BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084M21
Chromosome8 (Build37)
Map Location 88,685,996 - 88,832,227
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040165
Upstream geneEG624855, Olfr371, Vps35, Orc6l, D830007F02Rik, 4921524J17Rik, Gpt2, Dnaja2, Neto2, Itfg1, LOC100040798, Phkb, LOC671665
Downstream geneAbcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178, BC004022, LOC666960, EG625298, EG330819
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084M21.bB6Ng01-084M21.g
ACCDH898650DH898651
length1,1411,148
definitionDH898650|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084M21, 5' end.DH898651|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,831,080 - 88,832,227)(88,685,996 - 88,687,162)
sequence
gaattcaagccttgggtcctcacccatgttgaggtgtactgagatcataa
agcagagtgagttctccataacctcctctcctacacttggcctctgaaat
gtttctgcccgcccatggctgctgatggggaagcaaagatcacttcagca
tctcaatagaaggggaaaagcagggctcaggagtcaggaaggggatgctc
aggctggtttgtgggaggtcttgggtttccacaaacaaacaaaggaaatc
tttatgaggatttagccagagtgaccctttgctactttatgagtcttttc
agctgaagaaaaagtaagagaagatggcataggtcactagtggtatgagg
aaaagcttgtaagttactatcaggacaccaaggaaccattatggctcccc
acgtaagtaaaaataggtctgcttcatttctctagtccagtgttttcctg
aagtgacataaattatcaacaaggttttgcatggtgcatcattctgacag
gcgtgcatctactgcaaagggttatgtcatagtcacagcagataatgctg
gggttgtatctgtgacgcttaaacacaatggctttttaagtcgctgtagt
tccctttttaacgtgaattgatttcattatctagcaactaaataatggcc
tatgttggacaaggcaaaaatcatgacatctggctcacagtagtttggga
ctttctgtgaggactcagctcctggtttcagccaaggaaattactggagc
caagtaatccccaaagctggactcactaaatcttggaacaaattgcatga
gaattgagctggccaaatgccttccatgccaggaccaagcaccaattaaa
gtcatagatgaaaaagccaaagtcacagacaaaaggggcagaggttgccg
ctggagtgtcttggtaaaagggacatatagtctttataggccctggtcaa
gacaaactgtcttccaaccagctactctatcactgcccataatgacactg
ttaactttcatgtcttctgaccccaaattacctctgtccaatccctgatg
cagagctcacccaaaattgttctagaaggtcccccaattgctcagcatct
cacatgttccagtgtctacttgacgtgacccaagccctctc
gaattcaatgatcaaccaccttccagcagctattagttcaattgctgctt
gggcatccccacccactgaagaaactgagttcagctagcttcagacatgt
aagtacttctagtgttctctcttaccacaaatgaagctgacagcctgcaa
ctaacaacagatgtggtagcctaaacaaacagcaaaaggagacaccaaga
actcgaaggagtccaggaaaggtgggtagtaacatttacacagttgcgat
cagtgataattgaaaggaagaaaaaagtttgattcacagtttcagaggga
ttgcagtcctctgcttgggggaaggcatgatggcaggagggttccaccca
tattgatggtgctatgcatcaactgctgatctcatgactcacacagggaa
gcagagactgtggctggaaacaggggcagagataaccttcaaatttctgt
tcttatggagtgtggtggcctaattccttaatatgagcacttaggaggca
gaggcaggcagatctctgagtttaaggccagtgtttacacagtgttttag
actgacaaaggctatgtagtgagacccttgacccagaaaaacaaaaacaa
acaaagcaagcctgcttctagtggctcccaggaaggtccacttcctacag
gctccagagcctgaaaaaaatctctgtaagctgggctttaatgctcaaaa
cacaagtctacgtggagcattgcagattcaaactaatcaaggtagaagac
atatgggcaactctagcggagcaccattggaaaagaatggctccctactc
cttcaccatcaaatgccaagttgggaaatttaactgccatcttcaagacc
tgtacaaaggacccagacttactccaaagagatgatgtgacagagagcag
agagaccttgtgtcctgtagtgttggaaaacctctggaattcttccaagt
ctgcagttattacagggcccttcttcttctctctggtagcatgaagcaga
aagaagagagacctgaacctttactgactagtagtatgatgtcacctctg
acatggggtcatgggaggccaaatgggagttcccctcggctaaggaaatg
agggtcccccccccccacacttagagttgatgacagatctttaccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_88831080_88832227
seq2: B6Ng01-084M21.b_43_1183 (reverse)

