BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080M01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 106,701,670 - 106,877,053
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBean, Tk2, Cklf, Cmtm2a, Cmtm2b, Cmtm3
Upstream gene1600027J07Rik, LOC100041397, LOC667656, Cdh5
Downstream geneCmtm4, Dync1li2, Ccdc79, Appbp1, Car7, LOC628007, 4833426J09Rik, Cdh16, Rrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473, Ces6, LOC628050, 4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2, LOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31, EG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408, Cbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080M01.bB6Ng01-080M01.g
ACCDH895801DH895802
length1,148899
definitionDH895801|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080M01, 5' end.DH895802|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080M01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,701,670 - 106,702,823)(106,876,159 - 106,877,053)
sequence
gaattcttttaagatttatttatttcatttatatgagtgcattgtagctg
tctgtcttcagacacaccagaagagggtatcggatcccattagagatgtt
tttgagccactatgtggttgctgagaattaaactcaggacctctggaaga
gcagtcagttctcttaaccgttgagccatctctccagcctaaaaaaataa
aataataaataaaaaataatttaaaaaaaattttaaagaaaaatttcaaa
agataagaaaagccattctttatgttgccaaggatctgaggagactcctt
gcaagcctgaagggaataggtgctgggaccgtgcaccaggggctatgtgt
aaagtgctagctggggtacacagtacagggaatggtggcctggatgtgat
atatatcagtgtcaccatagacaacaggctatgtggagataatcaagtct
acaggagaagcctgcttcttggcatgcagatcattatttgagggctatct
ccacatagtgctgtatgttagtataaggctaaggttgacttactctaaca
ttccaggtacttgtaaaaacgtcctctaaagtgagcctcgagctagtgtg
catagaccatgctgaccctcatcgacatgctggggaagtgccacccctgt
gattgatctgtcaccaggagtcaagaaggcttcacagagagatctccaaa
gctgagatttgatggcaactcaggagtgctccaagtagataggccagaca
ccatatgccagggagcgaaagcagccctgaagtccaagagacccactgga
gcctgctagtaggctaaccagaacaccaaggtcagacagcagatctccat
ggatgccacagggtgtgagtgggggacaccaggagtagcagagctcttcc
tctatgtcttttctgtgaccttgaccaagtaaaccaccttggggctcagt
gttctcatttgcaaaattgaaaggatattcctcatgcgtaaggtcctgtc
ccaaaagagcagatgaccttatggcacttaccaagcatttaactgatatg
aacaaccacattgggtagaaccaagtgtccaaagcctccccacataggac
tgtctacttggagtgcttagcccacatcttcgggaatacttagactgg
gaattccctttaaatggggttgcaaagactccatctgtatccgagcccca
cttggaatgaccaccctgagctttagcatgtcactgggcctcaggaaaaa
gccacctttgaagtgaggcggaagaaagaagcattcagatggggtttctg
ctcgctttcccaagtcccttcaataaacccgttttatcctgtgatgaaag
gaggccttctgaggaagtgttgtcggctgaaagaaatgatcctgagaccc
attgagaccatgaataccaataaatgataatgtggtggtgtcttagggcc
taagagacttgagagcaatttgcatcttagtgacagaatcattgtaatat
ttatatcttggttactatttaatatcctttgtgctatgaagctttcccgt
ggcttttgtatatgtatttccttgtactatttaactagctcccgtagagc
cagaagtggcttgtacatgctctcatagcgtgatgaacaggcccctcacc
tttacagccagtgtggtgagcacaagccatgaagacaatatggctgtcta
taagtgaaagcagagacacctgtatctttcctgttgtgcctctgtgcaaa
cagaaggtaatagatttgaggtttgtacagcaaccctgtgaattgaaaaa
ggcatatttttgtgtttattaagccccctgtggaccagtgccgctttgct
taggtttggagcattgtacgtgagccttcaccgtctccatttccctgagg
agatggcttcactttcttgggtggagaaaacatggcaagacatgcagttg
ttggggaacatgtggtgtgttcgtggagacatggggttgacaccctctgg
gcacttggtagtcttgatggatattaacttgtctccggggaaagtgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_106701670_106702823
seq2: B6Ng01-080M01.b_43_1190

seq1  GAATTCTTTTAAGATTTATTTATTTCATTTATATGAGTGCATTGTAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAAGATTTATTTATTTCATTTATATGAGTGCATTGTAGCTG  50

seq1  TCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGTATCGGATCCCATTAGAGATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGTATCGGATCCCATTAGAGATGTT  100

