BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081A09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 47,709,699 - 47,780,832
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCasp3
Upstream geneSorbs2, Pdlim3, Ccdc110, 1700029J07Rik, 1810047C23Rik, Ankrd37, Lrp2bp, Snx25, 4933411K20Rik, Slc25a4, LOC621269, LOC100039875, LOC667325, Helt, LOC667337, Acsl1, Mlf1ip, Ccdc111
Downstream geneIrf2, Enpp6, Stox2, 4930448N21Rik, D030016E14Rik, Rwdd4a, LOC384819, LOC667422, Ing2, LOC546058
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081A09.bB6Ng01-081A09.g
ACCDH895994DH895995
length1,213774
definitionDH895994|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081A09, 5' end.DH895995|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081A09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,779,609 - 47,780,832)(47,709,699 - 47,710,472)
sequence
gaattctctttgcacctctgtcaaaaaccaactgtgtatttgtgtctgta
gatacttctggtctctctgtccctgtctacgtactgtcccccagtcttag
ttatacaatgccactataatgagctttgaaattgggtagagttagccctc
caaccaagtattcttcaattttctaattatttttatttttctagaccctc
taatgattatatccatgtgacctttagaatcagctattatattttattta
cttatttagagatggggggagggaccctgggcattgagccctgggttatc
aggcctggtggcatagctcctatcatattagactcttcaagagcattaaa
taataaaactcagaggaagaaacatagaaactttcaggccttgccttaca
cctaacacatcaaaggaaaataaactaaactggtgggttggataagaatg
ggccttgttggtatatagatttgaatgcttagtcaccagggagaggcact
gtttgaaaggattgaaaggatttcaatgtatggctttgttggaggaactg
tgtcacttggggtaggcttttaggcttcaaaagccaaaaccagactggat
gtccttcagccatccaatcagaatgtagctctcagatgcttctcctgcac
catccctgccatgatgataatggaccaagcctctgaaactgtaggcaatc
ccccatttaaatgcttaattttataagagttgctgtggtgatggtgtctc
ttcataacaatacaatagtggctaagatatcagacatcagatgttaaaaa
aaaaaaattaagtttaagccaagcctggtagcacaggcctgtaattccag
cacccaggaggctgaggcaagtatctccacaaactctcaagaccagcctg
gactacagaatgagaccctgtcttcaaaaaaaattaatgactggaaatct
tttgatgagcatgatcagagagtgaaaagacactgataaaattgaaaaaa
aatttatagaatagcaaatcacatatgtaacaaacatcaggtatcaggaa
tataaacaaccctaataacagtgttggagttaagaatctgaaatccgggg
cctgggagcggtggctcggggagttaagaagtacttctgctctttgatag
ccagatcagttccggcaccatgccctgtaggcgctcaaacacctgcatgc
agctagtatctat
gaattcttagggttcccaagagtacactttgaatgctggatgggataaac
tcacagagaaagagggacgatttgaggcagaccatggggtcactggcaga
aactctagattcaaattaaaaagttatctaatcttgttttctaataacaa
aaaggcattattttttagagtaatttagaggtgccctatatctgtctggt
cccgcacagactccctcattattagcattccccgaccagactggtatatt
ggttagaactattgagcctatgttgacatcattatcactgtgatggctat
tctctgttgtcaacctgactatatctagaatgaactacaatccagaaaca
cagccacagacatcttgagacaggagtacatgctgttgctctggatcttg
aggtggggtcgtttgatctggatcaaccagagcctttaatccagaagttg
aggcttagtggccatgcttataaagacttataatgaaaacgaattcaaga
aaagcttaggtccatgcgtggtggtacatgcctttaggtggtacatgcct
ttagtccctccttgctgccttcttgattaagatgtagaactctcagctcc
ttctccagcaccatgtctgccttcctgttgccatgcttcccgccgtgatg
ataacaaactaaacttctgaaactgtaaaccagccccaattaaattgtgt
ccctttataggagttttcttggtcatggtgtttcttctcccaaagtcttt
ttggttggtggggtttggattggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_47779609_47780832
seq2: B6Ng01-081A09.b_49_1261 (reverse)

seq1  ATAGATACCCTAGCCCTGCAGTTGCAGGTGGTCGTGAGCGGCCTTACA-G  49
      |||||||  ||||  |||||  |||||||| |  ||||||  | |||| |
seq2  ATAGATA--CTAG--CTGCA--TGCAGGTGTT--TGAGCG--CCTACAGG  40

