BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087K09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 81,792,172 - 81,942,802
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMmaa, A630049P17, Smad1
Upstream geneTtc29, Pou4f2, LOC100039422, Rbmxrt, Slc10a7, LOC100039466, Lsm6, EG666340, EG666346, D630040G17Rik, 1700011L22Rik
Downstream geneLOC666378, LOC666388, LOC666392, Otud4, Tpd52-ps, Abce1, Anapc10, LOC100039439, Hhip, LOC546075
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087K09.bB6Ng01-087K09.g
ACCDH900716DH900717
length1,208797
definitionDH900716|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087K09, 5' end.DH900717|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087K09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,792,172 - 81,793,399)(81,942,006 - 81,942,802)
sequence
gaattctcagcatttatagaaacaagacaaaagaccagaatgggatgctg
ctgctgtcagagcaacacactggcgtacactgcagcatgcacactggatt
actaatagcttggcagaaacaagacaccaatttaaggcccaattcgtagc
tcagaaatatattttaacttaggatggcttggatagatagacgatcaagg
gaatcccagagaacttttgagcctcatgggataagcagaggcaatgggag
ggagggttccctggggcctaggggccagagatgaagccaagctgaggaca
agctcccttccttatgctatcagggcaaggctgagcaagtgcccatcacc
tccatggacaagatagccaccaatgcacaggagtcactggagaagccaac
agtagtaaagggttcactgctctcacgatgcagataagctgctggcgtca
atgtgagtgcactgcttccctcagtatttttcttcattttcttaacttac
tgaaaataacatgactgaaggtcccacattgcaagcctttgctctgctcc
ccaaatcctaacatactcaaaacattagtattccataatcttaaggacag
ttcctttaggacgaacctccttttacttctaaatggtttaatgggtgctg
agcaggctcagctgtcacttcactctagtttttggcatcttgtggttgaa
aaattctatttaaaattagtgctacaaatctggctttgtcatagttttcc
aaagtacattcaagcaaaggctgagtatatgtctagcatgcgacctatgg
cctctctcctaaggtacacagtccactcagtgaagaacacagaaaggaac
acaagccaacctttggcctccagacttccgagcgcctacagagcaacttg
agtgcgctcacgtactctgcttggatcctgcgggctggcacaatcaagtc
tccatcagattagtataacaaccaaatctgccatttcatgatgccctttt
gatgccctagagagagcagaagcagcatgtttatcagagcatctatttgc
tcctacgaccctgagaacaagacaacagcgacgccatgactgtctaacac
cagtcctctactgtcattcttctgtgtcttctggttcatgtgcgaatata
actggacaagaataactaattacagcctggaacaatggaagtcatctgtg
aatccctt
gaattctcctttgtctgttgattaaaagaaacatagacataaataaatac
tgtagttgggaagctggagacaaaggaacttagaaaagaggtgcaagaag
agggggagatctctgaggggatccgtaggcatagaaggaaaatgtttggc
cccaagagatcagaaaccattaatagaaataaggatgtcaggagcaggtt
ggggttgtgacatgttaactttgaaataaaatggatgctagctagctggc
actgtgaaactggagaggtgagttcatgtctgacaggtgttttcagctgt
gggagctgagacattctcctgggagatctctgatcctgggagaacaaatg
ccctggagggcagtcctgggataaaggagactcctgcaatcgaggaaggg
ctaggatgttgcaacggctcaagagagcaaaagtatttgtgaacaaagag
gtcatcatacccagaaggctacggagtgaggggctaacagagcatctgtg
tgaaaggttcgcctcaggacctcagagggaattctatcacaatggtggat
aagtcaggccatgacagctaaggaatgagtgtgggttcaggaactctgaa
aagacatttggcagcagatgagtacactggggggcatgctaaccaattca
ggaaacagagaaaccccagaatgagaatattctaaggaaaaaaaacctca
gaaatctcgaagaatctcaaagtttgaaatcagaaacagcttgaaaacaa
ggagaggaatctctctctctctctctctctctctctctctctctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_81792172_81793399
seq2: B6Ng01-087K09.b_43_1250

seq1  GAATTCTCAGCATTTATAGAAACAAGACAAAAGACCAGAATGGGATGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCATTTATAGAAACAAGACAAAAGACCAGAATGGGATGCTG  50

seq1  CTGCTGTCAGAGCAACACACTGGCGTACACTGCAGCATGCACACTGGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCAGAGCAACACACTGGCGTACACTGCAGCATGCACACTGGATT  100