seq1  TTTGAGCCACTATGTGGTTGCTGAGAATTAAACTCAGGACCTCTGGAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCCACTATGTGGTTGCTGAGAATTAAACTCAGGACCTCTGGAAGA  150

seq1  GCAGTCAGTTCTCTTAACCGTTGAGCCATCTCTCCAGCCTAAAAAAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAGTTCTCTTAACCGTTGAGCCATCTCTCCAGCCTAAAAAAATAA  200

seq1  AATAATAAATAAAAAATAATTTAAAAAAAATTTTAAAGAAAAATTTCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAAATAAAAAATAATTTAAAAAAAATTTTAAAGAAAAATTTCAAA  250

seq1  AGATAAGAAAAGCCATTCTTTATGTTGCCAAGGATCTGAGGAGACTCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGAAAAGCCATTCTTTATGTTGCCAAGGATCTGAGGAGACTCCTT  300

seq1  GCAAGCCTGAAGGGAATAGGTGCTGGGACCGTGCACCAGGGGCTATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCTGAAGGGAATAGGTGCTGGGACCGTGCACCAGGGGCTATGTGT  350

seq1  AAAGTGCTAGCTGGGGTACACAGTACAGGGAATGGTGGCCTGGATGTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTAGCTGGGGTACACAGTACAGGGAATGGTGGCCTGGATGTGAT  400

seq1  ATATATCAGTGTCACCATAGACAACAGGCTATGTGGAGATAATCAAGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCAGTGTCACCATAGACAACAGGCTATGTGGAGATAATCAAGTCT  450

seq1  ACAGGAGAAGCCTGCTTCTTGGCATGCAGATCATTATTTGAGGGCTATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGAAGCCTGCTTCTTGGCATGCAGATCATTATTTGAGGGCTATCT  500

seq1  CCACATAGTGCTGTATGTTAGTATAAGGCTAAGGTTGACTTACTCTAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAGTGCTGTATGTTAGTATAAGGCTAAGGTTGACTTACTCTAACA  550

seq1  TTCCAGGTACTTGTAAAAACGTCCTCTAAAGTGAGCCTCGAGCTAGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGTACTTGTAAAAACGTCCTCTAAAGTGAGCCTCGAGCTAGTGTG  600

seq1  CATAGACCATGCTGACCCTCATCGACATGCTGGGGAAGTGCCACCCCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACCATGCTGACCCTCATCGACATGCTGGGGAAGTGCCACCCCTGT  650

seq1  GATTGATCTGTCACCAGGAGTCAAGAAGGCTTCACAGAGAGATCTCCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGATCTGTCACCAGGAGTCAAGAAGGCTTCACAGAGAGATCTCCAAA  700

seq1  GCTGAGATTTGATGGCAACTCAGGAGTGCTCCAAGTAGATAGGCCAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGATTTGATGGCAACTCAGGAGTGCTCCAAGTAGATAGGCCAGACA  750

seq1  CCATATGCCAGGGAGCGAAAGCAGCCCTGAAGTCCAAGAGACCCACTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGCCAGGGAGCGAAAGCAGCCCTGAAGTCCAAGAGACCCACTGGA  800

seq1  GCCTGCTAGTAGGCTAACCAGAACACCAAGGTCAGACAGCAGATCTCCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTAGTAGGCTAACCAGAACACCAAGGTCAGACAGCAGATCTCCAT  850

seq1  GGATGCCACAGGGTGTGAGTGGGGGACACCAGGAGTAGCAGAGCTCTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCCACAGGGTGTGAGTGGGGGACACCAGGAGTAGCAGAGCTCTTCC  900

seq1  TCTATGTCTTTTCTGTGACCTTGACCAAGTAAACCACCTTGGGCCTCAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTATGTCTTTTCTGTGACCTTGACCAAGTAAACCACCTTGGGGCTCAGT  950

seq1  GTTCTCATTTGCAAAATTGAAAGGATATTCCTCATGCGTAAGGTCCTGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCATTTGCAAAATTGAAAGGATATTCCTCATGCGTAAGGTCCTGTC  1000

seq1  CCAAAAGAGCAGATGACCTTAATGGCACTTACCAAGCATTTAACTGATAT  1050
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGAGCAGATGACCTT-ATGGCACTTACCAAGCATTTAACTGATAT  1049

seq1  GAACCAACCACA-TGTGTAGAACCAAGTGTCCCCAAAGCCTCCCCACATA  1099
      ||| |||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  GAA-CAACCACATTGGGTAGAACCAAGTGT--CCAAAGCCTCCCCACATA  1096

