
acctgcgactagagacccgttcgacacagacaaaggggcccagagggttt
gcggcagggaaaaccattagttagatgagaagttgctgagaggaacatat
atgggaatggggacgagaacagttggggcaaaggaaaaaataataatgaa
ggttttggttaatagttggcttacaaagagaaagtgaaggtgcacaccca
gatgttgtaatcaagtcacccactgggctttaggagatataacagtgaaa
ggaatgggtactgggaaagaaagggaaggtggggagggag
gaattccccctttcctcccagccatatgaaagtcctgtgctttgcacgga
cagtggacagtaggacctctgagctcattacatcctctcaaatcagatac
ccttcccattttgtggcagtgggatttgaactcagggctctgaacagaga
gaacatgcgtattatccctgaaaccatatccatcaccccaggaaaccgta
tttggttttaaaactgacatgctggagatcttctttggactcccaccttc
aacatgacaggtgcctcttcttcaaccccggtctgcttacatcctctgtc
atgtgctgtgcacactcacacagcagtctctcttgtcagtactaagagtg
gtgtcaacccagactaagagtgagttaactggagacttagctgcctctgg
cacagcaaccttgtgattcctggaaagtggagttagttggaagtgggatt
ccaaccacaccttaaacccaagtcttaaactaagtgtggtttactactcc
tcaatgcggaaagatgctgagctgaagttccccacataaatcagtgatta
tggaaggactacccaattaaaggcatgtcctgataatatgatgcctacag
acaagggggagagacccatcagagaaatgagagggtggaaaacttagcga
ataacctcacaagtctgggcctttcataaaagtacatgggaaccactcac
catgagccaaggatacaaaacacatctcccaaatgtgaaagtctctacat
ggaaaacgtctaacgtcatggcgtttccatccttattttatcccatctgt
gtcaggttggtgtgggatggagcatgtgcataaaggcccagcatggatct
ctcagtacaggctggggagtgctttctgcttgcagacttttgatgatggc
tgtaaattggatactctaaagcagcgggtttcaacttgtgggttgcctat
cagatttcctgcttatcagatatcttgcctatcagattttctgcctatca
gatatttacatgacgacacttacagtagcaaagttacagctattgaagta
acacaagtgtatcttatgggttgtgggggtcactacaacatggaggaact

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_37341341_37342070
seq2: B6Ng01-079P21.b_106_835

seq1  TCACTTTGAATAAAAGCTAGGTCTCTGCCCTACACAGGAATTTACCATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTGAATAAAAGCTAGGTCTCTGCCCTACACAGGAATTTACCATCA  50

seq1  CCTAGGAAGAAGGAAGTTTCAGACCTAAGAAGTTACAATGGCCTAGGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGAAGAAGGAAGTTTCAGACCTAAGAAGTTACAATGGCCTAGGGGG  100

seq1  AAGGTGGACTATACAATAGACTAAAATAGGAACTATGGCAAGGGCACGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGACTATACAATAGACTAAAATAGGAACTATGGCAAGGGCACGAA  150

seq1  GCCCTTGACCCTGGCTTCTAAGATTAAGTGAATCTTAGGTGGAGCCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGACCCTGGCTTCTAAGATTAAGTGAATCTTAGGTGGAGCCCTTG  200

seq1  TTGATACCAGTTGTTAACAATGAATTCTATCCCAGGTGGTTCCTGTTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACCAGTTGTTAACAATGAATTCTATCCCAGGTGGTTCCTGTTAGA  250

seq1  CCTTCTGTGTTTGCATTCCTCTGTTTTATGTAAGAATCCAGTAACCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGTGTTTGCATTCCTCTGTTTTATGTAAGAATCCAGTAACCTCTT  300

seq1  TGTACCTTGCAAGTATGTCACCCAACTTCCTTATTGTCTTCTGTATAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTTGCAAGTATGTCACCCAACTTCCTTATTGTCTTCTGTATAAAA  350

seq1  AGTTTGATGCTCGATTTGACAAATTACATTCAGATTCTACACAACCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGATGCTCGATTTGACAAATTACATTCAGATTCTACACAACCTCTC  400

seq1  CTGTGTGCATCTGTCTGTCAATTCATCCAATGCTTTGCCCACCTGCGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGCATCTGTCTGTCAATTCATCCAATGCTTTGCCCACCTGCGACT  450

seq1  AGAGACCCGTTCGACACAGACAAAGGGGCCCAGAGGGTTTGCGGCAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCCGTTCGACACAGACAAAGGGGCCCAGAGGGTTTGCGGCAGGGA  500

seq1  AAACCATTAGTTAGATGAGAAGTTGCTGAGAGGAACATATATGGGAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATTAGTTAGATGAGAAGTTGCTGAGAGGAACATATATGGGAATGG  550

seq1  GGACGAGAACAGTTGGGGCAAAGGAAAAAATAATAATGAAGGTTTTGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGAGAACAGTTGGGGCAAAGGAAAAAATAATAATGAAGGTTTTGGTT  600

seq1  AATAGTTGGCTTACAAAGAGAAAGTGAAGGTGCACACCCAGATGTTGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTGGCTTACAAAGAGAAAGTGAAGGTGCACACCCAGATGTTGTAA  650

seq1  TCAAGTCACCCACTGGGCTTTAGGAGATATAACAGTGAAAGGAATGGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCACCCACTGGGCTTTAGGAGATATAACAGTGAAAGGAATGGGTA  700