seq1  GAGAGGGCATGGGTCACTTCAAAGTAGACACTGGAACATGTGAGATGCTG  50
      |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGAGGGCTTGGGTCACGTC-AAGTAGACACTGGAACATGTGAGATGCT-  48

seq1  GAGGCATTGGGGGACTTCTTAGAACAATTTTGGGTTGAGCTCTGCATCAG  100
      |||  |||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAGCAATTGGGGGACCTTCTAGAACAATTTTGGG-TGAGCTCTGCATCAG  97

seq1  GGATTGGGAACAGAGGTAATTTGGGGTCAGAAGACATGAAAGTTAACAGT  150
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGG--ACAGAGGTAATTTGGGGTCAGAAGACATGAAAGTTAACAGT  145

seq1  GTCACTATGGGGCAGTGATAGAGTAGCTGGTTGGAAGACAGTTTGTCTTG  200
      |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTAT-GGGCAGTGATAGAGTAGCTGGTTGGAAGACAGTTTGTCTTG  194

seq1  ACCAGGGCCTATAAAGGCTATATGTCCCTTTTACCAAGACACTCCAGCGG  250
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGGCCTATAAAGACTATATGTCCCTTTTACCAAGACACTCCAGCGG  244

seq1  CAACCTCTGCCCCCTTTTGTCTGTGACTTTGGCTTTTTCATCTATGACTT  300
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTCTG-CCCCTTTTGTCTGTGACTTTGGCTTTTTCATCTATGACTT  293

seq1  TAATTGGTGCTTGGTCCTGGCATGGAAGGCATTTGGCCAGCTCAATTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGTGCTTGGTCCTGGCATGGAAGGCATTTGGCCAGCTCAATTCTC  343

seq1  ATGCAATTTGTTCCAAGATTTAGTGAGTCCAGCTTTGGGGATTACTTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATTTGTTCCAAGATTTAGTGAGTCCAGCTTTGGGGATTACTTGGC  393

seq1  TCCAGTAATTTCCTTGGCTGAAACCAGGAGCTGAGTCCTCACAGAAAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTAATTTCCTTGGCTGAAACCAGGAGCTGAGTCCTCACAGAAAGTC  443

seq1  CCAAACTACTGTGAGCCAGATGTCATGATTTTTGCCTTGTCCAACATAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTACTGTGAGCCAGATGTCATGATTTTTGCCTTGTCCAACATAGG  493

seq1  CCATTATTTAGTTGCTAGATAATGAAATCAATTCACGTTAAAAAGGGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTATTTAGTTGCTAGATAATGAAATCAATTCACGTTAAAAAGGGAAC  543

seq1  TACAGCGACTTAAAAAGCCATTGTGTTTAAGCGTCACAGATACAACCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCGACTTAAAAAGCCATTGTGTTTAAGCGTCACAGATACAACCCCA  593

seq1  GCATTATCTGCTGTGACTATGACATAACCCTTTGCAGTAGATGCACGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATCTGCTGTGACTATGACATAACCCTTTGCAGTAGATGCACGCCT  643

seq1  GTCAGAATGATGCACCATGCAAAACCTTGTTGATAATTTATGTCACTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAATGATGCACCATGCAAAACCTTGTTGATAATTTATGTCACTTCA  693