seq1  GCATGGGTGCCGGGAACTGAACCTGGGCTATTCAAGAGCAGGAAGTAC-T  98
      |||| |||||| |||||||| |   ||||||  ||||||| ||||||| |
seq2  GCAT-GGTGCC-GGAACTGATC--TGGCTATCAAAGAGCA-GAAGTACTT  85

seq1  CTTAACT-CCCGAGCCA-CGCT-CCAGGCCCCGGATTTCAGA-TCTTAAC  144
      ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTAACTCCCCGAGCCACCGCTCCCAGGCCCCGGATTTCAGATTCTTAAC  135

seq1  TCC-ACACTGTTATTAGGGTTGTTTAATATTCTTGATACCTGATGTTTGT  193
      ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCAACACTGTTATTAGGGTTGTTT-ATATTCCTGATACCTGATGTTTGT  184

seq1  TACATATGTGATTTGCTATTCTATATATTTTTTTTCAATTTTATCAGTTG  243
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  TACATATGTGATTTGCTATTCTATAAATTTTTTTTCAATTTTATCAG-TG  233

seq1  TCTTTTCACCTCTCTGATCATGCTCATCAAAAGATTTCCAGTCATTAATT  293
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCA-CTCTCTGATCATGCTCATCAAAAGATTTCCAGTCATTAATT  282

seq1  TTTTTTTGAGACAGGGTCTCATTCTGTAGTCCAGGCTGGTCTTGAGAGTT  343
      ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGAAGACAGGGTCTCATTCTGTAGTCCAGGCTGGTCTTGAGAGTT  332

seq1  TGTGGAGATACTTGCCTCAGCCTCCTGGGTGCTGGAATTACAGGCCTGTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGATACTTGCCTCAGCCTCCTGGGTGCTGGAATTACAGGCCTGTG  382

seq1  CTACCAGGCTTGGCTTAAACTTAATTTTTTTTTTTTAACATCTGATGTCT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGGCTTGGCTTAAACTTAATTTTTTTTTTTTAACATCTGATGTCT  432

seq1  GATATCTTAGCCACTATTGTATTGTTATGAAGAGACACCATCACCACAGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCTTAGCCACTATTGTATTGTTATGAAGAGACACCATCACCACAGC  482

seq1  AACTCTTATAAAATTAAGCATTTAAATGGGGGATTGCCTACAGTTTCAGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTATAAAATTAAGCATTTAAATGGGGGATTGCCTACAGTTTCAGA  532

seq1  GGCTTGGTCCATTATCATCATGGCAGGGATGGTGCAGGAGAAGCATCTGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGTCCATTATCATCATGGCAGGGATGGTGCAGGAGAAGCATCTGA  582

seq1  GAGCTACATTCTGATTGGATGGCTGAAGGACATCCAGTCTGGTTTTGGCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACATTCTGATTGGATGGCTGAAGGACATCCAGTCTGGTTTTGGCT  632

seq1  TTTGAAGCCTAAAAGCCTACCCCAAGTGACACAGTTCCTCCAACAAAGCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGCCTAAAAGCCTACCCCAAGTGACACAGTTCCTCCAACAAAGCC  682

seq1  ATACATTGAAATCCTTTCAATCCTTTCAAACAGTGCCTCTCCCTGGTGAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTGAAATCCTTTCAATCCTTTCAAACAGTGCCTCTCCCTGGTGAC  732

seq1  TAAGCATTCAAATCTATATACCAACAAGGCCCATTCTTATCCAACCCACC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATTCAAATCTATATACCAACAAGGCCCATTCTTATCCAACCCACC  782

seq1  AGTTTAGTTTATTTTCCTTTGATGTGTTAGGTGTAAGGCAAGGCCTGAAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGTTTATTTTCCTTTGATGTGTTAGGTGTAAGGCAAGGCCTGAAA  832

seq1  GTTTCTATGTTTCTTCCTCTGAGTTTTATTATTTAATGCTCTTGAAGAGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTATGTTTCTTCCTCTGAGTTTTATTATTTAATGCTCTTGAAGAGT  882

seq1  CTAATATGATAGGAGCTATGCCACCAGGCCTGATAACCCAGGGCTCAATG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATGATAGGAGCTATGCCACCAGGCCTGATAACCCAGGGCTCAATG  932

seq1  CCCAGGGTCCCTCCCCCCATCTCTAAATAAGTAAATAAAATATAATAGCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGTCCCTCCCCCCATCTCTAAATAAGTAAATAAAATATAATAGCT  982