seq1  ACTAATAGCTTGGCAGAAACAAGACACCAATTTAAGGCCCAATTCGTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATAGCTTGGCAGAAACAAGACACCAATTTAAGGCCCAATTCGTAGC  150

seq1  TCAGAAATATATTTTAACTTAGGATGGCTTGGATAGATAGACGATCAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAATATATTTTAACTTAGGATGGCTTGGATAGATAGACGATCAAGG  200

seq1  GAATCCCAGAGAACTTTTGAGCCTCATGGGATAAGCAGAGGCAATGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCAGAGAACTTTTGAGCCTCATGGGATAAGCAGAGGCAATGGGAG  250

seq1  GGAGGGTTCCCTGGGGCCTAGGGGCCAGAGATGAAGCCAAGCTGAGGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTTCCCTGGGGCCTAGGGGCCAGAGATGAAGCCAAGCTGAGGACA  300

seq1  AGCTCCCTTCCTTATGCTATCAGGGCAAGGCTGAGCAAGTGCCCATCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCTTCCTTATGCTATCAGGGCAAGGCTGAGCAAGTGCCCATCACC  350

seq1  TCCATGGACAAGATAGCCACCAATGCACAGGAGTCACTGGAGAAGCCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGACAAGATAGCCACCAATGCACAGGAGTCACTGGAGAAGCCAAC  400

seq1  AGTAGTAAAGGGTTCACTGCTCTCACGATGCAGATAAGCTGCTGGCGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTAAAGGGTTCACTGCTCTCACGATGCAGATAAGCTGCTGGCGTCA  450

seq1  ATGTGAGTGCACTGCTTCCCTCAGTATTTTTCTTCATTTTCTTAACTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGTGCACTGCTTCCCTCAGTATTTTTCTTCATTTTCTTAACTTAC  500

seq1  TGAAAATAACATGACTGAAGGTCCCACATTGCAAGCCTTTGCTCTGCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATAACATGACTGAAGGTCCCACATTGCAAGCCTTTGCTCTGCTCC  550

seq1  CCAAATCCTAACATACTCAAAACATTAGTATTCCATAATCTTAAGGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCCTAACATACTCAAAACATTAGTATTCCATAATCTTAAGGACAG  600

seq1  TTCCTTTAGGACGAACCTCCTTTTACTTCTAAATGGTTTAATGGGTGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTAGGACGAACCTCCTTTTACTTCTAAATGGTTTAATGGGTGCTG  650

seq1  AGCAGGCTCAGCTGTCACTTCACTCTAGTTTTTGGCATCTTGTGGTTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCTCAGCTGTCACTTCACTCTAGTTTTTGGCATCTTGTGGTTGAA  700

seq1  AAATTCTATTTAAAATTAGTGCTACAAATCTGGCTTTGTCATAGTTTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTATTTAAAATTAGTGCTACAAATCTGGCTTTGTCATAGTTTTCC  750

seq1  AAAGTACATTCAAGCAAAGGCTGAGTATATGTCTAGCATGCGACCTATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACATTCAAGCAAAGGCTGAGTATATGTCTAGCATGCGACCTATGG  800

seq1  CCTCTCTCCTAAGGTACACAGTCCACTCAGTGAAGAACACAGAAAGGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTCCTAAGGTACACAGTCCACTCAGTGAAGAACACAGAAAGGAAC  850

seq1  ACAAGCCAACCTTTGGCCTCCAGACTTCCGAGCGCCTACGGAGCAACTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACAAGCCAACCTTTGGCCTCCAGACTTCCGAGCGCCTACAGAGCAACTTG  900

seq1  AGTGCGCTCACGTACTCTGCTTGGATCCTGCGGGCTGGCACAATCAAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCGCTCACGTACTCTGCTTGGATCCTGCGGGCTGGCACAATCAAGTC  950

seq1  TCCATCAGATTTAGTTATAACAACCAAATCTGCCATTTCAATGATGCCCC  1000
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TCCATCAGA-TTAG-TATAACAACCAAATCTGCCATTTC-ATGATG-CCC  996

seq1  TTTTGATGCCCTAGAGAGAGCAGAAGCAGCATGTTTATCAGAAGCATCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  TTTTGATGCCCTAGAGAGAGCAGAAGCAGCATGTTTATCAG-AGCAT-CT  1044

