BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085F13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,562,660 - 12,705,685
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700094C09Rik, Tubgcp3
Upstream geneIng1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155, LOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1
Downstream geneAtp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085F13.bB6Ng01-085F13.g
ACCDH899042DH899043
length1,1771,192
definitionDH899042|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085F13, 5' end.DH899043|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085F13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,704,506 - 12,705,685)(12,562,660 - 12,563,877)
sequence
gaattcatatttatgatctgtctttatgaatggttgtttgctctgttatt
gtggaagtgtctctctttggttgctttaattctctgccttgaagtctacc
aaagctccaacaggggccttctggtgaggatagtttgaatggcagattct
cttcatcactgggttccagctgctgacttagttaaggttttactgctgtg
aacagacatcatgaccaaggcaactcttataaggacaacatttaattggg
gctggcttacaggtccagaggttcagaccattatcatcaaagtgggagca
tggcagcatccaggcaggcatggtgcaggcggagctgagagttctacatc
ttcatccggaggctgctagcagaatactggcttccaggcagctaggataa
gggtcttaaagcccatacccataatgacacacctactctgacaaggccac
acctacttcaacaaggccacacctattccatcagggccacacctccaaat
agtgctactccctgggcaaagcatattcaaaccatgacacctgcttaaac
tacggctctggggacagctcctagctggccctcactttggaaagccattc
agataatctttgaatcagagggttgatgttgggttttgtcatgatggatt
taggattctccgattgggttttctgctgtctcccccttccatgtcttcct
cttgattgttggatgagattctgtgttatgccattttcttgtcttccacc
tatatctgatcgtaactttttagcagttgatttgaggactgagtgctctg
agtgttttgttttaaccatgtttaaagttataatttgcagcactttgtaa
gatgtagacagagctgtgccccgtgcatacatcagacactccatgcccat
ctctttcactctggtgacttagttgttgtgtgtatacaaactacagtgca
acagttaacaaaccagagagaaagaggacgccttcttcaaaatgctggtt
atttccggtgcttctgatattcttcttaaaggtttgaatttctctcttaa
tttattcccttacaaggccaggagtgccgccacccactttacccacactc
tggaggcaaagaacggggggatttcttgaagttggacaacttgatctgtt
ataagtttccaagcacaccagggcttc
gaattcacatggcagagaaaaaaacatctaaaaagagctcagacaaaact
gtgatggaatttctgttcacagaaaaaaaaattgaaaactttcaaattaa
aagaagagcctttaagcccgtttgcatttcagtgagtttatgtccttacg
taatttctttccctagggataggatcttatgacagaaccacactggccat
cagcggaggactcacacttcagggctcttgcctgtgttccacccggttct
aactcgaagaatgacggcacttggaagacctaaattaaatttttaaattg
catgctattactctagataaaggtaggtgagggcatgcaagcagagctgc
ctgggcctttccactgttagatgaggacagcgcacaagcccccatgacct
tgggttccctggggcttcagcatcccaggtcatgccctgctgtgcccagg
agctaagagcggagcatgcgccccaggctctatgcccaggcgctaagagc
ggagcatgcgccccaggctctatgcccaggcgctaagagcggagcatgcg
ccccaggctctatgcccaggagctaagagcggagcatgcgccccaggctc
tatgcccaggcgctaagagcagagcatgaaaagccttgactcttggcctt
ggtctgtatcctgctaagctttgcgcaccagtgagatcctgaaatgaaat
tagcctggtattcttcatcccagggggagtcatacagctctactgctctt
gtcctaatggcttcctcactgcaaagtcatctccgagatgaagaattaaa
tctactagtgtaaatcaatgggaaggaaatcagaacaaaaggctgggttg
tttttacaaatcacccagtgcaaggcaggttttcacggagtccctcgctc
agctggagacactgagctccacacgggttgtcaggcacgcaatggataaa
ggagccttcgagagcagagcttagggcaggttatacatgtattacagttt
agtcggctccctccagatggactagatgcagacgaggaacagccctactg
atgctcatttctatggagatgtcgagtatgcctgttcacagggcccttgc
cacattcttttgtgcatggtgattaaataccaagccttaagtcccagaaa
ccgtgaggcagcaaatgcactttgtgtggaggcctgagttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12704506_12705685
seq2: B6Ng01-085F13.b_42_1218 (reverse)

