BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084D05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 94,768,421 - 94,892,087
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933436C20Rik, Irx5
Upstream geneRpgrip1l, AJ237917, LOC100041254, LOC674324, LOC100040628, Irx3
Downstream geneIrx6, LOC100041325, Mmp2, Aytl1, Capns2, LOC100040752, Slc6a2, EG244595, LOC382044, Es1, LOC676523, Ces3, Es22, AU018778, Ces1, 2310039D24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084D05.bB6Ng01-084D05.g
ACCDH898233DH898234
length1,0921,095
definitionDH898233|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084D05, 5' end.DH898234|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,768,421 - 94,769,534)(94,890,990 - 94,892,087)
sequence
gaattctgaataactcagtaggagcagggaagggcatgagaggaaagaca
gaggggctagaaacataactgtatattttgacattaaatgaattacatgg
aaattatatgcaaatcattatgtaaatgtggcatatgttgttttccagtt
aacagcttggacactttcaataattacaacatttttcagggtgaattaag
agccccaataaacaatatctaggacctactagagatgagaaggatgtaat
ggtctttgtttttcattttgagtggttcaggttgagctagaaacttgaaa
tcctctccccaggtctataaagaccactatacattatgtaatactctttt
ggtgacagcagccatctatgacaattaataagagcattaatgccaaaagc
ctttgaaaatatggacttctcaagagagccccgctttatcttattttatc
cttctgtacctggcgaacagatgtaaaagattaaaatgaaatatccttcc
ctctactgcatgactcctccgtaatttaagggggtggggaaagccatacg
tcatatagttaggtgcccaccactgacaccattgctccctcatgtgctca
gttgcctggaagacccttaacttgattttcatctcagtggaagacttttt
cttccccccaccaactcttgtgaaactgctccctgcccccctcccatctc
actgccatgttgattttataaggaaagcaacccaccaagcatgcaaagtt
ggtattagctagtgaacatgaaggttttctttgtaccttcctttctggag
atttttttgggagataacccccagattctctagttttgaagcctctaggg
acaataaggaatgacatcaaatgagaatcatttaaatgcagagctgattt
tggggaaaaaaaacaaacaaatcaacaactaagggggaattcccatccca
gagattaaacaagaagcatttaatacttgaggttgtatgagaccaatgcc
tagctgtctgagatgggcttccgctgccagccagcaactgagtcttgtca
gcaacaagagcaaagccagcgctcatgaatatctaagtcatg
gaattcagtgggttgcctcgactaaaagagcccacttcttaccctctcca
tttgccttataaccctcatcacacagacacaatgtggagtctccgtggct
tacttgttgagctacttgttgagtctggttgtctgaagtgaacgtgcaat
ctggttgtctgaagtgaaagtgcaaggagactttgtctggctcctgcagc
agcattagcccatgctagatgctcagctagacggaggaaggacagaaggg
ttgacgtagatctgtgctagcaagaagaccactgtaagaacaccctagag
ggttcaacgccaaggttttccctgccttctcttccaacaagcggatgcca
tggaagcaagggtggatttgcttcttcggaagtctggggcagacagtgtg
actaggtataaggaaggcagtaaacgtgttgaattctgagaaaagaatcc
aaggtaaacttagaagccttcgaggctatagattcttgagaccaaagggg
agtagcctgaaggtcctagtaactgtattccaaaagataggtgccttcag
atgaagggttgcctggccaagggtgcaaggatttcctgaagccacactgg
tgggtatgactgcctttctaggcttcccacagtttctcttcaagctccag
ctggtgctactgaccagaggaagtggagaggactgtcaagaaagagcagc
catgctggtaggaccctgcatcccagacctgagctagtgagagtgctacc
ctaaaagctatcctgaaggctgccatgtgtcatgcatcatatccctccct
cccggtggtgggagtgaggtattttagtctcttttttatgaatgaggaaa
tcaggttcagactggttattgaaattgtccaagagcgcctaggaagacag
cgctatgccaccctctgccccacccagtagctatgatatatcccggaata
gagttcttgctcaaagctccaaagccatcgcagcttcacagttcacctgg
gagttccatggcttcttctgcatcagcaccagccctgcctcaggctgagc
atactgcctgcaaggggcatgcgacagctgaacccgcttcttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_94768421_94769534
seq2: B6Ng01-084D05.b_45_1136

seq1  GAATTCTGAATAACTCAGTAGGAGCAGGGAAGGGCATGAGAGGAAAGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAATAACTCAGTAGGAGCAGGGAAGGGCATGAGAGGAAAGACA  50

seq1  GAGGGGCTAGAAACATAACTGTATATTTTGACATTAAATGAATTACATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCTAGAAACATAACTGTATATTTTGACATTAAATGAATTACATGG  100

seq1  AAATTATATGCAAATCATTATGTAAATGTGGCATATGTTGTTTTCCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATATGCAAATCATTATGTAAATGTGGCATATGTTGTTTTCCAGTT  150