seq1  GGAAAACACTGGACTAGAGAAATGAAGCAGACCTATTTTTACTTACGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACACTGGACTAGAGAAATGAAGCAGACCTATTTTTACTTACGTGG  743

seq1  GGAGCCATAATGGTTCCTTGGTGTCCTGATAGTAACTTACAAGCTTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCATAATGGTTCCTTGGTGTCCTGATAGTAACTTACAAGCTTTTCC  793

seq1  TCATACCACTAGTGACCTATGCCATCTTCTCTTACTTTTTCTTCAGCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCACTAGTGACCTATGCCATCTTCTCTTACTTTTTCTTCAGCTGA  843

seq1  AAAGACTCATAAAGTAGCAAAGGGTCACTCTGGCTAAATCCTCATAAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTCATAAAGTAGCAAAGGGTCACTCTGGCTAAATCCTCATAAAGA  893

seq1  TTTCCTTTGTTTGTTTGTGGAAACCCAAGACCTCCCACAAACCAGCCTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTGTTTGTTTGTGGAAACCCAAGACCTCCCACAAACCAGCCTGA  943

seq1  GCATCCCCTTCCTGACTCCTGAGCCCTGCTTTTCCCCTTCTATTGAGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCCTTCCTGACTCCTGAGCCCTGCTTTTCCCCTTCTATTGAGATG  993

seq1  CTGAAGTGATCTTTGCTTCCCCATCAGCAGCCATGGGCGGGCAGAAACAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTGATCTTTGCTTCCCCATCAGCAGCCATGGGCGGGCAGAAACAT  1043

seq1  TTCAGAGGCCAAGTGTAGGAGAGGAGGTTATGGAGAACTCACTCTGCTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGGCCAAGTGTAGGAGAGGAGGTTATGGAGAACTCACTCTGCTTT  1093

seq1  ATGATCTCAGTACACCTCAACATGGGTGAGGACCCAAGGCTTGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTCAGTACACCTCAACATGGGTGAGGACCCAAGGCTTGAATTC  1141

seq1: chr8_88685996_88687162
seq2: B6Ng01-084M21.g_69_1216

seq1  GAATTCAATGATCAACCACCTTCCAGCAGCTATTAGTTCAATTGCTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGATCAACCACCTTCCAGCAGCTATTAGTTCAATTGCTGCTT  50

seq1  GGGCATCCCCACCCACTGAAGAAACTGAGTTCAGCTAGCTTCAGACATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCCCCACCCACTGAAGAAACTGAGTTCAGCTAGCTTCAGACATGT  100

seq1  AAGTACTTCTAGTGTTCTCTCTTACCACAAATGAAGCTGACAGCCTGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACTTCTAGTGTTCTCTCTTACCACAAATGAAGCTGACAGCCTGCAA  150

seq1  CTAACAACAGATGTGGTAGCCTAAACAAACAGCAAAAGGAGACACCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAACAGATGTGGTAGCCTAAACAAACAGCAAAAGGAGACACCAAGA  200

seq1  ACTCGAAGGAGTCCAGGAAAGGTGGGTAGTAACATTTACACAGTTGCGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGAAGGAGTCCAGGAAAGGTGGGTAGTAACATTTACACAGTTGCGAT  250

seq1  CAGTGATAATTGAAAGGAAGAAAAAAGTTTGATTCACAGTTTCAGAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATAATTGAAAGGAAGAAAAAAGTTTGATTCACAGTTTCAGAGGGA  300

seq1  TTGCAGTCCTCTGCTTGGGGGAAGGCATGATGGCAGGAGGGTTCCACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTCCTCTGCTTGGGGGAAGGCATGATGGCAGGAGGGTTCCACCCA  350

seq1  TATTGATGGTGCTATGCATCAACTGCTGATCTCATGACTCACACAGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATGGTGCTATGCATCAACTGCTGATCTCATGACTCACACAGGGAA  400