seq1  GAAGCCCTGGTTGTCTTGGAACTTTCTATACAGATCAAGTTGTTCCCAAA  50
      |||||||||||   |||||||  || || ||||||||||||||   | ||
seq2  GAAGCCCTGGTGTGCTTGGAAACTTATA-ACAGATCAAGTTGT---CCAA  46

seq1  CTCTCAGAAATCCCCCTG-TCTCTGCCTCCAGAGTGCTGGGTTAAAGGTG  99
      ||   ||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||  || |||
seq2  CTTCAAGAAATCCCCCCGTTCTTTGCCTCCAGAGTG-TGGGT--AAAGTG  93

seq1  GGTGCGGCCACTCCTGGCCTTGTTTAGGGAATAATATAAGAGAGAAATTC  149
      ||||  | |||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||
seq2  GGTGGCGGCACTCCTGGCCTTG-TAAGGGAATAAATTAAGAGAGAAATTC  142

seq1  AAACCTTTAAG-AGATAATCAGAAGCACCGGAAATAACCAGCATTTTGAG  198
      ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAACCTTTAAGAAGAATATCAGAAGCACCGGAAATAACCAGCATTTTGAA  192

seq1  GAAGGCGTCCTCTTTCTCTCTGGTTTGTTAACTG-TGCACTGTAGTTTGT  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAAGGCGTCCTCTTTCTCTCTGGTTTGTTAACTGTTGCACTGTAGTTTGT  242

seq1  ATACACACAACACCTAAGTCACCAGAGTGAAAGAGATGGGCATGGAGTGT  297
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACAACAACTAAGTCACCAGAGTGAAAGAGATGGGCATGGAGTGT  292

seq1  CTGATGTATGCACGGGGCACAGCTCTGTCTACATCTTACAAAGTGCTGC-  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTGATGTATGCACGGGGCACAGCTCTGTCTACATCTTACAAAGTGCTGCA  342

seq1  AATTATAACTTT-AACATGGTTAAAACAAAACACTCAGAGCACTCAGTCC  395
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAACTTTAAACATGGTTAAAACAAAACACTCAGAGCACTCAGTCC  392

seq1  TCAAATCAACTGCTAAAAAGTTACGATCAGATATAGGTGGAAGACAAGAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCAACTGCTAAAAAGTTACGATCAGATATAGGTGGAAGACAAGAA  442

seq1  AATGGCATAACACAGAATCTCATCCAACAATCAAGAGGAAGACATGGAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCATAACACAGAATCTCATCCAACAATCAAGAGGAAGACATGGAAG  492

seq1  GGGGAGACAGCAGAAAACCCAATCGGAGAATCCTAAATCCATCATGACAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGACAGCAGAAAACCCAATCGGAGAATCCTAAATCCATCATGACAA  542

seq1  AACCCAACATCAACCCTCTGATTCAAAGATTATCTGAATGGCTTTCCAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAACATCAACCCTCTGATTCAAAGATTATCTGAATGGCTTTCCAAA  592

seq1  GTGAGGGCCAGCTAGGAGCTGTCCCCAGAGCCGTAGTTTAAGCAGGTGTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGCCAGCTAGGAGCTGTCCCCAGAGCCGTAGTTTAAGCAGGTGTC  642

seq1  ATGGTTTGAATATGCTTTGCCCAGGGAGTAGCACTATTTGGAGGTGTGGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTGAATATGCTTTGCCCAGGGAGTAGCACTATTTGGAGGTGTGGC  692

seq1  CCTGATGGAATAGGTGTGGCCTTGTTGAAGTAGGTGTGGCCTTGTCAGAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGGAATAGGTGTGGCCTTGTTGAAGTAGGTGTGGCCTTGTCAGAG  742