seq1  AACAGCTTGGACACTTTCAATAATTACAACATTTTTCAGGGTGAATTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTGGACACTTTCAATAATTACAACATTTTTCAGGGTGAATTAAG  200

seq1  AGCCCCAATAAACAATATCTAGGACCTACTAGAGATGAGAAGGATGTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAATAAACAATATCTAGGACCTACTAGAGATGAGAAGGATGTAAT  250

seq1  GGTCTTTGTTTTTCATTTTGAGTGGTTCAGGTTGAGCTAGAAACTTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTGTTTTTCATTTTGAGTGGTTCAGGTTGAGCTAGAAACTTGAAA  300

seq1  TCCTCTCCCCAGGTCTATAAAGACCACTATACATTATGTAATACTCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCCCCAGGTCTATAAAGACCACTATACATTATGTAATACTCTTTT  350

seq1  GGTGACAGCAGCCATCTATGACAATTAATAAGAGCATTAATGCCAAAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACAGCAGCCATCTATGACAATTAATAAGAGCATTAATGCCAAAAGC  400

seq1  CTTTGAAAATATGGACTTCTCAAGAGAGCCCCGCTTTATCTTATTTTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAATATGGACTTCTCAAGAGAGCCCCGCTTTATCTTATTTTATC  450

seq1  CTTCTGTACCTGGCGAACAGATGTAAAAGATTAAAATGAAATATCCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTACCTGGCGAACAGATGTAAAAGATTAAAATGAAATATCCTTCC  500

seq1  CTCTACTGCATGACTCCTCCGTAATTTAAGGGGGTGGGGAAAGCCATACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTGCATGACTCCTCCGTAATTTAAGGGGGTGGGGAAAGCCATACG  550

seq1  TCATATAGTTAGGTGCCCACCACTGACACCATTGCTCCCTCATGTGCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAGTTAGGTGCCCACCACTGACACCATTGCTCCCTCATGTGCTCA  600

seq1  GTTGCCTGGAAGACCCTTAACTTGATTTTCATCTCAGTGGAAGACTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCTGGAAGACCCTTAACTTGATTTTCATCTCAGTGGAAGACTTTTT  650

seq1  CTTCCCCCCACCAACTCTTGTGAAACTGCTCCCTGCCCCCCTCCCATCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCCCACCAACTCTTGTGAAACTGCTCCCTGCCCCCCTCCCATCTC  700

seq1  ACTGCCATGTTGATTTTATAAGGAAAGCAACCCACCAAGCATGCAAAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCATGTTGATTTTATAAGGAAAGCAACCCACCAAGCATGCAAAGTT  750

seq1  GGTATTAGCTAGTGAACATGAAGGTTTTCTTTGTAACCTTCCTTTCTGGA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGTATTAGCTAGTGAACATGAAGGTTTTCTTTGT-ACCTTCCTTTCTGGA  799

seq1  GATTTTTTTGGGAGATAACCCCCAGATTCTCTAGTTTTGAAGCCTCTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTTGGGAGATAACCCCCAGATTCTCTAGTTTTGAAGCCTCTAGG  849

seq1  GACAATAAGGAATGACATCAAATGAGAATCATTTAAATGCAGAGCTGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATAAGGAATGACATCAAATGAGAATCATTTAAATGCAGAGCTGATT  899

seq1  TTGGGGAAAAAAAAACAAACAAATCAACAACTAAGGGGGGAATTCCCATC  950
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGGGG-AAAAAAAACAAACAAATCAACAACTAA-GGGGGAATTCCCATC  947

seq1  CCAGAGAATTAAAACAAAGAAGCATTTAATAACTTGAGGGTTGTATGAGA  1000
      |||||| ||||||   |||||||||||||| |||||| ||||||||||| 
seq2  CCAGAG-ATTAAA--CAAGAAGCATTTAAT-ACTTGA-GGTTGTATGAG-  991

seq1  ACCAATGCCCTAGCTGTCTGAGGATGGGGCTCCCGGCTGCCCAGCCAGGC  1050
      ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||  |||| ||||||||  
seq2  ACCAATG-CCTAGCTGTCTGA-GATGGGCTTCC--GCTG-CCAGCCAG--  1034

seq1  AAACTGAGTCTTTGTCAAGCAAACAAGAGCAGAAGCCAGCGCTTCATGAA  1100
       ||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  CAACTGAGTC-TTGTC-AGC-AACAAGAGCA-AAGCCAGCGC-TCATGAA  1079

seq1  TACCTAAAGTCATG  1114
      || || ||||||||
seq2  TATCT-AAGTCATG  1092

seq1: chr8_94890990_94892087
seq2: B6Ng01-084D05.g_69_1163 (reverse)

seq1  GAGAAG-AGCGGGTTCTAGCTGTCCGCCATTGCCCCCTGCAGGCAGTATG  49
      |||||| ||||||||| |||||| |||   |||||| |||||||||||||
seq2  GAGAAGAAGCGGGTTC-AGCTGT-CGC--ATGCCCCTTGCAGGCAGTATG  46