seq1  GCAGAGACTGTGGCTGGAAACAGGGGCAGAGATAACCTTCAAATTTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGACTGTGGCTGGAAACAGGGGCAGAGATAACCTTCAAATTTCTGT  450

seq1  TCTTATGGAGTGTGGTGGCCTAATTCCTTAATATGAGCACTTAGGAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGGAGTGTGGTGGCCTAATTCCTTAATATGAGCACTTAGGAGGCA  500

seq1  GAGGCAGGCAGATCTCTGAGTTTAAGGCCAGTGTTTACACAGTGTTTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGCAGATCTCTGAGTTTAAGGCCAGTGTTTACACAGTGTTTTAG  550

seq1  ACTGACAAAGGCTATGTAGTGAGACCCTTGACCCAGAAAAACAAAAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACAAAGGCTATGTAGTGAGACCCTTGACCCAGAAAAACAAAAACAA  600

seq1  ACAAAGCAAGCCTGCTTCTAGTGGCTCCCAGGAAGGTCCACTTCCTACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCAAGCCTGCTTCTAGTGGCTCCCAGGAAGGTCCACTTCCTACAG  650

seq1  GCTCCAGAGCCTGAAAAAAATCTCTGTAAGCTGGGCTTTAATGCTCAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGAGCCTGAAAAAAATCTCTGTAAGCTGGGCTTTAATGCTCAAAA  700

seq1  CACAAGTCTACGTGGAGCATTGCAGATTCAAACTAATCAAGGTAGAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTCTACGTGGAGCATTGCAGATTCAAACTAATCAAGGTAGAAGAC  750

seq1  ATATGGGCAACTCTAGCGGAGCACCATTGGAAAAGAATGGCTCCCTACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGCAACTCTAGCGGAGCACCATTGGAAAAGAATGGCTCCCTACTC  800

seq1  CTTCACCATCAAATGCCAAGTTGGGAAATTTAACTGCCATCTTCAAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCATCAAATGCCAAGTTGGGAAATTTAACTGCCATCTTCAAGACC  850

seq1  TGTACAAAGGACCCAAGACTTACTCCAAAGAGATGATGTGACAGAAGAGC  900
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTACAAAGGACCC-AGACTTACTCCAAAGAGATGATGTGACAG-AGAGC  898

seq1  AAGAGAGACCTTGTGTCCTGTAGTGTTGGAAAAACCTCTGGAATTCTCCC  950
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  -AGAGAGACCTTGTGTCCTGTAGTGTTGG-AAAACCTCTGGAATTCTTCC  946

seq1  AAAGTCTGCAGTTATTACAAGGGCCCCTTCTCTTCTCCTCTGGTAGGCAT  1000
       ||||||||||||||||| ||||||| |  |||||| |||||||| ||||
seq2  -AAGTCTGCAGTTATTAC-AGGGCCCTTCTTCTTCT-CTCTGGTA-GCAT  992

seq1  GAAAGCAGAAAGAAGAGAGACCTGAAACTTTACTGACTAGTAGTATTGAT  1050
      | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  G-AAGCAGAAAGAAGAGAGACCTGAACCTTTACTGACTAGTAGTA-TGAT  1040

seq1  GTCACCTCTGACATGGTGTCAATGGAGGCCAAAAGGGGAGTCCCCTCTGC  1100
      |||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||   ||||||| ||
seq2  GTCACCTCTGACATGGGGTCATGGGAGGCCAAATGGGAGTTCCCCTCGGC  1090

seq1  TTAAAAGAAATGAGGTGTCCCCCCCCCCCCAACACTAAGAGTTGATGGAC  1150
      |  || ||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||   
seq2  T--AAGGAAATGAGG-GTCCCCCCCCCCC--ACACTTAGAGTTGATG--A  1133

seq1  CAGGAATCTTTAACTTT  1167
      |||  ||||||| ||||
seq2  CAG--ATCTTTACCTTT  1148