seq1  TAGGTGTGTCATTATGGGTATGGGCTTTAAGACCCTTATCCTAGCTGCCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTGTCATTATGGGTATGGGCTTTAAGACCCTTATCCTAGCTGCCT  792

seq1  GGAAGCCAGTATTCTGCTAGCAGCCTCCGGATGAAGATGTAGAACTCTCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCAGTATTCTGCTAGCAGCCTCCGGATGAAGATGTAGAACTCTCA  842

seq1  GCTCCGCCTGCACCATGCCTGCCTGGATGCTGCCATGCTCCCACTTTGAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCGCCTGCACCATGCCTGCCTGGATGCTGCCATGCTCCCACTTTGAT  892

seq1  GATAATGGTCTGAACCTCTGGACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGGTCTGAACCTCTGGACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTG  942

seq1  TCCTTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGATGTCTGTTCACAGCAGTAAAACC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGATGTCTGTTCACAGCAGTAAAACC  992

seq1  TTAACTAAGTCAGCAGCTGGAACCCAGTGATGAAGAGAATCTGCCATTCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAAGTCAGCAGCTGGAACCCAGTGATGAAGAGAATCTGCCATTCA  1042

seq1  AACTATCCTCACCAGAAGGCCCCTGTTGGAGCTTTGGTAGACTTCAAGGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATCCTCACCAGAAGGCCCCTGTTGGAGCTTTGGTAGACTTCAAGGC  1092

seq1  AGAGAATTAAAGCAACCAAAGAGAGACACTTCCACAATAACAGAGCAAAC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATTAAAGCAACCAAAGAGAGACACTTCCACAATAACAGAGCAAAC  1142

seq1  AACCATTCATAAAGACAGATCATAAATATGAATTC  1180
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTCATAAAGACAGATCATAAATATGAATTC  1177

seq1: chr8_12562660_12563877
seq2: B6Ng01-085F13.g_68_1259

seq1  GAATTCACATGGCAGAGAAAAAAACATCTAAAAAGAGCTCAGACAAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATGGCAGAGAAAAAAACATCTAAAAAGAGCTCAGACAAAACT  50

seq1  GTGATGGAATTTCTGTTCACAGAAAAAAAAATTGAAAACTTTCAAATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGAATTTCTGTTCACAGAAAAAAAAATTGAAAACTTTCAAATTAA  100

seq1  AAGAAGAGCCTTTAAGCCCGTTTGCATTTCAGTGAGTTTATGTCCTTACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAGCCTTTAAGCCCGTTTGCATTTCAGTGAGTTTATGTCCTTACG  150

seq1  TAATTTCTTTCCCTAGGGATAGGATCTTATGACAGAACCACACTGGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCTTTCCCTAGGGATAGGATCTTATGACAGAACCACACTGGCCAT  200

seq1  CAGCGGAGGACTCACACTTCAGGGCTCTTGCCTGTGTTCCACCCGGTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGGAGGACTCACACTTCAGGGCTCTTGCCTGTGTTCCACCCGGTTCT  250

seq1  AACTCGAAGAATGACGGCACTTGGAAGACCTAAATTAAATTTTTAAATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCGAAGAATGACGGCACTTGGAAGACCTAAATTAAATTTTTAAATTG  300

seq1  CATGCTATTACTCTAGATAAAGGTAGGTGAGGGCATGCAAGCAGAGCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTATTACTCTAGATAAAGGTAGGTGAGGGCATGCAAGCAGAGCTGC  350

seq1  CTGGGCCTTTCCACTGTTAGATGAGGACAGCGCACAAGCCCCCATGACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCTTTCCACTGTTAGATGAGGACAGCGCACAAGCCCCCATGACCT  400

seq1  TGGGTTCCCTGGGGCTTCAGCATCCCAGGTCATGCCCTGCTGTGCCCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCCCTGGGGCTTCAGCATCCCAGGTCATGCCCTGCTGTGCCCAGG  450

