BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088D05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 117,576,629 - 117,726,529
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWwox
Upstream geneNudt7, AI427515, Clec3a
Downstream geneMaf
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088D05.bB6Ng01-088D05.g
ACCDH901122DH901123
length1,1181,102
definitionDH901122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088D05, 5' end.DH901123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,576,629 - 117,577,762)(117,725,435 - 117,726,529)
sequence
gaattcagagctgattggatggtctcttaaagtattgttctcccttgtac
ctgtcatcagagatgaaagtcccatagacaaggcgtgtctgcaccttagc
cttctatgtattaaccagccccaaccatgctgagcttctgagattaggtg
agactgggtgcatccatgttagtatggccaaagacccctcctgcttcttg
catctcttagcatacatgattccggcacaaaacacaaaccttggagattt
gactgtcaccgattgatctcaggtagctggccctgcttagagtagtggtg
tcacagtggtgttggagggtcagactgtgtggatgggacccagagcaaca
actctttagcttcaagtcccaaggtagacagtgatctgggtagacagcag
ataaaagtggcatatgggacgatagtctcacaggtctcactaacatgagc
tcttaggcttattcctgactctctagggacatatgactgccctcccctca
gtttactcttcagctaaatgggatgataaacagcattcacaactacttca
catggttctgggggaggagaaaaaatgaagtaatatttacaaaacccctg
gtttgttccctgaggaacaccaggcatcagcagatgtcagccactattta
tgattttgtgaacagctagcccatgcatttggtatgacataacataagat
aatgagtgtaaagaatgtagcttggcacacatcagagttccataaatgtt
gtcaattcttttcttaatctcctctatgttctgcttgcttccgaggctca
gcagctggcttcaactccaaccatgttatagatgcaacacataacttctg
tggccctcagtatcatggatggggtgggggaaagaattcaaggaggaaaa
tgagagattgagtataaagactatgggcttcgggtcagactagagtttca
tacttgaaagggctgtttgctcattgggcaggtcttcgtgagcatacgag
tgtgttattagtcttctctagctcccacagaatgttcaacaggacactta
ggaaatgtcttatccttggctccacagtttccaacagaaattttaatcta
gacaggatggcaaacttc
gaattccccgttccttcagggttccctaggtcccattcccaagcttaaga
catcttgacgtcaagtgggaaaaagaaagctgactctttggatctaaagt
aagtgtcatgatcgaagtcccccagaacagagaatgggcttggagctcca
gtttagaatgaagagtgtttgcctaaagtgcacaaagccacggacctgac
cctggtgccaaatgaaacaaggcatggtagagcacaccagtaatctcagc
acttgggtggtggaggagggagggtcagaaagtcggggttacttgtcttt
ggctgcacaaaagagttcaagggccagcctgagctacaccagagtttgtc
tcaaaaagaaaatataaataaataaacaaaagactagagaagagaggtgt
ggcttggtggtgcaagccagtcatcccagaactcaaagcctgaggcagga
agatttctgagtaggcctcacagagagagggagtccctgtttcatgaaac
aaaaacaaacaaacaaacaaaactgcaaacaaagaaaaaggaaaacgccc
attaaaaaggggctggtgagggctgacggctttacaagctgagggtttaa
tagagggactgagttttttacaagctgagttgtgctaaactctgttatta
aagttagtggttctgccaataaaagcctccactccatggaaaatacttgc
taaacagattagtcacgagagcagagaaaggaagacgacgcagtacttag
gagacgcacacatccgaggagctgctctttctgatcccccacccccaccc
caccctgcttccaaccacacaaaccaataaaaagaaggaaagagccccgc
ccctaagcttcagcatcctcagagctatgaggtgtggtccattttctctt
ggctttcacgaagagcaatctgtggccgaacatcttctataagggcacat
atgaaaattatgctgctctgccaggatcttcttacaatggagggtggtgt
gctctggcttgttattcttcttcaaaaacaacctaacaaggaaggggctc
tggggattagagaaccctttgttagcatttgcggagctgggggggcgcgg
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_117576629_117577762
seq2: B6Ng01-088D05.b_50_1167

seq1  GAATTCAGAGCTGATTGGATGGTCTCTTAAAGTATTGTTCTCCCTTGTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCTGATTGGATGGTCTCTTAAAGTATTGTTCTCCCTTGTAC  50

seq1  CTGTCATCAGAGATGAAAGTCCCATAGACAAGGCGTGTCTGCACCTTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCAGAGATGAAAGTCCCATAGACAAGGCGTGTCTGCACCTTAGC  100

seq1  CTTCTATGTATTAACCAGCCCCAACCATGCTGAGCTTCTGAGATTAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATGTATTAACCAGCCCCAACCATGCTGAGCTTCTGAGATTAGGTG  150

seq1  AGACTGGGTGCATCCATGTTAGTATGGCCAAAGACCCCTCCTGCTTCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGGTGCATCCATGTTAGTATGGCCAAAGACCCCTCCTGCTTCTTG  200