seq1  GATTCTAAAGGTCACATGGATATAATCATTAGAGGGTCTAGAAAAATAAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTAAAGGTCACATGGATATAATCATTAGAGGGTCTAGAAAAATAAA  1032

seq1  AATAATTAGAAAATTGAAGAATACTTGGTTGGAGGGCTAACTCTACCCAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTAGAAAATTGAAGAATACTTGGTTGGAGGGCTAACTCTACCCAA  1082

seq1  TTTCAAAGCTCATTATAGTGGCATTGTATAACTAAGACTGGGGGACAGTA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAGCTCATTATAGTGGCATTGTATAACTAAGACTGGGGGACAGTA  1132

seq1  CGTAGACAGGGACAGAGAGACCAGAAGTATCTACAGACACAAATACACAG  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGACAGGGACAGAGAGACCAGAAGTATCTACAGACACAAATACACAG  1182

seq1  TTGGTTTTTGACAGAGGTGCAAAGAGAATTC  1224
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTTGACAGAGGTGCAAAGAGAATTC  1213

seq1: chr8_47709699_47710472
seq2: B6Ng01-081A09.g_70_843

seq1  GAATTCTTAGGGTTCCCAAGAGTACACTTTGAATGCTGGATGGGATAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGGGTTCCCAAGAGTACACTTTGAATGCTGGATGGGATAAAC  50

seq1  TCACAGAGAAAGAGGGACGATTTGAGGCAGACCATGGGGTCACTGGCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAGAAAGAGGGACGATTTGAGGCAGACCATGGGGTCACTGGCAGA  100

seq1  AACTCTAGATTCAAATTAAAAAGTTATCTAATCTTGTTTTCTAATAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTAGATTCAAATTAAAAAGTTATCTAATCTTGTTTTCTAATAACAA  150

seq1  AAAGGCATTATTTTTTAGAGTAATTTAGAGGTGCCCTATATCTGTCTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCATTATTTTTTAGAGTAATTTAGAGGTGCCCTATATCTGTCTGGT  200

seq1  CCCGCACAGACTCCCTCATTATTAGCATTCCCCGACCAGACTGGTATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCACAGACTCCCTCATTATTAGCATTCCCCGACCAGACTGGTATATT  250

seq1  GGTTAGAACTATTGAGCCTATGTTGACATCATTATCACTGTGATGGCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGAACTATTGAGCCTATGTTGACATCATTATCACTGTGATGGCTAT  300

seq1  TCTCTGTTGTCAACCTGACTATATCTAGAATGAACTACAATCCAGAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTTGTCAACCTGACTATATCTAGAATGAACTACAATCCAGAAACA  350

seq1  CAGCCACAGACATCTTGAGACAGGAGTACATGCTGTTGCTCTGGATCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACAGACATCTTGAGACAGGAGTACATGCTGTTGCTCTGGATCTTG  400

seq1  AGGTGGGGTCGTTTGATCTGGATCAACCAGAGCCTTTAATCCAGAAGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGGTCGTTTGATCTGGATCAACCAGAGCCTTTAATCCAGAAGTTG  450

seq1  AGGCTTAGTGGCCATGCTTATAAAGACTTATAATGAAAACGAATTCAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTAGTGGCCATGCTTATAAAGACTTATAATGAAAACGAATTCAAGA  500

seq1  AAAGCTTAGGTCCATGCGTGGTGGTACATGCCTTTAGGTGGTACATGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTAGGTCCATGCGTGGTGGTACATGCCTTTAGGTGGTACATGCCT  550

seq1  TTAGTCCCTCCTTGCTGCCTTCTTGATTAAGATGTAGAACTCTCAGCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCCCTCCTTGCTGCCTTCTTGATTAAGATGTAGAACTCTCAGCTCC  600

seq1  TTCTCCAGCACCATGTCTGCCTTCCTGTTGCCATGCTTCCCGCCGTGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGCACCATGTCTGCCTTCCTGTTGCCATGCTTCCCGCCGTGATG  650

seq1  ATAACAAACTAAACTTCTGAAACTGTAAACCAGCCCCAATTAAATTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAACTAAACTTCTGAAACTGTAAACCAGCCCCAATTAAATTGTGT  700

seq1  CCCTTTATAGGAGTTTTCTTGGTCATGGTGTTTCTTCTCCCAAAGTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTATAGGAGTTTTCTTGGTCATGGTGTTTCTTCTCCCAAAGTCTTT  750

seq1  TTGGTTGGTGGGGTTTGGATTGGT  774
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGGTGGGGTTTGGATTGGT  774