BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083F01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 95,206,364 - 95,337,757
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041325
Upstream geneLOC674324, LOC100040628, Irx3, 4933436C20Rik, Irx5, Irx6
Downstream geneMmp2, Aytl1, Capns2, LOC100040752, Slc6a2, EG244595, LOC382044, Es1, LOC676523, Ces3, Es22, AU018778, Ces1, 2310039D24Rik, Ces7, Gnao1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083F01.bB6Ng01-083F01.g
ACCDH897610DH897611
length1,2021,134
definitionDH897610|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083F01, 5' end.DH897611|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083F01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,206,364 - 95,207,570)(95,336,610 - 95,337,757)
sequence
gaattcaaacccaaactaccagcgggacctgttttcaggtttctagggca
tgttttgtattgtatcctcagatggtagaagacttatctgggaggtttgc
ttgtttgtttgtttctttgtaaaatctctaattggttcaggagttcaggg
gacactaatatcagtaccccatcactttcaatgctgtcatattgagagtt
aggcttcagcatatacatttaaggttaggcacaaatacagtcttaccaca
ttctttaaatgtgtgaattgatatacatatgtatacacacacacacacac
acacacacacacacacatatatatatatatatatatatcacacatatata
catatacaaacacatacatatacacatacacatatacatatacgaaggag
caatgttctgtttctcagtacgctgatctaatgatgtgagctgatgaagg
ttaggtagctctaggtcaggcatccggctactaggtaaagaagtcgtgct
cttagtaagatagaggtctcccattaatgcattctatcattttatatttc
ttttattcaattgtcaagaacatgggtttcatagagttcataaacctatt
attttgtgctctggaagaggtagccctctttcctcctcaggaatgtccag
tgggaaaaggcttctggctcatcctggaccacactacatcctgagagcaa
gcatcctttgtttatcccactgcttgtacttccctggaacctgctctcac
agataccactggtcagtgtggatcaaaatcagcttgtaactggagattca
cacaggatgtagtggactaggatatgtgcccagtttaaaaatgccaaagg
tggttcaagggatttctgacctgagtcctggtggctgaaactcaagtgtc
cagactctcagcagtatcaaggcacagggcacatgaggttagcctagagt
gaatccttttccagcatgaagtgaagtcagctagcacccagctgatcctg
atcctaaatcaccactagaaatactagaacgttctttcttctggatcaaa
ctgcctcttacctgatgaataagattgtcccagaactttgggtgaataat
tttttttcccttgctttcacgcatcccctcttgcaagttgtctgtttcac
cgttactcaatggtcgaatgtagtggaagccactaggcacttctcgggga
tg
gaattcctctgaggatgaatctactgaagatgtcagggtcttcgccatcc
aatcacttcctaaaggctgcatctctgaacactgatacactggagagtaa
agccttcaacatgtgagttttcaagaaacacttaagctccacagtagacc
agcaagggtcactgatcaaggccacctcacatggatgctgataggggaag
actttgcctataccaggctgagaactatacatgacccacagtaggtgctg
ccctactgtgtgagtgggagtgtcttgtgcccgctcaactggccaggaag
aacgacgctgcaacaggatccttctgcacacgtttattcagtcctgtttc
ttcttgtttatatctcccttgtttgtttatatctcccttgtttatatctc
ccctgaaccctgggcctctcactcttttatactctcagttcccatccacg
cacagcaggccacgccacctcaccaggcacgcagcttcagctaatcaggg
cagcaggggcatatctccatcaaaatggattcaccagtatcctggtacac
ctgcgcagctctcaagatgtttgtggcttatatgaggaagtcaggtgcaa
gtcatatgacttagctgcagtccctggcgcctttgggactgccgccacac
ccgctcctcacaggagtgctcatgttgctaaacacccctatagcatcagc
agagggcacttggctgaagagttattccatcagggtatgaggactgtgca
gttcacagcctggggtcctgacaagttcctgtcctcacagtgcctgttgc
aatacatactcatggatgagacagctctagaggtcagatatgacagggaa
gtagccagatgggggccagatgtgagtacagccactgtatacaacagctg
cttgagcagcagcagtaggcctggagcaggggcgtggagggtatgactca
gggacactgaaactacagtgacacccagctgagagcaagcaacactgata
gggaccgtcaggccaggtatcaaagtagaaatggtctaaggctcccctcc
tctgcccactgtgtcaactgcataggtgattttgctgtaactgggagact
tgtggtggtgaaaggtatcacacagaagctgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_95206364_95207570
seq2: B6Ng01-083F01.b_47_1248

seq1  GAATTCAAACCCAAACTACCAGCGGGACCTGTTTTCAGGTTTCTAGGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCCAAACTACCAGCGGGACCTGTTTTCAGGTTTCTAGGGCA  50

seq1  TGTTTTGTATTGTATCCTCAGATGGTAGAAGACTTATCTGGGAGGTTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTATTGTATCCTCAGATGGTAGAAGACTTATCTGGGAGGTTTGC  100

seq1  TTGTTTGTTTGTTTCTTTGTAAAATCTCTAATTGGTTCAGGAGTTCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGTTTCTTTGTAAAATCTCTAATTGGTTCAGGAGTTCAGGG  150

seq1  GACACTAATATCAGTACCCCATCACTTTCAATGCTGTCATATTGAGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAATATCAGTACCCCATCACTTTCAATGCTGTCATATTGAGAGTT  200

seq1  AGGCTTCAGCATATACATTTAAGGTTAGGCACAAATACAGTCTTACCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCAGCATATACATTTAAGGTTAGGCACAAATACAGTCTTACCACA  250

seq1  TTCTTTAAATGTGTGAATTGATATACATATGTATACACACACACACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAAATGTGTGAATTGATATACATATGTATACACACACACACACAC  300

seq1  ACACACACACACACACATATATATATATATATATATATCACACATATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACATATATATATATATATATATATCACACATATATA  350

seq1  CATATACAAACACATACATATACACATACACATATACATATACGAAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACAAACACATACATATACACATACACATATACATATACGAAGGAG  400

seq1  CAATGTTCTGTTTCTCAGTACGCTGATCTAATGATGTGAGCTGATGAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTCTGTTTCTCAGTACGCTGATCTAATGATGTGAGCTGATGAAGG  450

seq1  TTAGGTAGCTCTAGGTCAGGCATCCGGCTACTAGGTAAAGAAGTCGTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTAGCTCTAGGTCAGGCATCCGGCTACTAGGTAAAGAAGTCGTGCT  500

seq1  CTTAGTAAGATAGAGGTCTCCCATTAATGCATTCTATCATTTTATATTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTAAGATAGAGGTCTCCCATTAATGCATTCTATCATTTTATATTTC  550

seq1  TTTTATTCAATTGTCAAGAACATGGGTTTCATAGAGTTCATAAACCTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCAATTGTCAAGAACATGGGTTTCATAGAGTTCATAAACCTATT  600

seq1  ATTTTGTGCTCTGGAAGAGGTAGCCCTCTTTCCTCCTCAGGAATGTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTGCTCTGGAAGAGGTAGCCCTCTTTCCTCCTCAGGAATGTCCAG  650

seq1  TGGGAAAAGGCTTCTGGCTCATCCTGGACCACACTACATCCTGAGAGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAAGGCTTCTGGCTCATCCTGGACCACACTACATCCTGAGAGCAA  700

seq1  GCATCCTTTGTTTATCCCACTGCTTGTACTTCCCTGGAACCTGCTCTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTTTGTTTATCCCACTGCTTGTACTTCCCTGGAACCTGCTCTCAC  750

seq1  AGATACCACTGGTCAGTGTGGATCAAAATCAGCTTGTAACTGGAGATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCACTGGTCAGTGTGGATCAAAATCAGCTTGTAACTGGAGATTCA  800

seq1  CACAGGATGTAGTGGACTAGGATATGTGCCCAGTTTAAAAATGCCAAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGATGTAGTGGACTAGGATATGTGCCCAGTTTAAAAATGCCAAAGG  850

seq1  TGGTTCAAGGGATTTCTGACCTGAGTCCTGGTGGCTGAAACTCAAGTGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCAAGGGATTTCTGACCTGAGTCCTGGTGGCTGAAACTCAAGTGTC  900

seq1  CAGACTCTCAGCAGTATCAAGGCACAGGGCACATGAGGTTAGCCTAGAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCTCAGCAGTATCAAGGCACAGGGCACATGAGGTTAGCCTAGAGT  950

seq1  GAATCCTTTTCCAGCATGAAGTGAAGGTCAGGCTAGCACCCAGCTGATTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||
seq2  GAATCCTTTTCCAGCATGAAGTGAA-GTCA-GCTAGCACCCAGCTGA-TC  997

seq1  CTGATCCTAAATCA-CACTAG-AATACTAGAACGTTCTTTCTTCTTGGAT  1048
      |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTGATCCTAAATCACCACTAGAAATACTAGAACGTTCTTTCTTC-TGGAT  1046

seq1  CAAACTGCCTCTTACCTGATGATTAGATTTGTCCCCAGAACTTTTGGTGA  1098
      |||||||||||||||||||||| ||   |||| ||||||||||| |||||
seq2  CAAACTGCCTCTTACCTGATGAATAAGATTGT-CCCAGAACTTTGGGTGA  1095

seq1  TTAA-TTTTTTTCTCTTGCTTTTCACGCAT-CCCTCTTGCATGTTGTCTG  1146
       ||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  ATAATTTTTTTTCCCTTGC-TTTCACGCATCCCCTCTTGCAAGTTGTCTG  1144

seq1  TGTCACCCTTACTCAGTGGTCAGAATAGGTAGTGAAGCCCACTAGGCATC  1196
      | ||||| ||||||| ||||| ||||  |||||| |  ||||||||||  
seq2  TTTCACCGTTACTCAATGGTC-GAAT--GTAGTGGAAGCCACTAGGCACT  1191

seq1  TCCCGGGGATG  1207
      || ||||||||
seq2  TCTCGGGGATG  1202

seq1: chr8_95336610_95337757
seq2: B6Ng01-083F01.g_66_1199 (reverse)

seq1  AAACAGC-TCTGTGCTGATTCCCTTTCACCACCACAAGTCTTTCCAGTTT  49
      ||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||| | |||||| 
seq2  AAACAGCTTCTGTG-TGA-TACCTTTCACCACCACAAGTC-TCCCAGTT-  46

seq1  AACAGCAAAAATCACCCTATTGCAGTTGACACAGTGGGGCAGAGGAGGGG  99
       ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  -ACAGC-AAAATCA-CCTA-TGCAGTTGACACAGT-GGGCAGAGGAGGGG  91

seq1  AGGCCTAAGACCATTTTCTACTTTGATACCTGGCCTGACGGTCCCTATCA  149
      | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GCCTTAGACCA-TTTCTACTTTGATACCTGGCCTGACGGTCCCTATCA  139

seq1  GTGGTTGCTTGCTCTCAGCTGGGTTGTCCACTGTAGTTTCAGTGTCCCTG  199
      || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GT-GTTGCTTGCTCTCAGCTGGG-TGT-CACTGTAGTTTCAGTGTCCCTG  186

seq1  AGTCATACCCTCCACGCCCCTGCTCCAGGCCTACTGCTGCCTGCTCAAGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTCATACCCTCCACGCCCCTGCTCCAGGCCTACTGCTG-CTGCTCAAGC  235

seq1  AGCTGTTGTATACAGTGGCTGTACTCACATCTGGCCCCCATCTGGCTACT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTGTATACAGTGGCTGTACTCACATCTGGCCCCCATCTGGCTACT  285

seq1  TCCCTGTCATATCTGACCTCTAGAGCTGTCTCATCCATGAGTATGTATTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTCATATCTGACCTCTAGAGCTGTCTCATCCATGAGTATGTATTG  335

seq1  CAACAGGCACTGTGAGGACAGGAACTTGTCAGGACCCCAGGCTGTGAACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGCACTGTGAGGACAGGAACTTGTCAGGACCCCAGGCTGTGAACT  385

seq1  GCACAGTCCTCATACCCTGATGGAATAACTCTTCAGCCAAGTGCCCTCTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTCCTCATACCCTGATGGAATAACTCTTCAGCCAAGTGCCCTCTG  435

seq1  CTGATGCTATAGGGGTGTTTAGCAACATGAGCACTCCTGTGAGGAGCGGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTATAGGGGTGTTTAGCAACATGAGCACTCCTGTGAGGAGCGGG  485

seq1  TGTGGCGGCAGTCCCAAAGGCGCCAGGGACTGCAGCTAAGTCATATGACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCGGCAGTCCCAAAGGCGCCAGGGACTGCAGCTAAGTCATATGACT  535

seq1  TGCACCTGACTTCCTCATATAAGCCACAAACATCTTGAGAGCTGCGCAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGACTTCCTCATATAAGCCACAAACATCTTGAGAGCTGCGCAGG  585

seq1  TGTACCAGGATACTGGTGAATCCATTTTGATGGAGATATGCCCCTGCTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCAGGATACTGGTGAATCCATTTTGATGGAGATATGCCCCTGCTGC  635

seq1  CCTGATTAGCTGAAGCTGCGTGCCTGGTGAGGTGGCGTGGCCTGCTGTGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTAGCTGAAGCTGCGTGCCTGGTGAGGTGGCGTGGCCTGCTGTGC  685

seq1  GTGGATGGGAACTGAGAGTATAAAAGAGTGAGAGGCCCAGGGTTCAGGGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGGGAACTGAGAGTATAAAAGAGTGAGAGGCCCAGGGTTCAGGGG  735

seq1  AGATATAAACAAGGGAGATATAAACAAACAAGGGAGATATAAACAAGAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAAACAAGGGAGATATAAACAAACAAGGGAGATATAAACAAGAAG  785

seq1  AAACAGGACTGAATAAACGTGTGCAGAAGGATCCTGTTGCAGCGTCGTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGACTGAATAAACGTGTGCAGAAGGATCCTGTTGCAGCGTCGTTC  835

seq1  TTCCTGGCCAGTTGAGCGGGCACAAGACACTCCCACTCACACAGTAGGGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGCCAGTTGAGCGGGCACAAGACACTCCCACTCACACAGTAGGGC  885

seq1  AGCACCTACTGTGGGTCATGTATAGTTCTCAGCCTGGTATAGGCAAAGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTACTGTGGGTCATGTATAGTTCTCAGCCTGGTATAGGCAAAGTC  935

seq1  TTCCCCTATCAGCATCCATGTGAGGTGGCCTTGATCAGTGACCCTTGCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTATCAGCATCCATGTGAGGTGGCCTTGATCAGTGACCCTTGCTG  985

seq1  GTCTACTGTGGAGCTTAAGTGTTTCTTGAAAACTCACATGTTGAAGGCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACTGTGGAGCTTAAGTGTTTCTTGAAAACTCACATGTTGAAGGCTT  1035

seq1  TACTCTCCAGTGTATCAGTGTTCAGAGATGCAGCCTTTAGGAAGTGATTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTCCAGTGTATCAGTGTTCAGAGATGCAGCCTTTAGGAAGTGATTG  1085

seq1  GATGGCGAAGACCCTGACATCTTCAGTAGATTCATCCTCAGAGGAATTC  1148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCGAAGACCCTGACATCTTCAGTAGATTCATCCTCAGAGGAATTC  1134