seq1  CATCTCTTAGCATACATGATTCCGGCACAAAACACAAACCTTGGAGATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTTAGCATACATGATTCCGGCACAAAACACAAACCTTGGAGATTT  250

seq1  GACTGTCACCGATTGATCTCAGGTAGCTGGCCCTGCTTAGAGTAGTGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCACCGATTGATCTCAGGTAGCTGGCCCTGCTTAGAGTAGTGGTG  300

seq1  TCACAGTGGTGTTGGAGGGTCAGACTGTGTGGATGGGACCCAGAGCAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTGGTGTTGGAGGGTCAGACTGTGTGGATGGGACCCAGAGCAACA  350

seq1  ACTCTTTAGCTTCAAGTCCCAAGGTAGACAGTGATCTGGGTAGACAGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTAGCTTCAAGTCCCAAGGTAGACAGTGATCTGGGTAGACAGCAG  400

seq1  ATAAAAGTGGCATATGGGACGATAGTCTCACAGGTCTCACTAACATGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTGGCATATGGGACGATAGTCTCACAGGTCTCACTAACATGAGC  450

seq1  TCTTAGGCTTATTCCTGACTCTCTAGGGACATATGACTGCCCTCCCCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGCTTATTCCTGACTCTCTAGGGACATATGACTGCCCTCCCCTCA  500

seq1  GTTTACTCTTCAGCTAAATGGGATGATAAACAGCATTCACAACTACTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTCTTCAGCTAAATGGGATGATAAACAGCATTCACAACTACTTCA  550

seq1  CATGGTTCTGGGGGAGGAGAAAAAATGAAGTAATATTTACAAAACCCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTCTGGGGGAGGAGAAAAAATGAAGTAATATTTACAAAACCCCTG  600

seq1  GTTTGTTCCCTGAGGAACACCAGGCATCAGCAGATGTCAGCCACTATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTCCCTGAGGAACACCAGGCATCAGCAGATGTCAGCCACTATTTA  650

seq1  TGATTTTGTGAACAGCTAGCCCATGCATTTGATATGACATAACATAAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGTGAACAGCTAGCCCATGCATTTGGTATGACATAACATAAGAT  700

seq1  AATGAGTGTAAAGAATGTAGCTTGGCACACATCAGAGTTCCATAAATGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGTAAAGAATGTAGCTTGGCACACATCAGAGTTCCATAAATGTT  750

seq1  GTCAATTCTTTTCTTAATCTCCTCTATGTTCTGCTTGCTTCCGAGGCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTCTTTTCTTAATCTCCTCTATGTTCTGCTTGCTTCCGAGGCTCA  800

seq1  GCAGGCTGGCTTCAACTCCAACCATGTTATAGATGCAACACATAACTTCT  850
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCA-GCTGGCTTCAACTCCAACCATGTTATAGATGCAACACATAACTTCT  849

seq1  GTGGCCCTCAGTATCATGGATGGGGTGGGGGAAAGAATTCAAGGAGGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCTCAGTATCATGGATGGGGTGGGGGAAAGAATTCAAGGAGGAAA  899

seq1  ATGAGAGATTGAGTATAAAGACTATGGGCTTCGGGGTCAGACTAGAGTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGATTGAGTATAAAGACTATGGGCTTC-GGGTCAGACTAGAGTTT  948

seq1  CAATACTTGGAAAGGGCTGGTTTGCTCATTGGGCAGGTCTTCGTGAGCAT  1000
      | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-ATACTT-GAAAGGGCT-GTTTGCTCATTGGGCAGGTCTTCGTGAGCAT  995

seq1  ACGGAGTGTGTTAATTAGTCTTCTCATAGCTCCCACAGAATGTTCAACAG  1050
      || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-GAGTGTGTT-ATTAGTCTTCTC-TAGCTCCCACAGAATGTTCAACAG  1042

seq1  GAACACATTAAGGGAAAATGCCTTTATCCTTGGCT-CACAGTTTCCAACA  1099
      |   ||| | |||  ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  G---ACACTTAGG--AAATGTC-TTATCCTTGGCTCCACAGTTTCCAACA  1086

seq1  GAATTTTTAAATCATGGTCAGGATGGCATAACTTC  1134
      ||| |||| |||| | | |||||||||| ||||||
seq2  GAAATTTT-AATC-TAGACAGGATGGCA-AACTTC  1118

seq1: chr8_117725435_117726529
seq2: B6Ng01-088D05.g_69_1170 (reverse)

seq1  -CCCCCGCCCCCCCAGCTCACCAATAGCTAACAAAGGCTCCTCTACTCCC  49
       ||| ||||||||||||||  |||  ||||||||||| | ||||| ||||
seq2  CCCCGCGCCCCCCCAGCTCCGCAAATGCTAACAAAGGGTTCTCTAATCCC  50

seq1  CAGAGCCCC-TCCCTGTTAGGTTGTTTTTTGAAGAAGAATAAACAGCCAG  98
      ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||  ||||||
seq2  CAGAGCCCCTTCCTTGTTAGGTTG-TTTTTGAAGAAGAATAACAAGCCAG  99