seq1  ATTTGCTCCCAACGACCCTGAGAACAAGACAACAGCAGACGCCATGACTG  1100
      ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATTTGCT-CCTACGACCCTGAGAACAAGACAACAGC-GACGCCATGACTG  1092

seq1  TCTAACACCAGTCACTCTACTGTCATTTCTTCTGTGTCTTCCTGAGTTCA  1150
      ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||
seq2  TCTAACACCAGTC-CTCTACTGTCA-TTCTTCTGTGTCTT-CTG-GTTCA  1138

seq1  TGTGCCAGATAATAACT-GACAAGAATTAACTAAATGTACCAGCCCTTGG  1199
      |||||  ||  |||||| |||||||| |||||||   |  |||||  |||
seq2  TGTGC--GAATATAACTGGACAAGAA-TAACTAA---TTACAGCC--TGG  1180

seq1  AACTATGGAAGTCATCTGTGAAATCCCTT  1228
      ||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACAATGGAAGTCATCTGTG-AATCCCTT  1208

seq1: chr8_81942006_81942802
seq2: B6Ng01-087K09.g_69_865 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTCCTCTCCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTCCTCTCCTTG  50

seq1  TTTTCAAGCTGTTTCTGATTTCAAACTTTGAGATTCTTCGAGATTTCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAGCTGTTTCTGATTTCAAACTTTGAGATTCTTCGAGATTTCTGA  100

seq1  GGTTTTTTTTCCTTAGAATATTCTCATTCTGGGGTTTCTCTGTTTCCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTTTTCCTTAGAATATTCTCATTCTGGGGTTTCTCTGTTTCCTGA  150

seq1  ATTGGTTAGCATGCCCCCCAGTGTACTCATCTGCTGCCAAATGTCTTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTAGCATGCCCCCCAGTGTACTCATCTGCTGCCAAATGTCTTTTC  200

seq1  AGAGTTCCTGAACCCACACTCATTCCTTAGCTGTCATGGCCTGACTTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCCTGAACCCACACTCATTCCTTAGCTGTCATGGCCTGACTTATC  250

seq1  CACCATTGTGATAGAATTCCCTCTGAGGTCCTGAGGCGAACCTTTCACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTGTGATAGAATTCCCTCTGAGGTCCTGAGGCGAACCTTTCACAC  300

seq1  AGATGCTCTGTTAGCCCCTCACTCCGTAGCCTTCTGGGTATGATGACCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTCTGTTAGCCCCTCACTCCGTAGCCTTCTGGGTATGATGACCTC  350

seq1  TTTGTTCACAAATACTTTTGCTCTCTTGAGCCGTTGCAACATCCTAGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCACAAATACTTTTGCTCTCTTGAGCCGTTGCAACATCCTAGCCC  400

seq1  TTCCTCGATTGCAGGAGTCTCCTTTATCCCAGGACTGCCCTCCAGGGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCGATTGCAGGAGTCTCCTTTATCCCAGGACTGCCCTCCAGGGCAT  450

seq1  TTGTTCTCCCAGGATCAGAGATCTCCCAGGAGAATGTCTCAGCTCCCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCCCAGGATCAGAGATCTCCCAGGAGAATGTCTCAGCTCCCACA  500

seq1  GCTGAAAACACCTGTCAGACATGAACTCACCTCTCCAGTTTCACAGTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAAACACCTGTCAGACATGAACTCACCTCTCCAGTTTCACAGTGCC  550

seq1  AGCTAGCTAGCATCCATTTTATTTCAAAGTTAACATGTCACAACCCCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGCTAGCATCCATTTTATTTCAAAGTTAACATGTCACAACCCCAAC  600

seq1  CTGCTCCTGACATCCTTATTTCTATTAATGGTTTCTGATCTCTTGGGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCTGACATCCTTATTTCTATTAATGGTTTCTGATCTCTTGGGGCC  650

seq1  AAACATTTTCCTTCTATGCCTACGGATCCCCTCAGAGATCTCCCCCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTTCCTTCTATGCCTACGGATCCCCTCAGAGATCTCCCCCTCTT  700

seq1  CTTGCACCTCTTTTCTAAGTTCCTTTGTCTCCAGCTTCCCAACTACAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCACCTCTTTTCTAAGTTCCTTTGTCTCCAGCTTCCCAACTACAGTA  750

seq1  TTTATTTATGTCTATGTTTCTTTTAATCAACAGACAAAGGAGAATTC  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATGTCTATGTTTCTTTTAATCAACAGACAAAGGAGAATTC  797