seq1  GGACTGTCTACTTGAGGTGCTTAGCACACATCCTACGGGAATACTTAGGC  1149
      ||||||||||||||  ||||||||| ||||| || |||||||||||||  
seq2  GGACTGTCTACTTGGAGTGCTTAGCCCACAT-CTTCGGGAATACTTAG--  1143

seq1  ACTGG  1154
      |||||
seq2  ACTGG  1148

seq1: chr8_106876159_106877053
seq2: B6Ng01-080M01.g_71_969 (reverse)

seq1  ATACACTTTCTCCGAAGACAAGTTAATATCCATCAAGACTACCAAGTG-C  49
      |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATACACTTTCCCCGGAGACAAGTTAATATCCATCAAGACTACCAAGTGCC  50

seq1  CAGAGGGTGTCAACCCCATGTCTCCACGAACACACCACATG-TCCCCAAC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGAGGGTGTCAACCCCATGTCTCCACGAACACACCACATGTTCCCCAAC  100

seq1  AACTGCATGTCTTGCCATGTTTTCTCCACCCAAGAAAGTGAAGCCATCTC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCATGTCTTGCCATGTTTTCTCCACCCAAGAAAGTGAAGCCATCTC  150

seq1  CTCA-GGAAATGGAGACGGTGAAGGCTCACGTACAATGCTCCAAACCTAA  197
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGAAATGGAGACGGTGAAGGCTCACGTACAATGCTCCAAACCTAA  200

seq1  GC-AAGCGGCACTGGTCCACAGGGGGCTTAATAAACACAAAAATATGCCT  246
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCGGCACTGGTCCACAGGGGGCTTAATAAACACAAAAATATGCCT  250

seq1  TTTTCAATTCACAGGGTTGCTGTACAAACCTCAAATCTATTACCTTCTGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAATTCACAGGGTTGCTGTACAAACCTCAAATCTATTACCTTCTGT  300

seq1  TTGCACAGAGGCACAACAGGAAAGATACAGGTGTCTCTGCTTTCACTTAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACAGAGGCACAACAGGAAAGATACAGGTGTCTCTGCTTTCACTTAT  350

seq1  AGACAGCCATATTGTCTTCATGGCTTGTGCTCACCACACTGGCTGTAAAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCCATATTGTCTTCATGGCTTGTGCTCACCACACTGGCTGTAAAG  400

seq1  GTGAGGGGCCTGTTCATCACGCTATGAGAGCATGTACAAGCCACTTCTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGGCCTGTTCATCACGCTATGAGAGCATGTACAAGCCACTTCTGG  450

seq1  CTCTACGGGAGCTAGTTAAATAGTACAAGGAAATACATATACAAAAGCCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACGGGAGCTAGTTAAATAGTACAAGGAAATACATATACAAAAGCCA  500

seq1  CGGGAAAGCTTCATAGCACAAAGGATATTAAATAGTAACCAAGATATAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAAAGCTTCATAGCACAAAGGATATTAAATAGTAACCAAGATATAAA  550

seq1  TATTACAATGATTCTGTCACTAAGATGCAAATTGCTCTCAAGTCTCTTAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAATGATTCTGTCACTAAGATGCAAATTGCTCTCAAGTCTCTTAG  600

seq1  GCCCTAAGACACCACCACATTATCATTTATTGGTATTCATGGTCTCAATG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAGACACCACCACATTATCATTTATTGGTATTCATGGTCTCAATG  650

seq1  GGTCTCAGGATCATTTCTTTCAGCCGACAACACTTCCTCAGAAGGCCTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAGGATCATTTCTTTCAGCCGACAACACTTCCTCAGAAGGCCTCC  700

seq1  TTTCATCACAGGATAAAACGGGTTTATTGAAGGGACTTGGGAAAGCGAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCACAGGATAAAACGGGTTTATTGAAGGGACTTGGGAAAGCGAGC  750

seq1  AGAAACCCCATCTGAATGCTTCTTTCTTCCGCCTCACTTCAAAGGTGGCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCCATCTGAATGCTTCTTTCTTCCGCCTCACTTCAAAGGTGGCT  800

seq1  TTTTCCTGAGGCCCAGTGACATGCTAAAGCTCAGGGTGGTCATTCCAAGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTGAGGCCCAGTGACATGCTAAAGCTCAGGGTGGTCATTCCAAGT  850

seq1  GGGGCTCGGATACAGATGGAGTCTTTGCAACCCCATTTAAAGGGAATTC  895
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTCGGATACAGATGGAGTCTTTGCAACCCCATTTAAAGGGAATTC  899