seq1  AGCACA-CACCCTCCAATGTAAG-AGATCCTGGC-GAGCAAGCATAATTT  145
      |||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||||||||
seq2  AGCACACCACCCTCCATTGTAAGAAGATCCTGGCAGAGC-AGCATAATTT  148

seq1  TCATATGTGCCC-TATAGAAG-TGTTCGGCCACAGATTTGCTCTTCCTGA  193
      |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TCATATGTGCCCTTATAGAAGATGTTCGGCCACAGA-TTGCTCTTCGTGA  197

seq1  AAGCC-AGGGTAAATGGACACAACCTCATTGCTCTGAGGATGCTG-AGCT  241
      ||||| || | ||||||||   ||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  AAGCCAAGAGAAAATGGACCACACCTCATAGCTCTGAGGATGCTGAAGCT  247

seq1  TAGGGGCTGGGCTCTTTCCTTCTTTTTATTGGTTTGTGTGGTTGGAAGCA  291
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCGGGGCTCTTTCCTTCTTTTTATTGGTTTGTGTGGTTGGAAGCA  297

seq1  GGGTGGGGTGGGGGTGGGGGATCAGAAAGAGCAGCTCCTCGGATGTGTGC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGGTGGGGGTGGGGGATCAGAAAGAGCAGCTCCTCGGATGTGTGC  347

seq1  GTCTCCTAAGTACTGCGTCGTCTTCCTTTCTCTGCTCTCGTGACTAATCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTAAGTACTGCGTCGTCTTCCTTTCTCTGCTCTCGTGACTAATCT  397

seq1  GTTTAGCAAGTATTTTCCATGGAGTGGAGGC-TTTATTGGCAGAACCACT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGCAAGTATTTTCCATGGAGTGGAGGCTTTTATTGGCAGAACCACT  447

seq1  AACTTTAATAACAGAGTTTAGCACAACTCAGCTTGTAAAAAACTCAGTCC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAATAACAGAGTTTAGCACAACTCAGCTTGTAAAAAACTCAGTCC  497

seq1  CTCTATTAAACCCTCAGCTTGTAAAGCCGTCAGCCCTCACCAGCCCCTTT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTAAACCCTCAGCTTGTAAAGCCGTCAGCCCTCACCAGCCCCTTT  547

seq1  TTAATGGGCGTTTTCCTTTTTCTTTGTTTGCAGTTTTGTTTGTTTGTTTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGGCGTTTTCCTTTTTCTTTGTTTGCAGTTTTGTTTGTTTGTTTG  597

seq1  TTTTTGTTTCATGAAACAGGGACTCCCTCTCTCTGTGAGGCCTACTCAGA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTCATGAAACAGGGACTCCCTCTCTCTGTGAGGCCTACTCAGA  647

seq1  AATCTTCCTGCCTCAGGCTTTGAGTTCTGGGATGACTGGCTTGCACCACC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCCTGCCTCAGGCTTTGAGTTCTGGGATGACTGGCTTGCACCACC  697

seq1  AAGCCACACCTCTCTTCTCTAGTCTTTTGTTTATTTATTTATATTTTCTT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACACCTCTCTTCTCTAGTCTTTTGTTTATTTATTTATATTTTCTT  747

seq1  TTTGAGACAAACTCTGGTGTAGCTCAGGCTGGCCCTTGAACTCTTTTGTG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGACAAACTCTGGTGTAGCTCAGGCTGGCCCTTGAACTCTTTTGTG  797

seq1  CAGCCAAAGACAAGTAACCCCGACTTTCTGACCCTCCCTCCTCCACCACC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAAAGACAAGTAACCCCGACTTTCTGACCCTCCCTCCTCCACCACC  847

seq1  CAAGTGCTGAGATTACTGGTGTGCTCTACCATGCCTTGTTTCATTTGGCA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCTGAGATTACTGGTGTGCTCTACCATGCCTTGTTTCATTTGGCA  897

seq1  CCAGGGTCAGGTCCGTGGCTTTGTGCACTTTAGGCAAACACTCTTCATTC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTCAGGTCCGTGGCTTTGTGCACTTTAGGCAAACACTCTTCATTC  947

seq1  TAAACTGGAGCTCCAAGCCCATTCTCTGTTCTGGGGGACTTCGATCATGA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGGAGCTCCAAGCCCATTCTCTGTTCTGGGGGACTTCGATCATGA  997

seq1  CACTTACTTTAGATCCAAAGAGTCAGCTTTCTTTTTCCCACTTGACGTCA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACTTTAGATCCAAAGAGTCAGCTTTCTTTTTCCCACTTGACGTCA  1047

seq1  AGATGTCTTAAGCTTGGGAATGGGACCTAGGGAACCCTGAAGGAACGGGG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCTTAAGCTTGGGAATGGGACCTAGGGAACCCTGAAGGAACGGGG  1097

seq1  AATTC  1095
      |||||
seq2  AATTC  1102