seq1  CTGGGAAAGAAAGGGAAGGTGGGGAGGGAG  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAAGAAAGGGAAGGTGGGGAGGGAG  730

seq1: chr8_37561717_37562811
seq2: B6Ng01-079P21.g_68_1167 (reverse)

seq1  AGTTCCT-CATGTTGTGGTGA-CCCCACAA-CCATAAGATTACTTTGTTG  47
      ||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||| |||  |  ||
seq2  AGTTCCTCCATGTTGTAGTGACCCCCACAACCCATAAGA-TACACTTGTG  49

seq1  TTACTTC-ATAGCTGTAACTTTGCTACTGTTAAGTGTCGTCATGTAAATA  96
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCAATAGCTGTAACTTTGCTACTG-TAAGTGTCGTCATGTAAATA  98

seq1  TCTGATAGGCAGGATATCTGATAGGCAGGATATCTGATAGGCAGGATATC  146
      |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||| |||
seq2  TCTGATAGGCAGAAAATCTGATAGGCAAGATATCTGATAAGCAGGAAATC  148

seq1  TGATAGGCAACCCACAAGTTGAAAACCGCTGCTTTAGAGTATTCAATTTA  196
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGATAGGCAACCCACAAGTTGAAACCCGCTGCTTTAGAGTATCCAATTTA  198

seq1  CAGCCATCATC-AAAGTCTGCAAGCAGAAAGCATCTCCCAGCCTGTACTG  245
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  CAGCCATCATCAAAAGTCTGCAAGCAGAAAGCACTCCCCAGCCTGTACTG  248

seq1  AGAGATCCATGCTGGGCCTTTATGCACATGCTCCAT-CCACACCAACCTG  294
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAGATCCATGCTGGGCCTTTATGCACATGCTCCATCCCACACCAACCTG  298

seq1  ACACAGATGGGATAAAATAAGGATGGAAACGCCATGACGTTAGACGTTTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGATGGGATAAAATAAGGATGGAAACGCCATGACGTTAGACGTTTT  348

seq1  CCATGTAGAGACTTTCACATTTGGGAGATGTGTTTTGTATCCTTGGCTCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTAGAGACTTTCACATTTGGGAGATGTGTTTTGTATCCTTGGCTCA  398

seq1  TGGTGAGTGGTT-CCATGTACTTTTATGAAAGGCCCAGACTTGTGAGGTT  443
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGTGGTTCCCATGTACTTTTATGAAAGGCCCAGACTTGTGAGGTT  448

seq1  ATTCGCTAAGTTTTCCACCCTCTCATTTCTCTGATGGGTCTCTCCCCCTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGCTAAGTTTTCCACCCTCTCATTTCTCTGATGGGTCTCTCCCCCTT  498

seq1  GTCTGTAGGCATCATATTATCAGGACATGCCTTTAATTGGGTAGTCCTTC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTAGGCATCATATTATCAGGACATGCCTTTAATTGGGTAGTCCTTC  548

seq1  CATAATCACTGATTTATGTGGGGAACTTCAGCTCAGCATCTTTCCGCATT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCACTGATTTATGTGGGGAACTTCAGCTCAGCATCTTTCCGCATT  598

seq1  GAGGAGTAGTAAACCACACTTAGTTTAAGACTTGGGTTTAAGGTGTGGTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTAGTAAACCACACTTAGTTTAAGACTTGGGTTTAAGGTGTGGTT  648

seq1  GGAATCCCACTTCCAACTAACTCCACTTTCCAGGAATCACAAGGTTGCTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCCACTTCCAACTAACTCCACTTTCCAGGAATCACAAGGTTGCTG  698

seq1  TGCCAGAGGCAGCTAAGTCTCCAGTTAACTCACTCTTAGTCTGGGTTGAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGAGGCAGCTAAGTCTCCAGTTAACTCACTCTTAGTCTGGGTTGAC  748

seq1  ACCACTCTTAGTACTGACAAGAGAGACTGCTGTGTGAGTGTGCACAGCAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCTTAGTACTGACAAGAGAGACTGCTGTGTGAGTGTGCACAGCAC  798

seq1  ATGACAGAGGATGTAAGCAGACCGGGGTTGAAGAAGAGGCACCTGTCATG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGAGGATGTAAGCAGACCGGGGTTGAAGAAGAGGCACCTGTCATG  848

seq1  TTGAAGGTGGGAGTCCAAAGAAGATCTCCAGCATGTCAGTTTTAAAACCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGTGGGAGTCCAAAGAAGATCTCCAGCATGTCAGTTTTAAAACCA  898

seq1  AATACGGTTTCCTGGGGTGATGGATATGGTTTCAGGGATAATACGCATGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACGGTTTCCTGGGGTGATGGATATGGTTTCAGGGATAATACGCATGT  948

seq1  TCTCTCTGTTCAGAGCCCTGAGTTCAAATCCCACTGCCACAAAATGGGAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGTTCAGAGCCCTGAGTTCAAATCCCACTGCCACAAAATGGGAA  998

seq1  GGGTATCTGATTTGAGAGGATGTAATGAGCTCAGAGGTCCTACTGTCCAC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATCTGATTTGAGAGGATGTAATGAGCTCAGAGGTCCTACTGTCCAC  1048

seq1  TGTCCGTGCAAAGCACAGGACTTTCATATGGCTGGGAGGAAAGGGGGAAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCGTGCAAAGCACAGGACTTTCATATGGCTGGGAGGAAAGGGGGAAT  1098

seq1  TC  1095
      ||
seq2  TC  1100