seq1  CTCAAGCCTGGGGCAGGGCTGGTGCTGATGCAGGAAGAAGCCCCTGGGAC  99
      ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| ||
seq2  CTC-AGCCTGAGGCAGGGCTGGTGCTGATGCA-GAAGAAG-CCATGGAAC  93

seq1  TCCCAGGTG-ACTGTGAAGCCTGCGATGGCTTTGGAGCTTTGAGCAAGAA  148
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGTGAACTGTGAAG-CTGCGATGGCTTTGGAGCTTTGAGCAAGAA  142

seq1  CTCTATTCC-GGATATATCATAGCTACTGGGT-GGGCAGAGGGTGGCATA  196
      ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCTATTCCGGGATATATCATAGCTACTGGGTGGGGCAGAGGGTGGCATA  192

seq1  GCGCTGTCTTCCTAGGCGCTCTTGGACAATTTCAATAACCAGTCTGAACC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGTCTTCCTAGGCGCTCTTGGACAATTTCAATAACCAGTCTGAACC  242

seq1  TGATTTCCTCATTCAT-AAAAAGGGACTGAAATACCTCACTCCCACCACC  295
      |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCCTCATTCATAAAAAAGAGACTAAAATACCTCACTCCCACCACC  292

seq1  GGGAGGGAGGGATATGATGCATGACACATGGCAGCCTTCAGGATAGCTTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGAGGGATATGATGCATGACACATGGCAGCCTTCAGGATAGCTTT  342

seq1  TAGGGTAGCACTCTCACTAGCTCAGGTCTGGGATGCAGGGTCCTACCAGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTAGCACTCTCACTAGCTCAGGTCTGGGATGCAGGGTCCTACCAGC  392

seq1  ATGGCTGCTCCTTCTTGACAGTCCTCTCCACTTCCTCTGGTCAGTAGCAC  445
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGCTCTTTCTTGACAGTCCTCTCCACTTCCTCTGGTCAGTAGCAC  442

seq1  CAGCTGGAGCTTGAAGAGAAACTGTGGGAAGCCTAGAAAGGCAGTCATAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGAGCTTGAAGAGAAACTGTGGGAAGCCTAGAAAGGCAGTCATAC  492

seq1  CCACCAGTGTGGCTTCAGGAAATCCTTGCACCCTTGGCCAGGCAACCCTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGTGTGGCTTCAGGAAATCCTTGCACCCTTGGCCAGGCAACCCTT  542

seq1  CATCTGAAGGCACCTATCTTTTGGAATACAGTTACTAGGACCTTCAGGCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAAGGCACCTATCTTTTGGAATACAGTTACTAGGACCTTCAGGCT  592

seq1  ACTCCCCTTTGGTCTCAAGAATCTATAGCCTCGAAGGCTTCTAAGTTTAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCTTTGGTCTCAAGAATCTATAGCCTCGAAGGCTTCTAAGTTTAC  642

seq1  CTTGGATTCTTTTCTCAGAATTCAACACGTTTACTGCCTTCCTTATACCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATTCTTTTCTCAGAATTCAACACGTTTACTGCCTTCCTTATACCT  692

seq1  AGTCACACTGTCTGCCCCAGACTTCCGAAGAAGCAAATCCACCCTTGCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACACTGTCTGCCCCAGACTTCCGAAGAAGCAAATCCACCCTTGCTT  742

seq1  CCATGGCATCCGCTTGTTGGAAGAGAAGGCAGGGAAAACCTTGGCGTTGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCATCCGCTTGTTGGAAGAGAAGGCAGGGAAAACCTTGGCGTTGA  792

seq1  ACCCTCTAGGGTGTTCTTACAGTGGTCTTCTTGCTAGCACAGATCTACGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTAGGGTGTTCTTACAGTGGTCTTCTTGCTAGCACAGATCTACGT  842

seq1  CAACCCTTCTGTCCTTCCTCCGTCTAGCTGAGCATCTAGCATGGGCTAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTTCTGTCCTTCCTCCGTCTAGCTGAGCATCTAGCATGGGCTAAT  892

seq1  GCTGCTGCAGGAGCCAGACAAAGTCTCCTTGCACTTTCACTTCAGACAAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCAGGAGCCAGACAAAGTCTCCTTGCACTTTCACTTCAGACAAC  942

seq1  CAGATTGCACGTTCACTTCAGACAACCAGACTCAACAAGTAGCTCAACAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTGCACGTTCACTTCAGACAACCAGACTCAACAAGTAGCTCAACAA  992

seq1  GTAAGCCACGGAGACTCCACATTGTGTCTGTGTGATGAGGGTTATAAGGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCACGGAGACTCCACATTGTGTCTGTGTGATGAGGGTTATAAGGC  1042

seq1  AAATGGAGAGGGTAAGAAGTGGGCTCTTTTAGTCGAGGCAACCCACTGAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAGAGGGTAAGAAGTGGGCTCTTTTAGTCGAGGCAACCCACTGAA  1092

seq1  TTC  1098
      |||
seq2  TTC  1095