seq1  AGCTAAGAGCGGAGCATGCGCCCCAGGCTCTATGCCCAGGCGCTAAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGAGCGGAGCATGCGCCCCAGGCTCTATGCCCAGGCGCTAAGAGC  500

seq1  GGAGCATGCGCCCCAGGCTCTATGCCCAGGCGCTAAGAGCGGAGCATGCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCATGCGCCCCAGGCTCTATGCCCAGGCGCTAAGAGCGGAGCATGCG  550

seq1  CCCCAGGCTCTATGCCCAGGAGCTAAGAGCGGAGCATGCGCCCCAGGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGCTCTATGCCCAGGAGCTAAGAGCGGAGCATGCGCCCCAGGCTC  600

seq1  TATGCCCAGGCGCTAAGAGCAGAGCATGAAAAGCCTTGACTCTTGGCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCCAGGCGCTAAGAGCAGAGCATGAAAAGCCTTGACTCTTGGCCTT  650

seq1  GGTCTGTATCCTGCTAAGCTTTGCGCACCAGTGAGATCCTGAAATGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTATCCTGCTAAGCTTTGCGCACCAGTGAGATCCTGAAATGAAAT  700

seq1  TAGCCTGGTATTCTTCATCCCAGGGGGAGTCATACAGCTCTACTGCTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTGGTATTCTTCATCCCAGGGGGAGTCATACAGCTCTACTGCTCTT  750

seq1  GTCCTAATGGCTTCCTCACTGCAAAGTCATCTCCGAGATGAAGAATTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAATGGCTTCCTCACTGCAAAGTCATCTCCGAGATGAAGAATTAAA  800

seq1  TCTACTAGTGTAAATCAATGGGAAGGAAATCAGAACCAAAAGGCTGGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTACTAGTGTAAATCAATGGGAAGGAAATCAGAA-CAAAAGGCTGGGTT  849

seq1  GTTTTTACAAATCACCCAGTGCAAGGCAGGTTTTCACGGAGTCCCTCGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTACAAATCACCCAGTGCAAGGCAGGTTTTCACGGAGTCCCTCGCT  899

seq1  CAGCTGGAGACACTGAGCTCCACACGGTGTGGTCAGGCACGCCAATGGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||
seq2  CAGCTGGAGACACTGAGCTCCACACGG-GTTGTCAGGCACG-CAATGGAT  947

seq1  AAAGGAGCCTTCGAGAGCAGAGCTTAGGGGCAAGGTTTATTACAATGTAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||   |||||   ||| |||| |
seq2  AAAGGAGCCTTCGAGAGCAGAGCTTAGGG--CAGGTT--ATAC-ATGT-A  991

seq1  TTACAGTTTAGTCGGCTCCCCTCCCAGAGTGACTAGATAGCAGAACGAGG  1050
      ||||||||||||||||||||   |||||  |||||||| |||| ||||||
seq2  TTACAGTTTAGTCGGCTCCC--TCCAGATGGACTAGAT-GCAG-ACGAGG  1037

seq1  AAACAGCCCCACTGAGTGCTCAATTTCAAATGGAGATGCCAGAGTAGTGC  1100
       |||||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||| | ||||| |||
seq2  -AACAGCCCTACTGA-TGCTC-ATTTC-TATGGAGATGTC-GAGTA-TGC  1081

seq1  CTGTCCCCAGGGCCCCTTGCCACATACTTTTGTGCATGTGGGATTTAAAT  1150
      |||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||| | || ||||||
seq2  CTGTTCACAGGG-CCCTTGCCACATTCTTTTGTGCATG-GTGA-TTAAAT  1128

seq1  ACCCAGAGCCTTTAGCCCCACAGAGACAGTGAGGCAGCCAAAAGGCA---  1197
      |||   |||||| || ||  |||| || ||||||||||  ||| |||   
seq2  ACC--AAGCCTTAAGTCC--CAGAAACCGTGAGGCAGC--AAATGCACTT  1172

seq1  ACTGTGGAGGCTTTGAGTTGG  1218
        |||||||||  ||||||||
seq2  TGTGTGGAGGC-CTGAGTTGG  1192